Zakladatelem rakouských Habsburků byl Ferdinand I. Habsburský, kterému jeho bratr Karel V., poté co se stal španělským králem a římskoněmeckým císařem, přenechal roku 1522 vládu v Rakouských zemích. Po smrti Ludvíka Jagellonského, si jako manžel dědičky českého království a Uher nárokoval korunu. Jeho nároky byly zamítnuty, ale na základě svobodné volby panovníka byl přece jen v Čechách zvolen. O uherskou korunu se musel zpočátku dělit s Janem Zápolským, který byl zvolen větším počtem uherských stavů. Od roku 1531 byl také římskoněmeckým králem a v roce 1556 po abdikaci bratra Karla, se stal císařem. Dal tak základ Habsburské monarchii vládnoucí v Říši do roku 1740, kdy vymřela císařem Karlem VI. celá habsburská dynastie po meči.
Po císařově smrti se dědicem Habsburků stala lotrinská respektive habsbursko-lotrinská dynastie, vládnoucí až do roku 1918.
V následujícím seznamu jsou tučným písmem vyznačeni císaři Svaté říše římské
- Ferdinand I. Habsburský (1503–1564), císař Svaté říše římské, král uherský a český ∞ 1521 Anna Jagellonská
- Alžběta (1526–1545), ∞ 1543 král Zikmund II. August
- Maxmilián II. (1527–1576), císař Svaté říše římské, král uherský a český ∞ 1548 infantka Marie Španělská
- Anna (1549–1580) ∞ 1570 španělský a portugalský král Filip II. (I.)
- Ferdinand (1551–1552)
- Rudolf II. (1552–1612), císař Svaté říše římské
- Arnošt (1553–1595), nizozemský místodržitel
- Alžběta (1554–1592) ∞ 1570 francouzský král Karel IX.
- Marie (1555–1556)
- Matyáš (1557–1619), císař Svaté říše římské ∞ 1611 arcivévodkyně Anna
- syn (*/ 1557)
- Maxmilián III. (1558–1618), velmistr řádu německých rytířů
- Albrecht VII. (1559–1621), portugalský vicekrál a nizozemský místodržitel ∞ 1599 španělská infantka Isabela
- Václav (1561–1578)
- Fridrich (1562–1563)
- Marie (*/† 1564)
- Karel (1565–1566)
- Markéta (1567–1633), jeptiška
- Eleonora (1568–1580)
- Anna (1528–1590) ∞ 1546 bavorský vévoda Albrecht V.
- Ferdinand II. Tyrolský (1529–1595)
- Ondřej (Andreas) (1558–1600), biskup a kardinál
- Karel (1560–1618), markrabě breisgavský
- Marie (1562–1563)
- Filip (1562–1563)
- Anna Eleonora (1583–1584)
- Marie (1584–1649)
- Anna (1585–1618), ∞ 1611 Matyáš Habsburský, římskoněmecký císař, český a uherský král
- Marie (1531–1581) ∞ 1546 vévoda z Julichu-Kleve-Bergu Vilém Bohatý
- Magdalena (1532–1590), zakladatelka (1563) a představená ústavu šlechtičen v tyrolském Hallu
- Kateřina (1533–1572), vévodkyně z Mantovi-Montferratu a pozdější polská královna
- Eleonora (1534–1594) ∞ 1549 vévoda z Mantovi-Montferratu Vilém I. Gonzaga
- Markéta (1536–1566), od roku 1563 jeptiška v Hallu
- Jan (1538–1539)
- Barbora (1539–1572) ∞ 1565 modenský vévoda Alfons II. d'Este
- Karel II. Štýrský (1540–1590) ∞ 1571 Marie Anna Bavorská, (Karlova neteř)
- Ferdinand (1572–1572)
- Anna (1573–1598) ∞ 1592 Zikmund III. Vasa, polský a švédský král
- Marie Kristina (1574–1621) ∞ 1595 sedmihradský vévoda Zikmund Báthory
- Kateřina Renata (1576–1599)
- Alžběta (1577–1586)
- Ferdinand II. (1578–1637), císař Svaté říše římské
- Kristýna (*/† 1601)
- Karel (*/† 1603)
- Jan Karel (1605–1619)
- Ferdinand III. (1608–1657), císař Svaté říše římské
- Ferdinand IV. (1633–1654), římskoněmecký král
- Marie Anna (1634–1696) ∞ 1649 španělský a portugalský král Filip IV. (III.) (1605–1665)
- Filip August (1637–1639)
- Maxmilián Tomáš (1638–1639)
- Leopold I. (1640–1705), císař Svaté říše římské
- Ferdinand Václav (1667–1668)
- Marie Antonie (1669–1692) ∞ 1685 bavorský kurfiřt Max Emanuel
- Jan Leopold (1670–1670)
- Marie Anna Antonie (1672–1672)
- Anna Marie Sofie (1674–1674)
- Marie Josefa Klementina (1675–1676)
- Josef I. (1678–1711) ∞ 1699 Amálie Vilemína Brunšvicko-Lüneburská
- Marie Josefa (1699–1757) ∞ 1719 August III., polský král
- Leopold Josef (1700–1701), zemřel na vodnatelnost mozku.
- Marie Amálie (1701–1756) ∞ 1722 Karel VII. Albrecht, římský císař
- Kristýna (1679–1679)
- Marie Alžběta (1680–1741), nizozemská místodržitelka
- Leopold Josef (1682–1684)
- Marie Anna Josefa (1683–1754) ∞ 1708 portugalský král Jan V.
- Marie Terezie (1684–1696)
- Karel VI. (1685–1740), císař Svaté říše římské ∞ 1708 Alžběta Kristýna Brunšvicko-Wolfenbüttelská
- Leopold Jan (*/† 1716)
- Marie Terezie (1717–1780), královna česká a uherská, od roku 1736 manželka císaře Františka I. Štěpána Lotrinského
- Marie Anna (1718–1744), ∞ 1744 Karel Alexandr Lotrinský
- Marie Amálie (1724–1730)
- Marie Josefa (1687–1703)
- Marie Magdalena (1689–1743), arcivévodkyně
- Marie Markéta (1690–1691)
- Marie (*/† 1646)
- Karel Josef (1649–1664), velmistr Řádu německých rytířů
- Tereza Marie Josefa (1652–1653)
- Eleonora Marie Josefa (1653–1697), polská královna a lotrinská vévodkyně
- Marie Anna Josefa (1654–1689) ∞ 1678 kurfiřt Jan Vilém Falcký (1658–1716)
- Ferdinand Josef Alois (1657–1658)
- Marie Anna (1610–1665) ∞ 1635 bavorský kurfiřt Maxmilián I.
- Cecílie Renata (1611–1644) ∞ 1637 polský král Vladislav IV. Vasa
- Leopold I. Vilém (1614–1662), nizozemský místodržitel
- Karel (1579–1580)
- Gregoria Maximiliana (1581–1597)
- Eleonora (1582–1620)
- Maxmilián Arnošt (1583–1616), velmistr Řádu německých rytířů
- Markéta (1584–1611), ∞ 1599 Filip III., španělský král
- Leopold V. Tyrolský (1586–1632), pasovský biskup, tyrolský arcivévoda
- Marie Eleonora (1627–1629)
- Ferdinand Karel Tyrolský (1628–1662) ∞ 1646 Anna Medicejská
- Klaudie Felicitas Tyrolská (1653–1676) ∞ 1673 Leopold I. Habsburský
- dcera (*/ 1654)
- Marie Magdalena (1656–1669)
- Isabella Klára Tyrolská (1629–1685) ∞ 1649 Karel III. Gonzaga
- Zikmund František Tyrolský (1630–1665), biskup augsburský
- Marie Leopoldina Tyrolská (1632–1649) ∞ 1648 císař Ferdinand III. Habsburský
- Konstance (1588–1631), polská královna ∞ 1605 Zikmund III. Vasa, polský a švédský král
- Marie Magdalena (1589–1631), ∞ 1608 toskánský velkovévoda Cosimo II. de Medici
- Karel (1590–1624), pohrobek, biskup vratislavský a brixenský
- Uršula (1541–1543)
- Helena (1543–1574), jeptiška v Hallu
- Johana (1547–1578) ∞ 1565 toskánský velkovévoda František I. Medicejský