Epitop

Epitop, koji je poznat i kao antigenska determinanta (antigenska odrednica), dio je antigena koji je je prepoznatljiv od strane imunog sistema, posebno od strane antitijela, B ćelija ili T ćelija. Na primjer, epitop je specifični dio antigena koji se spaja sa antitijelom u tvorevinu antigen-antitijelo. Dio antitijela koji se veže za epitop zove se paratop. Iako epitopi obično nisu samo proteini, sekvence odgovora domaćina mogu ih prepoznati (kao u slučaju autoimunih bolesti).^[1]

Na osnovu njihove strukture i interakcije sa paratopom, epitopi proteinskih antigena su podijeljeni u dvije kategorije:

• konformacijski epitopi i
• linearne epitopi.

Konformacijski epitop se sastoji od diskontinuiranih dijelova aminokiselinskih sekvenci. Ovi epitopi ulaze u interakciju sa paratopima na osnovu 3-D oblika i funkcije površine ili tercijarne strukture antigena. Relativni udio konformacionih epitopa u ukupnoj količini epitopa je nepoznat.

Nasuprot tome, linearne epitopi ragiraju sa paratopima na osnovu njihove primarne strukture. Linearni epitop se formira kontinuirani m slijedom aminokiselina u antigenu.

Epitopi T ćelije

Epitop T ćelije se ispoljavaju na površini antigen prezentirajuće ćelije, gdje su vezani u molekule Glavnog kompleksa histokompatibilnosti (MHC]). Molekule epitopa u MHC klasi I sadrže obično između 8 i 11 aminokiselinskih peptida, dok molekule MHC klase II imaju više peptida: 13-17 aminokiselina u dužini, a i ne-klasične MHC molekule su prisutne u ne-peptidskime pitopima kao što glikolipidi.^{[2] [3][4]}

Mapiranje epitopa

Epitopi mogu biti mapirani pomoću proteinskih mikrozračenja i ELISPOT ili ELISA tehnikom.

Epitopi MHC klase I i II mogu se pouzdano predvidjeti i samo računarskim tehnikama, iako sve takve procjene algoritama T ćelijskih epitopa nisu ekvivalentni njihovoj tačnosti.

Oznake (tagovi) epitopa

Epitopi se često koriste u proteomici i proučavanju drugih genskih proizvoda. Pomoću tehnika rekombinantne DNK genetičke sekvence kodiranja epitopa koje su prepoznate od zajedničkog antitijela mogu biti spojeni na genu. Nakon sinteze proteina, rezultirajući tag epitopa omogućava antitijelu pronaći protein ili drugi genski proizvoda , što omogućavaju laboratorijske tehnike za lokalizaciju, pročišćavanje i daljnje molekulske karakterizacije. Zajednički epitopi koji se koriste za ovu svrhu su Myc-tag, HA-tag, FLAG-tag, GST-tag, 6xHispitope tag, koji postižu ireverzibilnu imobilizaciju.

Reference

1. Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.
2. Alberts B. (2002): Molecular Biology. Garland Science, New York
3. Lawrence E. (1999): Henderson's Dictionary of biological terms. Longman Group Ltd., London, ISBN 0-582-22708-9.
4. Alberts B. et al. (1983): Molecular biology of the cell. Garland Publishing, Inc., New York & London, ISBN 0-8240-7283-9.

Također pogledajte

• Paratop
• Mapiranje epitopa
• Izotip

Vanjski linkovi

Vanjski linkovi

• Antigeni se mogu vezati u džepovima ili žljebovima ili proširenim površinama u mjestu vezivanja antitijela
• Lbtope: Poboljšani metod za linearne B-ćelijske epitope. Predikcija pomoću ntigenske primarne sekvence.PLoS ONE 8(5): e62216
• BCEP: Predikcija proteina B-ćelijskih epitopa pomoću 3D struktura.

Baze podataka za epitope

• MHCBN: A database of MHC/TAP binder and T-cell epitopes
• Bcipep: A database of B-cell epitopes
• SYFPEITHI - First online database of T cell epitopes
• IEDB - Database of T and B cell epitopes with annotation of recognition context - NIH funded
• ANTIJEN - T and B cell epitope database at the Jenner institute, UK
• IMGT/3Dstructure-DB - Three-dimensional structures of B and T cell epitopes with annotation of IG and TR - IMGT, Montpellier, France
• SEDB: A Structural Epitope Database- Pondicheery University, DIT funded Arhivirano 2. 4. 2015. na Wayback Machine
• Epitopes na US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)