擬桿菌門（Bacteroidota，舊名 Bacteroidetes）[1]包括三大類細菌，即擬桿菌綱、黃桿菌綱、鞘脂桿菌綱。它們的相似性體現在核糖體16S RNA。
很多擬桿菌綱的細菌種類生活在人或者動物的腸道中，有些時候成爲病原菌。在糞便中，以細胞數目計，擬桿菌屬是主要微生物種類。
黃桿菌綱主要存在於水生環境中，也會在食物中存在。多數黃桿菌綱細菌對人無害，但腦膜膿毒性金黃桿菌(Chryseobacterium meningosepticum)可引起新生兒腦膜炎。黃桿菌綱還有一些嗜冷類群。
鞘脂桿菌綱重要類群爲噬胞菌屬(Cytophaga)，在海洋細菌中佔有較大比例，可以降解纖維素。
下屬分類
本科包括以下屬：
參見
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