Tout en étudiant le droit (licencié en 1861[1]), il est élève de l'École impériale des chartes où il obtient en 1863 le diplôme d'archiviste paléographe avec une thèse intitulée Examen du traité qui réunit le Dauphiné à la France et des négociations qui l’ont précédé et suivi (1349)[2].
Il est nommé en 1866 archiviste des Archives de l'Empereur, puis aux Archives nationales à la section législative et judiciaire, où il fait une grande partie de sa carrière[1].
Pendant toute sa carrière, il mène des recherches en histoire de l'art - parfois au détriment de son activité d'archiviste. Il fonde en 1866 la Société de l'histoire de l'art français et reprend en 1872 les Archives de l'art français de Philippe de Chennevières sous le titre de Nouvelles Archives de l'art français[1]. Il est également membre de la Société de l'histoire de Paris (1874), du Comité des travaux historiques et scientifiques (1877), du Comité des travaux historiques de la Ville de Paris (1879)[1].
Il est élu membre de l'Académie des beaux-arts en 1899 au fauteuil 7 de la section des membres libres.
Jean-Baptiste Guiffrey (1793-1865), notaire en 1825, puis directeur du Sous-comptoir des entrepreneurs à Paris en 1850, officier de la Légion d'honneur en 1863[6], marié à Adèlaïde Trou dont il a eu six enfants;
Inventaire général des richesses d'art de la France. Paris: monuments civils, tome 1, E. Plon et Cie imprimeur-éditeurs, Paris, 1879 (lire en ligne sur Gallica).
Inventaire général des richesses d'art de la France. Paris: monuments civils, tome 2, E. Plon, Nourrit et Cie imprimeurs-éditeurs, Paris, 1889 (lire en ligne sur Gallica).
Inventaire général des richesses d'art de la France. Paris: monuments religieux, tome 1, E. Plon et Cie imprimeurs-éditeurs, Paris, 1876 (lire en ligne sur Gallica).
Inventaire général des richesses d'art de la France. Paris: monuments religieux, tome 2, E. Plon, Nourrit et Cie imprimeur-éditeurs, Paris, 1888 (lire en ligne sur Gallica).
Histoire de la tapisserie depuis le moyen âge jusqu'à nos jours, 1885, Alfred Mame et fils, Tours, 1886 (lire en ligne sur Gallica).
Catalogue sommaire du musée des Archives nationales, précédé d'une notice historique sur le palais des Archives, librairie Ch. Delagrave, Paris, 1893 (lire en ligne sur Gallica).
Un chapitre inédit de l'histoire des tombes royales de Saint-Denis d'après les documents conservés aux Archives nationales, Henri Menu libraire-éditeur, 1876 (lire en ligne sur Gallica).
Artistes parisiens du XVIeet duXVIIesiècle: donations, contrats de mariage, testaments, inventaires, etc. tirés des insinuations du Châtelet de Paris, Imprimerie nationale, Paris, 1915 (lire en ligne sur Gallica).
Scellés et inventaires d'artistes français du XVIIeet duXVIIIesiècle, première partie, [1643-1740]: Documents inédits tirés des archives nationales, Charavay frères libraires, Paris, 1884 (lire en ligne).
Scellés et inventaires d'artistes français du XVIIeet duXVIIIesiècle, deuxième partie, [1741-1770: Documents inédits tirés des archives nationales, Charavay frères libraires, Paris, 1885 (lire en ligne).
Scellés et inventaires d'artistes français du XVIIeet duXVIIIesiècle, troisième et dernière partie, [1771-1790]: Documents inédits tirés des archives nationales, Charavay frères libraires, Paris, 1886 (lire en ligne).
Exposition des Primitifs français au palais du Louvre (pavillon de Marsan) et à la Bibliothèque nationale: catalogue(lire en ligne).
Avec Anatole de Montaiglon, Correspondance des directeurs de l'Académie de France à Rome avec les Surintendants des Bâtiments, publiée d'après les manuscrits des Archives nationales, 18 volumes (lire en ligne: table générale).
E. Pascallet, Guiffrey (Jean-Baptiste), ancien notaire, p.87-93, dans Le Biographe et l'historien: revue générale, historique, biographique, nécrologique, scientifique et littéraire; et mémorial municipal de France, ou Histoire des communes, villes, provinces, monuments, Paris, 1855 (lire en ligne)
H. Stein, Jules Guiffrey, p.242-244, Bibliothèque de l'École des chartes, 1918, volume 79, no1(lire en ligne).
Mélanges offerts à Jules Guiffrey - Bibliographie des travaux de M. Jules Guiffrey, p.I-CXXVIII, Archives de l'art français, 1916, tome 8 nouvelle série (lire en ligne)