蝙蝠冠状病毒HKU3 (BtCoV HKU3;Bat-SARS-CoV HKU3)属严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒 (SARSr-CoV),为SARS-CoV 相关病毒,在中华菊头蝠 样本中发现,是第一个在蝙蝠 中发现的SARS相关病毒[ 1] 。HKU3包含13个病毒株,其中HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3于2005年发表,在香港 的中华菊头蝠中发现;HKU3-4至HKU3-13于2010年发表,在香港与广东 的中华菊头蝠样本中发现。
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中华菊头蝠
2004年至2005年,香港大学 的研究人员在香港 各地采集动物样本,发现中华菊头蝠 样本中含有与SARS-CoV 相似的冠状病毒,经全基因组 定序得到HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3等三个病毒株[ 2] [ 3] ,是首次在蝙蝠样本中发现SARS相关病毒 ,此前仅知果子狸 、貉 与鼬獾 带有SARS病毒[ 1] [ 注 1] 。HKU3-1、3-2与3-3的基因组约长29700nt ,其序列与SARS-CoV相似度为88%,大部分差异位于刺突蛋白(S)、ORF3 与ORF8 ,其中尤以ORF8差异最大,与果子狸SARS病毒 一样比人类SARS病毒多了一段长29nt 的插入序列(但此29个核酸与果子狸病毒的不完全相同),形成一完整的长开放阅读框 ,而人类SARS病毒的ORF8则是被分成8a与8b等2个较小的开放阅读框[ 5] 。
2010年,又有10个与此三个病毒株相近的新病毒株被发表,即为HKU3-4至HKU3-13,基因组长度介于29677nt至29716nt之间,这些病毒株来自2004年至2008年采集的中华菊头蝠样本,其中HKU3-7与HKU3-8来自广东 的个体,其他则来自香港的个体,香港的8个毒株彼此序列非常接近(相似度99.9%),和广东的毒株相似度则为98.5%,这10个新病毒株与2005年发表的3个病毒株共同组成一个演化支 。除HKU3-8外的9个病毒株的ORF8皆与果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2与3-3一样是一个完整的长开放阅读框,HKU3-8在此处则有一段长26nt的缺失(在人类SARS病毒29nt缺失的附近),将ORF8分为3个较小的开放阅读框[ 6] 。
HKU3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域 (receptor binding domain, RBD)有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失(但不见于WIV1病毒 与SHC014病毒 )[ 7]
截至2021年1月 (2021-01 ) [update] ,SARS-CoV 与相关病毒株的系统发生树 :
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