Il se tourne alors pleinement vers la littérature. Après la mort de son ami Albert Camus dont il admirait les qualités intellectuelles[2],[10], il dénonce publiquement la guerre d'Algérie[7],[10] et ses atrocités[4]. Durant la période de la guerre d'Indochine et d'Algérie, il collabore au magazine L'Express[5] avec l'appui de Jean Daniel[4], qu'il quitte après être entré en conflit avec le fondateur et directeur du journal Jean-Jacques Servan-Schreiber[5].
En 1978, Jules Roy s'installe à Vézelay, au Clos du Couvent, face à la basilique[10]. Il y passera les vingt dernières années de sa vie, continuant d'écrire, résumant sa vie et son œuvre, recevant ses amis, dont le président François Mitterrand[11] qui l'éleva au grade de grand-croix de la Légion d'honneur en 1990[12]. Il développa sur la fin de sa vie une vénération quasi mystique pour sainte Marie-Madeleine, patronne de la basilique[13].
Jules Roy est mort et enterré à Vézelay[14]. Après sa mort, sa maison est devenue une maison d'écrivain, labellisée «Maison des Illustres» et un centre littéraire où l'on organise des soirées littéraires et expositions. Un étage est réservé aux écrivains en résidence. Le public peut visiter les jardins et le bureau de l'écrivain, conservé en l'état[15]. Il y parlait avec Serge Gainsbourg, qui a passé les 6 derniers mois de sa vie, chez le chef Marc Meneau à l'hôtel L'Espérance.
Le parcours intellectuel de Jules Roy a été fait de plusieurs retournements d'opinion, du séminaire à l'Armée[5], de Pétain à de Gaulle, de l'Algérie française à l'Algérie indépendante. Jules Roy a eu un parcours à droite dans sa jeunesse, admirateur de l'Action française, de Maurras, puis de Pétain au moment de la défaite de 1940, avant de troquer son engagement vichyste contre un engagement gaulliste. Il s'est engagé auprès des Forces françaises libres, après avoir lu Le Fil de l'épée de Charles de Gaulle[5]. Dans Le grand naufrage, chronique du procès de Pétain, Jules Roy a écrit ne pas s'être rendu compte de ce que représentait l'engagement vichyste et avoir le sentiment, en étant resté fidèle à Pétain, d'avoir été «blousé» et de partager avec ses camarades de l'époque un certain silence honteux sur cette période de l'armée française[16]. Son parcours intellectuel, après l'armée, a été très marqué par sa rencontre avec Albert Camus dont il admirait l'intelligence et qui lui a fait prendre conscience de la question coloniale en Algérie[2]. Son engagement en faveur de l'indépendance de l'Algérie[17] lui vaut des menaces de mort envoyées par l'OAS[4]. Son engagement anti-colonial s'était déjà affirmé lors de la guerre d'Indochine[2] où il lui fut reproché un certain communisme[4]. Cela ne le conduit pas, en tout cas, à approuver la pratique maoïste du communisme pour laquelle il affiche clairement son aversion tant du fait de l'embrigadement des foules qu'elle entraîne que face au culte de la personnalité voué au Grand Timonier, culte dont il fut un témoin oculaire[18].
Jules Roy a été perçu par certains critiques, et s'est reconnu lui-même, comme un «exalté» et un «provocateur»[19]. Sur le plan littéraire, une autre rencontre fut importante dans son évolution, celle de Jean Amrouche, lequel l'accompagna dans ses premiers pas d'écrivain[2].
Avec Aubert Lemeland, Lieutenant Karl, opéra, Paris, Harmattan, 2007 (ISBN978-2-296-03969-8)
Mort au champ d'honneur, Albin Michel, 1995.
Conte
L'Œil de loup du roi de Pharan, Sétif, 1945 (hors commerce), réédité par Jean Louis Roy dans Jules Roy, l'intranquille, Paris, Harmattan, 2007 (ISBN9782296026469).
Pamphlet
J'accuse le général Massu, Seuil, 1972.
Article de journal
Retour en Algérie par Jules Roy, Article paru dans L'Express le
Cinéma
La bataille du Tonkin, 1952. Documentaire historique sur les combats livrés en Indochine par le général de Lattre. Jules Roy en est le réalisateur sur des images tournées par les opérateurs de l'armée française.
(en) «Torture, French» [«Torture, Français»], Le dictionnaire de la Guerre d'Indochine, Faculté des sciences humaines, Université du Québec à Montréal, Canada (consulté le ).
Julie Raton, Vézelay dans l’œuvre de Jules Roy: une oaristys spirituelle, Mémoire de Master 1 de recherche en Littérature française, Université de Paris IV- Sorbonne, soutenance en juin 2013.
Jules Roy est invité dans l'émission Italiques de la deuxième chaîne de l'ORTF, le 17 février 1972, à l'occasion du dixième anniversaire de l'indépendance de l'Algérie.
Collectif et Jacques Cantier, Jules Roy et la révolution nationale: analyse d'un engagement, in Action, écriture, engagement. Actes de la journée d'Études du . Université de Versailles Saint Quentin en Yvelines, Presses du Service Historique de l'Armée de l'Air, 2002.
Christian Delporte, Patrick Facon, Jeannine Lepesant-Hayat, Jules Roy: un engagement, actes du colloque organisé par le CHCSC, , Paris, SHAA-UVSQ, 2002.
Cantier Jacques, «Jules Roy et la guerre d'Algérie Parcours d'un intellectuel atypique» (chapitre de livre), dans: Jean-Charles Jauffret éd., Des hommes et des femmes en guerre d’Algérie. Paris, Autrement, «Mémoires/Histoire», 2003, p.111-123. * Jacques Cantier, Jules Roy: l'honneur d'un rebelle, Toulouse, Privat, coll.«Questions d'histoire immédiate», , 127p. (ISBN978-2-7089-0633-4).
Julie Raton, Jules Roy à Vézelay: un temps pour Aimer, La Gazette 89, , 110p. (ISBN978-2-916600-38-3, lire en ligne), rédigé à partir d'un mémoire de master Paris IV de 2013