15 de marzo: Se aprueba un aumento a los pagos realizados por alumnos de la UNAM lo que desata un grave conflicto entre los estudiantes con las autoridades universitarias.[2]
Abril
20 de abril: En la UNAM, se inicia una huelga estudiantil en contra de la modificación del Reglamento General de Pagos (RGP) de esta misma.[2][3]
5 de mayo: La antigua Basílica de Guadalupe es reabierta al público después de haber estado cerrada por algunos años para restaurarla. A partir de este día se renombró como Centro expiatorio nacional en honor del santísimo.[5]
4 de agosto: Finaliza la Copa Confederaciones de la FIFA. México fue campeón.
11 de agosto: Inicia el ciclo 1999-2000 de la UNAM.
23 de agosto: Inicia el ciclo 1999-2000 de la SEP.
Septiembre
26 de septiembre: En la central de abastos de Celaya, Guanajuato ocurre una explosión de material pirotécnico guardado en bodegas clandestinas dejando un saldo de 73 muertos y 350 heridos.[10]
Betancourt Cid, Carlos (2012). «1999». En Martínez Ocampo, Lourdes, ed. México contemporáneo. Cronología (1968-2000). Instituto Nacional de Estudios Históricos de las Revoluciones de México. ISBN978-607-7916-73-4. Consultado el 23 de diciembre de 2023.