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下面是自由及开放原始码软件包——即采用自由软件授权和开源许可证的计算机软件的列表。符合自由软件定义的软件可能称为自由软件更为适宜；GNU计划尤其反对他们的软件被称为“开源”。[1]欲知更多有关开源软件资讯及其理论背景，请参考开源软件运动和自由软件运动。不过，几乎所有的符合开源软件定义的软件都是自由软件，故而也在此列出。
 | 此条目应避免有陈列杂项、琐碎资料的部分。 (2012年9月8日) |
- Blender，用C、C++和Python语言写成的3D模拟程序，包含服饰、发型、形体模拟技术
- SimPy，基于队列理论事件的模拟器，用Python编写
- FlightGear，适用于Windows、OS X和GNU/Linux的开源航班模拟器
- Godot，可执行于Windows、macOS和Linux等的游戏引擎
- Open 3D Engine，基于Amazon Lumberyard的游戏引擎
- Adempiere——ERP（企业资源计划）商务包
- Bitcoin——P2P分散型数字货币
- 博尔尼塔开源解决方案——业务流程管理
- Compiere——ERP自动化会计解决方案，支持链条、销售清单和销售订单
- CiviCRM——针对非盈利组织的组织关系管理软件
- Cyclos——用于小额信贷机构、补充货币系统和时间银行（timebanks）的软件
- Dolibarr——基于Web的ERP系统
- Ebase——特别为非盈利组织开发的组织关系管理工具
- Ethereum——P2P分散型数字货币 + 公共区块链电子平台
- EOS （页面存档备份，存于互联网档案馆）——P2P分散型数字货币 + 公共区块链电子平台
- Frontaccounting——基于Web的复式簿记和ERP系统
- GnuCash——复式簿记
- Grisbi——单式簿记
- HomeBank——用于个人
- IDempiere——Adempiere + OSGI ERP 企业资源计划
- Ino erp——基于动态Pull的ERP系统
- jFin
- JFire——用Java和JDO写成的ERP商务包
- JQuantLib——基于Java的定量金融学应用接口（API）框架，适用于金融工具的估值和更多……
- KMyMoney——复式簿记
- LedgerSMB——复式簿记
- Mifos——微型金融机构管理软件
- MyEtherWallet （页面存档备份，存于互联网档案馆） ——以太坊加密货币钱包
- Openbravo
- OrangeHRM——商业人力资源管理
- Postbooks——综合会计及ERP商务包
- QuickFIX ——用C++写成，再用C#、Ruby和Python包装的FIX protocol引擎
- QuickFIX/J——用Java写成的FIX protocol引擎
- SQL Ledger——复式簿记
- SugarCRM——商业客户关系管理
- Tryton
- TurboCASH——适用于Windows的复式簿记
- vtiger CRM——客户关系管理（Customer Relationship Management，CRM）软件，具备销售力量自动化、市场管理、客户服务／支持、库存管理
- WebERP——基于Web的ERP系统
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- Euler Math Toolbox ——有自己的语法, 也可以使用 C 或 Python
- Julia
- JavaScript ——结合Rlab等扩展函数库
- Octave
- Python——结合NumPy、SciPy、Matplotlib、SymPy等扩展函数库
- R语言 ——R语言 目前支持数值计算的包一直在成长, 内建矩阵计算的指令很多, 数值微分 numDeriv,adapt, 符号运算 Ryacas,rSymPy, 微分方程 dsolve, 线性规划 linprog,Rglpk, 等等, 另外bigmemory、bigalgebra 可以进行大矩阵计算
- SciLab
- 参见参考文献管理软件的比较。
- 参见开源生物资讯学软件列表
- Chemistry Development Kit
- JOELib
- OpenBabel
- P-GRADE Portal——网格计算软件，可以通过高级的Web界面创建、解析和显示工作流程
- CellProfiler
- Endrov
- FIJI (软件)
- Ilastik
- ImageJ
- IMOD
- ITK
- KNIME
- OsiriX
- VTK
- 3D Slicer
- Active Agenda——操作风险管理及快速应用程式开发平台
- LimeSurvey——在线调查系统
- CP2K
- GAMESS (US)
- CMU Sphinx——卡内基梅隆大学出的演讲识别软件
- Emacspeak——桌面音频
- ESpeak——英语和其他语言的紧凑型软件语音合成器
- Festival Speech Synthesis System
- Modular Audio Recognition Framework——声音、音频和演说的NLP处理
- NonVisual Desktop Access——（NVDA）Windows的屏幕阅读器
- Text2Speech——轻量的易于使用的文本到语音（TTS）软件
- Dasher——独立的文本输入软件
- Gnopernicus——GNOME 2的AT包
- Virtual Magnifying Glass——跨平台的屏幕放大工具
- Environment for DeveLoping KDD-Applications Supported by Index-Structures (ELKI)——用Java写成的数据挖掘框架，注重于聚类及离群点检测方法
- SCaViS——基于Java的数据分析框架
- Konstanz Information Miner (KNIME)
- OpenNN——用C++编程语言写成的开源神经网络软件库
- Orange (软件)——对新手和专家开发的数据虚拟化和数据挖掘，通过可视化编程或Python脚本。扩展于生物资讯学和文本挖掘。
- RapidMiner——用Java写成的数据挖掘软件，充分集成Weka，具有350多种操作，用于预处理、机器学习、可视化等，预览版以开放原始码形式发布
- Scriptella ETL——ETL (Extract-Transform-Load)和脚本执行工具。支持与J2EE和Spring的集成。提供对CSV、LDAP、XML、JDBC/ODBC及其他数据源的连接。
- Weka——用Java写成的数据挖掘软件，具备用于分类、回归和聚类机器学习操作
- JasperSoft——带可编程抽象层的数据挖掘软件
- OpenDAM，自由和开源数码资产管理软件，用于企业内容管理集成，管理图像、图片和视频文件。
- CloverETL商业版
- Konstanz Information Miner (KNIME)
- Pentaho
- SpagoBI
- Talend
- OpenX
- Apache Axis2——Web服务框架（组件可以用Java和C实行）
- Apache Geronimo
- Bonita Open Solution（软件）——J2EE web应用和Java BPMN2执行引擎
- GlassFish应用程式伺服器
- Jakarta Tomcat——伺服器小程序容器和独立网页伺服器
- JBoss应用程式伺服器
- ObjectWeb JOnAS——Java Open Application Server，J2EE应用伺服器
- SmartVariables——通用的网络共享对象的应用程式伺服器
- TAO (software)——OMG的CORBA标准的C++实现
- Drupal
- eXo Platform
- Liferay
- Oxwall——社区网站软件
- Sun Java System Portal Server
- uPortal
- Apache Cocoon——web应用框架
- Apache——最流行的网页伺服器
- AWStats——日志文件分析工具
- BookmarkSync——浏览器的工具
- Cherokee——快速、有特色的富HTTP伺服器
- CougarXML——用来解析和处理XML代码的Javascript框架，基于W3C DOM Level-3规格
- curl-loader——强大的开源HTTP/HTTPS/FTP/FTPS加载和测试工具
- Hiawatha——安全、高性能且易于使用的HTTP伺服器
- HTTP File Server——带拖拽界面的用户友好型伺服器软件
- lighttpd——节省资源且快速及功能完善的HTTP伺服器
- Lucee——CFML应用伺服器
- nginx——轻量、高性能的web伺服器/反向代理和e-mail（IMAP/POP3）代理
- NetKernel——互联网应用伺服器
- Piwik——web分析系统
- Qcodo——PHP5框架
- Squid (software)——web代理缓存
- XAMPP——含有Apache和MySQL的web应用包
- Zope——web应用伺服器
- ATutor——基于web的教学内容管理系统（Learning Content Management System，LCMS）
- Chamilo——基于web的电子教学和内容管理系统
- DoceboLMS
- eFront——基于图标的教学管理系统
- FlightPath——大学的学术通知软件
- GCompris
- Gnaural——脑波夹带软件
- IUP Portfolio
- ILIAS——基于web的教学管理系统（LMS）
- Moodle
- Omeka
- openSIS——基于web的学生资讯和学校管理系统
- Sakai Project——基于web的教学管理系统
- SWAD - 基于web的教学管理系统
- Tux Paint——3–12岁儿童的画图应用
- Anki ——基于间隔重复的字卡软件
- KGeography
- Kiten
- KVerbos
- KTouch
- Tux Typing
- KEduca
- OpenEMR——开源电子病历集成软件
- Art of Illusion
- Blender
- K-3D
- OpenFX
- Seamless3d
- Pencil Animation
- SWFTools（用于脚本）
- Eye of GNOME
- F-spot
- Geeqie
- Gthumb
- Gwenview
- Kphotoalbum
- Opticks
- Dr. DivX
- FFmpeg
- MEncoder
- OggConvert
- Transcode
- Avidemux
- AviSynth
- Blender
- Cinelerra
- DScaler
- DVD Flick
- Kaltura
- Kdenlive
- Kino
- LiVES
- OpenShot Video Editor
- Pitivi
- Shotcut
- VirtualDub
- VirtualDubMod
- VideoLAN Movie Creator——VLMC是基于libVLC的非线性的用于视频创建的编辑应用程式，运行于Windows、Linux和OS X。
- Avidemux
- HandBrake
- Celtx——媒体预生产软件
- GNOME Subtitles
注意这些系统的可用发行版会包含或提供的版本和安装/附加的不自由不开放原始码的软件。
- KeePass
- Password Safe
- Mitro
- Chandler——由OSAF开发
- KAddressBook
- Kontact
- KOrganizer
- Mozilla Calendar——基于Mozilla的跨平台日历软件
- Novell Evolution
- OpenSync (软件)
- Project.net——商业项目管理
- TeamLab——项目管理和合作平台
- Bison
- CodeSynthesis XSD——适用于C++的XML Data Binding编译器
- CodeSynthesis XSD/e——适用于移动和嵌入式装置的验证XML解析器/串行器和C++ XML Data Binding生成器
- Flex lexical analyser——词法分析器
- Kodos
- Open Scene Graph——3D图型应用编程界面
- OpenSCDP——开放的智慧卡开发平台
- phpCodeGenie
- SableCC——适用于Java和.Net的分析程序的生成程序
- SWIG——用于多种语言的简化包装和接口生成器
- ^txt2regex$
- xmlbeansxx——用于C++的XML Data Binding代码生成器
- YAKINDU Statechart Tools——用于C++和Java的状态图代码生成器
- GNU Debugger——用于许多编程语言
- Memtest86——x86装置的RAM压力测试
- Xnee——记录和回放测试
- BOINC
- Electric Sheep
- XScreenSaver
- ClamAV
- ClamWin
- Gateway Anti-Virus
- Lynis
- MyDLP
- dvdisaster
- Foremost
- PhotoRec
- TestDisk
- The Coroner's Toolkit
- The Sleuth Kit
- DBAN
- srm
- 自由及开放原始码软件
- GNOME应用程式列表
- GNU软件包列表
- KDE应用程式列表
- Unix应用程式列表
- SourceForge.net
- Freshmeat
- Ohloh
- CodePlex
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