Yukichi Fukuzawa, akadeemia esimene president (1879).Amane Nishi, akadeemia president 1879–1880 ja 1882–1886.Saburō Yamada, akadeemia president (1948–1961)
Jaapani Akadeemia asutati aastal 1879Tōkyōs esialgse nimega Tōkyō Akadeemia; eeskujuks oli Londoni Kuninglik Selts. 1906. aastal reorganiseeriti akadeemia Keiserlikuks Akadeemiaks. Aastast 1947 kannab akadeemia tänast nime.
Tōkyō Akadeemia esimesed presidendid olid läänemeelsed kirjanik ja tõlkijaYukichi Fukuzawa (määrati esimeseks presidendiks 1879. aasta jaanuaris) ning filosoofAmane Nishi, kes vahetas Fukuzawa presidenditoolis välja 1879. aasta juunis.
Kõige kauem (1948–1961) juhtis Jaapani akadeemiat õigusteadlaneSaburō Yamada – ajal, mil Jaapani suhted läänemaailmaga liikusid taas tõusuteele.
2013. aastal valiti akadeemia presidendiks 87-aastane biokeemikTakashi Sugimura, kes on tuntud eelkõige keemiliste vähitekitajate uurijana.
Akadeemia liikmeskond on jagatud kahte sektsiooni. Kumbki sektsioon jaguneb omakorda alamsektsioonideks.
Jaapani Akadeemia annab välja järgmisi auhindu: alates 1911. aastast Keiserlikku auhinda ja Jaapani Akadeemia auhinda, alates 1987. aastast iga kahe aasta tagant Edinburghi hertsogi auhinda ning aastast 2004 igal aastal Jaapani Akadeemia medalit.
Jaapani Akadeemia auhind antakse igal aastal kuni üheksale inimesele. Selle autasuga kaasneb miljoni jeeni suurune auhinnaraha.
Keiserlikku auhinda antakse igal aastal välja kaks – üks humanitaar- ja sotsiaalteaduste ning teine loodusteaduste, täppisteaduste ja rakendusteaduste valdkonnas. Selle autasuga kaasneb keisri kingitus vaasi näol. Keiserliku auhinna laureaadid valitakse Jaapani Akadeemia auhinna saanute hulgast.
Jaapani Akadeemia statuudi järgi on liikmete arv piiratud. 1949. aastast kehtiv statuut näeb ette 150 liikmekohta jaapani liikmetele. Tegelikult oli akadeemial 2014. aasta augustis 133 jaapani liiget. Ülejäänud kohad (17) olid vakantsed. Uusi liikmeid valitakse igal aastal detsembris. Viimastel aastatel on valitud aastas viis uut liiget.
Jaapani teadlaste rahvusvahelist kaalu näitab asjaolu, et 38 Jaapani Akadeemia liiget (jaapani liiget) on läbi aegade valitud USARahvusliku Teaduste Akadeemia liikmeks.
Jaapani Akadeemia 1949. aastast kehtiv statuut näeb ette 30 auliikmekohta välismaalastele. Tegelikult oli akadeemial 2014. aasta augustis 26 välisliiget (auliiget) ja 1 eristaatusega auliige. Kui 1975. aastal külastas Jaapani Akadeemiat prints Philip, Edinburghi hertsog, anti talle auliikme staatus panuse eest teaduse ja teadusühingute arengusse.
Välisliikmed humanitaar- ja sotsiaalteaduste sektsioonis
Akadeemia auliige (1990) japanoloogDonald Keene oma kodus Tōkyōs (2002)
William Theodore de Bary, ameerika filosoof
Ronald Philip Dore, Briti sotsioloog
Jacques Gernet, prantsuse sinoloog
Donald Keene, USA ja Jaapani kirjandusteadlane ja tõlkija, sai Jaapani kodakondsuse 2012
Kokku on Jaapani Akadeemiasse läbi aegade valitud 2014. aasta augusti seisuga 92 välisliiget. Praegused välisliikmed on nimetatud eespool.
Välisriikide teadlasi hakati akadeemiasse valima 1895. aastal. Esimene välismaalane akadeemias oli prantsuse õigusteadlane Gustave Émile Boissonade de Fontarabie (1895). Teise välismaalasena lisandus koosseisu alles 1925. aastal Briti orientalist Charles Eliot. Järgmistel aastatel valiti Keiserlikku Akadeemiasse veel mõned liikmed, kuid ajavahemikus 1938–1949 akadeemias võõramaalased puudusid. Alles 1949. aasta lõpul valiti akadeemiasse taas välismaalane – prantsuse orientalist René Grousset. Paari kuu pärast lisandus korraga kaheksa uut auliiget, teiste seas Albert Einstein, Niels Bohr ja Robert Oppenheimer. Werner Heisenberg valiti akadeemiasse 1965. aastal, kahekordne Nobeli füüsikaauhinna laureaat John Bardeen 1977. aastal.
Jaapani Akadeemia varasemate välisliikmete (auliikmete) loetelu
