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健康碼（英語：Health Code）是2019冠狀病毒病中國大陸疫情期間的定位追蹤應用程序，作為個人的電子通行證使用。該碼經讀取後可確認與證明持有人的健康情況，並以之出入需要出示該證明的場地。申請人通過填報個人信息健康狀況、旅遊史、居住地、及是否接觸過疑似或確診肺炎病患等問題，加上地方政府通過調取個人行程碼、場所碼等出行歷史信息以及對其訪問地點的風險評估，生成二維碼，分紅、黃、綠三種顏色，動態顯示個人疫情風險等級[1]。截至2020年4月，中國大陸已有200多座城市啟用基於支付寶平台的「健康碼」[2]，另外基於騰訊平台的防疫健康碼則覆蓋近20個省級行政區300多個市縣[3]。
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這個程式前身可回溯至2020年1月由阿里巴巴旗下，為企業員工管理提供支持的釘釘開發的「企業員工健康碼」。後杭州市人民政府推進重啟經濟與防疫需要，決定與釘釘、支付寶等企業合作開發杭州健康碼。杭州市數據資源管理局局長鄭榮新曾對外表示：「杭州健康碼就是企業員工健康碼的簡化版。」，而另一網路企業騰訊也幾乎同一時間，投入研發健康碼程式[4]。
2020年2月7日，因應當地復工之後爆發群聚感染事件，中共杭州市委書記周江勇在防疫例會上提出要推出市民健康碼[3]。2月9日，騰訊在深圳市推出「防疫健康碼」，深圳亦成為全國首個推出「健康碼」的城市[5]。
2月11日，阿里巴巴集團子公司螞蟻金服與杭州市人民政府合作開發健康碼，做到分類有序復工復產；直至2月15日，支付寶健康碼使用範圍擴大至杭州、寧波、溫州、紹興、金華、衢州、舟山、台州和麗水。2月16日，螞蟻金服宣布基於全國一體化政務服務平台，加快研發全國統一的疫情防控健康碼系統[2][6]。
2月29日，國家政務服務平台推出「防疫健康信息碼」，該信息碼逐步與廣東、上海等各地健康碼對接，實現跨省互認[7]。4月底，國家市場監督管理總局發布《個人健康信息碼》系列國家標準，實施後可實現個人健康信息碼的碼制統一、展現方式統一、數據內容統一，統籌兼顧個人信息保護和信息共享利用[8]。
3月2日晚，24個省市的健康碼無法在微信打開。阿里稱原因系騰訊全面封殺釘釘域名，騰訊則稱是因為該碼標記了「吱口令」，不符合微信外部連結管理規範。3月3日，雙方協調並整改後微信掃碼恢復正常。[9]
4月7日，中國民用航空局和中華人民共和國海關總署聯合發布公告，發布基於微信平台建立的防疫健康碼國際版。公告要求在特定國家居住的中國公民回國前第14天起每日填寫個人資料和健康狀況，未按上述要求填報的或填寫虛假信息的或將被拒絕登機[10]。
5月22日，杭州市衛健委召開專題會，推動健康碼常態化利用計劃，擬定在原搜集的健康碼中，集成電子病歷、健康體檢、生活方式管理的相關數據，把用戶的健康指標和健康碼顏色聯繫起來，建立個人健康指數排行榜[11]。
截至2022年，已有近9億人申領「健康碼」，使用次數超600億次。2022年12月，隨着中國大陸大幅調整新冠病毒感染防控政策，健康碼亦不再常用，因此也有了下線健康碼的聲音，認為「健康碼持續採集和處理個人訊息，對疫情防控已不再具實質意義」[12][13]。2023年2月14日，廣東省級健康碼粵康碼發布服務公告，宣布按照國家新冠病毒感染防控政策措施優化調整要求，抗原自測、老幼助查、健康申報、電子證照、防疫工作檯服務將於2023年2月16日11時起停止服務。[14]
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個人使用可選擇支付寶、微信、省級政務服務客戶端或小程序，申報個人資料並領取健康碼，無論是內地居民、港澳居民、台灣居民和外籍人士，均可完成實名認證。在支付寶和微信中申領防疫健康碼，數據都會連接到國家政務平台。到進入地市級選項後，會要求個人授權國家政務平台，獲取個人的姓名、身份證號、手機號和位置資訊[4]。在填報個人信息健康狀況、旅遊史、居住地、及是否接觸過疑似或確診肺炎病患等後，程式中就會自動生成二維碼。一些地區政府為了方便外籍人士申領，亦推出了英文版的健康碼[1][15][16]。
考慮到一些老年人和兒童沒有智能手機不能申領健康碼，一些地方推出了代辦申領健康碼的服務。被代辦人士根據當地情況，可憑市民卡（社會保障卡的變體）、打印後的紙質件等在相關場景驗碼通行，或由同行人代為出示[17][18]。而對於沒有出台代領規定的地區，特殊人士如需進入特定場所，可以出示身份證、紙質健康證明等來代替健康碼[19][20]。此外，針對學生無法攜帶手機進校的情況，一些地區開發了「智慧教育卡」等卡片，學生進校時在機器上讀卡，即可判斷健康碼狀態[21]。
中國大陸各地的健康碼由各地政府主導，其數據來源於各地大數據中心以及用戶自行申報的信息，用政府制定的算法、規則來運行[22]。
個人健康碼的數據主要來自大數據，再加上跨省市漫遊定位功能，可以清楚確認14天內的個人行跡[23]。而個人數據包括交通數據、運營商數據、金融機構支付數據等[24]。
2021年3月23日，國家衛生健康委規劃司司長毛群安表示，國家衛健委將積極推動通過技術手段，將核酸檢測、疫苗接種和是否去過中高風險地區等信息自動整合到健康碼，無需本人二次填報[25]。
健康碼分為「綠碼、黃碼、紅碼」三色動態管理。但是，由於各地疫情狀況與防控要求的不同，三種顏色代表的含義也有所不同。從全國範圍來看，綠色普遍代表該人士無異常，處於健康狀態，可正常通行。而黃色、紅色則代表該人士為需要隔離或醫學觀察的密切接觸者、來自疫情重點國家或地區且進入對應健康碼所在地未滿14天的人士、確診病例未痊癒患者、疑似病例未排除患者、發燒患者、無症狀感染者，均為不可正常通行。而部分城市則要求被賦予紅碼、黃碼的人士連續完成健康打卡方可轉為綠碼[2][26][27][28]。
之後多地出台新政策，對封控（閉）區居住人員、確診病例有時空交集的人員也被賦予黃碼，而後者須做好個人健康監測，並在規定時間內完成數次核酸檢測，結果均為陰性後黃碼自動轉為綠碼[29][30]。對於出現本土疫情的地方，如當地有組織開展區域核酸檢測，按照「應檢必檢、不落一人」的原則，已納入區域核酸檢測的人員但未參加的，其健康碼也會被賦予黃碼（根據地區不同，分為連續多輪不參加賦黃碼或該輪不參加賦黃碼兩種情形）[31][32]。
2021年5月3日，山東省衛健委發布消息稱，對已經接種2019冠狀病毒病疫苗的山東省健康碼持有人添加金色邊框，左上角註明針劑和盾牌，代表持有人已受到疫苗保護[33]。
2021年5月5日，廣州市級健康碼「穗康碼」進行系統升級，接種完第一劑疫苗的人士，穗康碼中間顯示一朵黃色木棉花；接種完第二劑，木棉花由黃色轉為紅色。穗康碼下方還將顯示接種針次和時間[34]。
2021年6月6日，福建省級健康碼「八閩健康碼」進行系統升級，現升級名為「福建碼」。接種第一劑的人士，綠色健康碼被金邊包圍，中間呈現圖標為彩色；接種完第二劑，不僅鑲上金邊，中間呈現的圖標也升級為全金色。圖標樣式為兩片榕樹葉環抱一朵水仙花。福建碼下方還將會顯示接種次數和接種時間。[35]。
2022年4月15日，武漢市新冠肺炎疫情防控指揮部決定，試點對核酸應檢未檢人員健康碼賦予「灰碼」管理。外省來（返）漢人員未及時落實三天兩檢落地核酸檢測的人員及在漢人員未落實48小時內核酸檢測者均會賦予「灰碼」。灰碼人員嚴格限制進入人群密集的公共場所（除醫療衛生機構外），嚴禁乘坐公共交通工具和網約車；完成採樣後，灰碼可自動轉為綠碼[36]。
2022年8月24日，重慶市自0時起中心城區市民健康碼全部轉為「橙碼」，在完成一次核酸採樣後自動消窗。彈窗第一天不影響活動，未做核酸檢測從第二天開始不得聚餐，不得參加會議和商務活動，不得前往人員密集和空間密閉公共場所[37]。
在進入居住小區、辦公地、公共場所、交通工具時，民眾需在進入前向工作人員出示健康碼，確認健康碼為綠色時方可進入。因此健康碼在新冠肺炎疫情期間，一直作為進入上述場所時的出入憑證[1][26][38]。在部分地區，健康碼可用於醫療機構掛號、就診及醫保結算[39]。預計在疫情結束後，健康碼將繼續作為市民（企業）工作、生活、經營等行為的提供數據服務的隨身服務碼，並將陸續推出更多數據、應用服務[16]。
2020年4月30日，浙江省在基於健康碼的實施經驗後推出個人「信用碼」政策並於5月1日起在衢州和杭州率先實施，通過對個人信用狀況進行評估後對應「藍、綠、黃」三個信用等級。不同信用等級對應不同的信用特惠、普惠政策[40]。
中國大陸官媒評論稱，「健康碼」的推出，旨在為推進疫情防控和復工復產工作更加高效、精準、科學、有序[41]。
根據2020年12月10日發布的《關於深入推進「互聯網+醫療健康」「五個一」服務行動的通知》，未來健康碼將與金融支付碼、市民卡等「多碼融合」應用[42]。
由於民眾出行需要同時展示健康碼和行程碼，為了方便通行檢驗，省去多重亮碼的麻煩，2021年9月國家政務服務平台將兩者整合，在一個頁面可以同時顯示健康碼和行程[43]。部分地區如浙江湖州也開發了自己的系統，集成健康碼和行程卡[44]。
2022年6月24日，國務院方面表示絕不允許非疫情因素對健康碼賦碼變碼。[45]
| 省份 | 健康碼名稱 | 主管單位 | 備註 |
|---|---|---|---|
| 北京市 | 北京健康寶 | 北京市經濟和信息化局 | |
| 天津市 | 津心辦 | 天津市大數據管理中心 | |
| 上海市 | 隨申碼 | 上海市大數據中心 | 設計之初即確定為政務服務二維碼，除出示健康碼亦提供多種服務 |
| 重慶市 | 渝康碼 | 重慶市大數據應用發展管理局 | 外地人員進入時需要掃描「入渝碼」[47] |
| 廣東省 | 粵康碼 | 廣東省政務服務數據管理局 | 廣州為穗康碼，深圳為深i您健康碼，全省統一系統 |
| 四川省 | 天府健康通 | 四川省大數據中心 | |
| 河北省 | 河北健康碼 | 河北省政務服務管理辦公室 | |
| 河南省 | 河南健康碼 | 河南省大數據局 | |
| 山東省 | 山東電子健康通行碼 | 山東省衛生健康委員會 | 青島為青島一碼通 |
| 山西省 | 山西健康碼 | 山西省衛生健康委員會 | |
| 湖南省 | 湖南省居民電子健康卡 | 湖南省衛健委 | |
| 江西省 | 贛通碼 | 江西省信息中心 | |
| 江蘇省 | 蘇康碼 | 江蘇省疾病預防控制中心、江蘇省政務服務管理辦公室 | |
| 遼寧省 | 遼事通健康碼 | 遼寧省營商局 | |
| 安徽省 | 安康碼 | 安徽省數據資源管理局 | |
| 福建省 | 福建八閩健康碼 | 福建省數字辦 | |
| 吉林省 | 吉祥碼 | 吉林省數字吉林領導小組辦公室 | |
| 黑龍江省 | 龍江健康碼 | 黑龍江省營商環境建設監督局 | |
| 廣西壯族自治區 | 廣西健康碼 | 廣西壯族自治區大數據發展局 | |
| 貴州省 | 貴州健康碼 | 貴州省大數據中心 | |
| 海南省 | 海南健康碼 | 海南省大數據管理局 | |
| 陝西省 | 陝西一碼通 | 陝西省政務大數據服務中心 | |
| 甘肅省 | 甘肅健康碼 | 甘肅省衛生健康委員會 | |
| 青海省 | 信康碼 | 青海省公共信用信息中心 | |
| 西藏自治區 | 藏易通健康碼 | 西藏自治區衛生健康委員會 | |
| 寧夏回族自治區 | 電子健康卡 | 寧夏回族自治區衛生健康委員會 | |
| 新疆維吾爾自治區 | 新疆健康碼 | 新疆維吾爾自治區衛生健康委員會 | |
| 全國通用版 | 防疫健康信息碼 | 國務院 |
 | 此條目需要更新。 (2023年6月21日) |
中國民航總局要求自2020年4月8日起，海外國家乘機回國的中國公民在出發日前14日起逐日填寫防疫健康碼國際版[10]（A-1），並要求乘機前向航司地服出示。航空公司需根據健康碼狀態及其他因素決定是否允許旅客登機[48]。發生誤填時，需聯繫中國外交部全球領事保護與服務應急熱線以便後台進行處理[49]。
2020年7月中國政府頒布《關於來華航班乘客憑新冠病毒核酸檢測陰性證明登機的公告》，要求所有赴華乘客在乘坐航班前進行核酸檢測。防疫健康碼國際版於7月27日新增「核酸碼」入口（B-1），申報人上傳核酸檢測陰性證明後經所在國使領館覆核後獲得帶「HS」標識的綠色健康碼。在部分未執行《公告》的國家，乘客可選擇使用A-1和B-1中任意一種進行申報[50][51]。10月底，國際版健康碼審批政策調整為需有2天內核酸檢測和血清抗體（IgM）檢測雙陰性證明，且僅接受在回國前的最後經停地所作的檢測報告，方可獲得「綠碼」登機[52][53]。
2021年1月，部分中國駐外使領館發布通知，重申旅行應符合「非必要、非緊急、不旅行」的要求，並宣布使領館在決定是否核發綠碼時將考慮旅行者出行的必要性，「一般性走親訪友」旅客即使檢測報告合格仍有可能無法獲得綠碼登機[54][55]。
為配合中國政府對新型冠狀病毒實施「乙類乙管」政策，入華旅客自2023年1月8日起在出發前無需再向中國駐外使領館申請健康碼[56]。2023年4月「防疫健康碼國際版」被整合入「國際旅行健康證明」小程序。國際旅行健康證明小程序於2023年6月30日下線[57]。
2020年5月3日上午9時起，澳門衛生局啟用澳門健康碼，該健康碼是個人健康聲明升級版，合併取代現時的入境口岸健康申報系統，暫時只適用於入境本澳和進入本地場所[58]。
2020年5月10日10時起，澳門健康碼與粵康碼（廣東省級健康碼）互認系統啟用。[59]
隨着2020年5月後粵港澳地區疫情形勢向好，香港大學感染及傳染病中心總監何栢良認為，粵港澳已有條件放寬跨境限制。他還同時認為，香港政府可引入澳門及中國內地部份地區的「健康碼」，以代替現有的檢疫措施[60][61]。 不過，有關做法引起香港醫療界，飲食界及人權組織批評[62]，政府其後宣布押後。[63]香港行政長官林鄭月娥在8月21日舉行的記者會上表示，若香港疫情穩定後，可落實「健康碼」實施，但僅供出入境時使用，且只記錄出入境者個人資料，以及有效的核酸檢測結果，無任何追蹤功能。有建制派政黨建議，檢測陰性才可以用「本地健康碼」進入餐廳處所，林鄭月娥駁斥指不切實際[64][65]。
2020年9月6日，政務司司長張建宗表示，待香港疫情穩定後落實使用「健康碼」，用作豁免強制檢疫，方便市民往來粵港澳三地，以放寬出入境限制。[66]
2020年11月24日香港推出安心出行手機應用程式，逐漸擴大使用地點，後強制使用。但安心出行目前只根據接種新冠疫苗的次數，顯示綠碼或紅碼，沒有黃碼。[67]
2022年7月11日，香港政府準備更新安心出行，新增黃碼。除了讀取接種新冠疫苗的資料，也會通過核酸檢測是否陽性等情況決定健康碼的顏色。[68][69]
2020年11月21日，中華人民共和國領導人習近平在2020年二十國集團利雅得峰會視訊會議上發言，提出以國際互認的「健康碼」機制實現人員往來和貨物流通[70]。24日，中國外交部發言人趙立堅表示，健康碼國際互認機制正處於起步階段，後續工作將圍繞着國家間機制互認、信息保護、數據應用等進行。中方將就此同有關方面進行溝通[71]。
由官方文件顯示，該應用程式可以提取政府收集的各種各樣個人數據，具深度和廣度的大規模監控。而所用系統與官方追蹤「重點人員」（指當局認為有問題的幾種廣泛人群，包括突厥裔穆斯林和吸毒者）的系統為同一套，而差別在於以改造針對與病毒感染者有密切聯繫人的追蹤[72]。
2020年3月，上海瑪娜數據科技發展基金會數據倫理研究員胡曉萌、文賢慶、孫保學指出，除了上海、廣東、貴州的健康碼和國家政務服務平台小程序上的全國健康碼以外，其餘省市的健康碼在註冊時均不需要用戶同意服務協議和隱私政策（部分僅要求同意和支付寶之間的授權協議），用戶知情同意權未能得到尊重。[73]
在「健康碼」推出後，《紐約時報》記者對「健康碼」代碼的分析發現，該系統不僅可以實時判斷某人是否具有傳染風險，亦會與公安機關共享用戶資料，監視其位置以及健康狀況，會把用戶個資、位置和識別碼發給伺服器，在疫情結束後可能會長期存在，繼而幫助政府進行監控[74]。人權觀察組織中國研究員王松蓮認為「健康碼」是「中國開展大規模監控歷史上的里程碑事件之一」[2][75]。也有民眾認為個人的醫療隱私可能被不當濫用[1]。由於此問題產生的爭議，導致區域歧視頻傳，系統故障欠缺配套補救措施，因此也招致不少民怨與糾紛。例如一名返回上海工作的湖北人被賦予紅碼，也有一些民眾的健康碼在車站前突然變色[2]。《解放日報》旗下上觀新聞聲稱，「武漢人出省目的地碼默認紅碼」的說法不實[76]。而個人被賦予類別（顏色）後，幾乎缺乏覆核或申訴的途徑[72]。2020年7月，中華人民共和國外交部發文表示「借疫情利用大數據技術開展大規模監測，侵犯公民隱私權」系謬論[77]。
杭州市衛健委在5月22日推出計劃，有意將原有的健康碼集成更多個人健康資料，將構築整體的健康評分體系，與不同的市民、社區和企業進行對比和排名。計劃一經報道，在社交媒體引發軒然大波，大量網友質疑有關數據的收集侵害了個人隱私，也有可能導致歧視情況發生[78]。有評論指這是商業和行政盲目的合謀，認為在電子政務的樣板城市提出升級健康碼，會是一個不好的示範做法[11]。
2020年12月底，北京健康寶（北京版健康碼）被曝發生個人信息泄露事件，其照片、身分證號碼及相關核酸檢測信息被放上網售賣，包括3元打包「時代少年團」7人的健康寶照片、2元打包70多名藝人健康寶照片，以及1元出售1000多名藝人身分證號碼等。[79]有關買賣交易最先出現在明星「代拍」行業的群組，只需在「北京健康寶」小程序中註冊本人信息，通過「健康服務預約查詢」中的「他人核酸檢測結果代查」，輸入明星姓名與身分證號碼，毋須再次人臉識別，即可獲得相關明星的健康寶照片，甚至可得到該人的檢測結果、檢測機構及檢測時間。隨後經媒體查證，部分明星的資料屬實。而負責研發北京健康寶的北京中關村科學城城市大腦公司一名公關稱，該公司正跟進事件，有相關信息會及時公布[80]。
2021年11月，人權律師謝陽不顧當局的警告，計劃從長沙前往上海探望政治異議人士張展之母。在出行前，他已數週沒有離開時無確診病例的長沙，且健康碼爲綠色。在6日清晨到達長沙黃花機場將登機時，他卻發現健康碼變成紅色，將其標示為「高風險」，致使他險些被機場安保人員扣留隔離。[81][82][83][84]他設法脫身回家，次日健康碼又變回綠色。謝陽因此指責當局濫用健康碼以阻止他出行，並批評這是「一種無成本的監控模式」。據報道，709案涉及的多位律師都曾在社交平台抱怨其健康碼異常，並暗示與政治因素有關。[85][86]
2022年6月15日，多名停工樓盤業主向澎湃新聞表示，他們曾去當地銀監會等部門反映樓盤的相關違規問題，不久後被賦紅碼。[93]
2022年7月7日，據第一財經日報報道，河南村鎮銀行多位儲戶稱又被賦紅碼。[94]
2022年8月3日，商丘市民權縣發出「全域人員賦碼管理通知」，決定對全域人員賦碼管理，其中綠洲街道、南華街道、北關鎮、王橋鎮、老顏集鄉、白雲寺鎮、野崗鎮等7個高風險區人員賦紅碼管理，伯黨鄉、花園鄉、胡集鄉、人和鎮、雙塔鎮、孫六鎮、王莊寨鎮、林七鄉、褚廟鄉、莊子鎮、程莊鎮、龍塘鎮等12個中風險區人員賦黃碼管理。此前自7月25日以來，民權縣靜態管理已超過9天，並提出「對7月20日以來進入民權縣域停留4小時以上，目前已離開民權縣域人員賦黃碼管理」[95]。8月4日，商丘市疫情防控指揮部發布回應稱，在發現該情況後立即進行了糾正[96]。
2022年10月8日，浙江省寧波市北侖區發布公告，將對所有河南在甬人員賦紅碼，被批評為「一刀切」。次日當地就此事件致歉。[97]
健康碼在發布初期便發生多次系統疏漏事件，包括不能修改個人資料、自動登錄體溫37度等。此外，用於輔助健康碼使用、確認14天內行程的通信大數據行程卡也存在省界附近信號重疊以致未出省卻顯示到過鄰省的問題[98]。
據美國之音報道，台灣人工智能、機器深度學習專家、國立清華大學電機系副教授李祈均認為，健康碼使用情境特殊，以及涉及疫情傳播或是染疫高風險族群等敏感的問題，在收集資料的過程中若有AI技術加入，並配合決策者訂定指標並整合資料訓練，再對使用者層層標記，不僅可以免除隱私疑慮，精準分析判斷民眾情況，對專家防疫也能夠有更好的回饋[1]。
2020年5月6日上午（五一勞動節假期後的第一個工作日），杭州健康碼發生大規模故障，隨後杭州市健康碼工作專班表示此為接口不穩定問題所致[99]。除此之外，北京、江蘇等地亦有類似故障，一樣為接口問題所致的故障[100]。另外，2021年12月，在疫情不斷升溫下，陝西西安要求持48小時內核酸陰性報告上班首日，用於查看報告、登記檢測的健康碼「一碼通」因使用量激增，出現了無法打開的情況，當局建議民眾非必要情況不要打開健康碼[101][102]。
由於各地健康碼自成系統，造成了一些健康碼只在本地有效，一旦跨地區就不靈。而圍繞健康碼能否互通的問題是各地的風險程度、資料的共用、防疫措施等內容[72]。
儘管有省份疫情防控健康碼已實現跨省互認，而後在2月29日中國國家政務服務平台推出全國通用的「防疫健康信息碼」[7]，但仍有一些地方的健康碼不能實現互認，或者出現一地多碼的現象，群眾和監管部門更是期望實現「一碼通」[103][104]。但是，國家衛生健康委員會人口家庭司司長楊文莊表示，目前在全國實現「一碼通行」的環境和條件尚不成熟，主要是不同省份的風險等級、響應級別和防控要求不同[105]。2020年3月18日，中共中央政治局常委會會議強調必要的健康證明要做到全國互認。國務院辦公廳會同各地區和國家衛生健康委等有關方面，推動建立了「健康碼」跨省份互認機制，依託全國一體化政務服務平台實現了各省（區、市）防疫健康信息共享、「健康碼」互通互認，全國絕大部分地區「健康碼」已可實現「一碼通行」[106]。
2020年12月10日，國家衛生健康委、國家醫療保障局、國家中醫藥管理局聯合發布《關於深入推進「互聯網+醫療健康」「五個一」服務行動的通知》，要求實現健康碼「統一政策、統一標準、全國互認、一碼通行」，切實方便人員出行和跨省流動[42]。
2021年1月15日，國家發展改革委副主任連維良在全國春運電視電話會議上表示，春運期間要落實好防疫健康碼「統一政策、統一標準、全國互認、一碼通行」。並指，全國健康碼互認目前相應技術條件已經具備，如果一些地區因疫情形勢，升級了防控措施，確有特殊需要不認外地健康碼的，必須先向國務院聯防聯控辦公室、春運疫情防控專班報告，通過批准才可執行[107]。
2022年3月，北京健康寶大規模彈窗事件。[需要解釋]
2020年8月，黑龍江哈爾濱一年長者因沒有智能手機，無法掃描健康碼而被公交司機拒載，此事件引發爭議。其後，哈爾濱市交通運輸局回應稱，無法掃碼的乘客如需乘車，可持健康證明乘車。然而這一對策也產生了新的問題，有市民質疑證明的可靠性，另外社區居委會也無法鑑定乘客的健康情況。而哈爾濱市交通運輸局又回應稱，計劃在9月初實現有實名城市通卡乘客刷卡乘車出行；既沒有智能手機又沒有實名城市通卡的乘客，有社區出具的健康證明即可乘車[108]。
2021年1月，有網友爆料Google Play應用商店上架了「健康碼演示」的應用程序，不僅可以根據用戶的需要隨意更改身份資料、顯示城市地區等，還能自行切換健康碼顏色。在應用程序的介紹中，寫明以上功能是「僅作為演示目的」、「請勿用於被掃瞄的場合」。有網友批評此應用程序涉嫌違法，擾亂防疫秩序，認為開發者「缺大德」。而該應用程序的介紹中提到開發公司為「派派科技」，地址是在浙江省杭州市上城區，但經記者調查，相關大廈的工作人員表示從未聽說過「派派科技」，所提到地址是屬於普通住戶，並非公司。1月12日，該應用程序從Google Play上下架，截至下架前已有超過1000次的下載量。隨後杭州警方將41歲開發者採取刑事強制措施[109][110][111]。
杭州政府積極探索健康碼上的額外服務，如看病就醫、景區預約。[112]2020年5月，杭州政府計劃將健康碼永久使用，嘗試引入個人健康評價制度。根據健康評分，健康碼的顏色從綠色漸變為紅色，而不是一般的綠黃紅三色。影響健康評分的因素包括運動、飲酒、吸煙和睡眠等。例如，飲酒200毫升導致健康評分下降1.5分，吸煙5支導致健康評分下降3分；如果步行達到15000步，評分則會大幅度上升5分。另外，健康評分還將與企業、樓宇、社區等諸多群體進行相連，從而得出總分。[113]個人健康評價令杭州市的智慧城市建設「一碼當先」，也確保市民對健康碼「愛不釋手」。但網友及專家質疑該種健康碼侵害個人隱私，也可能導致歧視。[114]
2022年7月下旬，廣東省人大代表劉世興提出，對未履行疫情防控個人責任如核酸應檢未檢人員、疫苗未全程接種人員，建議其健康碼賦予藍碼管理。對此，廣東省衛生健康委經綜合省政務服務數據管理局等單位意見後予以答覆稱，健康碼作為便利化出行措施，各地要嚴格健康碼功能定位，不得擴大應用範圍，切實防止「碼上加碼」。廣東省衛健委表示，暫不將疫苗未全程接種人員納入藍碼管理，原因是國家暫無相關政策支持，且並非全部人群都符合接種條件，部分人群由於存在接種禁忌不能接種或暫時不能接種，賦藍碼可能會對公民正常活動造成不便，導致群眾對政策的不理解、不支持、不配合；另外接種數據尚未實現全國聯網，各省人員的疫苗接種情況信息未能對接，無法根據外省接種情況進行準確判斷並賦碼，需要基層補錄省外接種數據，將更大地增加基層負擔。同時隨着接種政策調整和不同廠家疫苗接種程序變化，不同人群接種建議和要求也不盡相同，數據上難以動態精準掌握重點人群名單，且賦碼判斷規則複雜，需要頻繁調整，若調整不及時或規則判斷不準確，可能造成賦碼錯誤。對於核酸應檢未檢人員賦藍碼的建議，廣東省衛健委表示，廣東省已根據流行病學調查顯示曾與病例同時間段在重點場所逗留超過一定時間的人員，判定為重點場所涉疫風險人員，實施健康碼黃碼管理，賦黃碼人員應當按要求進行核酸檢測方可轉為綠碼，已初步實現代表提出的核酸應檢未檢人員納入健康碼管理的目標[115]。
疫情防控期間，全國範圍內出現了大量不同種類的二維碼。首先大規模推行健康碼的省份浙江省，又面向企業推出「浙江企業碼」，該碼提供掃碼、名片、政策、直辦、訴求、融資、合作、信用等應用，企業可以獲得數字化名片，快速辦理高頻事項，提交訴求並得到回覆[116]。此外，全國範圍內還有行業碼、公司碼、社區碼，機場的登機口碼等，一次出行需要多次掃碼、多次填寫個人的相同資料，且這些二維碼大多互不通用、互不相認。為此，在全國兩會期間，全國政協委員、月星集團董事局主席丁佐宏於2020年5月23日建議，清理各種「散裝碼」，使國家版健康碼成為唯一的「健康碼」[117]。另外，全國政協委員、民進山西省委會副主委、太原市副市長焦斌龍提出類似提案，建議將「健康碼」納入全國統一管理[118]。而國家林業和草原局則透過微信推出「防火碼」小程序，登記遊客遊園信息。[119]
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