In seiner Funktion als Rektor der Universität Wien 1926/27 war Molisch für eine Radikalisierungswelle unter den antisemitisch und deutschnational eingestellten Studenten verantwortlich. Die eskalierende Gewalt gegen politisch Andersdenkende im Allgemeinen und jüdische Studenten im Speziellen wurde durch Molisch gefördert und durch entsprechende Nachsicht bei der Bestrafung der Täter unter Beweis gestellt. Auf der Universität galt er als offener Förderer der „Hakenkreuzler“.[4]
Molischs letzte und zugleich bekannteste wissenschaftliche Leistung war die Begründung der Allelopathie. In seinem letzten, im Jahr seines Todes geschriebenen, Buch „Der Einfluß einer Pflanze auf die andere – Allelopathie“ definierte er mit diesem Begriff die biochemische Wechselwirkung zwischen Pflanzen untereinander und auch zwischen Pflanzen und Mikroorganismen; damit wurde er zum Begründer des gleichnamigen Wissenschaftszweiges. Vergröbernd, aber griffig spricht man auch vom „chemischen Krieg unter den Pflanzen“.[6] In der Folgezeit wechselten die Definitionen mehrfach; inzwischen orientiert man sich allerdings wieder weitgehend an Molischs ursprünglicher Definition.
Molisch ruht in einem Ehrengrab auf dem Wiener Zentralfriedhof (Gruppe 32 C, Nummer 14). 1950 wurde im Arkadenhof der Universität Wien ein Denkmal für Molisch errichtet. Im Februar 1952 wurde in Wien-Penzing (14. Bezirk) die Molischgasse nach ihm benannt. Außerdem vergibt die International Allelopathy Society (IAS) alle drei Jahre im Gedenken an Molisch den sogenannten Molisch-Preis an Wissenschaftler, die sich um das Gebiet der Allelopathie verdient gemacht haben.
Zwei neue Zuckerreactionen. In: Monatshefte für Chemie und verwandte Teile anderer Wissenschaften. Band7, Dezember 1886, S.189–209, doi:10.1007/BF01516570.
Leuchtende Pflanzen. Gustav Fischer, Jena 1904.
Die Purpurbakterien nach neuen Untersuchungen. Gustav Fischer, Jena 1907.
Mikrochemie der Pflanze. Bremen university press, 2013, ISBN 978-3-95562-204-6 (Originaltitel: Mikrochemie der Pflanze. 1913.).
Pflanzenphysiologie. Salzwasser-Verlag, Jena 2013, ISBN 978-3-8460-3102-5 (Originaltitel: Pflanzenphysiologie. 1917.).
Pflanzenphysiologie als Theorie der Gärtnerei. Gustav Fischer, Jena 1922.
Pflanzenphysiologie. Salzwasser-Verlag, 2013, ISBN 978-3-8460-3102-5 (Originaltitel: Pflanzenphysiologie. 1917.).
Die Lebensdauer der Pflanze. Gustav Fischer, Jena 1929.
Als Naturforscher in Indien. Gustav Fischer, Jena 1930.
Botanische Versuche ohne Apparate. In: Schriften des Vereins zur Verbreitung naturwissenschaftlicher Kenntnisse. Band72. Gustav Fischer, Wien 1932, S.49–71 (zobodat.at[PDF]).
Botanische Versuche ohne Apparate (1931)
Der Einfluß einer Pflanze auf die andere - Allelopathie. Gustav Fischer, Jena 1937.
Klaus Taschwer:Hochburg des Antisemitismus. Der Niedergang der Universität Wien im 20. Jahrhundert. Czernin 2015, ISBN 978-3-7076-0533-4, S.85ff.
History of the Institute.The Department of Biology, Tohoku University,archiviertvomOriginal(nicht mehr online verfügbar)am15.März 2014;abgerufen am 7.Oktober 2014(englisch).
Hanne Rautenstrauch, Anne Rebenstorff, Steffen Gudenschwager, Klaus Ruppersberg:Ein sicherer Kohlenhydratnachweis: Die neue Molischprobe für den Unterricht. Verlag Chemie VCH, Weinheim 30.Mai 2022, doi:10.1002/ciuz.202100036.