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腸道菌群[1][2]（gut flora）或腸道菌相[3]，又稱腸道菌群系[4][5]（gut microbiome）、腸道菌區系[6]（gut microbiota），是定居於腸道中的細菌或真菌等正常菌群[7]（normal flora）及其所生活的環境。腸道菌群通過影響食物消化吸收、調控機體免疫和維護腸黏膜屏障，參與維持人體功能和腸道內環境的穩定。
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腸道菌群包括人類及人類以外動物（含昆蟲）的消化道內生存的微生物複雜群落[8]。腸道宏基因組（metagenome）是腸道微生物群的所有基因組的聚集體[9]。在人體內，腸道是人類微生物群系中的一個利基生態位[10][11]。
與一般商業上應用單一物種的益生菌相比，人類腸道微生物的生物多樣性一旦降低，會影響其宿主的消化功能[8]。所以現時有研究利用多種益生菌的活生物製劑去模擬腸道菌群的多樣性[8]，以加強益生菌對人體的功效。人體內的細菌種類多達3萬種[12]、數量約100兆[13]至1000兆[12]。
透過陰道分娩的嬰兒腸道微菌叢和媽媽腸道以及陰道微菌叢是相似的，在斷奶後嬰兒腸道微菌叢的組成會開始變得比較像成人腸道內的微菌叢，且嬰兒腸道微菌叢會在此時快速並多元化的發展，這種快速發展腸道微菌叢的現象大約會在1～5歲時變得比較趨緩一些，這時期的兒童腸道微菌叢雖然沒有像成人腸道微菌叢有那麼多樣化的種類，但比起嬰兒時期卻會變得更穩定，也會發展出更多能夠幫助生理正常運作的菌種，像是可以生產丁酸鹽(butyrate)的菌種就可以調節免疫功能。當兒童成長到青少年前期(preadolescence, 7～12歲)，腸道內微菌叢數會漸漸趨近成人的數量，但細菌的菌種會稍微有些不同，相較成年人，青少年前期會發展出更多能夠幫助葉酸(folate)以及維他命B12合成的菌種（嬰兒體內也會有較多能合成葉酸的菌種），而當人們成年時，腸道微菌叢的優勢菌種才會變成前一段落中提到的厚壁菌門和擬桿菌門，即便如此，每個人腸道內的微菌叢還是相當不同的且獨特的。到了老年期，腸道微菌叢多樣性會下降，同時也會變得比較不穩定，這種現象被認為與老年人的免疫力下降是具有相關性的。 [14]
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