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Die Medizinische Mikrobiologie ist ein Zweig der Mikrobiologie und befasst sich mit den krankheitserregenden (pathogenen) Mikroorganismen (Bakterien, Pilze, Protozoen).
Man unterscheidet die Humanmedizinische Mikrobiologie (Krankheitserreger des Menschen) und die Veterinärmedizinische Mikrobiologie (Krankheitserreger der Tiere). Außerdem kann nach der taxonomischen Gruppe der Krankheitserreger unterschieden werden: Medizinische Bakteriologie, Medizinische Virologie, Medizinische Mykologie (Pilze), Medizinische Parasitologie.
Im Vordergrund steht die Erforschung der Struktur und Physiologie der Krankheitserreger (Pathogene), der Wechselbeziehungen zwischen den Pathogenen und ihren Wirten, die Erfassung und der Nachweis der Pathogene (Diagnose) sowie die Therapie und die Prävention der durch Mikroorganismen verursachten Krankheiten.
Da eine Infektion des Wirts mit den Krankheitserregern Voraussetzung für die Manifestation der betreffenden Krankheit ist, spricht man von Infektionskrankheiten.
Nach einem absolvierten Medizinstudium besteht in Deutschland die Möglichkeit, als Facharzt für Mikrobiologie, Virologie und Infektionsepidemiologie (frühere Facharztbezeichnung: Facharzt für Mikrobiologie und Infektionsepidemiologie[1]) tätig zu werden. Hierfür bedarf es einer fünfjährigen Weiterbildungszeit:
Die gesamte Weiterbildung kann sowohl in der Klinik als auch bei niedergelassenen Ärzten abgeleistet werden, sofern die entsprechende Weiterbildungsbefugnis vorliegt. Am 1. Januar 2009 waren in der Deutschland 985 Fachärzte für Mikrobiologie, Virologie und Infektionsepidemiologie registriert, von denen 205 niedergelassen waren. 319 übten keine ärztliche Tätigkeit aus.
Seit 2007 gibt es für Biologen die Möglichkeit, ein Zertifikat als „Fach-Naturwissenschaftler für Medizinische Mikrobiologie und Infektionsepidemiologie (sogenannter „Medizinischer Fachmikrobiologe“)“ der Deutschen Gesellschaft für Hygiene und Mikrobiologie (DGHM) und des Berufsverbands der Ärzte für Mikrobiologie, Virologie und Infektionsepidemiologie (BÄMI) zu erwerben. Ein ähnliches Zertifikat erteilt die Gesellschaft für Virologie für einen sogenannten „Fachvirologen“. Diese Zertifikate berechtigen jedoch nicht zur Durchführung ärztlicher Tätigkeiten, zu denen der „direkte und indirekte Nachweis eines Krankheitserregers für die Feststellung einer Infektion oder übertragbaren Krankheit“ (gemäß § 24 IfSG) gehört. Damit besteht in Deutschland ein Arztvorbehalt für die gesamte labormedizinische Infektionsdiagnostik sowie für die daraus sich ergebenden gesetzlichen Melde- bzw. Übermittlungspflichten bei Infektionskrankheiten. Die Zertifikate berechtigen nicht zur selbständigen Befundung oder ärztlichen Beratung im Rahmen der Labordiagnostik, in diesem Bereich tätige Fachmikrobiologen oder Fachvirologen sind durch keine sonst üblicherweise bestehende ärztliche Berufshaftpflichtversicherung vor Haftungsansprüchen bei fehlerhafter Tätigkeit abgesichert.
In der folgenden Übersicht werden die medizinisch relevanten Bakterien in einer pragmatischen Einteilung dargestellt. Diese Einteilung entspricht nicht der zurzeit gültigen Taxonomie auf phylogenetischer Grundlage.
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