Virus à ARN
virus dont le matériel génétique est constitué d'ARN De Wikipédia, l'encyclopédie libre
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Un virus à ARN, parfois appelé ribovirus, est un virus dont le matériel génétique est constitué d'ARN. Cet acide nucléique est généralement monocaténaire (ssRNA), mais peut également être bicaténaire (dsRNA)[2]. Les virus à ARN peuvent provoquer diverses maladies humaines telles que la maladie à virus Ebola, le SRAS, la grippe, l'hépatite C, la fièvre du Nil occidental, la poliomyélite, la rougeole ou encore la Covid-19.
Le Comité international de taxonomie des virus (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV) les range dans les groupes III, IV et V de la classification de Baltimore.
Toutefois l'ICTV range dans le groupe VI des rétrovirus — et les considère comme distincts des virus à ARN, les virus dont le matériel génétique est constitué d'ARN mais dont le cycle de vie passe par une rétrotranscription en ADN : le VIH en est un exemple.
Le premier séquençage d'un gène puis du génome d'un virus à ARN a été réalisé en 1976 par une équipe gantoise sur le bactériophage MS2[3]. Les virus à ARN présentent des taux de mutation très élevés[4], contrairement aux virus à ADN : la réplication est sensible aux erreurs, et ces virus ne possèdent pas les ADN polymérases permettant de détecter et corriger ces erreurs, d'où des formes plus ou moins virulentes.
Les virus à ARN peuvent également être classés, selon la polarité de leur ARN, en virus à polarité négative (antisens), à polarité positive (sens), ou à double polarité (ambisens). Un ARN à polarité positive est identique à celle des ARN messagers viraux de sorte que l'ARN viral peut être immédiatement traduit par la cellule hôte. Un ARN viral antisens est complémentaire de l'ARN messager et doit donc être converti en ARN sens par une ARN polymérase ARN-dépendante pour pouvoir être traduit en protéines. En tant que tel, l’ARN purifié d'un virus à ARN à polarité positive peut provoquer directement une infection bien qu’il puisse être moins infectieux que le virus entier. L’ARN purifié « antisens » d'un virus n'est pas infectieux par lui-même car il doit d’abord être transcrit en ARN à polarité positive, mais chaque virion peut être transcrit en ARN de polarité positive ou négative. Les virus à ARN ambisens ressemblent aux virus à ARN antisens, au détail près qu’ils transcrivent également des gènes à partir du brin sens[5].
Les virus à ARN bicaténaire constituent un groupe hétérogène de virus largement répandus chez toute une gamme d'hôtes (humains, animaux, plantes, mycètes et bactéries), dont le génome présente un nombre variable de segments (de un à douze) dont la géométrie de la capside est également très variable. Parmi les membres de ce groupe on compte les rotavirus, connus dans le monde entier comme étant la cause la plus fréquente de gastro-entérite chez les jeunes enfants, et le virus de la fièvre catarrhale du mouton[6],[7], un agent pathogène atteignant les bovins et les moutons avec d’importantes conséquences économiques. Ces dernières années, des progrès remarquables ont été accomplis dans la détermination, au niveau atomique et subnanométrique, de la structure d'un certain nombre de protéines virales déterminantes constitutives de la capside du virion de plusieurs virus à ARN bicaténaire, en soulignant des parallèles importants dans la structure et les processus de réplication d'un grand nombre de ces virus[2].
Les virus à ARN ont en général un taux de mutation élevé, à défaut d’ADN polymérase susceptible de repérer et corriger les erreurs, et sont donc incapables de procéder à la réparation de l'ARN du matériel génétique endommagé. Les virus à ADN ont un taux de mutation considérablement plus faible en raison de la capacité de correction des ADN polymérases sans l’intervention de la cellule hôte[8]. Les rétrovirus ont un fort taux de mutation, même si leur ADN intermédiaire s’intègre dans le génome de l'hôte (et est donc soumis à relecture, une fois intégré à l'ADN de l'hôte), parce que les erreurs lors de la transcription inverse sont intégrées dans les deux brins de l'ADN préalablement à leur formation.
Bien que l'ARN mute en général rapidement, une étude de 2004 a révélé que le virus du SRAS-COV1 contient un génome qui mute très lentement par rapport à ce qui serait attendu si les mutations n'étaient pas contrôlées du tout[9]. Le génome en question possède une structure tridimensionnelle complexe qui est supposée fournir une fonction chimique nécessaire à la propagation virale, peut-être comme un ribozyme. Ainsi, la plupart des mutations le rendraient impropre à cette fin et l’empêcheraient de les propager.
Les virus à ARN chez les animaux sont classés[10] en trois groupes distincts en fonction de leur génome et de leur mode de réplication (de leur groupe dans l'ancienne classification de Baltimore).
Source[8].
Source[8].
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