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1917年出生于安徽省桐城县,先后毕业于湖南大学机电系,昆明西南联大的清华大学无线电研究所研究生班。1946年8月,他在清华大学物理系,从事无线电实验室的创建工作。
1954年11月,慈云桂调至哈尔滨的中国人民解放军军事工程学院电子系,后于70年代初转至长沙的中国人民解放军国防科技大学。慈云桂曾任副校长,兼计算机系主任和研究所所长。1980年,当选为中国科学院学部委员(院士)。
慈云桂在康鹏等人的参与下,于1960年代主持研制成功441B-Ⅰ、Ⅱ型晶体管通用计算机。他后来主持研制出数十种型号的大、中、小型计算机,并开展了巨型智能计算机的研制工作。成功研制巨型计算机系列「银河」和「天河」的大多数研发人员都为慈云桂的学生。
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