From Wikipedia, the free encyclopedia
Ankirin ponavljajući domen-sadržavajući protein 24 je protein koji je kod ljudi kodiran genom ANKRD24.[6] Ovaj gen je također znan i kao KIAA1981[7]. Funkcija proteina kod ljudi još uvijek nije poznata. ANKRD24 je u porodici proteina koja sadrži domen ankirinskog ponavljanja.
ANKRD24 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | ANKRD24 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 1890394 HomoloGene: 49885 GeneCards: ANKRD24 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 19: 4.18 – 4.22 Mb | Chr 10: 81.46 – 81.48 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Gen se nalazi na hromosomu 19 na poziciji p13.3 prednjeg lanca.[10][11] Gen je dugačak 4041 parova baza i sadrži 29 egzona.[9][12] U susjedstvu je gena SIRT6, koji kodira protein sirtuin-6 i gena EBI3,koji kodira protein Epstein-Barrovog gena3 virusne indukcije.[13]
Obrazac ekspresije ANKRD24 je nekarakterističan. U uslovima rasta i proliferacije ćelija, nivo ekspresije se povećava. U tumorima klice, glioma i raka prostate, ekspresja je povišena u odnosu na druga stanja bolesti. Tokom razvoja, nivo ekspresije je povišen u fazi blastocista. U odraslih je povišen nivo ekspresije u placenti, želucu, bubrezima i oku u odnosu na druga tkiva.[14] Međutim, rezultati eksperimentalnih profila ekspresije gena nisu konzistentni u odnosu na ekspresiju ANKRD24, što upućuje na redundanciju gena i njegovog proteinskog proizvoda.
Predviđeno je 13 varijanti prerade transkripata iRNK ANKRD24-a.[15]
Protein ANKRD24 dugačak je 1146 aminokiselina, ima molekulsku težinu 124 kDa i izoelektričnu tačku od 4,98.[16] Predviđa se da se sekundarna struktura sastoji od svih alfa-heliksa i da neće sadržavati ni jedan beta-list.[17] Predviđa se da će tercijarna struktura proteina biti spiralna zavojnica.
ANKRD24 ima relativno visok sadržaj alanina (15,0%), glutaminske kiseline (13,5%) i leucina (11,0%) i relativno nizak sadržaj cisteina ( 1,5%), fenilalanina (0,7%), triptofana (0,2%) i tirozina (0,8%). Protein sadrži pozitivne klastere koji bi mogli biti signali jedarne lokalizacije. Protein nema značajnije nakupine negativnog naboja i nema značajne obrasce naboja uopće.[18]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MKTLRARFKK | TELRLSPTDL | GSCPPCGPCP | IPKPAARGRR | QSQDWGKSDE | ||||
RLLQAVENND | APRVAALIAR | KGLVPTKLDP | EGKSAFHLAA | MRGAASCLEV | ||||
MIAHGSNVMS | ADGAGYNALH | LAAKYGHPQC | LKQLLQASCV | VDVVDSSGWT | ||||
ALHHAAAGGC | LSCSEVLCSF | KAHLNPQDRS | GATPLIIAAQ | MCHTDLCRLL | ||||
LQQGAAANDQ | DLQGRTALML | ACEGASPETV | EVLLQGGAQP | GITDALGQDA | ||||
AHYGALAGDK | LILHLLQEAA | QRPSPPSALT | EDDSGEASSQ | NSMSSHGKQG | ||||
APKKRKAPPP | PASIPMPDDR | DAYEEIVRLR | QERGRLLQKI | RGLEQHKERR | ||||
QQESPEASSL | HILERQVQEL | QQLLVERQEE | KESLGREVES | LQSRLSLLEN | ||||
ERENTSYDVT | TLQDEEGELP | DLPGAEVLLS | RQLSPSAQEH | LASLQEQVAV | ||||
LTRQNQELME | KVQILENFEK | DETQMEVEAL | AEVIPLALYD | SLRAEFDQLR | ||||
RQHAEALQAL | RQQETREVPR | EEGAACGESE | VAGATATKNG | PTHMELNGSV | ||||
APETKVNGAE | TIDEEAAGDE | TMEARTMEAE | ATGAEATGAE | ATGAKVTETK | ||||
PTGAEVREME | TTEEEANMET | KPTGAQATDT | ETTGVEAMGV | EATKTKAEEA | ||||
EMQAYGVGAG | QAEPPVTGTT | NMEATGSRAT | GMESTGVSAT | GVENPGVEAT | ||||
VPGISAGPIL | HPGAAEASEK | LQVELETRIR | GLEEALRQRE | REAAAELEAA | ||||
LGKCEAAEAE | AGRLRERVRE | AEGSGASGGG | GGDTTQLRAA | LEQAREDLRD | ||||
RDSRLRELEA | ASACLDEARA | SRLLAEEEAR | GLRAELAQRE | EARLEQSREL | ||||
EVLREQLATA | RATGEQQRTA | AAELGRARDA | AEARVAELPA | ACEEARQGLA | ||||
ELREASEALR | QSVVPASEHR | RLQEEALELR | GRAASLEQEV | VATGKEAARL | ||||
RAELERERVC | SVALSEHERI | VGTLQANVAQ | LEGQLEELGR | RHEKTSAEVF | ||||
QVQREALFMK | SERHAAEAQL | ATAEQQLRGL | RTEAERARQA | QSRAQEALDK | ||||
AKEKDKKITE | LSKEVFNLKE | ALKEQPAALA | TPEVEALRDQ | VKDLQQQLQE | ||||
AARDHSSVVA | LYRSHLLYAI | QGQMDEDVQR | ILSQILQMQR | LQAQGR |
Predviđa se da se protein ANKRD24 lokalizira u jedrima ćelija.[19]
ANKRD24 je u porodici proteina koja sadrži ankirin-ponavljajućere domene. Ponavljanja ankirina poznata su po tome što ulaze u interakcije protein-protein.[20] Protein takođe sadrži dvije regije upredene zavojnice.[21]
Predviđa se da se ANKRD24 podvrgava C-manodilaciji.[22]
Predviđa se da ANKRD24 stupa u interakciju s diskovima velikog homologa 4 (DLG4), faktora produženja eukariotske translacije 1-alfa 1 (EEF1A1, unc-119 homologa A (UNC119), regulatornim faktorom vremena replikacije 1 (RIF1), proteinom kinaza C i supstratom kazein-kinaza u neuronima 1 (PACSIN1), podjedinicom jedarnog faktors NF-kappa-B p105 (NFKB1), kolesti-5-en-3β, 7α-diol 3β-dehidrogenaza (HSD3B7om, homologom smrtonosnih divovskih larvi 2 (L2GL2) i glukokortikoidom induciranim 1 (GLC) CI1.[23][24][25][26] Karakterizacija ovih interakcija još nije obavljena.[27]
ANKRD24 nema ljudskog paraloga. Ortolognii proteini nalaze se u drugim organizmima. Sljedeća tabela predstavlja neke od ortologa pronađenih korištenjem pretraživanja u BLASTu.[29] BLAT-u.[30] Međutim, ovaj popis nije konačan za ortologe ANKRD24 i namijenjen je samo prikazivanju široke raznolikosti vrsta za koje se mogu naći ortolozi ANKRD24.
Rod vrste | Uobičajeno ime | Datiranjedivergencije (milioni godina)[31] | Pristup nukleotidima | Pristup proteinima | Dužina sekvence (bp) | Dužina sekvence (aa) | E-vrijednost | Identitet sekvence (%) | Sličnost sekvence (%) | |
1 | Homo sapiens | Ljudi | 0 | NM_133475.1 | NP_597732.1 | 4041 | 1146 | 100 | 100 | |
2 | Nomascus leucogenys | Sjeverni bjeloobrazni gibon | 19,9 | XM_012503370.1 | XP_012358824.1 | 3675 | 1165 | 0 | 95 | 96 |
3 | Otolemur garnettii | Malouhi galago | 75,9 | XM_012804592.1 | XP_012660046.1 | 4181 | 1035 | 0 | 83 | 87 |
4 | Trichechus manatus latirostris | Floridski manati | 105 | XM_004378459.1 | ] | 3354 | 1117 | 0 | 81 | 86 |
5 | Eptesicus fuscus | Veliki smeđi šišmiš | 97,5 | XM_008150610.1 | XP_008148832.1 | 3369 | 1122 | 0 | 80 | 84 |
6 | Ailuropoda melanoleuca | Gigantska panda | 97,5 | XM_002928471.2 | XP_002928517.1 | 3729 | 1116 | 0 | 80 | 84 |
7 | Loxodonta africana | Afrički savanski slon | 105 | XM_003421925.2 | XP_003421973.1 | 4049 | 1345 | 0 | 79 | 85 |
8 | Octodon degus | Degu | 90,9 | XM_004632746.1 | XP_004632803.1 | 3381 | 1126 | 0 | 79 | 84 |
9 | Chrysochloris asiatica | Bjelokapa krtica | 105 | XM_006869037.1 | XP_006869099.1 | 3747 | 1248 | 0 | 78 | 85 |
10 | Orcinus orca | Kit-ubica | 97,5 | XM_004277648.2 | XP_004277696.1 | 3482 | 1079 | 0 | 77 | 82 |
11 | Chelonia mydas | Zelena morska kornjača | 320,5 | XM_007072230.1 | XP_007072292 | 3051 | 1016 | 9.00E-178 | 63 | 77 |
12 | Ficedula albicollis | Ogrličasta muholovka | 320,5 | XM_005060250.1 | XP_005060307 | 1885 | 621 | 2.00E-171 | 60 | 74 |
13 | Gekko japonicus | Japanski gekon | 320,5 | XM_015410656.1 | XP_015266142 | 3057 | 1019 | 3.00E-175 | 58 | 75 |
14 | Python bivittatus | Burmanski piton | 320,5 | XM_007434390 | XP_007434452 | 3192 | 1063 | 1.00E-167 | 58 | 75 |
15 | Falco cherrug | Stepski soko | 320,5 | XM_014277718.1 | XP_014133193 | 1431 | 476 | 0 | 57 | 71 |
16 | Stegastes partitus | Dvobojna samodopadnica | 429,6 | XM_008295305.1 | XP_008293527.1 | 3629 | 1095 | 2.00E-90 | 41 | 55 |
17 | Trichomonas vaginalis G3 | Trichomonas vaginalis | 2040 | XM_001329224.1 | XP_001329259 | 774 | 257 | 2.00E-24 | 34 | 54 |
18 | Ciona intestinalis | Vazasta tunikata | 733 | XM_009863371.1 | XP_009861673 | 3156 | 956 | 9.00E-24 | 32 | 48 |
19 | Talaromyces stipitatus | Gljiva | 1302,5 | XM_002486774.1 | XP_002486819.1 | 3216 | 1071 | 3.00E-18 | 32 | 51 |
20 | Cryptococcus neoformans | Kvasac | 1302,5 | XM_012197089.1 | XP_012052479.1 | 943 | 236 | 3.00E-16 | 32 | 51 |
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.