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藻類（algae）是一個非正式術語，泛指所有非植物的光合自營真核生物，是一個由多個不同演化支（支序群）組成的復系群。所有藻類細胞都有含有葉綠素的色素體——葉綠體，源自被內共生的藍綠菌，但在分類上各自屬於獨立的演化支，其內共生事件也發生在不同時期。雖然植物也演化自淡水藻類的一支，藻類普遍都缺乏真正意義上根、莖、葉和其他可在高等植物上發現的組織構造（如維管束），但一些較為高級的藻類會擁有與植物葉子功能相似的假葉（phyllid）。
藻類並不構成獨立的一個界，而是分散於真核域中的數個界，是真核生物中最為基群的群體之一。屬於原生生物界的藻類有裸藻、甲藻（或稱渦鞭毛藻）、隱藻、金藻、矽藻、紅藻、綠藻和褐藻；而生殖構造複雜的輪藻則屬於植物界。絕大多數藻類都是水生，其中多數都是肉眼無法看見的浮游「微藻」（即所謂的「浮游植物」），宏觀可見的一般僅有紅藻、石蓴綱綠藻、輪藻和褐藻等固着性大型藻類。此類大型藻99%以上都棲息於海洋生態系統中，故統一俗稱「海藻」；而剩下的棲息在淡水生態系統的大型藻類則俗稱「水藻」。
藻類在自然界中擁有龐大生物質，人類許多傳統活動以及工業應用都會用到藻類。傳統的藻類養殖已進行了上千年，其中海帶和紫菜等大型藻是東亞飲食文化中的傳統海產。近來除了可食用藻類之外，藻類還有其他的農藝應用，例如作牲畜飼料、用作生物修復或污染控制、將太陽能轉換為藻類生質燃料或是其他工業上會用到的化學品，以及醫學或是科技上的應用。2020的回顧報告發現，藻類可以在碳截存上發揮重要作用，緩解氣候變化的同時也為全球的經濟體提供加值的商品[3]。
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藻類在水裏非常常見，在陸域環境也是。然而陸域藻類通常較不顯眼，且於潮濕、熱帶地區比乾燥地區更常見，因為藻類缺乏維管束和其他營陸地生活的適應構造。藻類在其他地點如雪地或以地衣的形式在裸露岩石表面與真菌共生。
種類繁複的藻類在水域生態系扮演重要角色。微觀下懸浮於水柱者﹝浮游植物﹞提供食物給大多數海洋食物鏈。當藻類密度非常高﹝水華﹞時，可能使水變色，與其他生物競爭或使其他生物中毒或窒息。海草大部分生長在淺海水中，然而有些已有生長於300公尺深的紀錄。[4]有些供人類食用或生產有用物質如洋菜、鹿角菜膠或肥料。
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研究海洋或淡水藻類的學科稱為藻類學。
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雖然傳統上將藍綠菌歸於藻類，稱為「藍綠藻門」（Cyanophyte），但近年研究通常將它排除，因為藍綠菌作為一種革蘭氏陰性菌其實是原核生物，和屬於真核生物的藻類差異甚大，諸如缺乏生物膜包裹的胞器、含有單一環狀染色體、細胞壁含有肽聚糖、核糖體大小和成分都與真核生物不同[5][6]。藍綠菌在特化摺疊的原生質膜（稱為葉綠囊膜）上行光合作用。因此，它們即使擁有類似的生態區位，彼此仍然差異很大所以現時被歸屬細菌界中。
愛爾蘭植物學家威廉•亨利•哈維（1811~1866） 首先根據色素將藻類分為四類，首次將生化準則用於植物分類，其四類為：紅藻、褐藻、綠藻和矽藻。[7]
依現在的定義，藻類是真核生物，在稱為葉綠體的膜狀胞器內行光合作用。葉綠體內含環狀DNA，結構和藍綠藻相似，可能代表退化的藍綠藻內共生胞器。各演化系（lineage）藻類葉綠體的確切特性均不相同，反映出不同的內共生事件。下表列出三個主要群組，它們的演化系關係表示於左側。需注意許多群組均包含不再行光合作用的成員。有些仍保有色素體但非葉綠體，有些則已經完全喪失。
種系發生：[8]
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藍藻 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 主要群組 | 成員 | 內共生體 | 說明 |
|---|---|---|---|
| 廣義植物/ 原始色素體生物 |
藍綠藻 | 含有初級葉綠體,i.e，葉綠體由雙層膜包圍，可能源自單一內共生事件。紅藻的葉綠體含葉綠素a和d（通常），和藻膽素，而綠藻的含葉綠素a和b。高等植物的色素近似綠藻，可能由綠藻演化而來。所以綠藻門是植物界的親近分類，有時會歸類為綠植界（Virdiplantae）。 | |
| 古蟲界與有孔蟲界 |
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綠藻 | 擁有內含葉綠素a和b的綠色葉綠體[5]。葉綠體被3或4層膜包圍，可能分別源自吞入的綠藻。
綠蛛網藻，屬於絲足蟲門。包含小型的類核體，其為藻類細胞核的殘餘。 裸藻綱，屬於眼蟲門。主要生活於淡水，葉綠體有3層膜。有人認為其內共生綠藻是經由myzocytosis而非吞噬作用（phagocytosis） |
| 色藻界和囊泡蟲類 | 紅藻 | 擁有內含葉綠素a和c、藻膽素的葉綠體。後者葉綠素型態無法從原核生物或初級葉綠體得知，但是與紅藻基因相似性支持其關係存在。
屬於色藻界的前三類，葉綠體有4層膜，隱藻殘留有類核體，他們很可能共同擁有含有色素的祖先。然而其他證據質疑這種說法，不等鞭毛類、定鞭藻和隱藻之間的關係是否比和其他類的關係更接近[9][10]。 典型甲藻類的葉綠體有3層膜，但是其葉綠體非常多樣，且顯示曾有數次內共生事件[11]。頂復門，一組關係十分接近的寄生生物，也有稱為頂復體 （Apicoplast）的色素體。頂復體無法行光合作用，但是顯示出和甲藻類葉綠體有共同起源[11]。 |
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