Otvoreni okvir čitanja 62 hromosoma 6 (C6orf62), a znan i kao X-trans-activirani protein 12 (XTP12),[5] je gen koji kodira istoimeni protein. Predviđeno je da kodirani protein ima subćelikjsku lokaciju unutar citosola.[6]
Kratke činjenice Identifikatori, Aliasi ...
Zatvori
Dužina polipeptidnog lanca je 229 aminokiselina, а molekulska težina 27.083 Da.[7]
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MGDPNSRKKQ | | ALNRLRAQLR | | KKKESLADQF | | DFKMYIAFVF | | KEKKKKSALF |
EVSEVIPVMT | | NNYEENILKG | | VRDSSYSLES | | SLELLQKDVV | | QLHAPRYQSM |
RRDVIGCTQE | | MDFILWPRND | | IEKIVCLLFS | | RWKESDEPFR | | PVQAKFEFHH |
GDYEKQFLHV | | LSRKDKTGIV | | VNNPNQSVFL | | FIDRQHLQTP | | KNKATIFKLC |
SICLYLPQEQ | | LTHWAVGTIE | | DHLRPYMPE |
Glavni transkript ima 229 aminokiselina i kodiran je iz pet egzonskih regija. Postoje dvije varijante transkripta koje imaju 200 aminokiselina i 160 aminokiselina. Postoji domen nepoznate funkcije (DUF4566) u sve tri varijante , a obuhvata pozicije 1–226 na primarnom transkriptu.[8] Molekulska težina C6orf62 je 27,1 kDa, a njegova izoelektrična tačka je na pH 9,24.[9]
U DNK, C6orf62 je dug 12.529 parova baza i nalazi se na sekvenci 6q22.3.[10] Nalazi se na hromosomu 6 na poziciji 22.3 (6q22.3). Zrela sekvenca iRNK duga je 2.498 parova baza s pet egzona i četiri intronske regije koja prevodi protein dug 229 aminokiselina i dvije predviđene izoforme od 160 i 200 aminokiselina.[11][12]
Proteinske interakcije
Protein | Predviđanje |
|
ELAVL1 |
Predviđen putem zadržavanja RNK afiniteta.[13] |
PVRL4 |
Predviđen putem spektroskopije hvatanja sa masenom sapektrometrijom afiniteta.[13] |
NADH |
Predviđen putem dvohibridnog pregleda kvasca.[14] |
C6orf62 je široko eksprimiran u ljudskom tijelu, ali njegova količina proteina nije velika.[15] Jače je izražen u žučnoj kesi i sjemenicima, ali nije predviđeno da je eksprimiran izražen glatkim mišićima, limfnim čvorovima, slezeni, jajnicima, masnom i mehkom tkivu.
C6orf62 je visoko konzerviran među kičmenjacima i ima ortologe u beskičmenjacima.
Ortolozi odabranih sisara
Rod |
Vrsta |
Uobičajeno ime |
Datiranje divergencije (milioni godina) |
RefSeq |
Dužina AA |
Identitet (%) |
Sličnost [%) |
Pongo |
abelii |
Sumatranski orangutan |
15,2 |
NP_001126883.1 |
232 |
99 |
99 |
Ictidomys |
tridecemlineatus |
Prizemna vjeverica |
88 |
XP_005337081.1 |
231 |
99 |
98 |
Tupaia |
chinensis |
Verirovka |
85 |
XP_006162754.1 |
267 |
84 |
98 |
Rattus |
norvegicus |
Smeđi pacov |
88 |
NP_001017510.1 |
232 |
99 |
98 |
[16]
Ortolozi odabranih riba zrakoperki
Rod |
Vrsta |
Uobičajeno ime |
Datiranje divergencije (milioni godina) |
RefSeq |
Dužina AA |
Identitet (%) |
Sličnost [%) |
Salmo |
salar |
Losos |
435 |
XP_014034327.1 |
233 |
82 |
93 |
Sinocyclocheilus |
rhinoceros |
Zlatnopruga mrena |
435 |
XP_016388718.1 |
230 |
87 |
94 |
Hippocampus |
comes |
Morski konjić |
435 |
XP_019729847.1 |
234 |
80 |
91 |
[16]
Ortolozi odabranih vodozemaca
Rod |
Vrsta |
Uobičajeno ime |
Datiranje divergencije (milioni godina) |
RefSeq |
Dužina AA' |
Identet (%) |
Sličnost (%? |
Nanorana |
parkeri |
Visokomalajjska žaba |
353 |
XP_018411819.1 |
232 |
95 |
97 |
Xenopus |
trpocalis |
Afrička kandžasta žaba |
353 |
NP_001120278.1 |
232 |
93 |
98 |
[16]
Ortoloi odabranih gmizavaca
Rod |
Vrsta |
Uobičajeno ime |
Datiranje divergencije (milioni godina) |
RefSeq |
Dužina AA |
Identitet (%) |
Sličnost (%) |
Chrysemys |
picta belli |
Obojena kornjača |
320 |
XP_005281462.1 |
233 |
97 |
98 |
Python |
vbivittatus |
Mjanmarski piton |
320 |
XP_007521998.1 |
233 |
96 |
99 |
Chelonia |
mydas |
Morska zelena kornjača |
320 |
XP_007060449.1 |
231 |
97 |
98 |
Alligator |
sinensis |
Kineski aligator |
320 |
XP_006034488.1 |
232 |
98 |
99 |
[16]
Ortolozi odabranih ptica
Rod |
Vrsta |
Uobičajeno ime |
Datiranje divergencije (milioni godina) |
RefSeq |
Dužina AA |
Identitet (%) |
Sličnost [%) |
Tauraco |
erythrolophus |
Crvenogrbi taurako |
320 |
XP_009991398.1 |
232 |
97 |
|
Taeniopygia |
guttata |
Zebrasta zeba |
320 |
XP_002194166.1 |
232 |
98 |
|
Manacus |
vitellinus |
Zlatnoznaki manakin |
320 |
XP_017925511.1 |
241 |
98 |
|
Ortolozi odabranih beskičmenjaka[16]
Rod |
Vrsta |
Uobičajeno ime |
Datiranje divergencije (milioni godina) |
RefSeq |
Dužina AA |
Identitet (%) |
Sličnost [%) |
Ciona |
intestinalis |
Morski mlaz |
677 |
XP_002119736.1 |
233 |
38 |
62 |
Crassostrea |
gigas |
Pacifička ostriga |
758 |
XP_011438527.1 |
231 |
62 |
80 |
Hellobdella |
robusta |
Pijavica porodice Glossiphoniidae |
758 |
XP_009016977.1 |
264 |
35 |
51 |
Octopus |
bimaculoides |
Dvopjegi oktopus |
758 |
XP_014780369.1 |
197 |
60 |
79 |
Saccoglossus |
kowalevskii |
Žirasta glista |
627 |
XP_002741666.1 |
230 |
66 |
83 |
[16]
Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, D (2002). "UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 20. 2. 2017.