Το 1986 η κυβέρνηση προχώρησε σε συνταγματική αναθεώρηση, με στόχο κυρίως την μείωση των υπερ-εξουσιών του Προέδρου της Δημοκρατίας, με παράλληλη ενίσχυση των Πρωθυπουργικών εξουσιών.[2]
Με επικεφαλής τον Κώστα Σημίτη, η κυβέρνηση - με το λεγόμενο «σταθεροποιητικό πρόγραμμα» θα προσπαθήσει να ελέγξει τις δημόσιες δαπάνες. Συγκεκριμένα το πρόγραμμα περιελάμβανε: «πάγωμα των μισθών στο δημόσιο και ιδιωτικό τομέα,
έλεγχο των προσλήψεων, συγκράτηση των δημοσίων εξόδων ιδίως μέσω περιορισμού των κοινωνικών δαπανών, κίνητρα προς το ξένο κεφάλαιο για επενδύσεις στην Ελλάδα, προσπάθεια αναδιοργάνωσης του ευρύτερου δημόσιου τομέα και ανασυγκρότησης των δημοσίων επιχειρήσεων, καθώς και πρωτοβουλίες για τη σταδιακή απελευθέρωση της αγοράς από τον κρατικό εναγκαλισμό.
Η εφαρμογή αυτού του σχεδίου αναδιάρθρωσης, που έγινε ωστόσο προσπάθεια να διαθέτει και αναπτυξιακά χαρακτηριστικά, τέθηκε υπό την αιγίδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, αφού στηρίχτηκε σε ένα δάνειο έκτακτης ανάγκης ύψους περίπου 2 δισεκατομμυρίων ecu».[3]
Κορυφαίο γεγονός αυτών των χρόνων, αλλά και των χρόνων που θα ακολουθήσουν, υπήρξε το ξέσπασμα του σκανδάλου Κοσκωτά. Τον Αύγουστο του 1988 ο Ανδρέας Παπανδρέου, ασθενής με στεφανιαία νόσο σε προχωρημένο στάδιο, θα μεταβεί στο Λονδίνο, στο νοσοκομείο Χέρφιλντ, για να υποβληθεί σε εγχείρηση ανοιχτής καρδιάς, και όταν επιστρέψει στην Ελλάδα, στις 22 Οκτωβρίου του ίδιου έτους, θα βρεθεί αντιμέτωπος με το ξέσπασμα του σκανδάλου.[4] Ο βίος και η πολιτεία του τότε πανίσχυρου τραπεζίτη και εκδότη Γιώργου Κοσκωτά άρχισε να έρχεται στο φως τον Οκτώβριο του 1987, μετά από αποκαλύψεις των εφημερίδων. Οι αποκαλύψεις συνεχίζονταν εμπλέκοντας τους επόμενους μήνες, κυρίως τον Αγαμέμνονα Κουτσόγιωργα ( ο οποίος κατηγορήθηκε ότι είχε δωροδοκηθεί από τον εκδότη με 2 εκαττομμύρια δολλάρια) αλλά και άλλα μεγαλόσχημα στελέχη του ΠΑΣΟΚ, και τέλος και τον ίδιο τον Πρωθυπουργό. Στις 11 Μαρτίου του 1989 ο πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας, Κωνσταντίνος Μητσοτάκης κατέθεσε πρόταση μομφής κατά της κυβέρνησης εξαιτίας του σκανδάλου, η οποία αν και δεν υποστηρίχτηκε τελικά από την πλειοψηφία των βουλευτών (ψήφισαν 123 «υπέρ της πρότασης» και 155 «κατά»), ωστόσο άνοιξε το δρόμο για μια πολιτική αντιπαράθεση μέχρις εσχάτων.[5]
Με τον νόμο 1558/1985 - «Κυβέρνηση και κυβερνητικά όργανα» - που τέθηκε σε ισχύ από την 26η Ιουλίου 1985, αναδιαρθρώθηκε και πάλι ο κυβερνητικός τομέας. Συγκεκριμένα, και όσον αφορά τα συλλογικά κυβερνητικά όργανα, στα ήδη υπάρχοντα ΚΥ.ΣΥΜ. και ΚΥ.Σ.Ε.Α, προστέθηκε και το Α.Σ.Ο.Π. (Ανώτατο Συμβούλιο Οικονομικής Πολιτικής)[7], το οποίο αποφάσιζε για την οικονομική πολιτική της κυβέρνησης καθώς και την εφαρμογή αυτής. Στο Συμβούλιο αυτό εκτός του Πρωθυπουργού και των αρμόδιων Υπουργών, συμμετείχε και ο εκάστοτε Διοικητής της Τράπεζας της Ελλάδας. Επίσης, σχηματίστηκε η Ε.Τ.Ε. (Επιτροπή Τιμών και Εισοδημάτων) η οποία αποφάσιζε, συντόνιζε και έλεγχε την εισοδηματική πολιτική της κυβέρνησης.
Υπό την άμεση εποπτεία του Πρωθυπουργού, με τον νέο νόμο υπήχθησαν το Πολιτικό του Γραφείο, η Γραμματεία του Υπουργικού Συμβουλίου, η Κ.Υ.Π. (Κεντρική Υπηρεσία Πληροφοριών) και η ΚΕ.Ν.Ε. (Κεντρική Νομοπαρασκευαστική Επιτροπή).[8]
Επίσης, συστάθηκαν σαν αυτοτελείς δημόσιες υπηρεσίες οι «Γενικές Γραμματείες» του κάθε υπουργείου καθώς και τρεις θέσεις «Υπουργών άνευ Χαρτοφυλακίου».[9]
Η σύνθεση του υπουργικού συμβουλίου, τα υπουργεία και υφυπουργεία, και η σειρά προβαδίσματος των υπουργών καθορίστηκε ως εξής:
Στις 24 Απριλίου 1986, η «Γενική Γραμματεία Δημόσιας Τάξης», αναβαθμίστηκε σε Υπουργείο, οπότε στον ανασχηματισμό της 26ης Απριλίου, δημιουργήθηκαν και πάλι δυο ξεχωριστά Υπουργεία ενώ η σειρά κατάταξης των Υπουργείων διαμορφώθηκε ως εξής:
«Υπουργός χωρίς Χαρτοφυλάκιο»: Κώστας Λαλιώτης (από τις 18 Νοεμβρίου 1988)
- παραιτήθηκε την 1η Δεκεμβρίου 1988
Στις 2 Ιουνίου1989[14] και εν όψει των προγραμματισμένων για τις 18 Ιουνίουβουλευτικών εκλογών, η κυβέρνηση μετατράπηκε σε υπηρεσιακή με τις τοποθετήσεις εξωκοινοβουλευτικών προσώπων, στα αρμόδια υπουργεία και συγκεκριμένα στα:
«Η Στ’ Αναθεωρητική Βουλή ολοκλήρωσε το 1986 την Αναθεώρηση του Συντάγματος του 1975. Παρά την πολιτική ένταση που επικράτησε, η Αναθεώρηση του 1986 υπήρξε η πρώτη στην ελληνική συνταγματική ιστορία, η οποία συντελέσθηκε σε αρμονία με την περί αναθεωρήσεως του Συντάγματος. Η Αναθεώρηση κατήργησε τις ‘’υπερεξουσίες’’ του Προέδρου της Δημοκρατίας. Κυρίως εισήγαγε γνήσιο κοινοβουλευτικό πολίτευμα με την κατάργηση της δυνατότητας παύσης της Κυβέρνησης από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας. Η Κυβέρνηση εξαρτάται πλέον, μετά την Αναθεώρηση του 1986, από την εμπιστοσύνη του Προέδρου της Δημοκρατίας.»https://www.syntagmawatch.gr/my-constitution/apo-ti-stratiotiki-diktatoria-sto-syntagma-tou-1975-1986-2001/
«Το 1988 σφραγίζεται από την έκρηξη του σκανδάλου Κοσκωτά και την εσπευσμένη αναχώρηση του Α. Παπανδρέου στο Λονδίνο για εγχείρηση ανοικτής καρδιάς (25 Αυγούστου). Η ασθένειά του πυροδοτεί την μέχρι τότε υποβόσκουσα μάχη για τη διαδοχή με κύριους αντίπαλους τον Μ. Κουτσόγιωργα και τον Γ. Γεννηματά. Όταν στις 22 Οκτωβρίου ο Α. Παπανδρέου επιστρέφει στην Αθήνα, η σύγκρουση που προκαλεί το σκάνδαλο Κοσκωτά έχει ουσιαστικά ξεφύγει από τον έλεγχο της κυβέρνησης. Στις 7 Νοεμβρίου ο Γ. Κοσκωτάς φεύγει παράνομα από την Ελλάδα, ενώ ο πανίσχυρος αντιπρόεδρος Μ. Κουτσόγιωργας κατηγορείται ευθέως. Τη χαριστική βολή θα τη δεχθεί στις 8 Φεβρουαρίου 1989, όταν θα δημοσιευθεί ότι είχε δωροδοκηθεί με δύο εκατ. δολάρια. Είχε προηγηθεί, όμως, στις 19 Νοεμβρίου 1988 η ολομέλεια των εφετών, με την οποία η Δικαιοσύνη ανέλαβε την πρωτοβουλία των κινήσεων.»https://www.kathimerini.gr/112840/article/epikairothta/politikh/1985-1993-mia-taragmenh-epoxh
«Το 1988 είχε φουντώσει η σκοπιανή προπαγάνδα σχετικά με το όνομα «Μακεδονία». Και η αυστραλιανή κυβέρνηση είχε διατυπώσει ενστάσεις για τη λειτουργία μιας έκθεσης σχετικά με την ελληνικότητα της Μακεδονίας στην Αυστραλία. Αυτό έγινε αφορμή ο υπουργός Στ. Παπαθεμελής να προτείνει στον πρωθυπουργό Ανδρ. Παπανδρέου την αλλαγή του ονόματος του υπουργείου Βόρειας Ελλάδας.» http://politicalpedia.eklogika.gr/yp-maked-thrakis/Αρχειοθετήθηκε 2020-07-03 στο Wayback Machine.
Στις 10 Μαρτίου 1989 και με τον Ν. 1835/89 συστάθηκε το «Υπουργείο Τουρισμού», στο οποίο ανατέθηκε ο σχεδιασμός και η άσκηση της κυβερνητικής αποστολής στον τομέα του τουρισμού και των αερομεταφορών. Στο Υπουργείο εντάχτηκε ο Ε.Ο.Τ. με τις εταιρείες που λειτουργούσε, η Σχολή Τουριστικών Επαγγελμάτων (Σ.Τ.Ε.), και το Ξενοδοχειακό Επιμελητήριο Ελλάδας (Ξ.Ε.Ε.).