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太田朋子（日語：太田 朋子，1933年9月7日—），日本遺傳學家，主要貢獻在分子演化領域，1973 年，太田發表近中性演化理論[2]，提倡「分子階段的損害較小的突變（1990 年後，將優勢較少的突變也納入考量，）有利於生物進化」。此一假說是基於木村資生的「中性演化理論」，有別於前者主張的「有效種群大小與突變對生物進化有利於否並無關係」，近中性演化理論強調，遺傳漂變雖然會讓分子階段的損害較小的突變固定在該種群中，但如果該種群較大，遺傳漂變的效果就會減弱，導致大型種群的進化會比小型種群為遲。[3]
太田朋子生於日本愛知縣西加茂郡三好町，她的母親很開明，讓太田朋子從小就接受了非常良好的現代科學教育。1956年，她畢業於東京大學，之後去美國的北卡羅來納州立大學的生物統計系獲得了博士學位。1968年，太田朋子獲得北卡羅來納州立大學的博士學位後，返回日本，在木村資生的指導下參與和發展了中性演化理論。她提出近中性突變的的重要性，並由此發展了輕微突變的理論模型（slightly deleterious model）（Ohta, 1973）的「近中性演化理論」（nearly neutral theory of evolution）。她的模型比木村資生的嚴格中性模型更具普適性。
1981 年，太田成為第一屆猿橋獎得主，1984 年，獲選美國文理科學院的外籍名譽會員，成為首位日本籍女會員，1985 年，獲頒日本學士院獎，1996 年成為日本國立遺傳學研究所名譽教授， 2002 年獲選為日本的文化功勞者，同年也獲選為美國國家科學院的外籍院士，2015 年獲得克拉福德獎，2016 年獲頒日本文化勳章。
- Theoretical aspects of population genetics /Motoo Kimura and Tomoko Ohta (1971)
- Evolution and variation of multigene families /Tomoko Ohta (1980)
- Population genetics and molecular evolution : papers marking the sixtieth birthday of Motoo Kimura /edited by Tomoko Ohta and Kenichi Aoki (1985)
- Tomoko Ohta and the Nearly Neutral Theories: The role of a female geneticist in the neutralist-selectionist controversy/Tomoko Y. Steen (1996) Ph.D. Dissertation. (CORNELL UNIVERSITY)
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