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曲頸龜亞目（學名：Cryptodira）是龜鱉目下的一個亞目，又稱潛頸龜亞目、隱頸龜亞目，分佈廣泛，陸地、淡水和海洋均有分佈，包含了大多數龜鱉類，其中現存的物種大都生活在淡水中。曲頸龜亞目與側頸龜亞目的不同之處在於，曲頸龜亞目回縮頭部時是S形彎折頸部後直接縮回殼內，而側頸龜亞目則是將頸部側向折回殼內。
曲頸龜亞目生物的體型相差巨大，體型最大的棱皮龜甲長可達256.5厘米，是龜鱉目中體型最大的物種，而體型最小的斑點鷹嘴珍陸龜（Homopus signatus）的最大甲長只有9.8厘米。
在身體結構方面，有的種類在背甲和腹甲結合處有下緣盾，大鱷龜（Macroclemys temminckii）在肋盾和緣盾之間還有上緣盾。除海龜科中某些物種外，本亞目物種腹甲與喉盾之間不存在間喉盾。本亞目物種的間喉盾、上緣盾和下緣盾在龜鱉目內均為最原始的形態[1]。
曲頸龜亞目的演化歷程主要在侏羅紀時期進行，到侏羅紀末期時幾乎已完全取代了側頸龜亞目在河水和湖泊中的地位，這時陸生物種開始發展。
曲頸龜亞目下共現存有3個總科，分別是海龜總科（Chelonioidea）、陸龜總科（Testudinoidea）和鱉總科（Trionychoidea）。過去曾有「動胸龜總科」（Kinosternoidea），現在被認為是最原始鱉總科的並系集合，因為它們不能構成一個自然類群[2]。
目前對於曲頸龜亞目的界定普遍有兩種說法，其一：曲頸龜亞目包含真曲頸龜下目，以及數個從化石得知的若干原始的已滅絕演化支。這個演化支範圍是由一些非常早分化出來的基礎類群、以及Centrocryptodira演化支（包含現存曲頸龜亞目，與現存物種的史前近親，也包含近代曲頸龜類）組成[2]。
另一個說法將「曲頸龜亞目」一詞限定為冠群演化支，範圍相當於近代曲頸龜類（Polycryptodira），按照這種版本的分類法，這時的曲頸龜亞目應被稱作Cryptodiramorpha。依照這個版本，側頸龜亞目和曲頸龜亞目就不再是姐妹分類單元了[2]。
備註：標「†」者，代表該分類單元已經滅絕。
曲頸龜亞目 Cryptodira
- 基礎屬
- †杭愛龜屬 Hangaiemys
- †副曲頸龜下目 Paracryptodira
- 真曲頸龜下目 Eucryptodira
- †大貝氏龜科 Macrobaenidae
- †闊胸龜科 Eurysternidae
- †近蛇頸龜科 Plesiochelyidae
- †新疆龜科 Xinjiangchelyidae
- †演化支 Centrocryptodira
- †甲尾龜科 Osteopygidae
- †中國龜科 Sinemydidae
- 近代曲頸龜類 Polycryptodira
- †阿杜庫斯龜科 Adocidae
- †南雄龜科 Nanhsiungchelyidae
- 鱉總科 Trionychoidea
- 陸龜總科 Testudinoidea
- 美洲鱷龜類 Americhelydia
- 鱷龜科 Chelydridae
- 動胸龜總科 Kinosternoidea
- 海龜總科 Chelonioidea
- †傍海龜科 Thalassemyidae
- †弓龜科 Toxochelyidae
- †Cynocercus Cope, 1872
- †Dollochelys Zangerl, 1971
- †Erquelinnesia Dollo, 1887
- †Glossochelys Seeley, 1871
- †Lophochelys Zangerl, 1953
- †Lytoloma Cope, 1870
- †Neurochelys Moody, 1980
- †Oertelia Karl, Biermann & Tichy, 2012
- †Osteopygis Cope, 1868
- †Porthochelys Williston, 1901
- †Prionochelys Zangerl, 1953
- †Propleura Cope, 1870
- †Protochelys Lydekker, 1889
- †Rhetechelys Hay, 1908
- †Thinochelys Zangerl, 1953
- †弓龜屬 oxocheloides Nessov & Khozatsky, 1981
- 海龜科 Cheloniidae
- 棱皮龜科 Dermochelyidae
- †原蓋龜科 Protostegidae
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