Après avoir débuté comme helléniste en 1806 par une édition des Héroïques de Philostrate, il est nommé assistant de littérature grecque de Pierre-Henri Larcher à la Sorbonne en 1809, puis il remplace ce dernier en devenant professeur titulaire en 1813[1]. La même année, il est élu membre de l'Académie des inscriptions et belles-lettres. De 1814 à 1826, il participe à 26 soutenances de thèses de doctorat ès lettres en qualité de membre du jury[2]. Il occupe la chaire de langue et littérature grecques au Collège de France de 1828 à 1855. Sa principale contribution aux études helléniques est l'édition d'un grand nombre d'auteurs appartenant pour la plupart à l'antiquité tardive.
Tombe de Jean François Boissonade de Fontarabie - Cimetière Montmartre
Époux de Marie-Rose-Angélique Boutry, mariage le à Paris, il est le père de Gustave Émile Boissonade (ce dernier étant né Gustave Émile Boutry à Vincennes et légitimé ensuite, registre de Vincennes, naissances 1825, acte n° 55, vue 12/78)
Critique littéraire sous le Premier Empire (2 volumes, 1863). Réédition: Slatkine, Genève, 1970. Publié par Ferdinand Colincamp et précédée d'une notice historique sur Jean François Boissonade par Joseph Naudet. Tome I: Critique grecque, critique latine, curiosités philologiques, biographies. Tome II: Critique étrangère, critique française, morceaux inédits, correspondance, éphémérides.