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Disciple de Georges Duby, Jean Flori est un spécialiste de la chevalerie à laquelle il a consacré sa thèse d’État, soutenue en 1981.
Fils d'un maroquinier et d'une directrice d'école, Jean Flori entreprend des études d'ingénieur à l'École Breguet de Paris. Il met fin à ses études juste avant son diplôme pour se tourner vers l'enseignement[4]. Devenu membre de l'Église adventiste du septième Jour, il entreprend des études de théologie au Séminaire Adventiste de Collonges-sous-Salève[5], tout en donnant des cours de mathématiques à l'école secondaire de l'institution[6]. Devenu professeur de théologie en 1964, il entreprend parallèlement des études d'histoire médiévale à la faculté de Grenoble et obtient son titre en 1968. C'est en 1970 qu'il rencontre le professeur Georges Duby, qui deviendra son directeur de thèse.
Sa thèse d'État s'intitule Chevalerie et idéologie chevaleresque. Étude de la formation du concept de chevalerie jusqu'au début du XIIIe siècle.
Évolution ou création? [en collaboration avec Henri Rasolofomasoandro], Dammarie-les-Lys, (éd. SDT), 1974, 381 p.
L'Idéologie du glaive. Préhistoire de la chevalerie, Genève, (éd. Droz), 1983, 205 p. (préface de Georges Duby)
L'Essor de la chevalerie, XIeetXIIesiècles, Genève, (éd. Droz), 1986, 416 p. (préface de Léopold Génicot)
La Première Croisade. L'occident chrétien contre l'Islam, Bruxelles, (éd. Complexe), 1992, 290 p., (2e ed. 1997, 3e éd. 2001) (ISBN2-87027-436-X)
La Chevalerie en France au Moyen Âge, Paris, PUF, coll. «Que sais-je?», n° 972, 1995, 128 p. Traduit en polonais (1999) et en japonais (2000).
Chevaliers et chevalerie au Moyen Âge, Paris, Hachette, coll. «La Vie quotidienne» 1998, 307 p. (2eédition: 2004) (ISBN2-7028-1905-2) Traduit en italien (1999), en espagnol (2001), en polonais (2003), en russe (2006), en tchèque (2008).
La Chevalerie, Paris, (éd. Gisserot), 1998, 128 p. (ISBN2-87747-345-7) Traduit en espagnol (2001), en italien (2002), en portugais (2005).
Croisade et chevalerie, Louvain, (éd. De Boeck-Wesmael), 1998, 433 p. (ISBN2-8041-2792-3)
Brève histoire de la chevalerie, Gavaudan, (éd. Fragile), 1999 Traduit en anglais (1999).
Pierre l'Ermite et la première croisade, Paris, (éd. Fayard), 1999, 647 p.; prix Histoire et sociologie de l'an 2000 de l'Académie française (ISBN2-213-60355-3)Traduit en espagnol (2006).
Richard Cœur de lion, le roi-chevalier, Paris, (éd. Payot), 1999, 597 p. (ISBN2-228-89272-6) Traduit en italien (2002 et 2006), en espagnol (2002), en anglais (2004).
La Guerre sainte. La formation de l'idée de croisade dans l'Occident chrétien, Paris, (éd. Aubier-Flammarion), 2001, 406 p. (ISBN2-7028-4475-8) Traduit en italien (2003), en espagnol (2003).
Les Croisades, Paris, (éd. Gisserot), 2001, 124 p. (ISBN2-87747-542-5) Traduit en italien (2003).
Philippe Auguste, la naissance de l'État monarchique, Paris, (éd. Tallandier), 2002, 159 p. (2eédition en 2007)
Guerre sainte, jihad, croisade. Violence et religion dans le christianisme et l'islam, Paris, 2002 (éd. du Seuil, coll. «Point Histoire») n° H 309, 333 p. (ISBN2-02-051632-2) Traduit en espagnol (2004), en roumain (2003), en arabe (2004).
Aliénor d’Aquitaine. La reine insoumise, Paris, (éd. Payot), 2004, 544 p. (ISBN2-7028-9418-6) Traduit en espagnol (2005), en anglais (2007).
L'Islam et la fin des Temps. L'interprétation prophétique des invasions musulmanes dans la chrétienté médiévale, Paris, (éd. du Seuil), 2007, 444 p. (ISBN978-2-286-02979-1)