La seu episcopal és la ciutat de Savona, on es troba la catedral de l'Assunció de Maria Verge. A Noli es troba la cocatedral de Sant Pere. A més, a la diòcesi hi ha tres basíliques menors més: Nostra Signora della Misericordia a Savona, San Giovanni Battista i San Biagio a Finale Ligure. A Noli també es troba la catedral de San Paragorio.
El territori de la diòcesi està dividit en cinc vicariats,[1] d'Albisola-Stella, Finale Ligure-Noli, Savona, Vado Ligure, Varazze, on hi ha 71 parròquies:
tres a la ciutat metropolitana de Gènova al municipi de Cogoleto.
La diòcesi de Savona va ser erigida al seglex, com una continuació de l'antic bisbat de Vado, els orígens del qual són desconeguts: per a molts historiadors Benedetto, que va assistir al sínode romà del 680, és el primer bisbe conegut de Vado. Va ser bisbe Bernardo el primer a establir fermament la seva seu a Savona; a aquest bisbe l'emperador Otó III el 992 li va confirmar tots els territoris i possessions de la seva Església.Originalment, la diòcesi era sufragània de l'arxidiòcesi de Milà.
El 1239 es va erigir la diòcesi de Noli amb la butlla In sacra Petri del Papa Gregori IX,[2] amb territori desmembrat de la diòcesi de Savona. La diòcesi de Noli va ser originalment sufragània de l'arxidiòcesi de Gènova i es va unir aeque principaliter la diòcesi de Brugnato: Guglielmo Contardi, bisbe de Brugnato, també va esdevenir el primer bisbe de Noli. Però la unió no va durar molt. De fet, el 13 d'agost de 1245 en virtut de la butlla Cum olim del Papa Innocenci IV es va dissoldre la unió i per compensar les baixes rendes de la nova diòcesi, va ser suprimit el monestir de Sant Eugeni i els seus ingressos van ser assignats a la taula del bisbe.
El 1327 el bisbe Federico Aliments va colpejar amb l'interdicte la ciutat de Savona, on les disputes entre güelfs i gibel·lins havien escalat en violència oberta. El interdicte va durar fins al 1336, quan el Papa Benet XII el va treure, tot i que la violència no havia disminuït en el interí. El 24 de gener de 1502 la diòcesi de Savona i Noli es van unir aeque principaliter per un curt temps, ja que en 1503 va ser elegit administrador apostòlic per Noli.
El 1536 la Mare de Déu suposadament es va aparèixer al jove camperol Antonio Botta el 18 de març i el 8 d'abril. Al lloc de les suposades aparicions es va erigir el santuari de Nostra Senyora de la Misericòrdia.
El 1545 es va demolir l'antiga catedral de Savona i un convent per donar pas a una fortalesa. Provisionalment es va triar com a catedral l'església de Sant Paolo. El 1550 el capítol va prendre possessió de l'església de Sant Francesc, oficiada pels franciscans, mentre que els frares estaven absents. L'església va esdevenir la nova catedral, tot i les queixes dels franciscans.
El 1572 el bisbe de Noli Leonardo Trucco va traslladar la catedral de l'antiga església de Sant Paragonio a la de Sant Pere. El 5 d'abril de 1806, la diòcesi de Savona va esdevenir part de la província eclesiàstica de l'arxidiòcesi de Gènova. Les dues diòcesis s'uneixen de nou aeque principaliter el 25 de novembre de 1820 amb la butlla Dominici gregis del Papa Pius VII. El 30 de setembre de 1986, de conformitat amb el Decret Instantibus votis de la Congregació per als Bisbes, es va establir la unió plena de les dues diòcesis i la nova circumscripció eclesiàstica va assumir el seu nom actual.
Pietro Gara, O.P. † (16 de setembre de 1472 - 1499 renuncià)
Giuliano della Rovere † (20 de setembre de 1499 - 24 de gener de 1502 nomenat bisbe de Vercelli, posteriorment elegit papa amb el nom de Juli II) (administrador apostòlic)
Galeotto della Rovere † (24 de gener de 1502 - 1504 renuncià)
Giacomo Giuppo della Rovere † (6 de març de 1504 - 1510 mort)
Raffaele Riario † (5 de desembre de 1511 - 9 d'abril de 1516 renuncià) (administrador apostòlic)
Tommaso Riario † (9 d'abril de 1516 - 30 de juny de 1528 mort)