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往來港澳通行證（英語：Exit-Entry Permit for Travelling to and from Hong Kong and Macao (EEP)，葡萄牙語：Salvo-conduto de “ida e volta” para Hong Kong e Macau）[1][2]，簡稱港澳通行證，慣稱雙程證（英語：Two-way Permit (TWP)）[3][4]，前稱中華人民共和國往來港澳通行證，是由國家移民管理局簽發給在中國內地設有戶籍的中國公民[5]和暫住中國內地的中華人民共和國護照持有人[6]因私往來香港或澳門旅遊、探親、從事商務、培訓、就業及留學等非公務活動的旅行證件[3]，使用雙程證赴港澳前，持證人須根據旅行目的取得國家出入境管理部門簽發的對應類別的簽注，如旅遊、探親、商務等。往來港澳通行證是內地居民在香港和澳門境內最常用的身份證明文件之一，但並不是唯一證件，符合相關條件的旅客還可以單獨或連同其它文件使用中華人民共和國護照等證件過境、訪問和居留香港及澳門。
 | 此條目需要補充更多來源。 (2016年7月10日) |
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1898年8月6日生效的《展拓香港界址專條》規定，九龍向通新安陸路，中國官民照常行走。1938年廣州淪陷後，港英政府為阻止大量內地難民湧入香港，在邊界架設鐵絲網，修築工事，宣佈邊界為禁區，中國大陸居民往來香港受到一定限制。1941年12月日軍侵佔香港之後，日軍拆除了邊境木樁標誌，使這一時期再度成為無界址時期，兩地居民恢復自由往來[7]。
中華人民共和國成立後一段時期，中國內地和港澳居民仍可以自由往來，不受限制。1951年2月，中國政府封鎖了廣東與港澳接壤的邊界，並在邊境上建立了邊防檢查站。同時規定凡是有親屬在港澳地區的內地公民，需前往港澳地區探親、治病、奔喪的，可以申請領取通行證赴港澳。申請人必須事前攜帶戶口簿或區、鄉政府書面證明及本人證件，向戶口所在地公安機關辦理申請手續，經批准後再領取出入境通行證，並從指定的口岸出入，往來香港的從深圳羅湖口岸出入，往來澳門的從珠海拱北口岸出入。同年8月2日，中華人民共和國中央人民政府頒佈了《關於往來香港、澳門旅客的管理規定》，由此中國內地居民往來港澳需要憑證出入。當時廣東省居民持用的通行證有《廣東省人民政府出入口定期通行證》、《廣東省人民政府出入口單程通行證》和《廣東省人民政府出入口來回通行證》，1951年10月統一為《廣東省人民政府公安廳出入通行證》，1955年3月改為《來往港澳通行證》，1956年7月又改為《往來港澳通行證》[7]。
1979年，深圳市為適應試辦經濟特區的需要，與香港有關部門就給少數因緊急經濟貿易活動去港人員簽發多次往返《往來港澳通行證》問題達成協議，商定持此證件前往香港，每次在港停留時間不超過7天，不受出境名額限制。當時只限於深圳市公安局和廣東省公安廳簽發這種證件，且數量不多。1981年，中共中央、國務院批轉廣東、福建兩省特區工作會議紀要，肯定了這一做法，規定深圳特區公務人員需要經常往來香港、澳門的可以發給《往來港澳通行證》，且多次往返有效。經廣東省人民政府同意，珠海、汕頭經濟特區也分別於1986年9月及1987年7月起為部分赴香港的經濟貿易業務人員簽發這種證件。1981年6月30日之前，中國內地居民因私去香港、澳門由縣公安局受理審批，1981年7月1日起，審批權收窄到地區公安局[7]。
1982年9月，公安部將單程去港定居和雙程去港探親分開，分為前往港澳定居（單程）申請和短期去港澳（雙程）申請兩種。前者有嚴格條件，嚴格限額，嚴格審批；後者申請人數可逐漸有所增加。1983年9月1日起，中國內地居民前往港澳地區定居的，使用《前往港澳通行證》；而前往港澳地區探親、旅遊的使用《往來港澳通行證》[7]。
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1983年，廣東省公安機關與有關單位一起，在全國率先採取組織本省居民赴港澳地區探親旅行團的辦法，規定凡參加探親旅行團的人員只要交足往返旅費，港澳親友擔保按期隨團返回，即可得到批准。1983年11月8日，廣東省人民政府發出《關於開辦廣東省內居民赴港旅遊業務的通知》。1987年起，組織旅行團往港澳探親的做法被推廣到除西藏以外的中國內地各省、自治區和直轄市。1986年12月，公安部開始施行《中國公民因私事往來香港地區或者澳門地區的暫行管理辦法》，《辦法》規定中國內地居民前往香港、澳門，憑《往來港澳通行證》從指定的口岸（往香港是深圳羅湖、往澳門是珠海拱北）通行，返回內地也可從其他對外開放的口岸通行[7]。
1992年11月，公安機關作出規定，對各企業、各部門聘用、借調的並在當地住滿一年以上，同時辦理暫住戶口手續的外地戶口人員，允許參加港澳游。1998年3月，公安部制定《內地居民從事商務、培訓、就業等非公務活動往來香港特別行政區的暫行管理辦法》。根據《辦法》，廣東省只有省公安廳和深圳、珠海、汕頭三個經濟特區有權簽發多次往返《往來港澳通行證》[7]。
在1980年代至1990年代，中國內地居民申請的港澳通行證一般為僅有兩頁的證件，遞交申請時除需要提供身份證、戶口簿外，還需要提供所在單位開具的工作證明以及所在地派出所開具的家庭證明等證明材料，且實行「按需申領」的申請政策，每年有一定的簽發配額。而簽注也主要分探親、跟團游和商務，其中申請探親簽注還必須提供在港直系親屬發給申請人的邀請函，且只能探訪直系親屬，不能探訪表親親屬；而跟團游簽注除了需要提供旅行社參團證明外，還作出在港期間全程跟團，不得隨意脫團出行的要求[8]。
2002年1月，公安部在江蘇省率先啟用2000-1版往來港澳通行證及貼紙簽注，之後於5月起在全國範圍陸續啟用2000-1版往來港澳通行證及貼紙簽注，以取代1983年開始啟用的證件和印章式簽注，同時取消一次性旅遊通行證。新版通行證在防偽方面作出較大改進，同時載有國際標準機讀碼及中文機讀碼，以提高旅客通關速度。而證件頁數也由1983年版的16頁增加至32頁，以適應簽發1年、3年多次簽注的需要，同時增加應急資料頁，取消鋼印、發證機關印章、發證機關簽署人的姓名及現有住址欄目。申請人在申請通行證時，可先辦理通行證，直至需要出境時才辦理簽注，改變了需要同時辦理的情況。同時，申請人僅需憑身份證、戶口簿即可申領通行證，也取消了「按需申領」的制度[9][10]。之後，公安部於2007年啟用2000-2版往來港澳通行證，該版本僅作出小修改。
2009年4月1日，為應對國際金融危機，中央政府根據香港特區政府請求，在深圳市試行戶籍居民「一簽多行」個人旅遊簽注政策，即深圳戶籍居民持該簽注可一年內無限次前往香港。但隨着內地居民赴港旅遊人數的不斷增多，內地與香港出入境口岸壓力增大，赴港旅遊人數與香港旅遊承載能力的矛盾也日益凸顯。為此在2015年4月13日，公安機關出入境管理部門決定，深圳戶籍居民「一簽多行」政策調整為「一周一行」，每周（周一至周日）最多可前往香港一次[11]。
2014年5月20日起，公安部在廣東試點啟用電子往來港澳通行證（即2014版往來港澳通行證）。新版證件採用國際標準設計製作，樣貌從本式改成卡式，簽注也不再採取貼紙的方式，而是直接打印在證件背面，可重複擦寫。另外新版證件還與電子護照一樣，採用了符合國際標準的高安全性集成電路晶片，並標有電子旅行證件標誌（
）。新證將對16周歲以上（含）的申請人採集或核驗指紋，未滿16周歲者可以不採集，如有經常往來港澳需求的，可以在監護人的要求下採集指紋。另外，內地口岸邊檢機關對7周歲以上（含）、已留存指紋信息的持證人，均允許經自助通道通行；但對於從同時通航港澳的空港、海港口岸出境的，暫時無法提供自助通關服務；赴港澳旅遊團隊仍需按現行規定經由人工檢查通道出境[12]。此外，使用電子港澳通行證的旅客也可以在履行相應手續後使用香港的自助出入境檢查系統[13]和澳門的自助查驗系統[14]出入境。
2014年9月15日開始，公安部在全國範圍內發行電子港澳通行證，同時不再受理本式港澳通行證（2000版往來港澳通行證）的新申請[15]。仍持有本式港澳通行證且通行證仍在有效期內的，可以繼續使用原通行證申請港澳簽注並往來港澳。
國家發改委宣佈自2017年7月1日起，港澳通行證收費標準將由每證100元降為每證80元。一次有效簽注由20元降為每件15元，短期（不超過一年）多次有效簽注由100元降為80元，長期（三年以上，含三年）多次有效簽注由300元降為240元。[16]
2017年9月1日起，廣東省居民可以將在微信辦理的港澳通行證放入「微信卡包」內，居民可通過微信查看通行證簽注次數、續簽等信息。但電子版證件不具備實體證件的法律和實際使用效力，居民在辦理出入境檢查手續時必須攜帶實體證件[17]。2018年底，由前綴字母C和8位阿拉伯數字組成的證件號碼號段資源將盡，此號段資源使用完畢後，編制規則將進行調整，其中前綴字母C保持不變，第二位改為順序使用英文字母（I、O除外），第三位起仍然為阿拉伯數字，總位數仍為9位[18]。新號段證件起始號碼為第CA0000001號。
2019年4月1日起，包括往來港澳通行證在內的中國內地居民出入境證件實行「全國通辦」，即內地居民可在全國任一出入境管理窗口申請辦理護照，在異地辦理的條件和在申請人的戶籍地辦理一致[19]。
2019年6月起，停止受理本式港澳通行證（2000版中華人民共和國往來港澳通行證）的加簽業務。2019年9月13日，最後一批本式往來港澳通行證有效期限截止，所有持本式往來港澳通行證的內地居民須換領卡式的電子港澳通行證申請港澳簽注並往來港澳[20]。
2019年6月，國家發改委宣佈自2019年7月1日起，往來港澳通行證收費標準由每證80元降為每證60元[21]。
2020年1月28日，因防範2019冠狀病毒病疫情全國公安機關出入境管理部門暫停受理、審批、簽發內地居民赴香港、澳門團隊旅遊、個人旅遊簽注。[22][23][24]。2月7日起，暫停辦理內地居民赴香港商務簽注[25]。
2020年8月12日起分區域逐步恢復辦理赴澳門旅遊簽注（含團隊旅遊、個人旅遊簽注）[26]。2021年10月11日起在廣東省試行恢復辦理赴香港商務簽注，廣東省內企業機構工作人員及個體工商戶經營者赴香港從事商務活動的可向廣東省公安機關出入境管理部門申請辦理簽注，但疫情中、高風險地區及申請前14天內有疫情中、高風險地區旅居史的人員除外[27]。2022年11月1日起，內地居民可通過智能簽注設備提交赴澳門旅遊簽注申請，無需提交紙質申請材料，旅遊簽注將現場製發。[28]
2023年1月8日起恢復辦理赴香港旅遊簽注（含團隊旅遊、個人旅遊簽注，不包括深圳戶籍居民「一周一行」簽注）和赴香港商務簽注。[29]2023年2月6日起全面恢復辦理赴港澳各項簽注，並開放香港電子簽注。[30]惟全國多地智能簽注設備上辦理赴港旅遊電子簽注時只可辦理一次和多次簽注（限合資格人士），而無法辦理暫停前可直接在該設備上辦理的兩次赴港簽注。[31][32]
2023年2月9日，中華人民共和國出入境管理局決定，自2023年2月20日起在粵港澳大灣區內地城市（含廣州、深圳、珠海、佛山、東莞、中山、江門、惠州、肇慶）試點實施往來港澳人才簽注政策。[33]
2023年5月15日起，恢復實行內地居民赴港澳團隊旅遊簽注「全國通辦」，實施內地居民申辦赴港澳地區探親、工作、學習證件「全國通辦」，同時調整在澳門就讀的內地學生逗留簽注有效期由最長不超過1年，調整為與其在澳門就讀的學習期限一致。[34]
2023年12月底，全國人大常委李慧琼在出席全國人大常委會會議時，與多名人大代表提交建議，爭取進一步放寬一簽多行及自遊行城巿。[35]
2024年4月28日，國家移民管理局公佈內地居民赴港澳政策優化措施，包括：北京、上海等20個試點城市16周歲以上戶籍居民（國家工作人員和現役軍人除外）換發補發往來港澳通行證可線上辦理；赴港澳商務簽注可在全國任一公安機關出入境管理窗口提交申請，多次商務簽注申請人可使用智能簽注設備提交申請；赴港澳商務簽注持有人在港澳地區停留期限由7天延長至14天；將內地居民赴港澳人才簽注政策適用範圍擴大至北京、上海兩地；新增赴澳門1年多次「其他」類簽注；為參加「琴澳旅遊團」的內地居民簽發專門團隊旅遊簽注，參團人員入境澳門後，7日內可以「團進團出」方式經橫琴口岸多次往返橫琴與澳門。上述措施自5月6日起實施。[36]
2024年11月29日，中華人民共和國出入境管理局決定，自2024年12月1日起恢復深圳戶籍居民赴港旅遊「一簽多行」政策，同時將持深圳市居住證的外地戶籍人員納入「一簽多行」適用範圍，不再簽發赴港旅遊「一周一行」簽注；自2025年1月1日起，珠海市戶籍居民可以申請辦理赴澳旅遊「一周一行」簽注，橫琴粵澳深度合作區戶籍居民和居住證持有人可以申請辦理赴澳旅遊「一簽多行」簽注。[37]
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2014版正面
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2019版正面
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背面
2014年開始發行的電子卡式《往來港澳通行證》
- 正面（個人資料）
與此前啟用的新版港澳居民來往內地通行證一樣，卡式雙程證正面的左側為通行證持有者的照片，右側有縮微打印。通行證採用雙色熒光防偽設計。除此以外，通行證還包含以下資料內容：
- 通行證號碼：前綴字母「C」開頭，第二位為阿拉伯數字或英文字母（I、O除外），後接7位阿拉伯數字，標註於證件正面右上方
- 姓名：分兩行同時注有中文姓名和姓名的漢語拼音
- 出生日期：以「YYYY.MM.DD」之形式記載
- 性別（男／女）
- 有效期限：以「YYYY.MM.DD（簽發日期）-YYYY.MM.DD（失效日期）」之形式記載（發放給未滿16周歲的人士的證件，有效期為5年；發放給年滿16周歲的人士的證件，有效期為10年）
- 簽發機關：中華人民共和國出入境管理局（2019年6月1日前為公安部出入境管理局）
- 簽發地點：只記錄簽發所在省份（或自治區、直轄市）
- 證件機讀碼
- 背面（簽注）
卡式雙程證背面顯示所辦理的簽注信息，採用熱敏重印膜設計，其所包含的內容如下：
- 往來香港簽注、往來澳門簽注：這兩欄顯示簽注種類、往返次數、有效期和備註等信息，同時該欄也添加了簽注二維碼。簽注可重複擦寫。
- 自助通關提示：顯示預存指紋信息，可用於自助出入境檢查系統（"H"/"M" 代表已於申請時簽署允許港/澳地區使用預存指紋信息進行自助出入境檢查）
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| 2014版雙程證機讀碼順序標識 | |||
|---|---|---|---|
| 位數 | 字段 | 格式 | 說明 |
| 1-2 | 證件標識 | CS | 表示2014版往來港澳通行證 |
| 3-11 | 通行證號碼 | 前綴字母C，次位為數字或字母，後接7位數字 | 與正面視讀區證件號碼一致 |
| 12 | 校驗位 | 1位數字 | 3-11位校驗碼 |
| 13 | 空位 | < | 不適用 |
| 14-19 | 有效期 | YYMMDD | 證件有效期截止日 |
| 20 | 校驗位 | 1位數字 | 14-19位校驗碼 |
| 21 | 空位 | < | 不適用 |
| 22-27 | 出生日期 | YYMMDD | 持證人出生日期 |
| 28 | 校驗位 | 1位數字 | 22-27位校驗碼 |
| 29 | 空位 | < | 不適用 |
| 30 | 校驗位 | 1位數字 | 3-12位、14-20位、22-28位總校驗碼 |
| 注1：校驗碼採用ICAO Doc 9303標準； | |||
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封面
個人資料頁
本式《中華人民共和國往來港澳通行證》樣本（中華人民共和國公安部出入境管理局簽發，2014年停止發行，並於2019年全部過期）
- 個人資料頁
通行證包含以下資料內容：
- 通行證號碼：前綴字母「W」開頭，後接8位阿拉伯數字
- 姓名：分兩行同時注有中文姓名和姓名的漢語拼音
- 性別（男／女）
- 出生日期：以「YYYY年MM月DD日」之形式記載
- 出生地
- 有效期至：記載格式同出生日期（有效期為5年）
- 簽發日期：記載格式同出生日期
- 簽發地點：只記錄簽發省份（或自治區、直轄市）
- 證件機讀碼
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持證人須取得對應目的的簽注後方可前往港澳地區。簽注的英文字母表示漢字首字拼音，如G表示「個」。
對於各類簽注[38]，「三個月」「一年」是指該簽注允許旅客在簽注簽發之日起在三個月或一年內前往香港或澳門；「一次」「兩次」「多次」是指該簽注在有效期內允許旅客入境香港或澳門的次數；「逗留時間」「逗留」是指旅客在進入香港或澳門境內後允許停留的天數。
- 個人旅遊（G）：該簽注分為三個月一次或兩次、一年一次或兩次（兩次簽注僅限香港），每次在香港或澳門逗留時間不超過7天；申請者須擁有廣東省全省21個地級市以及內地其它省市的38個地級市/直轄市的戶籍；2024年12月1日起，深圳戶籍居民和居住證持有人另可辦理一年多次赴港簽注，一年內可不限次數往來香港；2025年1月1日起，珠海戶籍居民另可辦理一年多次赴澳簽注，每個自然周僅可前往澳門一次（橫琴粵澳深度合作區戶籍居民和居住證持有人為不限次數）。[5]
- 團隊旅遊（L）：該簽注分為三個月一次或兩次、一年一次或兩次（兩次簽注僅限香港），每次逗留不超過7天[5]；最初該類簽注僅供參加旅遊團前往香港和澳門，從中國內地出境時需要持有公安部認可的旅行社出具的港澳游團隊名單，返回中國內地時則無此限制。自2017年8月和9月起，從中國內地前往香港和澳門已不再需要查驗團隊名單，可直接通關，故該簽注在實際使用中已經和個人旅遊（G）簽注無異[39]。
- 探親（T）：該簽注分為三個月一次、三個月多次、一年多次，除三個月一次簽注逗留期為14天外，其他簽注每次逗留期限不超過90天。[5]
- 商務（S）：該簽注分為三個月一次、三個月多次、一年多次，每次逗留不超過14天。[5]從2022年開始，為防止港澳擔保公司弄虛作假，國家移民管理局嚴格審批商務簽注。
- 其他（Q）：該簽注分為三個月一次或兩次、一年一次或兩次、三個月多次，每次逗留不超過14天。[5]簽發對象是因治病、奔喪、探望危重病人、訴訟、應試、處理產業、學術交流等事由申請赴港澳及持港澳其中一地逗留（D）簽注申請赴港澳中另一地訪問的。[5]
- 地方性赴港政策：深圳市戶籍居民如有需接送港籍小孩、需經常前往香港醫治重大疾病、需照顧在港醫治重大疾病的親屬、需經常赴香港開展文化教育交流證明的深圳市高等院校及香港在深高校研究院的教育從業人員、深圳科研機構的科研從業人員、深圳市區級以上公立醫院及港大深圳醫院的醫療從業人員和其他涉及深港創新圈的非企業機構從業人員，可申請赴香港一年多次其他簽注。[41]
- 赴港逗留簽注持有人：可以申請三個月一次赴澳簽注。
- 赴澳逗留簽注持有人：在澳門就學或就業的內地居民，赴香港從事各項交流活動，可免交驗申請事由相關的材料申請三個月一次或兩次赴港其他簽注。交驗商務、工作會晤或業務交流、學術交流、參展、就醫探病、從事演藝活動、訴訟、處理產業和處理其他必要私人事務的申請事由證明材料情況下可申請三個月多次赴港其他簽注。其中赴澳門就醫的還可以有1至2名陪護人員隨同申辦同類型簽注。[42]
- 人才（R）：該簽注多次有效。在粵港澳大灣區內地城市、北京、上海工作的6類內地人才（傑出人才、科研人才、文教人才、衛健人才、法律人才和其他人才）可以申請辦理往來港澳人才簽注，根據實際需要可選擇單獨或者同時申請辦理赴香港人才簽注和赴澳門人才簽注。傑出人才可以獲發有效期5年的人才簽注，科研、文教、衛健人才可以獲發有效期3年的人才簽注，法律、其他類人才可以獲發有效期1年的人才簽注。人才簽注持有人可以在簽注有效期內多次往來港澳地區，每次在港澳停留不超過30天。[33]
- 逗留（D）：該簽注多次有效。發給赴香港隨任、就學、就業、居留、培訓以及作為受養人赴香港依親的；或者赴澳門隨任、就學、就業人員及經澳門有關部門批准赴澳門居留的就業人員親屬。
- 香港：簽注有效期按照香港入境事務處簽發的進入許可的最長有效期簽發，持證人應按香港進入許可的規定入出香港。[5]
- 澳門：前往澳門就學的，簽注有效期按照澳門教育及青年發展局批准的學習期限簽發；前往澳門就業和就業者親屬的，簽注有效期按照澳門相關部門批准的期限簽發。持證人每次在澳門逗留不超過澳門逗留許可有效期。[5]
- 已經停止簽發的簽注種類：
- 奧運（A）：多次有效，每次入境可逗留90天，僅在2008年北京奧運會期間簽發，申請人須持有奧運會身份註冊卡，且僅可在北京、天津、河北、遼寧、上海、山東、廣東公安機關出入境管理部門申請[43]。
- 訪問（F）：分為三個月一次、三個月二次、一年一次、一年二次（僅限香港），功能及申請地域限制與新版個人旅遊（G）簽注相同，手續較旅遊（L）簽注簡單。2007年更名為個人旅遊（G）簽注。
- 旅遊（L）：分為三個月一次或兩次、一年一次或兩次，功能和新版團隊旅遊（L）簽注相同，申請時通常需提供旅行社文件，赴香港每次最長可以逗留14天，赴澳門旅遊每次最長可以逗留7天。[44]2006年4月10日起停止簽發赴港澳團隊旅遊「14天一次有效」和「14天二次有效」兩種簽注，只簽發「7天一次有效」和「7天二次有效」兩種簽注。[45]2007年更名為團隊旅遊（L）簽注[46]。
- 培訓（P）：多次有效，首次入境截止時間和有效期根據香港入境事務處簽發的培訓類「進入許可」確定。[47]2006年4月10日起隨2005版往來港澳簽注合併至逗留（D）簽注。
- 乘務（C）：多次有效，每次入境可以停留14天，有效期為1-12個月，首次進入截止期限為自簽注簽發之日起3個月內。[47]2006年4月10日起隨2005版往來港澳簽注合併至商務（S）簽注。
- 就業（J）：多次有效，首次入境截止時間和有效期根據香港入境事務處簽發的就業類「進入許可」確定。[47][48]2006年4月10日起隨2005版往來港澳簽注合併至逗留（D）簽注。
- 就業者家屬（J1）：進入次數、首次入境截止時間和有效期與就業簽注相同。[48]2006年4月10日起隨2005版往來港澳簽注合併至逗留（D）簽注。
- 學習（X）：多次有效。赴香港的，首次入境截止時間和有效期根據香港入境事務處簽發學習類「進入許可」確定；赴澳門的，根據學生實際就學時間確定，最長一年。2006年4月10日起隨2005版往來港澳簽注合併至逗留（D）簽注。
對於赴澳門簽注，部分地區要求距離上次辦理簽注或出入澳門的日期超過一定天數（通常為上一個赴澳簽注發出之日起兩個月）才能重新辦理；赴香港簽注無此限制，隨時可以辦理。公安機關出入境管理部門受理往來港澳通行證或單獨受理簽注申請後，應當在7個工作日內予以簽發。因所在地區交通不便或者因特殊情況以及在非常住戶口所在地申請的，簽發時間可以延長至20個工作日。
自電子港澳通行證啟用後，中國內地居民可通過自助簽注機自助辦理簽注，全程僅90秒即可完成辦理及制證[49]。2019年開始，全國各地自助簽注機陸續增加了包括指紋識別、人臉識別在內生物特徵認證的步驟，要求申請人親自在自助機辦理，不能委託他人代辦[50]。如選擇在自助簽注機同時辦理及制證，每次對同一目的地的旅遊類型簽注的「立等可取」申請需間隔兩個月[51][50]，但有關規定並未嚴格執行[52]，實際上可以在赴港旅遊簽注用畢且已入境中國大陸滿24小時的情況下再次「立等可取」申請簽注。
受2019冠狀病毒病疫情影響，赴港澳旅遊自助簽注服務曾一度暫停，僅可前往人工窗口辦理[53]，一直至2022年11月1日恢復赴澳門旅遊自助簽注服務。2023年2月6日，恢復赴香港旅遊自助簽注服務[54]。
國家移民管理局委託的縣級以上公安機關出入境管理部門受理內地居民申請往來港澳通行證和簽注業務。相關業務收費如下：[55]
- 往來港澳通行證收費人民幣60元。
- 一次有效簽注收費15元，二次有效簽注收費人民幣30元。
- 短期（不超過一年）多次有效簽注收費人民幣80元。
- 一年以上兩年（含）以下多次有效簽注收費人民幣120元。
- 兩年以上三年（不含）以下多次有效簽注收費人民幣160元。
- 長期（三年以上，含三年）多次有效簽注收費人民幣240元。
國家移民管理局委託香港中國旅行社受理持通行證以內地逗留簽注在香港工作、就學、接受培訓的內地居民（包括其隨行家屬）以及在港工作的勞務人員的往來港澳通行證和簽注業務。[56]
| 收費類別 | 只辦簽注 |
|---|---|
| 往澳門一次有效簽注 | HK$250 |
特殊情況需遞函審批的，香港中國旅行社另收港幣200元。
持有《往來港澳通行證》的持證人，如已採集指紋並辦妥有效簽注，可在往來香港、澳門時使用邊檢自助查驗通道。[57]
2024年11月20日起，持有多次有效逗留、探親、商務、人才、其他類赴港澳簽注的往來港澳通行證持有人可以人臉識別代替出示證件[註 1]在深圳灣口岸或珠海拱北口岸的免出示證件通道通關[58][59]。
電子往來港澳通行證持證人可使用香港e-道服務，登記需要符合以下資格：[60]
- 年滿11歲[61]或以上；
- 持有有效電子往來港澳通行證及附有有效訪港簽注（逗留簽注除外）；
- 在申請通行證時已向內地發證機關簽署同意授權香港入境處使用其儲存於通行證晶片內的指紋模板；或者
- 在首次使用電子通行證來港時，使用傳統櫃枱並成功辦理入境及登記手續。
電子通行證持有人可使用設置於機場、港珠澳大橋、啟德郵輪碼頭、港澳客輪碼頭及中港客運碼頭的自助查閱機查閱是否符合資格使用e-道服務及赴港簽注剩餘次數。
7歲或以上的電子往來港澳通行證持證人，只要在申辦電子《往來港澳通行證》時，授權同意澳門治安警察局使用持證人的指紋模板信息，便可直接於澳門各出入境事務站自助過關通道辦理出入境手續，毋須再於澳門辦理登記手續。[62]
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