Nach dem Besuch der Dorfschule in Haale musterte Kröger wahrscheinlich 1872 in Breiholz als Schiffsjunge an. Von der Seekrankheit geplagt, kehrte er der Seefahrt schnell wieder den Rücken zu und begann 1873 eine Lehre bei Zimmermeister Göttsche in Vaasbüttel. Nach der Ausbildung besuchte Kröger 1875/76 das Wintersemester die Vorklasse IV der Baugewerkschule in Eckernförde, die für Schüler ohne Abschluss an einer weiterführenden Schule eingerichtet wurde. Nach Durchlaufen der ersten drei Klassen fand er im Sommer 1878 eine Anstellung bei einem Zimmermeister in der Schweiz. Die 1. Klasse der Bautechnikerschule in Eckernförde absolvierte er im Sommer 1880 und bestand die Abschlussprüfung "mit Auszeichnung".
Danach arbeitete er als Bautechniker in einer Bauabteilung des Kriegsministeriums in Hamburg-Altona, bevor ihn der bekannte Architekt Johannes Otzen 1882 in sein Büro nach Berlin holte. Nach einer Zusammenarbeit mit Hans Abesser von 1888 bis 1893 im Architekturbüro Abesser & Kröger arbeitete Jürgen Kröger danach ohne Partner selbständig in Berlin und erstellte in den folgenden Jahrzehnten vor allem zahlreiche evangelische Kirchen, zu Beginn bevorzugt im neogotischen Stil. Zu seinen größten Erfolgen zählte der Bau des Hauptbahnhofes von Metz und der neuen Oberpostdirektion von Metz. Kaiser Kaiser WilhelmII. ernannte Kröger zum kaiserlichen Baurat. Nach ihrem Studium arbeiteten Peter Jürgensen und Jürgen Johannes Bachmann von 1898 bis 1902 im Büro Jürgen Krögers mit. Beide waren danach zwischen 1903 und 1918 im bekannten Berliner Architekturbüro Jürgensen & Bachmann assoziiert[1].
Verheiratet war Jürgen Kröger mit Friederike Boie. Die Ehe blieb kinderlos. Nach dem Ersten Weltkrieg zog Jürgen Kröger zurück in seine Heimat und ließ sich in Innien nieder, um seinen Ruhestand zu genießen. Durch die Inflation hatte er einen Großteil seines Vermögens verloren und setzte sich erneut ans Reißbrett. Er entwarf neben Wohn- und Bauernhäusern auch die Ehrenmale in Gnutz und Aukrug-Innien. 1923 baute Kröger den Kirchturm in Innien, sein 25. Turmbau. Es folgten noch die Wohnhäuser von Timm Kröger und Wilhelm Kröger in Elmshorn. Am 27. Februar 1928 starb Jürgen Kröger im Alter von 72 Jahren.
1892: Landhaus für eine Familie in der Villenkolonie, Berlin Charlottenburg-Wilmersdorf, Stadtteil Grunewald, Wettbewerbsentwurf (kein Preis, aber Vereinsandenken), nicht ausgeführt (in Zusammenarbeit mit Architekt Hans Abesser)[2]
1892: Wettbewerb, ausgeführt 1893–1895: Markuskirche, Theodor-Körner-Platz, Chemnitz-Sonnenberg (gemeinsam mit Hans Abesser)
1892–1894 (–1896?): Lutherkirche, Lutherstraße, Breslau (1945 von der Wehrmacht gesprengt)
1893/1894: Wettbewerb, ausgeführt 1895–1897: Trinitatiskirche, Lutherplatz, Riesa a. d. Elbe
1894: Wettbewerbsentwurf für die Christuskirche in Mainz (gemeinsam mit Johannes Otzen, preisgekrönt, nicht ausgeführt)
1895: Wettbewerbsentwurf für das Rathaus in Stuttgart (geehrt)
1895: Kriegerdenkmal für die Gefallenen der Einigungskriege 1864, 1866 und 1870/71, Salzwedel (1901 enthüllt)
1897: Wettbewerbsentwurf für ein Bismarck-Nationaldenkmal in Schleswig-Holstein (2. Preis)
Architekten- und Ingenieur-Verein zu Berlin (Hrsg.): Berlin und seine Bauten. Teil 6: Sakralbauten. Ernst & Sohn, Berlin 1997, ISBN 3-433-01016-1.
Dombrowsky, Helma und Liss-Walther, Joachim: ... und Ansgar lächelte: 100 Jahre Ansgarkirche Kiel. Festschrift, Lutherische Verlagsgesellschaft, S. 20–23, 2003, ISBN 978-3-87503-110-2
Peter Genz: Jürgen Kröger – Ein Architekt zwischen Historismus und Vormoderne. In: Nordelbingen. 72, 2003, ISSN0078-1037, S. 131–160 (Auch Sonderdruck).
Landesamt für Denkmalpflege Sachsen (Hrsg.): Stadt Leipzig. Teil: Heinrich Magirius: Die Sakralbauten. Mit einem Überblick über die städtebauliche Entwicklung von den Anfängen bis 1989. Band 2. Deutscher Kunstverlag, München 1995, ISBN 3-422-00568-4 (Die Bau- und Kunstdenkmäler von Sachsen.), (zur Taborkirche siehe: S. 1265ff.).
Barbara Löwe: 100 Jahre Brüderkirche Altenburg. Beier und Beran, Langenweißbach 2005, ISBN 3-937517-21-9, (Der kleine sakrale Kunstführer. Heft 9).
Hartmut Mai: Kirchen in Sachsen. Vom Klassizismus bis zum Jugendstil. Koehler & Amelang, Leipzig u. a. 1992, ISBN 3-7338-0081-8.
n.n.: Von der Haaler Dorfschule zum kaiserlichen Baurat. In: Landeszeitung. 27. April 2006.
Georg Reimer: Die Geschichte des Aukrugs. Herausgegeben von Heinrich Bünger. 3. erweiterte Auflage. Verlag Möller Söhne, Rendsburg 1978.
Heinrich Asmus, Werner Hauschildt, Peter Höhne: Fortschreibung von „Die Geschichte des Aukrugs“. ab 1978 und Nachträge. Schmidt & Klaunig, Aukrug u. a. 1995.