ZFP64

Izoforme 1 i 2 homologa 64 cinkovog prsta su proteini koji su kod ljudi kodirane genom ZFP64.^[5][6]

ZFP64
Dostupne strukture PDB Pretraga ortologa: PDBe RCSB Spisak PDB ID kodova 1X5W, 2DMD
Identifikatori
Aliasi	ZFP64
Vanjski ID-jevi	OMIM: 618111 MGI: 107342 HomoloGene: 7604 GeneCards: ZFP64
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 20 (čovjek)[1] Bend 20q13.2 Početak 52,051,663 bp[1] Kraj 52,204,308 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 2 (miš)[2] Bend 2 H3|2 88.99 cM Početak 168,735,251 bp[2] Kraj 168,797,507 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • vezivanje iona metala • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding Ćelijska komponenta • jedro • histone methyltransferase complex Biološki proces • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • Regulacija ekspresije gena Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	55734	22722
Ensembl	ENSG00000020256	ENSMUSG00000027551
UniProt	Q9NTW7	Q99KE8
RefSeq (mRNK)	NM_018197 NM_022088 NM_199426 NM_199427 NM_001319146	NM_009564 NM_001369059 NM_001370946
RefSeq (bjelančevina)	NP_001306075 NP_060667 NP_071371 NP_955458 NP_955459 NP_955459.2 NP_001306075.1	NP_033590 NP_001355988 NP_001357875
Lokacija (UCSC)	Chr 20: 52.05 – 52.2 Mb	Chr 2: 168.74 – 168.8 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Kloniranje i ekspresija

Upotrebom 2-hibridnog snimka kvasca za identifikaciju interaktora unutarćelijskog domena (NICD) miša Notch1 (190198), Sakamoto et al. (2008) klonirali su miša Zfp64. Analizom baze podataka identificirali su četiri prerađene varijante miša i čovjeka ZFP64. Kod čovjeke, varijante kodiraju izoforme A do D, koje sadrže 681, 627, 679, odnosno 645 aminokiselina.^[7]

U usporedbi s ostalim, izoforma D ima jedinstveni C-kraj, izveden iz intragenske genomske duplikacije. Izoforme A do C imaju ili devet ili 10 motiva cinkovog prsta tipa C2H2, dok izoform D ima 13. Područje koje sadrži cinkove prste 7 do 9 izoforme D ima strukturu sličnu strukturi SPF1 transkripcijskog represora. Imunohistokemijska analiza pokazala je da se mišji Zfp64 lokalizirao u jedru u transficiranih U2OS ćelija. In situ hibridizacija embriona miša i kokoši pokazala je ekspresiju Zfp64 u subepitelnim ćelijama mezenhima, uključujući somite i pupoljke udova, tokom ranog razvoja. U kasnijem razvoju, ekspresija Zfp64 bila je gotovo sveprisutna, uključujući dermne bazne ćelije i subepitelne mezenhimske ćelije dermisa, satelitske ćelije, osteoblaste, hipertrofirane hondrocite. a slabe u prugastim mišićima. RT-PCR analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju Zfp64 kod odraslog miša, a Northern blot analiza potvrdila je ekspresiju u mozgu, slezeni, jetri i srcu. RT-PCR pokazao je ekspresiju ZFP64 u fibroblastnim, miogenim, hondrogenim i osteogenim mezenhimskim ćelijskim linijama miša i čovjeka. Wang et al. (2013) izvijestili su da je ZFP64 protein cinkovog prsta Kruppel C2H2. RT-PCR je pokazao da se Zfp64 sveprisutno eksprimirao u normalnim tkivima miša, uključujući imunske organe. Među hematopoetskim ćelijama miša, ekspresija Zfp64 bila je visoka u peritoneumskim makrofagima, B-ćelijama i ćelijama prirodnih ubica.^[8]

Funkcija gena

Korištenjem 2-hibridnih testova kvasca, imunoprecipitacije i Western blot analize, Sakamoto et al. (2008) potvrdili su da su sve izoforme miša Zfp64 u interakciji s regijom miša NICD koja sadrži PEST. Endogeni ZFP64 je u transficiranim U2OS ćelijama također komunicirao s PEST domenom mišjeg NICD-a. Western blot analiza pokazala je da je Zfp64 lokaliziran u jedru kad se eksprimira sam, uglavnom u citoplazmi kada se koeksprimira s NICD, a najviše u jedru kada se koeksprimira s NICD i Csl (RBPJ), faktorom vezanja DNK koji asocira na NICD. Analize luciferaze i RT-PCR u U2OS ćelijama pokazale su da mišji Zfp64 transaktiviran Notch1 ciljama Hes1 i Hey1, na način koji ovisi o dozi, s dvostrukom indukcijom koja ostaje 24 sata nakon stimulacije. Ova aktivacija bila je aditivna onoj NICD-a.

Analiza imunoprecipitacije hromatina (ChIP) -PCR pokazala je da se Zfp64 specifično vezao za promotore Hes1 i Hey1. U analizi in silico i testovi luciferaze pokazali su da je ekspresija ZFP64 regulirana vezanjem RUNX2 na OSE2 elemente u ljudskom ZFP64 promotoru. Western blot analiza pokazala je da je ekspresija mišjeg Zfp64 dovela do redukcije sarkomernog aktina-alfa , aktina glatkih mišića i dezmina , te da su se nivoi aktina i dezmina dalje smanjivali nakon koekspresije Zfp64 i NICD. Ekspresija Zfp64 također je inhibirala stvaranje miotubala u ćelijama C2C12, dok je nokdaun Zfp64 doveo do povećanja ekspresije Mef2C i MyoD, što sugerira da Zfp64 blokira miogenu diferencijaciju. Suprotno tome, ekspresija Zfp64 povećala je alkalnu fosfatazu (ALP), Col1a1, osteokalcin (BGLAP) i ekspresiju osteopontina (SPP1), a Zfp64 smanjivao ekspresiju ovih faktora, što sugerira da Zfp64 promovira osteoblastnu diferencijaciju. Eksperimenti transfekcije u HDC ćelijama pokazali su da je Hes1 posredovao Zfp64 usmjerenu regulaciju Col1a1 i osteopontina, ali ne i ALP ili osteokalcina.

Koristeći RNA sekvenciranje i RT-PCR, Wang et al. (2013) otkrili su da je ekspresija Zfp64 miša povećana nakon stimulacije ligandima TLR, ali da ekspresija Zfp64 nije uticala na ekspresiju Tlr3, Tlr4 ili Tlr9. Transfekcija Zfp64, regulirana putem TL-, MyD88- i Trif posredovane proizvodnje proupalnog TNF-alfa, Il6 i interferona-beta , ali ne i protivupalnog Il10 ili Il12, u mišjim peritoneumskim makrofazima. Utišavanje Zfp64 nije uticalo na fosforilaciju Tak1, Tbk1 ili Irak4 , aktiviranog TLR-om, ali je potisnulo aktivaciju Erk1, Erk2 , Jnk1, Jnk2 i p38. ERK inhibitor nije promijenio efekte Zfp64 na ekspresiju TNF-alfa ili Il6, što sugerira da učinak Zfp64 na proupalne citokine možda ne ovisi o aktivaciji MAPK. Nokdaunski Zfp64 nije uticao na fosforilaciju Ikbe, RelA/p65 ili Irf3, što sugerira da Zfp64 ne utiče na aktivaciju transkripcije NFKB ili IFNB. Kotransfekcija Zfp64 sa MyD88 ili Trif, ali ne i sa Il1b (147720) ili TNF-alfa, značajno je povećala aktivnost reportera NFKB u ćelijama HEK293T. Wang et al. (2013) zaključili su da Zfp64 selektivno poboljšava aktiviranje NFKB-a aktivirano TLR-om. ChIP testovi pokazali su da se Zfp64 vezuje za promotore TNF-alfa, Il6 i IFNB u TLR makrofazima stimuliranim ligandom, ali ne i neliječenim. Analize imunoprecipitacije pokazale su da se Zfp64 veže za p65 podjedinicu NFKB i da je za ovu interakciju potrebna acetilacija p65. Zfp64 je pojačao aktivaciju TNF-alfa, Il6 i IFNB p65 i regrutacijom p65 ovim promotorima ciljnih gena. Koristeći koimunoprecipitaciju, luciferazu i ChIP testove, Watanabe et al. (2016) pokazali su da je ZFP64 komunicirao sa ZNF70, da bi povećao ekspresiju HES1 vezanjem za promotor HES1.^[9]

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MNASSEGESF		AGSVQIPGGT		TVLVELTPDI		HICGICKQQF		NNLDAFVAHK
QSGCQLTGTS		AAAPSTVQFV		SEETVPATQT		QTTTRTITSE		TQTITVSAPE
FVFEHGYQTY		LPTESNENQT		ATVISLPAKS		RTKKPTTPPA		QKRLNCCYPG
CQFKTAYGMK		DMERHLKIHT		GDKPHKCEVC		GKCFSRKDKL		KTHMRCHTGV
KPYKCKTCDY		AAADSSSLNK		HLRIHSDERP		FKCQICPYAS		RNSSQLTVHL
RSHTGDAPFQ		CWLCSAKFKI		SSDLKRHMRV		HSGEKPFKCE		FCNVRCTMKG
NLKSHIRIKH		SGNNFKCPHC		DFLGDSKATL		RKHSRVHQSE		HPEKCSECSY
SCSSKAALRI		HERIHCTDRP		FKCNYCSFDT		KQPSNLSKHM		KKFHGDMVKT
EALERKDTGR		QSSRQVAKLD		AKKSFHCDIC		DASFMREDSL		RSHKRQHSEY
SESKNSDVTV		LQFQIDPSKQ		PATPLTVGHL		QVPLQPSQVP		QFSEGRVKII
VGHQVPQANT		IVQAAAAAVN		IVPPALVAQN		PEELPGNSRL		QILRQVSLIA
PPQSSRCPSE		AGAMTQPAVL		LTTHEQTDGA		TLHQTLIPTA		SGGPQEGSGN
QTFITSSGIT		CTDFEGLNAL		IQEGTAEVTV		VSDGGQNIAV		ATTAPPVFSS
SSQQELPKQT		YSIIQGAAHP		ALLCPADSIP		D

Također pogledajte

• Homolog
• Proteinska izoforma
• Cinkov prst

Reference

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000020256 - Ensembl, maj 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027551 - Ensembl, maj 2017
3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
5. Mack HG, Beck F, Bowtell DD (Mar 1997). "A search for a mammalian homologue of the Drosophila photoreceptor development gene glass yields Zfp64, a zinc finger encoding gene which maps to the distal end of mouse chromosome 2". Gene. 185 (1): 11–7. doi:10.1016/S0378-1119(96)00607-5. PMID 9034307.
6. "Entrez Gene: ZFP64 zinc finger protein 64 homolog (mouse)".
7. Sakamoto, K., Tamamura, Y., Katsube, K., Yamaguchi, A. Zfp64 participates in Notch signaling and regulates differentiation in mesenchymal cells. J. Cell Sci. 121: 1613-1623, 2008. PubMed: 18430783.
8. Wang, C., Liu, X., Liu, Y., Zhang, Q., Yao, Z., Huang, B., Zhang, P., Li, N., Cao, X. Zinc finger protein 64 promotes Toll-like receptor-triggered proinflammatory and type I interferon production in macrophages by enhancing p65 subunit activation. J. Biol. Chem. 288: 24600-24608, 2013. Note: Expression of Concern: J. Biol. Chem. 295: 8885 only, 2020. [PubMed]: 23857586
9. Watanabe, K., Nakayama, K., Ohta, S., Tago, K., Boonvisut, S., Millings, E. J., Fischer, S. G., LeDuc, C. A., Leibel, R. L., Iwamoto, S. ZNF70, a novel ILDR2-interacting protein, contributes to the regulation of HES1 gene expression. Biochem. Biophys. Res. Comm. 477: 712-716, 2016. [PubMed]: 27353377.

Dopunska literatura

• Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
• Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
• Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J, et al. (2002). "The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20". Nature. 414 (6866): 865–71. doi:10.1038/414865a. PMID 11780052.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). "A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome". Cell. 122 (6): 957–68. doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl:11858/00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
• Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.