Ab 1968 war Krüger als Verlagslektor beim Carl Hanser Verlag tätig. Er wurde 1986 literarischer Leiter des Verlages und 1995 Geschäftsführer. Zum 31.Dezember 2013 schied er aus und sein Nachfolger Jo Lendle trat die Geschäftsführung an.[2]
Seine eigene literarische Arbeit beschränkte sich zunächst auf Vor- und Nachworte zu Anthologien und Sammelbänden, die er herausgab. 1976 erschien sein Erstling, der Gedichtband Reginapoly. Seine erste Erzählung mit dem Titel Was tun? wurde 1984 veröffentlicht. 1991 erschien – ein Jahr nach seiner Novelle Das Ende des Romans – unter dem Titel Der Mann im Turm sein erster von bisher vier Romanen.
Reden und Einwürfe. Insel-Bücherei Nr. 1309, Frankfurt am Main/Leipzig, 2008.
Schritte, Schatten, Tage, Grenzen: Gedichte 1976–2008. Herausgegeben und mit einem Nachwort von Hans Jürgen Balmes. S. Fischer Verlag, Frankfurt am Main 2008, ISBN 978-3-596-18491-0.
Der Gott hinter dem Fenster. Erzählungen. Haymon Verlag, Innsbruck 2015, ISBN 978-3-7099-7191-8.
Das Ungeplante zulassen. Eine Verteidigung des Dichterischen. Münchner Reden zur Poesie. Herausgegeben von Holger Pils und Frieder von Ammon. Lyrik Kabinett, 2014.
Meteorologie des Herzens. Über meinen Großvater, Zbigniew Herbert, Petrarca und mich. Mit einem Nachwort von Matthias Bormuth. Berenberg, Berlin 2021, ISBN 978-3-946334-90-3.
Edition Lyrik Kabinett bei Hanser (zusammen mit Ursula Haeusgen, Raoul Schrott, Wolfgang Matz, Piero Salabè und Holger Pils). Hanser, München seit 2006.
Die Erschließung des Lichts. Italienische Dichtung der Gegenwart (zusammen mit Federico Italiano). Hanser, München 2013.
Die Welt verdient keinen Weltuntergang. Essays von Peter Hamm. Edition Petrarca. Wallstein Verlag, Göttingen 2021.
Hörbücher
The Poets' Collection. Englischsprachige Lyrik im Originalton und in deutscher Übersetzung. Der Hörverlag, München 2018.
Lyrikstimmen. 122 Autorinnen & Autoren, 420 Gedichte, 100 Jahre Lyrik im Originalton. Hrsg. von Christiane Collorio, Peter Hamm, Harald Hartung und Michael Krüger. Der Hörverlag, München 2022.
Prosastimmen. 184 Autorinnen und Autoren, 100 Jahre Prosa im Originalton. Hrsg. von Christiane Collorio, Michael Krüger und Hans Sarkowicz. Der Hörverlag, München 2022.
Jahrhundertstimmen 1900-1945 – Deutsche Geschichte in über 200 Originalaufnahmen. Hrsg. von Hans Sarkowicz, Ulrich Herbert, Michael Krüger und Christiane Collorio. Der Hörverlag, München 2022.
Klassiker! Über die Literatur und das Leben.Rüdiger Safranski im Gespräch mit Michael Krüger und Martin Meyer. Der Hörverlag, München 2020.
Film
Verabredungen mit einem Dichter – Michael Krüger. Filmdokumentation in der Regie von Frank Wierke. Deutschland 2022.
Ijoma Mangold:Michael Krüger: "Das Beschreiben der Dinge stabilisiert die Welt". In: Die Zeit. 15.November 2023, ISSN0044-2070 (zeit.de[abgerufen am 15.Februar 2024]).