From Wikipedia, the free encyclopedia
Protein ITFG3, znan i kao član A porodice 234 sa sličnošću sekvece (FAM234A) je protein koji je kod ljudi kodiran genom ITFG3.[5][6] Ovdje je gen istražen kao kodiran putem iRNK u Homo sapiens. Gen FAM234A konzerviran je kod miševa, pacova, kokoši, zebrica, pasa, goveda, žaba, čimpanzi i rezus majmuna.[7] Ortolozi gena mogu naći kod najmanje 220 organizama, uključujući tropsku kandžastu žabu, pande i kineske hrčke.[8] Kod ljudi, gen se nalazi na hromosomu 16, sekvenca p13.3, i ima ukupno 19 egzona. Informacijska RNK ima ukupno 3.224 bp, a protein 552 aminokiseline.[7][9] Molekulskaa masa proteina koji proizvodi ovaj gen je 59660 Da.[10] Kod ljudi, eksprimira se u najmanje 27 tipova tkiva, s najvećim prisustvom u dvanaestopalačnom crijevu, masti, tankom crevu i srcu.[7]
| ITFG3 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | FAM234A | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2146854 HomoloGene: 12932 GeneCards: FAM234A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 16: 0.23 – 0.27 Mb | Chr 17: 26.21 – 26.24 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
U drugoj intronskoj sekvencie gena FAM234A, nađena je „Newfoundlandska delecija“ ili 0-talasemijska delecija.[11] Gen je povezan sa fenotipovima višestrukih crvenih krvniih zrnaca kod Afroamerikanaca – iako njihova tačna funkcija ili učinak gena nisu bili potpuno jasni.[12] Review of GeneCards’ current database on the FAM234A gene provided no additional elucidation on the function of the gene.[10]
Kod ljudi, FAM234A se nalazi u otvorenom okviru čitanja 13 hromosoma 16 (od 234.546. – 269. 943. bp). Dug je 35.398 baza, sadrži 11 egzona i orijentiran je na plus lancu u smjeru 5' do 3'. Ostali alijasi uključuju ITFG3, C16orf9 i gs19.
Ne postoje poznati paralozi FAM234A.
Gen FAM234A konzerviran je u najmanje 220 organizama, bez dokaza o konzervaciji gena u jednoćelijskim organizmima. Dolje je naveden izbor ortologa s procijenjenim datiranjem divergencije od ljudske loze prije određenih miliona godina, pristupnim brojem i % identiteta ljudskog FAM234A. Ova lista ne sadrži sve poznate ortologe.
| Uobičajeno ime | Divergencija od ljudske loze (milioni godina) | Pristupni broj | Identitet sa ljuskim (%) |
|---|---|---|---|
| Rezus makak | 28,1 | NP_001253283.1 | 95 |
| Čupavouhi marmozet | 42,6 | XP_009007067.1 | 86 |
| Kućni miš | 88 | NP_001344823.1 | 86 |
| Kineski hrčak | 88 | XP_003501607.1 | 77 |
| Gornjegalilejski planinski slijepi krtičasti pacov | 88 | XP_008849023.1 | 74 |
| Zlatni hrčak | 88 | XP_005081607.1 | 76 |
| Gigantski panda | 94 | XP_011224429.1 | 73 |
| Konj | 94 | XP_014585783.1 | 74 |
| Kit beluga | 94 | XP_022450014.1 | 73 |
| Kokoš | 320 | XP_414950.2 | 45 |
| Plava sjenica | 320 | XP_023792271.1 | 43 |
| Bengalska zeba | 320 | XP_021404267.1 | 44 |
| Centralni bradati zmaj | 320 | XP_020667631.1 | 43 |
| Australijski morski krokodil | 320 | XP_019395600.1 | 47 |
| Tropska kandžasta žaba | 353 | NP_001121517.1 | 35 |
| Zebrica (riba) | 432 | XP_001336768.2 | 31 |
| Baramundski smuđ | 432 | XP_018520114.1 | 34 |
| Japanska medaka | 432 | XP_020567870.1 | 33 |
| Slonovska ajkula | 465 | XP_007906598.1 | 37 |
| Pacov | 88 | NP_001009701.1 | 72 |
Postoji najmanje 11 FAM234A izoformi. Osim najdužeg transkripta, ostale izoforme razlikuju se skraćivanjem, prvenstveno na kraju 3'. To rezultira širokim varijacijama u dužini sekvence između izoformi.
Gen FAM234A kodira protein bogataserinom i leucinom "FAM234A protein" ili ITFG3. Kodirani protein je dug 552 aminokiselina s predviđenom molekulskom težinom od 59.660 Da i baznom izoelektričnom tačkom od 5,84.[13] The FAM234A protein has a notable hydrophobic region from position 49-70 in the amino acid sequence that correlates with one of the two trans-membrane regions found on FAM234A.[14] FAM234A ima membransku topologiju tipa 3a, koja ispoljava višestruke trans-membranske regije sa svojim N-krajem okrenutim prema citosolu. Predviđa se da se protein nalazi u endoplazmatskom retikulumu, s dijelovima koji se nalaze u njegovom lumenu.[14] Unutar ćelije, FAM234A je također lokaliziran na ribozomima i jedru.[15]
Dužina polipeptidnog lanca je 552 aminokiselina, a molekulska težina 59.660 Da.[16].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLDHKDLEAE | IHPLKNEERK | SQENLGNPSK | NEDNVKSAPP | QSRLSRCRAA | ||||
| AFFLSLFLCL | FVVFVVSFVI | PCPDRPASQR | MWRIDYSAAV | IYDFLAVDDI | ||||
| NGDRIQDVLF | LYKNTNSSNN | FSRSCVDEGF | SSPCTFAAAV | SGANGSTLWE | ||||
| RPVAQDVALV | ECAVPQPRGS | EAPSACILVG | RPSSFIAVNL | FTGETLWNHS | ||||
| SSFSGNASIL | SPLLQVPDVD | GDGAPDLLVL | TQEREEVSGH | LYSGSTGHQI | ||||
| GLRGSLGVDG | ESGFLLHVTR | TGAHYILFPC | ASSLCGCSVK | GLYEKVTGSG | ||||
| GPFKSDPHWE | SMLNATTRRM | LSHSSGAVRY | LMHVPGNAGA | DVLLVGSEAF | ||||
| VLLDGQELTP | RWTPKAAHVL | RKPIFGRYKP | DTLAVAVENG | TGTDRQILFL | ||||
| DLGTGAVLCS | LALPSLPGGP | LSASLPTADH | RSAFFFWGLH | ELGSTSETET | ||||
| GEARHSLYMF | HPTLPRVLLE | LANVSTHIVA | FDAVLFEPSR | HAAYILLTGP | ||||
| ADSEAPGLVS | VIKHKVRDLV | PSSRVVRLGE | GGPDSDQAIR | DRFSRLRYQS | ||||
| EA |
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
