UCKL1

Uridin-citidin kinazoiki protein 1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom UCKL1.^[5]

UCKL1
Identifikatori
Aliasi	UCKL1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 610866 MGI: 1915806 HomoloGene: 101414 GeneCards: UCKL1
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 20 (čovjek)[1] Bend 20q13.33 Početak 63,939,829 bp[1] Kraj 63,956,416 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 2 (miš)[2] Bend 2|2 H4 Početak 181,210,942 bp[2] Kraj 181,226,685 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • aktivnost sa transferazom • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • ATP binding • kinase activity • uridine kinase activity Ćelijska komponenta • citoplazma • jedro • citosol Biološki proces • metabolizam • GO:0022415 viral process • pyrimidine nucleobase metabolic process • UMP salvage • CTP salvage • Fosforilacija • nucleoside metabolic process • pyrimidine nucleoside salvage Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	54963	68556
Ensembl	ENSG00000198276	ENSMUSG00000089917
UniProt	Q9NWZ5	Q91YL3
RefSeq (mRNK)	NM_001193379 NM_017859 NM_001353475 NM_001353476 NM_001353477 NM_001353478 NM_001353479 NM_001353480 NM_001353481 NM_001353482	NM_026765 NM_001379005
RefSeq (bjelančevina)	NP_001180308 NP_060329 NP_001340404 NP_001340405 NP_001340406 NP_001340407 NP_001340408 NP_001340409 NP_001340410 NP_001340411	NP_081041 NP_001365934
Lokacija (UCSC)	Chr 20: 63.94 – 63.96 Mb	Chr 2: 181.21 – 181.23 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Kloniranje i ekspresija

Pomoću 2-hibridnog skrininga kvašćeve biblioteke limfoblastoidne cDNK s jedarnim antigenom-Epstein-Barr virusom (EBV) (EBNA3) kao mamcem, nakon čega i PCR analiza srčane biblioteke cDNK, Kashuba et al. (2002) klonirali su UCKL1, koji su nazvali F538. Izvedeni protein UCKL1 sadrži 548 aminokiselina. Njegova polovina na N-terminalu ima mjesto vezanja za ATP/GTP i dijeli sličnost s uridin kinazom-1 (UCK1; 609328) i UCK2 (609329), a njegova polovina s C-terminalm dijeli sličnost s uracil-fosforiboziltransferazama. Također su klonirali prerađenu varijantu UCKL1, kojoj nedostaje dio egzona 11. Ova varijanta kodira protein od 395 aminokiselina kojem nedostaje C-terminalna uracil-fosforiboziltransferazna regija. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju 2,4-kb transkripta UCKL1. Fluorescentna mikroskopija pokazala je citoplazmatsku lokalizaciju UCKL1 u transficiranim ćelijama bubrega majmuna.^[6]

Funkcija gena

Putem 2-hibridne analize kvasca i testovima vezivanja in vitro, Kashuba et al. (2002) pokazali su da je UCKL1 komunicirao s EBNA3, jedarnim antigenom povezanim s EBV transformacijom. EBNA3 je inducirao translokaciju UCKL1 iz citoplazme u jedro, u transficiranim ćelijama bubrega majmuna, a translokacija je ovisila o C-kraju UCKL1. Zaključili su da je UCKL1 dio puta spašavanja ribonukleotida i sugerirali da jedarna ekspresija UCKL1 izazvana EBNA3 može doprinijeti akumulaciji UTP, neophodnoj za transformaciju eksplozije i brzu proliferaciju.

Analizom 2-hibridnih kvasca, imunoprecipitacijom i analizama mutacija, Fortier i Kornbluth (2006) otkrili su da su prstenasti prsti molekule povezanih sa NKLAM ili IBRDC3, u interakciji s URKL1 u ljudskim embrionskim ćelijama bubrega. Interakcija je rezultirala smanjenim nivoom proteina i povećanom ubikvitinacijom URKL1. Konfokalna mikroskopija pokazala je da su URKL1 lokalizirani u jedru, a NKLAM u citosolu, u blizini vanjske membrane kada su transficirani sami. Međutim, kotransfekcija URKL1 i NKLAM rezultirala je njihovom kolokalizacijom u citosolu. Zaključili su da je URKL1 supstrat za NKLAM, E3 ligazu.^[7]

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MAAPPARADA		DPSPTSPPTA		RDTPGRQAEK		SETACEDRSN		AESLDRLLPP
VGTGRSPRKR		TTSQCKSEPP		LLRTSKRTIY		TAGRPPWYNE		HGTQSKEAFA
IGLGGGSASG		KTTVARMIIE		ALDVPWVVLL		SMDSFYKVLT		EQQQEQAAHN
NFNFDHPDAF		DFDLIISTLK		KLKQGKSVKV		PIYDFTTHSR		KKDWKTLYGA
NVIIFEGIMA		FADKTLLELL		DMKIFVDTDS		DIRLVRRLRR		DISERGRDIE
GVIKQYNKFV		KPSFDQYIQP		TMRLADIVVP		RGSGNTVAID		LIVQHVHSQL
EERELSVRAA		LASAHQCHPL		PRTLSVLKST		PQVRGMHTII		RDKETSRDEF
IFYSKRLMRL		LIEHALSFLP		FQDCVVQTPQ		GQDYAGKCYA		GKQITGVSIL
RAGETMEPAL		RAVCKDVRIG		TILIQTNQLT		GEPELHYLRL		PKDISDDHVI
LMDCTVSTGA		AAMMAVRVLL		DHDVPEDKIF		LLSLLMAEMG		VHSVAYAFPR
VRIITTAVDK		RVNDLFRIIP		GIGNFGDRYF		GTDAVPDGSD		EEEVAYTG

Reference

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198276 - Ensembl, maj 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000089917 - Ensembl, maj 2017
3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
5. "Entrez Gene: UCKL1 uridine-cytidine kinase 1-like 1".
6. Kashuba, E., Kashuba, V., Sandalova, T., Klein, G., Szekely, L. Epstein-Barr virus encoded nuclear protein EBNA-3 binds a novel human uridine kinase/uracil phosphoribosyltransferase. BMC Cell Biol. 3: 23, 2002. Note: Electronic Article. [PubMed]: 12199906
7. Fortier, J. M., Kornbluth, J. NK lytic-associated molecule, involved in NK cytotoxic function, is an E3 ligase. J. Immun. 176: 6454-6463, 2006. [PubMed]: 16709802.

Dopunska literatura

• Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA, et al. (2006). "A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization". Nat. Biotechnol. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038/nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Kashuba E, Kashuba V, Sandalova T, et al. (2002). "Epstein-Barr virus encoded nuclear protein EBNA-3 binds a novel human uridine kinase/uracil phosphoribosyltransferase". BMC Cell Biol. 3: 23. doi:10.1186/1471-2121-3-23. PMC 126255. PMID 12199906.
• Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J, et al. (2002). "The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20". Nature. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038/414865a. PMID 11780052.
• Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
• Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.