C6orf62

C6orf62
Identifikatori
Aliasi	C6orf62
Vanjski ID-jevi	MGI: 2441726 HomoloGene: 11551 GeneCards: C6orf62
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 6 (čovjek)
Kraj	24,719,998 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 13 (miš)
Kraj	25,000,180 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• molekularna funkcija;
Ćelijska komponenta	• intracellular anatomical structure;
Biološki proces	• GO:0022610 biološki proces;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	81688
	79555
	ENSG00000112308
	ENSMUSG00000019132
	Q9GZU0
	Q99LU8
	NM_030939
	NM_024473
	NP_112201
	NP_077793
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Otvoreni okvir čitanja 62 hromosoma 6 (C6orf62), a znan i kao X-trans-activirani protein 12 (XTP12),^[5] je gen koji kodira istoimeni protein. Predviđeno je da kodirani protein ima subćelikjsku lokaciju unutar citosola.^[6]

Kratke činjenice Identifikatori, Aliasi ...

Zatvori

Dužina polipeptidnog lanca je 229 aminokiselina, а molekulska težina 27.083 Da.^[7]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MGDPNSRKKQ	ALNRLRAQLR	KKKESLADQF	DFKMYIAFVF	KEKKKKSALF
EVSEVIPVMT	NNYEENILKG	VRDSSYSLES	SLELLQKDVV	QLHAPRYQSM
RRDVIGCTQE	MDFILWPRND	IEKIVCLLFS	RWKESDEPFR	PVQAKFEFHH
GDYEKQFLHV	LSRKDKTGIV	VNNPNQSVFL	FIDRQHLQTP	KNKATIFKLC
SICLYLPQEQ	LTHWAVGTIE	DHLRPYMPE

Glavni transkript ima 229 aminokiselina i kodiran je iz pet egzonskih regija. Postoje dvije varijante transkripta koje imaju 200 aminokiselina i 160 aminokiselina. Postoji domen nepoznate funkcije (DUF4566) u sve tri varijante , a obuhvata pozicije 1–226 na primarnom transkriptu.^[8] Molekulska težina C6orf62 je 27,1 kDa, a njegova izoelektrična tačka je na pH 9,24.^[9]

U DNK, C6orf62 je dug 12.529 parova baza i nalazi se na sekvenci 6q22.3.^[10] Nalazi se na hromosomu 6 na poziciji 22.3 (6q22.3). Zrela sekvenca iRNK duga je 2.498 parova baza s pet egzona i četiri intronske regije koja prevodi protein dug 229 aminokiselina i dvije predviđene izoforme od 160 i 200 aminokiselina.^[11]^[12]

Proteinske interakcije

Protein	Predviđanje
ELAVL1	Predviđen putem zadržavanja RNK afiniteta.^[13]
PVRL4	Predviđen putem spektroskopije hvatanja sa masenom sapektrometrijom afiniteta.^[13]
NADH	Predviđen putem dvohibridnog pregleda kvasca.^[14]

C6orf62 je široko eksprimiran u ljudskom tijelu, ali njegova količina proteina nije velika.^[15] Jače je izražen u žučnoj kesi i sjemenicima, ali nije predviđeno da je eksprimiran izražen glatkim mišićima, limfnim čvorovima, slezeni, jajnicima, masnom i mehkom tkivu.

C6orf62 je visoko konzerviran među kičmenjacima i ima ortologe u beskičmenjacima.

Ortolozi odabranih sisara

Rod	Vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje divergencije (milioni godina)	RefSeq	Dužina AA	Identitet (%)	Sličnost [%)
Pongo	abelii	Sumatranski orangutan	15,2	NP_001126883.1	232	99	99
Ictidomys	tridecemlineatus	Prizemna vjeverica	88	XP_005337081.1	231	99	98
Tupaia	chinensis	Verirovka	85	XP_006162754.1	267	84	98
Rattus	norvegicus	Smeđi pacov	88	NP_001017510.1	232	99	98

^[16]

Ortolozi odabranih riba zrakoperki

Rod	Vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje divergencije (milioni godina)	RefSeq	Dužina AA	Identitet (%)	Sličnost [%)
Salmo	salar	Losos	435	XP_014034327.1	233	82	93
Sinocyclocheilus	rhinoceros	Zlatnopruga mrena	435	XP_016388718.1	230	87	94
Hippocampus	comes	Morski konjić	435	XP_019729847.1	234	80	91

^[16]

Ortolozi odabranih vodozemaca

Rod	Vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje divergencije (milioni godina)	RefSeq	Dužina AA'	Identet (%)	Sličnost (%?
Nanorana	parkeri	Visokomalajjska žaba	353	XP_018411819.1	232	95	97
Xenopus	trpocalis	Afrička kandžasta žaba	353	NP_001120278.1	232	93	98

^[16]

Ortoloi odabranih gmizavaca

Rod	Vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje divergencije (milioni godina)	RefSeq	Dužina AA	Identitet (%)	Sličnost (%)
Chrysemys	picta belli	Obojena kornjača	320	XP_005281462.1	233	97	98
Python	vbivittatus	Mjanmarski piton	320	XP_007521998.1	233	96	99
Chelonia	mydas	Morska zelena kornjača	320	XP_007060449.1	231	97	98
Alligator	sinensis	Kineski aligator	320	XP_006034488.1	232	98	99

^[16]

Ortolozi odabranih ptica

Rod	Vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje divergencije (milioni godina)	RefSeq	Dužina AA	Identitet (%)	Sličnost [%)
Tauraco	erythrolophus	Crvenogrbi taurako	320	XP_009991398.1	232	97
Taeniopygia	guttata	Zebrasta zeba	320	XP_002194166.1	232	98
Manacus	vitellinus	Zlatnoznaki manakin	320	XP_017925511.1	241	98

Ortolozi odabranih beskičmenjaka^[16]

Rod	Vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje divergencije (milioni godina)	RefSeq	Dužina AA	Identitet (%)	Sličnost [%)
Ciona	intestinalis	Morski mlaz	677	XP_002119736.1	233	38	62
Crassostrea	gigas	Pacifička ostriga	758	XP_011438527.1	231	62	80
Hellobdella	robusta	Pijavica porodice Glossiphoniidae	758	XP_009016977.1	264	35	51
Octopus	bimaculoides	Dvopjegi oktopus	758	XP_014780369.1	197	60	79
Saccoglossus	kowalevskii	Žirasta glista	627	XP_002741666.1	230	66	83

^[16]

[1]
GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112308 - Ensembl, maj 2017
[2]
GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019132 - Ensembl, maj 2017
[3]
"Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
[4]
"Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
[5]
Database, GeneCards Human Gene. "C6orf62 Gene - GeneCards | CF062 Protein | CF062 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 21. 2. 2017.
[6]
"Tissue expression of C6orf62 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Pristupljeno 8. 5. 2017.
[7]
"UniProt, Q9GZU0" (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 9. 2021.
[8]
"C6orf62 chromosome 6 open reading frame 62 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
[9]
Volker, Brendel (2006). "SAPS - SDSC Bio Workbench". SDSC Biology Workbench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 5. 2017.
[10]
Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, D (2002). "UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 20. 2. 2017.
[11]
"PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
[12]
"PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
[13]
Lab, Mike Tyers. "C6orf62 (RP1-30M3.4) Result Summary | BioGRID". thebiogrid.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.
[14]
"1 binary interaction found for search term C6orf62". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.
[15]
"C6orf62 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.
[16]
"NCBI - Basic Local Alignment Search Tool". NCBI.

[refGRCh38Ensembl-1] [1]
GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112308 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] [2]
GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019132 - Ensembl, maj 2017

[3] [3]
"Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] [4]
"Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[5] [5]
Database, GeneCards Human Gene. "C6orf62 Gene - GeneCards | CF062 Protein | CF062 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 21. 2. 2017.

[:0-6] [6]
"Tissue expression of C6orf62 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Pristupljeno 8. 5. 2017.

[UniProt-7] [7]
"UniProt, Q9GZU0" (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 9. 2021.

[8] [8]
"C6orf62 chromosome 6 open reading frame 62 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.

[9] [9]
Volker, Brendel (2006). "SAPS - SDSC Bio Workbench". SDSC Biology Workbench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 5. 2017.

[10] [10]
Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, D (2002). "UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 20. 2. 2017.

[11] [11]
"PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.

[12] [12]
"PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.

[:1-13] [13]
Lab, Mike Tyers. "C6orf62 (RP1-30M3.4) Result Summary | BioGRID". thebiogrid.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.

[14] [14]
"1 binary interaction found for search term C6orf62". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.

[15] [15]
"C6orf62 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.

[:2-16] [16]
"NCBI - Basic Local Alignment Search Tool". NCBI.

[5]

[6]

[1]

[2]

[3]

[4]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]