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清黨，是1927年到1928年中國國民黨採取的清除黨內部分人士的政治運動和組織措施。[1]清黨的重點是清除黨內的中國共產黨黨員（第一期清黨名義上也兼及國家主義派及西山會議派，但未實行）。但是實際受到波及的國民黨黨員遠超這一範圍。[2]
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1923年6月，在蘇聯的壓力下，中國共產黨第三次全國代表大會確定了全體中共黨員以個人名義加入國民黨，與國民黨建立革命統一戰線的方針。1924年1月，在共產國際和中國共產黨李大釗等人幫助下，孫中山在廣州召開中國國民黨第一次全國代表大會，改組中國國民黨，提出聯俄容共。大量中國共產黨人以個人身份加入中國國民黨，如組織部長譚平山、農民部長林伯渠等，協助國民黨建立國民政府。此後，國民黨和共產黨開展第一次國共合作，掀起國民大革命。但國共兩黨的關係也存在問題。清黨發生前，國民黨內曾先後發生過排斥共產黨的事件。1924年6月，國民黨中央監察委員張繼、謝持、鄧澤如等人提出《彈劾共產黨案》，引發國民黨一屆二中全會通過訓令對他們進行懲戒。1925年起，各地成立孫文主義學會。1925年11月，國民黨內部分保守人士召開反共的西山會議，形成西山會議派，與廣州國民黨中央對峙。1926年3月發生的中山艦事件也引起了國民黨排斥中國共產黨的疑慮。[1]
1925年孫中山逝世後，國民黨內部分化。汪精衛掌握政權，蔣中正則掌握軍權。1925年11月23日，國民黨右派在北京西山碧雲寺召開的「國民黨一屆四中全會」，並通過決議宣布中國共產黨非法，並通過了「取消共產黨員在國民黨中之黨籍」、「開除國民黨中央執行委員會中的共產黨員」、「解僱顧問鮑羅廷」等反蘇、反共、反對國共合作等議案，是為西山會議派。
會後，此派人士在上海成立「國民黨中央黨部」，與廣州國民黨中央相對抗。西山會議派的主要政治綱領是反共，反對汪精衛的「聯共」，長期與支持「聯俄容共」的以廖仲愷、鄧演達為首的國民黨左派不合。
1924年底，主管中共的共產國際代表鮑羅廷，因為要求中共合作為上、以及壓制廣州工人罷工，遭到陳獨秀向遠東局投訴。1925年1月，在遠東局書記維經斯基支持下，中共決定增強自主，強化鬥爭。1925年，鮑羅廷允許中共擴大國民黨「左派」，招募產業工人為國民黨員。1926年，中國共產黨在政治顧問鮑羅廷影響下，以「黨的力量在前，革命的武力在後」為理由，在國民革命軍中發表北伐必敗論，並於廣州市區散發傳單反對國民革命軍北伐。6月，中國共產黨中央會議討論北伐統一問題，並通過反對北伐的重大決議[3][4]。
1926年春，蘇聯領袖加米涅夫、共產國際領袖季諾維也夫及其支持者組成新反對派，向托洛茨基傾斜，雙方組成反對同盟（聯合反對派），共同反對斯大林的中國政策。在爭論中，中國北伐成為爭論熱點。斯大林忽視共產主義意識形態，選擇一條較實際政策。他告訴中國共產黨停止煽動下層群眾，遵守中國國民黨命令。與列寧一樣，斯大林認為中國國民黨資產階級在中國可以打敗西方帝國主義並完成革命。而托洛茨基則想讓中國共產黨繼續正統的無產階級革命，並且反對中國國民黨。在北伐中，斯大林資助中國國民黨[5]。在秘密談話中，斯大林反駁托派批評，認為蔣介石右翼代表是中國唯一可以擊敗帝國主義的力量，不僅如此，富有商人還可以資助蔣介石，因此可以像檸檬一樣在被榨乾用處之前利用他的軍隊[6][7]。
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1926年3月，蔣介石武力平息中山艦事件，和鮑羅廷及中國共產黨間產生齟齬，國共關係陷入危機。陳獨秀、鮑羅廷對中國國民黨右派妥協。5月15日至5月22日，中國國民黨二屆二中全會在廣州召開，通過譚延闓、蔣中正等9人聯名提出的排斥共產黨的《整理黨務案》，將赤色分子排擠出國民黨中央領導機關，並打擊國民黨左派。該提案蔣介石事先取得了蘇聯顧問鮑羅廷的同意。中共中央和鮑羅廷一樣採取了妥協態度。[8]其主要內容有：
- 加入國民黨的共產黨員在國民黨中央、省、特別市黨部中擔任執行委員，其數額不得超過各該黨部委員數額的三分之一；
- 共產黨員不得擔任國民黨中央各部部長；
- 國民黨員不得加入共產黨；
- 共產黨須將加入國民黨的共產黨員名單交國民黨中央主席保存；
- 共產黨對參加國民黨的共產黨員的指示，須事先提交國共兩黨聯席會議通過方能下達。
1926年7月1日，國民革命軍從廣州誓師北伐，蔣中正任總司令。9月7日，北伐軍攻占漢口，11月8日攻占江西南昌，蔣到南昌指揮進攻孫傳芳。11月11日，廣州國民政府決定遷都武漢，蔣則極力主張遷都他控制的南昌。11月22日，第三國際在莫斯科召開第七次大會，布哈林批評中國共產黨在暴力奪取土地所有者土地方面不夠堅決，要求中國共產黨在支持民族革命同時，着手解決農民覬覦地主土地問題。會後便採取所謂土地革命與國民革命上的雙重支持策略[9]。12月9日，國民政府遷至武漢。一個月後，南昌中國國民黨中央政治會議議決，中央黨部駐南昌。蘇聯顧問鮑羅廷及武漢的國民黨左派試圖阻止手握軍權的蔣介石掌控黨權及政權，這就迫使蔣介石考慮奪取上海、南京，以同武漢方面分庭抗禮。
1927年2月21日，中國國民黨武漢中央決定召開二屆三中全會。2月26日，蔣介石在南昌召開中央政治會議，要求蘇俄第三國際撤回鮑羅廷。蔣手下少壯派陳果夫、陳立夫、溫建剛等，一面全力奪取其軍力所及之各地黨政權力，一面加緊準備與武漢破裂之條件。其中關鍵之處，是取得北伐軍所過法理上之黨政大權。隨着南昌會議召開，原本蘇聯與中國共產黨和中國國民黨左派在江西占優勢的中國國民黨部相繼被搗毀。3月6日，中國共產黨黨員、江西省總工會執行委員、贛州總工會委員長陳贊賢，被槍殺。隨着國民革命軍向北向東推進，這股奪權風潮從江西迅速擴展到安徽、福建、浙江[10]，陸續在九江、安慶、寧波和南京搗毀中國國民黨左派報社、工人總工會與中國國民黨左派領導黨部，槍殺、逮捕中國共產黨員與抗議遊行之工人群眾。但由於軍隊不能久留一地，往往軍隊一撤走，共產黨和國民黨左派便推翻親蔣的國民黨黨部。另外蔣介石的奪權合法性不足，做法迂迴，北伐軍一些部隊指揮官及政治作戰人員也不贊成，所以蔣介石沒能有效奪權。[1]
1927年3月10日至3月17日中國國民黨二屆三中全會後，其執監委暨候補委員80名中，中國共產黨員約佔三分之一，中國國民黨左派亦佔三分之一，中國國民黨中央黨部各部部長暨其秘書，中國共產黨員亦佔一半以上，至此國民政府已由蘇聯顧問與中國共產黨全權把持[11][12]。 會議增設勞工部、農政部，中國共產黨員蘇兆徵任勞工部部長、譚平山任農政部部長、林伯渠任軍事委員會秘書長。另組成武漢中華全國總工會，以向忠發、劉少奇、李立三為首組織武裝衛隊，動私刑殺害他們判定之工賊。史達林派羅易到武漢協助鮑羅廷，組織農工階層展開土地革命，農民協會、土地委員會成為有武裝權力的組織。
在武漢，鮑羅廷成立「中國國民黨中央執行委員會暨國民政府委員會臨時聯席會議」，憑藉在中國共產黨與中國國民黨左派取得政治主導權，以「提高黨權」、「反對軍事獨裁」、「打倒新軍閥」為理由，於1927年3月10日，中國國民黨二屆三中全會通過《統一黨的領導機關決議案》，通過「統一革命勢力」、「統一黨的領導機關案」等反蔣方案，隨即在蔣介石北伐途中剝奪蔣的主席職務，將其降為普通委員。[13]。全會結束後不久，武漢國民政府有一個俟機逮捕蔣介石的秘密命令，交給江右軍總指揮程潛執行，但程潛沒有執行[14][15][16]。蔣在南昌發表《告黃埔同學書》，表明不接受該決議。面對親蘇勢力倒蔣，蔣決計和中國共產黨斷絕關係，與剛回國的汪精衛商討發動清黨，驅逐蘇聯顧問，與中國共產黨決裂。汪精衛提出避免過激解決辦法，建議蔣親自去武漢說服中國共產黨，把國民政府和黨部遷到南京。
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1926年10月，中國共產黨組織上海工人反對北洋軍閥政府，「第一次武裝暴動」失敗。1927年起，在蘇聯帶領下，中國共產黨持續排外，上海財閥虞洽卿和錢永銘到南昌親訪蔣，答應為蔣籌集軍費，條件是要求蔣「維持上海現狀，反對赤化」。 2月19日，國民革命軍東路軍前敵總指揮白崇禧佔領杭州。2月22日，中國共產黨在上海發起「第二次武裝暴動」，再次失敗。 3月20日晚，國民革命軍東路軍進入龍華，包圍上海。3月21日，上海工人在中國國民黨鈕永建和中國共產黨周恩來等領導下，發起「第三次武裝暴動」，占領租界外的上海市區，建立一支工人糾察隊2,700人[17]。3月22日，國民革命軍東路軍前敵總指揮白崇禧率軍開進上海。北伐軍先後克復上海、南京[18]:13。
3月24日，國民革命軍中路軍攻下南京。國民革命軍魯滌平、程潛、賀耀組等部殺害、掠奪外僑。英、美、日領事分別報告，以大量事例證明搶劫領事館是由中國共產黨主導[19]:527[20]:723-726，蔣下令追查負責任者。英美軍艦以此為由炮擊南京，遂形成國際衝突，是為「南京事件」。入南京部隊與英國人發生衝突，英艦炮擊南京，蔣嚴電阻止事態擴大，靜候政府以外交解決[18]:13。 3月25日，白崇禧說：「工人一旦有擾亂，駐軍必將負責繳械。」3月28日，中國國民黨中央監察委員吳敬恆、蔡元培、張人傑、李煜瀛在上海提出護黨救國案。3月29日，中國共產黨請示蘇聯，強調準備抵抗。
4月，中國國民黨中央監察委員會（中國國民黨元老蔡元培、李烈鈞等）舉發中國共產黨破壞革命，危害國本之逆謀，決議非常緊急處置案[18]:13。白崇禧任淞滬衛戍司令，配合蔣在上海清黨。
中國國民黨右派，如蔣等認為：「中國共產黨人在中國國民黨內部勢力日益膨脹，「黨中有黨」，如不早日剪除，今後會更難控制[10]。」另外，中國共產黨人在國民革命軍攻克的地方實行「打土豪、分田地」的政策，「無端殺害其所謂階級敵人，並剝奪其合法財產」，也被視為清黨事件發生的原因之一 [21]。
| 時間 | 地點 | 情形 |
| 3月20日 | 寧波 | 寧波總工會（共）被燒[23] |
| 3月26日 | 上海 | 上海總工會（共）槍決「反動」工人（國），佔領閘北[24] |
| 3月30日 | 杭州 | 工人總會（國）與總工會（共）流血衝突 |
| 3月31日 | 重慶 | 劉湘部隊（國）與工人糾察隊（共）槍戰，中共報死400人 |
| 4月2日 | 南昌 | 朱德部隊（共）槍決約二十國民黨人 |
| 4月7日 | 福州 | 約十名共產黨人被槍決 |
| 4月9日 | 廣州 | 李濟深部隊（國）與中共爆發衝突 |
| 4月9日-10日 | 廈門，寧波 | 國共衝突 |
| 4月10日-11日 | 南京 | 總工會（共）有人被殺 |
| 4月12日 | 上海 | 白崇禧部隊（國）與工會交火，25-30人（共）被殺 |
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北伐戰爭期間，國民黨從中央到地方的內訌愈演愈烈，不少不滿國共關係狀況的資深國民黨員焦慮不安，認為共產黨的奪權危險迫在眉睫。國民黨中央青年部長邵元沖在日記里記述了部分國民黨人秘密串聯，急於推動蔣中正對中國共產黨採取斷然行動。從南昌的陳果夫、溫建剛，到上海的邵元沖、吳稚暉、蔣夢麟、鈕永建，杭州的何應欽、王俊、蔣伯誠、顧祝同、潘宜之、白崇禧，從國民黨元老到高級將領乃至蔣中正的親信，此時都把矛頭指向共產黨，開始對這一問題形成共識。[1]
邵元沖赴杭州同何應欽、白崇禧等高級將領聯絡之際，1927年3月6日，奉命組建上海臨時政治委員會的吳稚暉與政治委員會委員鈕永建、楊銓同共產黨領導人陳獨秀、羅亦農約在鈕永建辦公室會面，商談整理上海國民黨黨務問題。雙方意見不同，陳獨秀還稱不出20年中國將實行列寧式共產主義。會後吳稚暉找到同為國民黨監察委員的李石曾、蔡元培，轉述了陳獨秀的說法，「石曾最是慷慨激昂, 蔡孑民也狠憤憤不平。」1924年國民黨一屆一中全會規定：「監察委員一人亦可行使監察職權」，「有二人以上到會即得開會」，12位正式監察委員中已有7人可確定立場（即吳稚暉、蔡元培、李石曾、陳果夫、張靜江、古應芬、鄧澤如），故吳稚暉等人有意開監察委員會會議彈劾中國共產黨。[1]
1927年3月10日到17日，武漢方面按計劃召開國民黨二屆三中全會，通過了一系列限制蔣中正權力的決議。蔣中正採取了針鋒相對的措施，貫徹2月21日南昌會議上決定的奪取各地黨政權力的方針。1927年3月15日，蔣中正離開南昌。3月16日，國民黨江西省黨部搗毀了國民黨左派控制的國民黨南昌市黨部，隨即封閉解散了共產黨及國民黨左派領導的各報刊及民眾團體。3月16日，蔣中正抵達九江。3月17日，國民黨九江市黨部及總工會等機關被搗毀。3月20日，蔣中正抵達安慶。3月23日，國民黨安徽省市黨部及其領導的民眾團體被搗毀。蔣中正主要依靠少數手下，藉助地方幫會，通過打、砸、沖，或者挑起左右派之間「械鬥」，從而區分敵我，壯大自身力量，奪取黨政權力。蔣中正也自行任命地方黨政高級官員。但蔣中正一直沒有發表同武漢方面決裂的公開言論，對武漢方面的指責不斷辯解，尊武漢方面為「中央」，並在公開場合對沿途各地奪權表示中立。蔣中正的手下也一直是藉助地方幫會奪權，不動用軍警政等合法力量。3月26日，蔣中正到上海後，繼續在公開場合表示服從武漢國民黨中央及武漢國民政府。[1]
邵元沖日記記載，3月21日張靜江從南昌到杭州，當晚約邵元沖、蔡元培等人談話。張靜江知道蔣中正認可南昌會議並且縱容部下在各地奪權，所以表示：「介石對於與共產黨分離事已具決心，南京定後，即當來寧共商應付。」次日上午，邵元沖等人與張靜江商議「此後應付事宜」。當日，獲悉國民革命軍已攻占上海，張靜江、蔡元培、蔣夢麟、邵元沖、馬敘倫等人即同車赴上海。3月25日上午，張靜江約李石曾、吳稚暉一起到前敵總指揮部會見白崇禧、潘宜之等駐上海高級將領，「共商應付黨務事宜」。吳稚暉表示「非分裂不可」，李石曾的態度 「亦激昂」。3月27日，眾人一起遷入蔣中正總部行營，和蔣中正「開會討論與共產黨分裂之辦法」。在討論中，吳稚暉主張以中央監察委員會名義提出《彈劾共產黨員及跨黨分子謀危本黨、動搖後方及賣國之行為案》，「然後再由監察委員會召集中央執行委員之非附逆者開會商量以後辦法，而開除及監視一切附逆及跨黨之首要等，聽候代表大會裁判云云。」由於通過公開宣布清除共產黨來否定武漢中央的權威，會涉及與蘇聯特別是蘇聯軍事顧問的關係問題，所以蔣中正一時猶豫。邵元沖日記記載，3月27日的會商沒有決定任何具體辦法，3月28日「繼續討論」。3月28日，東路軍總指揮何應欽、江右軍總指揮程潛等人都沒到，還需等江左軍總指揮李宗仁、政治部主任黃紹竑、總參謀長李濟深到後，才可以決定開展分裂的可能程度，所以3月28日的會議仍沒形成結論。3月29日，何應欽、程潛、古應芬等人到會，但是程潛態度搖擺，會議未形成結論。3月30日，因李宗仁等人仍沒到而休會。4月1日，李濟深等人到會，支持分裂，「惟同時得朱益之（培德）致介石函，勸介石一切慎重以退為進等語，介石又為躊躇。」邵元沖日記記載：「連日工人糾察隊等以武力猛撲租界等消息日劇，而當局者總遲日無所表示，疑事無成。」可見接連幾天的討論中，蔣中正始終未明確表示意見。[1]
4月1日，汪精衛從海外回到上海。4月2日上述眾人獲悉此消息。國民黨各派一向公開擁護汪精衛的黨內領袖地位，所以汪精衛回國對各派影響都很大。蔣中正傾向爭取汪精衛。邵元沖日記記載：「此間日內正擬以斷然手段處置者，乃不得不暫行延擱。」4月2日，眾人與汪精衛座談一天，告之武漢方面近來所為，尤其是中國共產黨控制上海工人武裝糾察隊，隨時可仿效武漢發生的以武力收回英租界，引起列強幹涉。但鑑於尚未形成確定意見，所以眾人也都沒將討論中的清黨告訴汪精衛。汪精衛只主張約武漢諸人來南京開會解決。4月3日，蔣中正、汪精衛、吳稚暉、李濟深、蔡元培等人商談，結果連態度最激烈的吳稚暉也轉而贊成汪精衛的意見，盼汪精衛出面請武漢方面國民黨中央委員來南京商討妥協方法。蔣中正當天日記稱：「稚老甚憤激，談言甚多，然其結果，乃欲與共黨暫時妥協，惟請在武漢中央委員回南京來耳。」蔣中正也發表通電稱：「自汪主席歸來以後，所有軍政、民政、財政、外交諸端，皆須在汪主席指揮之下，完全統一於中央。中正唯有統率各軍，一致服從。」4月4日晨，不知何處消息說，武漢方面已免蔣中正國民革命軍總司令職。蔣中正等眾人一早便到汪精衛住處，眾人斥責鮑羅廷及共產黨。經眾人推舉，吳稚暉「始言此次監察委員會提出對共產黨之彈劾案」，且表明依該方案對共產黨人「必將采斷然之處置」，對武漢方面因要保密「故只系通知而非商榷」，準備對武漢方面全面破裂。汪精衛當即「怫然」。黃紹竑、李宗仁等人忙稱：「如精衛有良策，不妨共商。」汪精衛提出：「（一）若此時同人認為共產黨破壞國民黨之情形急迫，且亟謀破毀租界，則彼可負責告獨秀使其制止；（二）武漢此時如有負於搖動軍政之命令，可以不受；（三）各地共產黨及工人隊如有反動情形，可以隨時以非常手段處置之。」眾人「乃決定暫照此條件進行」。但蔣中正當天晚些時候在對上海駐軍黃埔軍校學生訓話中，首次公開表示：「一切自有監察委員審察處理」，若監察委員認定武漢中央決定違反主義黨綱，便可宣布無效。[1]
4月4日午後1時，蔣中正等人離開汪精衛住處後，汪精衛隨即找到陳獨秀，說明了蔣中正等眾人的擔心。當時共產黨早有共產國際的指示，所以陳獨秀表示絕無其事。汪精衛、陳獨秀起草了《汪精衛陳獨秀聯合宣言》，陳獨秀代表共產黨宣布：「贊同國民政府不以武力收回上海租界的政策，亦贊同以階級合作政策組建上海市政府」；汪精衛代表國民黨宣布：「所謂國民黨將驅逐共產黨，壓迫工會與工人糾察隊云云，均系謠言。」宣言當天送報，4月5日早晨刊出。蔣中正、吳稚暉、李濟深、李宗仁等人見報後紛紛指責汪精衛。吳稚暉激烈指責汪精衛在宣言中用「聯共政策」、「兩黨合作」兩詞，表示「『聯共』二字，本不見條文，我們國民黨之條文上，止有容納共產黨員入國民黨而已。」依《總理遺囑》「止有老實不客氣說，治理中國只有國民黨，沒有聯了共產黨來共治的可能。」若共產黨想共治或獨治，國民黨自然不得不予「相當之制止」。4月6日，汪精衛不告而別，離開上海赴武漢。行前汪精衛有信給張靜江，表示唯有在南京召開第四次會議解決糾紛，實無其他出路，所以決定赴武漢爭取武漢多數同志同意。
邵元沖等人以為蔣中正「關於黨務事猶有所猶豫」，所以都以為原計劃擱淺。4月7日，邵元沖「與孑民、湘芹、稚暉、石曾、夢麟、夷初等共同遷出外間」，離開了豐林橋的蔣介石總部行營。[1]
與他們的判斷相反，蔣中正受汪精衛赴武漢的刺激很大。因為蔣中正聲明擁汪，前提是汪精衛須留在南京、上海。蔣中正認為汪精衛到武漢後肯定會支持武漢方面立場。為防止汪精衛影響國民黨各級黨部及黨員，蔣中正將汪精衛提的三條改成四條，在報紙上發表。4月8日，上海《民國日報》等報紙都刊登了《國民黨連日會議黨務之要點》報道稱：[1]
汪精衛、蔣中正、李濟深、李宗仁、黃紹竑、甘乃光、柏文蔚、白崇禧、宋子文、蔡孑民、古應芬、李石曾、吳稚暉等十餘人，討論近日國民黨被人把持情形。所有漢口之命令，上海及各地之行動，均極顛倒離奇，各有建議。最後乃共依汪精衛氏之主張，暫時容忍，出於和平解決之途。其主張辦法，即於四月十五日召集中央全體執行監察委員聯席會議於南京，以求解決。在未開會以前，汪精衛氏贊成暫時應急之法數條如下：
- （一）汪精衛負責通知中國共產黨首領陳獨秀，立即制止國民政府統治下之各地共產黨員，應即於開會討論之前暫時停止一切活動，聽候開會解決。
- （二）對中央黨部及國民政府遷鄂後，因被操縱所發命令，不能健全，如有認為妨害黨國前途者，於汪同志所擬召集之會議未解決以前，不接受此項命令。
- （三）現在各軍隊及各省之黨部團體機關，認為有在內陰謀搗亂者，於汪同志所擬召集之會議未解決以前，在軍隊應由各軍最高長官飭屬暫時取締；在各黨部各團體各機關，亦由主要負責人暫時制裁。
- （四）凡工會糾察隊等武裝團體，應歸總司令部指揮，否則認其為對政府之陰謀團體，不准存在。
4月8日上述要點發表後，清黨逐步展開。這一階段蔣中正的清黨與此前在各地奪權不同，是公開用軍隊、警察取締中國共產黨及其影響的機關團體，逮捕殺害中國共產黨黨員、國民黨左派知名人士、工會領袖等等。但考慮到政治影響，蔣中正仍然謹言慎行。[1]
4月9日，蔣中正開展了奪取國民黨江蘇省黨部及南京市黨部權力的行動。因蔣中正在南京，手下只好秘密支持幫會組建勞工會，再組織勞工會人員實施打砸及抓捕。但因幫會人員缺乏權威，儘管有密令指名抓國民黨江蘇省黨部常務委員張曙時、侯紹裘等人，張曙時卻仍能仗其資格老而幾齣幾進，還直接到蔣中正的國民革命軍總司令部問罪，溫建剛乃至蔣中正因密令未公開，不敢當場逮捕張曙時。侯紹裘也在次日轉赴上海，在上海才遭秘密逮捕殺害。[1]
4月11日，浙滬戒嚴司令部副司令兼浙江軍事廳長周鳳岐、杭州公安局長章烈奉蔣中正授意的「以實力革除共產黨」密令，發動杭州四一一事變，包圍中國國民黨浙江省黨部、中國國民黨杭縣黨部、杭州總工會、學生聯合會等公開機關及若干中共人員住宅進行搜捕。兩天內，共有30多名從事公開活動的中國共產黨黨員和親共人士被逮捕，《民國日報》、《浙江民報》被勒令停刊，不少知名的中國共產黨黨員被通電緝捕。[25]
4月12日，蔣中正發動四一二事件取締上海總工會糾察隊，此次行動由白崇禧派人請上海青幫、紅幫幫助。取締上海工人糾察隊引起國民黨上海市黨部、上海特別市臨時市政府、上海市民代表大會等函電抗議。4月12日、13日，國民黨上海市黨部、上海總工會、上海學聯會等單位先後召開民眾大會，發動請願。4月13日，請願民眾遊行到剛由孫傳芳五省聯軍浙軍改編成的國民革命軍第二十六軍二師司令部時，該部隊射殺示威民眾，釀成嚴重流血事件，士兵還闖進附近里弄居民家中，「捕得青布短衣之工人，即在路上槍斃」。據駐軍單方面統計，當場死傷者超過百人。蔣中正受到廣泛譴責。親眼目睹這次事件的鄭振鐸、馮次行、胡愈之等文化青年聯名向上海臨時政治分會委員蔡元培等人致《鄭振鐸等為四·一二慘案致上海臨時政治分會書》，對「人民之軍隊」「今乃演此絕滅人道之暴行」表示震驚。4月14日，連以反共著稱的西山會議派也拍發電報斥責稱：「日前以軍警收繳武裝糾察隊槍械，目為工友衝突，掩耳盜鈴而曰天下皆愚而我獨智，寧有是理！」[1]
西山會議派的該電報還披露，吳稚暉4月13日已奉命聯絡西山會議派領袖鄒魯，商議兩派聯合清黨。被西山會議派拒絕，原因是吳稚暉提出「表面仍稱聯俄容共，打倒西山會議派」。可見蔣中正等眾人儘管想同西山會議派聯合，但又暫不敢承認西山會議派，也還不敢廢止聯俄容共口號。被蔣中正委任負責上海行動的陳群、楊虎在實施了蔣中正的系列行動計劃後，4月14日還電詢蔣中正：「現在是否仍容納共產黨，對搗亂分子如何處置？」[1]
鑑於與汪精衛約定的日期已到，武漢方面已不可能到南京開會，蔣中正為使自身行動合法化，急需監察委員會的彈劾共產黨案。監察委員數易其稿，編造了彈劾程序上需要的會議錄及文件，以3月28日為第一討論時間，以4月2日為正式決議時間，為彌補4月2日決議後10天以上不發布的問題，還有意擬一4月5日「會議錄」。這些材料在4月14日左右補齊，因為蔣中正當日才將監察委員會舉發咨文以及吳稚暉舉發呈文轉發給李濟深，詢問李濟深是否可與蔣中正聯署復電擁護。蔣中正當日命令將咨文及呈文分發報館準備發表。同時，蔣中正準備另立中國國民黨中央黨部和國民政府，並開始採取行動正式清黨。[1]
4月14日下午1時，白崇禧率部奉命封閉了武漢中央指揮的上海特別市臨時市政府，東路軍總指揮部政治部主任陳群、 秘書主任潘宜之等人武裝接收了國民黨上海特別市黨部。據稱當天被捕千餘人，全部押到龍華總指揮部訊辦。陳群公開宣布：「因從前市黨部被共產黨及跨黨分子把持，吾人今作清黨運動，對於共產分子當然勢不兩立！」[1]
4月14日下午，廣州的李濟深等人在收到蔣中正來電後做了部署，於4月15日凌晨對廣州工人代表會等機構突然襲擊，開始廣州四一五事變。4月15日，廣州市公安局發表布告稱：「此次行動，乃奉總司令訓令，准中央監察委員會咨，對各地共產黨首要分子實行非常緊急處置。」廣州政治分會同日決議，在廣東省肅清中國共產黨，通告限期10日，共產分子自首可免罪。 [1]
1927年4月16日南京國民政府發布《國民政府通緝共產黨首要令》附《通緝共產黨名單》：[26]
國民政府秘字笫一號令開：
共產黨竊據武漢，破壞國民革命之進行。數月以來，肆行殘暴，叛黨叛國，罪禍貫盈，最近實施賣國之外交，犧牲國權，以取悅於帝國主義者；又復爪牙四布，荼毒民眾，使湘鄂兩省演成大恐怖，我先民固有之美德，數千年所恃以立國者，亦皆敗毀無餘。綜其所為，禍有甚於洪水猛獸；瞻念前途，不寒而慄。政府奉行先總理之遺教，誓竭全力，期三民主義之實現。唯慾建設獨立平等之國家，必先撲滅一切反革命之勢力。共產黨圖謀傾復本黨，逆跡昭著，中央監察委員會舉發，並致訓令國民革命軍總司令蔣中正，於最短期間，亟清叛亂。查此次謀逆，實以鮑羅廷、陳獨秀、徐謙、鄧演達、吳玉章、林祖涵等為罪魁，以及各地共產黨首要、次要危險分子，均應從嚴拿辦，省國民革命總司令、各軍長官、各省政府通令所屬一體嚴緝，務獲歸案重辦。至該黨忠實同志，遵守三民主義始終不貳之信徒，在革命地域大都與賊相持，奮鬥不懈，應着悉心保護；其餘壓迫而心跡可晾者，政府必分別辦理，決不絕其自新之路。此令。
附通緝共產黨名單二紙（197人）：
鮑羅廷 陳獨秀 譚平山 林祖涵 於樹德 吳玉章 楊匏安 惲代英 毛澤東 許郠魂
夏 曦 韓麟符 董用威 鄧穎超 羅亦農 高語罕 江 浩 劉 芬 鄧中夏 許白昊
林育南 李漢俊 羅章龍 李碩勛 李囯瑄(李國碹） 李國珍 王基永 易禮容 戴曉雲（戴述人） 郭亮
譚影竹 熊亨瀚 李榮植 李立三 劉少奇 凌 炳 羅馭雄 范鴻勂 范鴻勛 張國燾
趙 幹 蔡和森 方志敏 彭述之 王景雲 李伯雲(應為李伯之，李震瀛) 汪壽華 侯紹裘 沈雁冰 瞿秋白
施存統 張泰來 林 鈞 何 洛 張曙時 高爾柏 高爾松 王守謙 林劍臣 朱義權
劉端周 金澤宏 史鵬展 劉榮簡 丁曉先 蘇兆徵 陳其璦 周恩來 彭 湃 羅綺園
馮菊坡 彭漢垣 阮嘯仙 譚植棠 楊章甫 江董琴 胡公冕 宣中華 楊賢江 潘楓塗
門啓衷 丁濟美 楊之華 余澤宏 熊 耀 潘谷公 徐 琛 蕭楚女 漆樹芬 高統勛
楊眉山 王貫三 汪志青 徐白民 黃 胤 唐公憲 胡淺因 宋敬卿 黃司葵 趙世炎
劉清揚 夏秀峯 何孟雄 於國禎 江少懷 郭沫若 韓寳華 查人偉 於方舟 查猛濟
宋雲肜 鄭惻塵 黃俠生 劉爾崧 李花白 陸 沉 李汨之 王 鯤 許廣武 華 翀
王松壽 邱學訓 宓維琮 馬東林 裘 英 梁子光 陳 東 孫炳文 王 平 顧順章
章郁菴 王根英 徐 偉 王承緯 戴卓民 朱英如 王亞章 龍大道 錢介盟 耿 舟
李春濤 鮑慧僧 黎樾庭 宛希儼 彭澤湘 楊石魂 張餘生 陳 良 孔偉虎 林 錚
趙濟猛 張德鍾 李俠公 嚴紹彭 王若飛 謝強生 江佑群 周逸群 洪振九 張秋人
劉一清 孫靖華 周邦彩 金家濟 林平海 孫道濟 莊勁秋 戴國鵬 蘇眉如 何葆楨
陳國詠 王競天 楊闇公 劉伯承 李筮乘 陳達三 季外方 季達方 陳志益 張國思
劉季良 羅貢華 鄧希禹 徐 謙 鄧演達 彭澤民 詹大悲 柳亞子 章伯鈞
其中8人被撤銷通緝：
鄧懋修 謝晉 郭壽華 光明甫 陳啓修 鄧劼剛 江仕祥 梁治文
4月17日，蔣中正分別發布清黨布告及通電。通電內稱：[1]
頃奉中國國民黨中央監察委員會咨內開：
經四月二日全體緊急會議議決：舉發共產黨謀叛證據，並知照以非常緊急處置，姑將首要諸人照附來名單，及經黨部舉發者，就近知照公安機關，暫時分別看管監視，免予活動，致釀成不及阻止之叛亂行為，仍須和平待遇等因，准此。事關叛亂黨國，自應嚴為防範。除呈覆遵照外，合令各軍一體知照，飭屬嚴為偵察。如有上項情事，應即依案執行，以維治安而遏亂萌。
4月18日，蔣中正等人召開中央政治會議，決定了定都南京及成立南京國民政府等法理問題，南京國民政府宣告成立。監察委員會舉發共產黨謀叛咨文進而正式發表，蔣中正等人則用國民黨中央執行委員會、中央監察委員會、中央政治會議等名義通電及宣言，歷數中國共產黨的「罪行」，號召「文武將士革命同志及全國國民」驅除共產黨分子。南京國民政府通電接受政治會議議決案，並發布秘字第一號令，通緝中國共產黨人及國民黨左派197名，命令稱：「此次逆謀，實以鮑羅廷、陳獨秀、徐謙、鄧演達、吳玉章、林祖涵等為罪魁，以及各地共產黨首要、次要危險分子，均應從嚴拿辦。」[1]
南京國民政府及國民黨中央黨部的建立及其聲明、宣言、通緝令，為清黨建立了合法性。以武漢中央為正統的江蘇、浙江、安徽、福建、廣東、廣西各省的國民黨左派和中國共產黨黨員失去合法抗爭基礎，紛紛瓦解。在這種形勢下，此前各城市街頭頻頻出現的大規模鬥毆流血事件很快消失，通過衣着、髮型亂捕的情形也減少。[1]（例如日本東洋文庫收藏的一份清黨文件記載，在廣州一次清黨中，軍警將穿西裝、中山裝、學生服者，及頭髮向後梳者，統統逮捕。[2]）但南京國民政府及國民黨中央黨部的成立，仍無法避免濫捕濫殺，各地不經審訊便殺人的現象仍很普遍。[1]
蔣中正這時忙於軍政事務，凡下屬上報案件全采相信態度。陳繼承奉命撤換第二十二師內跨黨分子，但他對六十五團團長、中國共產黨黨員傅維鈺印象好而特別關照，電蔣保傅維鈺。蔣批覆：「傅維鈺另調工作，各營連共產分子應一律撤換可也。」新編第一師師長張與仁報告，贛州工人勾結市廳人員將已在押的謀殺工人領袖陳贊賢的軍官曹厚清槍決。蔣電示：「工人擅自捕殺軍官曹厚清。如此橫暴何堪設想！仰該師長即將該工會改組，其職員全部緝拿照律嚴懲，切勿延誤。」陳群連日捕得孫炳文等在內的國民黨左派分子，電蔣希望槍斃。蔣批覆：「叛徒嚴懲。」在上海主持清黨的陳群、楊虎不經過上海市黨部，除槍決共產黨要犯公布消息外，槍決一般共產黨員、國民黨左派及其他人等通常不發布消息。各地主持清黨的軍政大員對捕殺也很放任，上報無不批。福建被捕的一批省黨部籌備處人員連是否跨黨分子都未弄清，就已報為首要，夜間用馬車拉到郊外，每人轟一二十槍處決，事後既「無宣告罪狀的文告」，也「未知系奉何人命令執行」。[1]
國民黨各地清黨行動人員中，也並非都主張殺戮。陳群手下的東路軍前敵總指揮部政治部情報股長李公朴，公開告訴報界自己曾就殺戮問題向陳群提意見。上海第三區第二十區分部執行委員李次山、譚毅公、黃煥升及全體黨員集體上書上海臨時政治分會、上海特別市黨部、南京中央執監委聯席會議、南京國民政府、蔣總司令等等，提出《清黨建議案》，不同意殺戮。但當時這種聲音並不占優勢，國民黨捕殺成風，氣氛狂熱。例如國民黨各團體在上海召開五四運動紀念大會，甚至「議決通緝著名學閥章炳麟、黃炎培、沈恩孚、張君勱、蔣維喬、郭任遠、朱炎、胡敦復、殷芝齡、袁希濤、張東蓀、阮尚介、劉海粟、沈嗣、凌鴻勛等，俾警反動而申黨紀案」。南京中央聯席會議不得不申斥：「所稱反動，並未舉出何等實據，不得僅因群眾一時激昂，輒予通緝。」[1]
蔣中正下令清黨後，除少數已經暴露身份的「共黨首要分子」外，大部分中國共產黨黨員混在國民黨員中難以分辨。陳立夫在回憶錄中寫道：「吳倚滄、我哥哥和我最關心的是如何找出誰是共產黨，因為，中國共產黨從來沒有將他們黨員名單交給我們過，因此，我們根本沒有辦法分辨誰是共產黨，誰是『純粹』的國民黨員……我告訴吳倚滄，唯一可做的就是打鬥，因為一打了起來，國民黨和共產黨兩邊的人自然就會分出鴻溝來。」國共兩黨黨員難以分辨，導致清黨的規模難以控制，不可避免地會擴大化。[2]
大革命時，打着國民黨旗號的中國共產黨黨員廣泛深入開展基層工作，不少基層工、農、青年學生、婦女等群眾組織人員及基層國民黨組織人員和中國共產黨黨員很接近。第一期清黨殃及到這些國民黨基層人員，地主豪強和地方幫會趁機奪取國民黨基層組織權力。陳孚木等各地國民黨人紛紛提出批評。有的說「我們這次清黨，雖然把亡黨賣國共產黨『清』了出去，可是引了一般貪官污吏土豪劣紳洋行買辦……『清』了進來，這豈是我們『清』黨的本意嗎？不是！不是！絕對的不是！」[1]
製造四一二事件的白崇禧、周鳳岐聯名向蔣中正表達對上海清黨的不滿，要求加以規範。5月8日，鑑於各界對陳群、楊虎非議很多，張靜江電蔣稱：「除重要及陰險分子之外」，應待全國代表大會發落，務令陳群、楊虎「毋得過事殺戮，致招反感」。廣州黃埔軍校學生也因不滿清黨中的做法而不斷給校長蔣中正來信來電。南京國民黨中央政治會議主席胡漢民表示：「清黨，清黨，許多罪惡，借之而生。土豪劣紳，彈冠相慶，攘臂大呼曰：清黨。清黨把許多健全忠實的少年同志，一網而盡。紳士皆大笑。試問：他們自己不是黨員，以何資格來清吾之黨？真正之共產黨，亦振臂大呼曰：清黨，清黨，打倒共產黨分子，於是黨員皆大懼，偶語有罪。共產黨大笑，黨員大哭，國民黨之基礎乃大危。」[1]
1927年5月5日，南京國民黨中央執行委員會常務委員會及各部長第八十八次聯席會議通過《清黨委員原則六條》，指定鄧澤如、吳倚滄、曾養甫、何思源、段錫朋、冷欣、鄭異組織中央清黨委員會，並決定加強控制黨員質素。 《清黨原則》、《清黨條例》等規定：在清黨期間，停止入黨；所有黨員經過三個月之審查再發黨證；各黨部於接到清黨文告之日起，限令所屬黨員於半月內填就審查表，呈報當地清黨委員會；黨員須每半月將其工作向所屬區分部報告，然後逐級呈報當地清黨委員會；無故一月不報告工作者加以警告，三個月不報告工作者取消黨員資格不僅全體黨員都要經三個月審查，清黨時期還停止發展新黨員，以防不良分子混入。文件首次明確規定：「土豪劣紳貪官污吏投機分子反動分子及一切腐化惡化分子，前曾混進本黨者一律清除」。自此開始了第二期清黨。中央清黨委員會根據《清黨委員原則六條》擬定了組織大綱及清黨條例，並經第八十九次聯席會議通過。清黨委員會組織大綱規定其職責為：「秉承中央執行委員會訓令,肅清黨內共產分子、土豪劣紳、貪官污吏、投機分子及一切腐化、惡化分子。」隨後，中央清黨委員會陸續指派各省市清黨委員，製發黨員登記用的表冊等。省市以下或停止黨部活動等候審查，或指派特派人員實地考察，但一律明令8月底清查完竣，9月30日前將各地審查結果報中央。[1]
1927年5月，蔣中正發表《蔣總司令對於第二期清黨之意見》稱：
第一期之清黨，為緊急處分，其時共產黨徒謀叛正亟，非各地同時採用極嚴峻之手段無以遏抑亂萌。第二期則為根本整理，肅清共產黨徒之根株，勿使復活，此必有待於縝密統一之方案。第一期清黨，自打倒共產黨領袖及其著名活動分子入手，此等人之罪狀皆甚明顯；第二期則須遍及一般跨黨分子，其證據比較難得，挾嫌誣陷者易施其伎，辦理稍有不慎，將增加人民之恐怖，斷喪社會之元氣，而黨務進行亦大受其影響，此不可不注意者也。……
吾人對於跨黨分子苟非搗亂謀叛具有證佐者，只須停止其黨籍，限制其自由，予以警告，促其自新，無論湘鄂共產黨徒仇殺國民黨員如何慘暴，吾人絕不必存報復之念，效其所為，對敵人固不宜慈悲，亦不必如共產黨徒之殘酷也。」他並且告誡說：「若夫懷挾私怨，攘奪權利，誣人以莫須有之罪名，則尤其是非本黨同志所宜出，不幸有之，則清黨之結果不特將治絲益棼，且有摘瓜抱蔓之憂矣。
第一期清黨中，西山會議派、國家主義派也被列為清黨對象，但實際上並未受到任何打擊。蔣中正等實際不曾以西山會議派為敵，宣布的所謂「封閉環龍路四十四號西山會議派中央」也從未實施。1927年6月7日，中國國民黨中央執行委員會常務委員及各部長第九十七次聯席會議決定：「因純粹反共而開除黨籍之同志林森、張繼、謝持、居正、鄒魯、石瑛、覃振、石青陽、茅祖權、沈定一均應先行恢復黨籍，俟第三次全國代表大會開會時追認。」胡漢民等人也公開表示：「打倒國家主義派」的口號應廢止，對國家主義派應「包涵之，糾正之」，「彼有何罪？」[1]
第二期清黨雖標榜要清除黨內土豪劣紳，但缺乏標準，也沒能實現目標。只是使地方國民黨各勢力相互傾軋時，除了誣告對方為共產黨分子外，又多了指控對方為土豪劣紳、貪官污吏的手段。北伐戰爭的爆發打破了各地舊有權力格局，各地新成立的國民黨基層組織及基層政權大多為中國共產黨和國民黨左派控制。蔣中正等與武漢方面的衝突導致各地軍隊和地方舊勢力紛紛奪權。第二期清黨特別是為政治審查而停止地方黨部活動的做法，導致各地基層再度發生權鬥，軍隊也進一步捲入。[1]
第一期清黨時，監察委員會還表示要對中國共產黨黨員採取「和平待遇」，而第二期清黨則命令「消滅中國共產黨」。胡漢民說：「我們這次的清黨,是進一步把共產黨的死灰都要送還給俄羅斯，不能讓他留在中國的，乾脆地說，這次的清黨，就是要消滅中國共產黨。」許多普通國民黨人也主張「真正的共產黨員要殺」。監察委員吳稚暉得知陳獨秀之子陳延年被捕後，專門致函楊虎要其處決陳延年。[1]
各級清黨委員會繼續存在濫捕濫殺現象。各級清黨委員會大多成立了專門捕人的便衣隊，不經偵查核實即可拘捕審訊，私設公堂刑訊逼供。為此，中央清黨委員會成立後不久便組織了中央及各省清黨審判委員會，「中央清黨審判委員會」由國民革命軍總司令部軍法處胡逸民牽頭。5月28日，中央清黨審判委員會首次開審，中央政治會議主席胡漢民出席，並請「總政治部、黃埔同學會清黨委員會、中央軍事政治學校留寧官生辦事處、總司令部軍法處、江蘇第一監獄署代表委員會，……在第一監獄署開始審理」。但這沒能有效制止濫捕濫殺現象。[1]
6月1日,中央清黨委員會通告：限定清黨日期為6月1日至8月31日,各地清黨委員會須於9月30日呈報結果。
上海清黨委員會清黨手段殘酷。上海警備司令部（楊虎任警備司令）及其特別軍法處手段更殘酷。陳群、楊虎都是上海清黨委員會委員，但不和上海特別市黨部、上海清黨委員會商量。上海特別市黨部職員洪東夷、二區十六分部黨員錢淳，已經上海清黨委員會審查認定為「本黨忠實同志」，又被人向警備司令部舉發，上海清黨委員會向軍法處交涉無果，後來二人很快分別被判處有期徒刑15和5年，押往漕河涇第二監獄執行。上海交通大學學生、上海特別市黨部工農部秘書張君毅也被檢舉，遭警備司令部密捕，市黨部多次向警備司令部交涉遭拒，終被槍殺，罪狀未公布，屍體失蹤。此事引起南京中央聯席會議不滿，當堂「議決：令總司令部（敘由）查張君毅為上海特別市黨部職員，即有罪犯嫌疑，何致遽行槍斃，實屬濫權擅殺，不顧黨紀，仰該總司令嚴行查辦並復。」上海特別軍法處最終因專斷和殺戮而被蔣中正撤消。時任上海市黨部組織部秘書的吳開先親歷上海清黨，事後對陳立夫說「無辜人民之遭害者不計其數」，「言之至為痛心」。[2][1]
國民黨江蘇省黨部稱：「清黨運動發生以後，本黨多數革命忠實份子卻失其保障，隨時有被土劣貪污構陷羅織之危險，其情形之悲慘，有如喪家之犬。」當時報紙連篇累牘報道稱，誣人為共黨成為報私仇、清除利害衝突者的方便手段，甚至索婚不遂也可誣人為共黨。1928年4月10日至11日，《中央日報》連載一封讀者來信《在下層工作同志的傷心慘絕的呼聲》稱：[2]
本黨不幸，為實際需要所迫而有清黨運動之發生，致予貪污豪劣及投機腐化分子以乘機崛起，向革命勢力反攻機會，凡屬忠實同志，受其誣陷摧殘，幾至與共產黨同歸於盡……現在同志等均在腐化分子一網打盡之中，被毆辱者有之，被劫掠者有之，被殺害者有之，被誣告者有之，被緝拿者有之，被系獄者有之。
5月中旬，由覃振等發起湖南旅滬同志清黨急進會，連續開會決定：首先集中力量內除共產黨及一切反動勢力，然後促成全省黨務與省政之完成。會議推舉覃振為執行委員會主席。5月21日，湖南的武漢國民政府屬下一些反共軍隊發動馬日事變。5月23日，湖南國民黨右派在長沙成立救黨臨時辦公處，許克祥、張敬兮等5人為救黨臨時主席團。5月29日，成立湖南國民黨救黨委員會，張敬兮任清黨委員，宣布共產黨「十二大罪狀」，許克祥發動軍事行動，省總工會、省農民協會、國民黨省黨部等機關和團體被查封，大批共產黨員被處決，常德、衡陽、醴陵、武岡、益陽、湘陰等地先後鎮壓共產黨，並波及群眾。7月14日，中央清黨委員會委任周震麟、覃振、仇鱉等16人為湖南清黨委員。
5月28日，中央清黨委員會任命黃展雲、林壽昌等9人為福建省清黨委員。5月下旬，中央清黨委員會指派李濟深、曾養甫等11人為廣東省清黨委員，指派鄧彥華、鄧文儀等7人為廣州市清黨委員。5月28日，中央清黨委員會任命黃紹竑、黃旭初等7人為廣西清黨委員。5月28日，中央清黨委員會任命柏文蔚等7人為安徽省清黨委員。6月11日，中央清黨委員會委任張靜江、蔡元培、陳希豪、沈定一等9人為浙江省清黨委員。著名共產黨員宣中華、安體誠、楊眉山等遭到清理。6月15日，中央清黨委員會指派蕭佛成、周啟剛等5人組成海外清黨委員會，主持海外清黨。從6月下旬至7月上旬，海外清黨委員先後向東京、三藩市、加拿大、古巴、暹羅、法國、墨西哥、印度等地，委派清黨委員，主持鎮壓共產黨員、黨部改組、重建組織工作。6月下旬，中央清黨委員會任命李烈鈞、程天放等11人為江西清黨委員。6月底，中央清黨委員會指派陳銘樞、何應欽、李宗仁、自崇禧等11人組成軍隊清黨委員會。
6月5日，第三國際代表羅易轉發電報給汪精衛，要求其增加中國共產黨掌控武漢國民政府，並處決所謂反革命派，擴大農工武裝運動。7月15日，中國國民黨左派領袖汪精衛再度知悉史達林指示蘇聯顧問鮑羅廷欲分化並全面控制國民政府，以助中國共產黨合謀武力奪取武漢國民政府權力之策略後，在武漢發動七一五事變宣布「和平分共」，遂決定取締中國共產黨言論，又通過「取締共產議案」，罷黜鮑羅廷及其他蘇聯顧問，但仍堅持要蔣下野。8月1日，中國共產黨以「南昌起義」（國民政府稱為南昌暴動）進行全面攤牌。自此，第一次國共合作徹底破裂。湖南、湖北、江西、河南、山西等省的馮玉祥、閻錫山等地方實力派也陸續清黨。因武漢國民政府分共，國民黨內主張寧漢複合，蔣中正被迫於1927年8月15日通電辭職，以示決心促成統一。隨着蔣中正下野，南京國民黨中央人事發生巨變。清黨據原案已到期，中央清黨委員會及各地清黨委員會此後陸續自行解散或結束工作。[1]
- 汪壽華（1901年-1927年4月11日）（一說4月12日）
- 蕭楚女（1893年-1927年4月22日）
- 李大釗（1889年10月29日-1927年4月28日）
- 熊雄（1892年-1927年5月中旬）
- 陳延年（1898年-1927年7月4日）（陳獨秀長子）
- 趙世炎（1901年-1927年7月19日）
- 安友石（1905年3月30日-1927年7月19日）
- 周文雍（1905年8月-1928年2月6日）（與陳鐵軍在廣州紅花崗刑場上舉行婚禮）
- 陳鐵軍（女）（1904年-1928年2月6日）（與周文雍在廣州紅花崗刑場上舉行婚禮）
- 向警予（女）（1895年9月4日-1928年2月28日）
- 夏明翰（1900年-1928年3月20日）
- 郭亮（1901年12月3日-1928年3月28日）
- 羅亦農（1901年-1928年4月21日）
- 鄭復他（1904年-1928年6月1日)
- 陳喬年（1902年-1928年6月6日）（陳獨秀次子）
- 許白昊（1899年-1928年6月6日）
蔣中正因此事被中國國民黨內右派多數支持，成了最高領袖，中國國民黨左派遭到排斥或者鎮壓。中國國民黨右派認為共產黨破壞北伐統一，清黨延緩了掃除軍閥、統一全國的時間。蔣雖然不久由於國民革命軍在徐州失利而下野，但很快重掌權力，完成北伐。開啟了在中國大陸數十年的統治生涯，直到1949年在國共內戰失敗後離開大陸。
清黨使中國共產黨發展嚴重受挫。中國共產黨認為，這標誌着國共合作失敗。四一二事件後，中國共產黨召開八七會議[27]，黨內堅持和中國國民黨妥協的早期領導人陳獨秀等人被認為右傾投降主義被撤職。陳獨秀被認為一味退讓，甚至要求工人糾察隊向中國國民黨上繳武器，造成中國共產黨對蔣中正的武力清黨毫無準備[28]。中國共產黨從此走向武裝革命暴力奪取中國政權之路，中國共產黨聯合少數中國國民黨左派在南昌發動南昌起義，開始了組建中國共產黨軍隊，開展武裝暴力革命，直到完全奪取中國政權。因此，清黨也或被認為是中國國民黨在中國大陸統治失敗之起點。
因蘇俄駐華使領館掩護及扶持中國共產黨武裝革命，國民政府於1927年12月14日宣布與蘇俄斷交[27]。
清黨對中國國民黨組織發展影響深遠。清黨期間，除了大肆捕殺共產黨員，國民黨內的左派黨員和思想較激進的青年黨員亦被當作共產黨人，「與共產黨同歸於盡」，基層農工黨員出於失望或恐懼而自行脫黨[29]，重創了國民黨的形象。1928年，國民黨江蘇省黨部舉辦黨員總登記時，「黨員對黨灰心，不來登記者占十之三四；存觀望登記者十之四五；因受反宣傳不登記者十之二三。」廣東省長年作為國民黨的基地，申請登記的黨員僅原有的35％；連國民政府最初所在的廣州市，申請登記的黨員也不到原有的10％。在長沙，清黨前號稱有19萬黨員，清黨後「合格黨員」僅1526人，其中「農工兩界寥寥無幾」。而在漢口，清黨前原有3萬多黨員，登記時僅5000人。
清黨前，中國國民黨普通黨員人數（不含軍政和海外黨員）約121萬（一說65萬），其中有中國國民黨員身份的中國共產黨員不超過5萬。清黨一年後的1928年5月，中國國民黨在冊黨員只有23萬。1929年12月回升到27萬，其中絕大多數黨員還是軍隊或高級黨政機關人員。這意味着清黨行動使得中國國民黨黨務系統大換血。北伐前後各省建立的縣、鄉國民黨基層組織，「清黨後基本瓦解，恢復得十分緩慢」。到1933年，全國僅有17%的縣建立有縣黨部，浙江省建立縣黨部的縣份為69%。「只能在城市的上層可以看到，農村中是很難找到黨的勢力的微弱影響」；「不但在農民中很難找到國民黨黨員，並且在一切農民運動負責人員中，在地方自治工作人員中，在農村文化教育負責人員中，以及農村經濟建設負責人員中，都不容易看到國民黨黨員的蹤跡[30][31]」。
普遍發生的投機、暴力、專斷與誣陷等情形使清黨嚴重擴大化、黑暗化，對國民黨自身造成很大傷害。大批對國民革命抱持高度熱情，或是熱衷於農工學運動的黨員，因為左傾而在清黨期間被當作共產黨人慘遭清洗。例如浙江地方豪紳「藉清黨之名，謬指各地之宣傳主張減租者為共產黨員，向各機關告發。各機關於接受告訴之後，大事搜捕，至無辜受累者難以數計。」與此同步的是來源複雜、參差不齊的新黨員暴增，黨員素質迅速惡化，「投機腐化惡化分子」取而代之。國民黨江蘇省黨部在清黨報告中稱：「反革命之勢稍殺，不革命之勢代興。土豪借名清黨，實施報復而圖復燃。共黨要犯逸走，忠實遭污，清濁不分，是非顛倒。意志薄弱者視革命為畏途，感情熱烈者，傷本黨之無望，而投機腐化，紛至沓來，」致使「黨德淪亡，黨權日墜，黨機毀滅，民眾對黨的信仰全失。」1929年，中國國民黨第三次全國代表大會檢討清黨得失時，認為清黨「使本黨起了一個很大的分化和損失」、「一般投機腐化惡化分子都紛紛混入本黨」。1928年2月12日《中央日報》刊登的蔣中正《關於黨務的提案》中稱：「清黨時期，倏逾半年，共產黨之逆跡固已大暴國中，本黨之精神亦日見湮沒。」[2]在成都，清黨前原有3000多黨員，清黨後申請登記者達1萬多人。四川省清黨後登記黨員超過10萬，是清黨前的數倍。國民黨江蘇省黨部在清黨工作報告中指出，各縣「或黨員甚多而登記極少，或黨員極少而登記太多」，並且認為後者大半是「投機分子」。1929年北平《民國日報》報道：河北省「各縣市指委中十分之九沒入過黨，有的是小土劣，有的當過稅吏，有的曾做土匪，有的患神經病，其餘確係不明白黨義的盲從青年。……這次河北黨員的數量，竟以不過六千同志的數目而拉到二萬七千之多。」[2]
清黨的另一個後果是使國民黨地方組織遭受極大破壞。第一次國共合作時期，國民黨的省及其以下之地方黨部有著不少共產黨員擔任幹部。清黨發生後，國民黨地方組織隨即陷入癱瘓。1928年4月1日《中央日報》的《一周間的大事》報道：「幾個月來，黨務受了不少的摧折……各地的黨務今日改弦，明日更張，停頓的停頓，攘奪的攘奪，完全沉入於陰晦悲觀的景象中。」清黨使各省、市黨部內原本由共產黨員擔當的職位出現空缺，引發黨內爭奪，相互打擊，地方黨部從此陷入不斷的改組、重整之中，地方黨務亦隨之荒廢。同時，國民黨內從原先的左、右派之爭，進一步惡化為山頭林立的派系之爭。1928年3月30日《中央日報》刊登署名「雪崖」的社評《省黨部的地位問題》稱：[2]
清黨對國民黨縣以下基層組織的衝擊尤大。第一次國共合作時期，國民黨幹部多不願下鄉，故國民黨基層組織大多由共產黨員主持。清黨後，國民黨縣以下組織除極少數仍由國民黨左派和共產黨員掌握外，大多數已被土豪劣紳控制。特別是湖南、湖北等在國民革命中曾開展過大規模農民運動的農村，土豪劣紳乘清黨之機報復，聯合地痞流氓控制了國民黨基層組織。這對日後的國民政府造成極其惡劣的影響，土地改革等政策無法推行，被既得利益者把持的基層組織陽奉陰違，只能以失敗告終。1928年3月15日《中央日報》發表何民魂《痛念與自惕》社論稱：「清黨達到我們目的了，但蘇皖閩浙各地，土豪劣紳也乘時蠢起，捏詞誣告本黨青年忠實同志為C.P.，從事農工運動者為共黨……忠實同志致遭殘殺的到處皆是，信仰不堅被金錢軟化墮落的更多。」[2]
清黨對國民黨員的人數和組成亦產生了深遠影響。第一次國共合作時期的1924年春到1927年春，國民黨員總人數從不足20萬增至100萬人，其中普通黨員約60萬。清黨後，據1928年3月統計，普通黨員已減至22萬人。至1929年10月，國民黨員總人數為65萬多人，普通黨員不到27萬。此後，國民黨員中的軍人增長迅猛，一般民眾卻增長遲緩。1929年10月到1937年1月，國民黨軍職黨員從30萬增至101萬。北伐戰爭初期的1926年10月，軍職黨員僅占國民黨黨員總數4%，到1937年1月已上升至61%，即每3個黨員里有2個是軍人，幾乎成為一個軍人組織。1937年1月，普通黨員增至52萬多人，其中預備黨員近16萬，正式黨員約36萬，清黨過了近十年，普通黨員人數仍未恢復到1927年清黨前的規模。[2]
1929年之前，國民黨開展清黨及黨員總登記期間，為防「反動分子」、「投機分子」混入黨內，基本暫停吸收黨員。1929年1月，中國國民黨第三次全國代表大會決定實行預備黨員制，該制度仿自全聯盟共產黨（布爾什維克），自1929年底開始在部分省、市實施，至1938年廢止。1932年下半年起，國民黨中央要求各地方黨部大規模徵求黨員，將定期徵求改為隨時徵求，又先後頒布《免除預備黨員程序辦法》、《特許入黨辦法》，以擴充黨員，但效果不彰。地方組織渙散，黨對民眾缺少吸引力。到1933年，全國僅有不到40%的省份有正式的省黨部，不到17%的縣有正式的縣黨部。為數不多的黨員集中在大城市，主要是知識分子、官吏和商人，黨的影響力未能深入縣以下的農村社會，基層的農民和工人黨員極少。而1934年中國共產黨的黨員統計，農民占87%，工人占5.8%，黨員組成與國民黨對比鮮明。[2]
清黨之後，國民黨的基層幹部逐漸「光棍化」，基層組織逐漸衙門化，黨和民眾逐漸疏遠。[2]歷史學家余英時在《中國知識分子的邊緣化》一文中認為：「國民黨內最初也容納了不少知識分子。但自北伐成功以後，國民黨實行一黨專政，它便越來越和知識分子疏離了。北伐以後，社會上有『黨棍』的新名詞流行，這是很值得玩味的。這個名詞在無意中說明了國民黨的基層幹部或是出身『光棍』或者已『光棍化』。」余英時稱，「光棍」是指缺乏知識的地痞流氓。[32][2]這些基層幹部素質不高，成天關在辦公室裡，對於推展黨務、經營民眾的工作沒有絲毫熱情，只會利用黨職身分攫取好處。原國民黨中央秘書長、組織部長朱家驊形容這批人為「第一，靠黨過生活。第二，依黨做護符。第三，藉黨爭權利。」曾養甫在考察湖南省、湖北省國民黨黨務時認為：「黨員對黨是消極，人民對黨是失望，地方政府對黨是責備。」[2]
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