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伊斯兰教与基督教同为亚伯拉罕宗教，都是一神论宗教，而且许多人物的形象在《圣经》与《古兰经》中可以互相对应；然而，伊斯兰教与基督教在教义上之间的差别也相当大。
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虽然伊斯兰教承认所谓其内容未被篡改的《旧约圣经》及《新约圣经》是真主所降示的，但是在伊斯兰教教义中，亚伯拉罕带上山欲献给神的，不是《圣经》所记载的以撒，而是以实玛利。伊斯兰教许多的观点与《塔纳赫》内容相冲突。
伊斯兰教认为尔撒是其地位低于穆罕默德的地位的先知且不具神性。伊斯兰教认为基督教放弃了唯一神论的立场，故犯下了认可多神论这项大罪，伊斯兰教教导说，真主阿拉不会与任何一者分享祂的神圣属性。根据认主学理论，伊斯兰教不允许其教众将所谓的伴侣与真主联系起来。伊斯兰教把三位一体论解释为三位三体论，因而宣称基督旧教是三神论宗教。居住在土耳其的伊斯兰教徒把基督教教义中的神称为登曷哩。另一方面，主流基督教宣称神格惟一论是异端邪说。
基督教认为亚伯拉罕、以撒、雅各伯所崇信的至高神是基督徒所崇信的惟一真神，再没有别的神。因为基督教所崇信的救主（耶稣基督）被认为是天主亚威的独生子，是跟祂的父（天父）为一的，所以其认为没有偏离一神论的问题。早期基督教教内曾经发生过很多关于这些神学观点的争论。
伊斯兰教认为所有教典的作者都是真主阿拉所派遣的，再启示给其使者以宣扬其思想，而不是人所凭空创作出来的，《古兰经》内容的准确度会受到真主所保持。伊斯兰教徒传统上相信穆罕默德是真主派遣的最后使者，他本人是位文盲，伊斯兰教徒不认为穆罕默德有抄袭过基督教或犹太教的教义，或曾吸收其神学思想，而是重申了多年来被基督教和犹太教改动了的教诲，也认为三个宗教的神学观点有相似的原因正在于此。另一方面，基督教徒在对于穆罕默德的看法上有分歧，一些基督教徒认为穆罕默德是有善意的但接受了错误的启示的申言者，一些基督教徒则认为穆罕默德是妖言惑众的伪先见者。有基督教徒甚至认为穆罕默德是受到邪恶的邪灵达加尔所操控的[1]。
伊斯兰教认为世上除了凡人之外，还有被真主以无烟的火焰造生出来的镇尼，后者如同前者一样能够选择接受正确的信仰，从而得到进入詹那的机会，镇尼有仁善的，也有残恶的，信奉伊斯兰教的神学家对其有着不同的看法，而在伊斯兰教神话中被真主以来自于火狱的毒火造生出来的妖灵（djinn）中最有名的一位是阿札齐尔，祂曾经得到真主的宠幸，但在拒绝向原祖亚丹下跪之后，阿札齐尔被真主驱逐，其被称为伊布力斯并成为了沙但的首领，这些沙但致力引诱世人犯罪。雅兹迪教则认为衰但（Shaytan）已经因向基督表达悔意一事而成为天使。伊斯兰教认为沙但可能会引诱凡人使用邪术，或者假扮为异教神话中的神祇以引诱凡人崇拜自己。
基督教教内有不同的关于超自然生灵的观点，其中一个观点认为除了神灵、天使、炼灵及拉弗拉姆（Raphraim, 居住在阴间中的亡者的魂神）等等之外，其馀的超自然生灵极有可能皆为堕天使、魔鬼或鬼魔，如果异教神话中的神祇不是假神，便是魔鬼或鬼魔所假扮而为的，就连鬼魂也是鬼魔所假扮而为的。
更古老的以法莲教可能认可独神论，由于上主多次被称为万神之神，因此其可能认为异教所崇拜的一些神祇是真实的，但其认为祂们都是不值得被崇拜的伪神，唯有上主是应该被敬拜的真神[2]，或者将祂们视为与天使及星辰一同组成天军但被无知的异教徒视为神祇的天祇（mal'ak）。《依撒意亚先知书》第二十四章预言说天上的万军及地上的君王都会被关押并被惩罚[3]。此外，宗教学家就关于《诗篇》第八十二章所提及的被上主谴责的、组成神圣议会的神般生灵（Godlike Creatur）的身份的问题争论不休，一些学者认为其可能是指有权势的凡人或被任命为守护特定民族的天祗的护国天使。信奉基督教的著名宗教史学家麦可·海瑟博士声称这一章所提及的众神确实是指天上的诸神，而非凡人或三一神的其他位格，但他声称这不意味着其在宣扬多神论，原因是《塔纳赫》把这些所谓的次级神祗描述为原本被上主命令去掌管天下万国 却因反抗天主的统治一事而被受到惩罚的天上的权君（powers in the heavens）[4]。此外，《列王纪(上)》第二十二章提到米该雅先知看见天上万军侍立在上主面前一事，当中包括被上主派去引诱撒玛利亚王国国王阿哈布带兵攻打亚兰王国的诸灵，不知道后者是不是天使。《妥拉》所提及的哈-撒但（Ha-Satan）被视为一位魔般天使（diabolical angel），负责试探凡人，但值得注意的是祂是奉上主之命去行事，而不是在直接对抗上主。现今犹太教在关于魔鬼及鬼魔的观点上有不少分歧，一些犹太教徒认为祂们是真实存在的，另一些犹太教徒认为关于祂们的故事只是隐喻。
伊斯兰教的观点认为尔撒先知从真主阿拉那里获得了《引支勒》（伊斯兰教教义中其内容未被篡改的福音书）；传统上，伊斯兰教认为犹太教圣典《希伯来圣经》与基督教圣典《圣经》的现有内容是已经被篡改了的，因此在伊斯兰教教典中，穆斯林称犹太徒与基督徒为有经者。
基督教观点是耶稣基督是真理、是生命、是道路；而传统认为福音书是使徒门徒记录了救主耶稣基督的生平。基督教徒相信除了经书之外还有圣灵，或称真理的灵。基督教徒相信《圣经》是神所默示的〔上主雅威将祂的气息吹进《圣经》〕，基督教徒对于《圣经》的用法是使用它教训教导、督责、使人归正、教人学义、使属神的人变得完全虔诚、行善事等，不是将其用作处死别人的手段。
关于《圣经》及《古兰经》的内容的真确性也是两个宗教之间的争论的主题之一。
对伊斯兰教传统来说，一个更大的问题是，这个铭文上的萨比安文日期是公元552年。根据最新的学术研究，阿伯拉哈死于公元553年或此后不久，但根据穆斯林所提出的说法，穆罕默德出生于公元570年，所以如果我们想相信关于亚伯拉罕的穆斯林式传统，我们就必须把穆罕默德的诞生推后15年、16年甚至18年。这对早期伊斯兰教的大部份历史产生了巨大的影响。如果穆罕默德早出生18年，那么穆罕默德甚么时候开始接受启示？迁徙何时发生？穆罕默德是甚么时候死去的？各场战争何时发生？这可能会扰乱穆斯林对于其早期历史的所有看法。此外，这可能会对许多伊斯兰教传统产生怀疑。他们所谓的“圣训”的真确性不可信，因为“传播链”现在可能被打破——穆罕默德一生中的大多数事件都被推迟了18年，而链条中的某个地方必然会出现缺口[6]。
——安德鲁·瓦戈，〈拉黑马南 (RHMNN) - 古时南阿拉伯月亮神？〉
基督教及犹太教与伊斯兰教之间的古今冲突，其实各方面都有责任，除了大众媒体普遍认为的 “信仰冲突”外，其实更多是政治因素如族群之间资源分配不均引致双方争夺对立，或基督教、穆斯林地区的当地政治需要，统治者借宗教为借口转移民众视线，从中渔利，加剧三教族群冲突，如十字军东侵及恐怖主义盛行一事这些政治因素。
据传在公元六世纪，先后以犹太教及基督教为国教的希木叶尔王国曾经派兵试图攻占当时仍为异教崇拜中心的麦加以摧毁卡巴神庙，但最后以失败告终。在伊斯兰教传说中，真主挫败了这些攻击者的企图，这一年被称为象年，伊斯兰教宣称那一年正是穆罕默德先知的出生年份。
当穆罕默德先知开始宣扬伊斯兰信仰之后，他及其追随者便开始与居住在阿拉伯半岛的基督教徒及犹太教徒发生冲突。
自公元636年起，三教的发源地圣都耶路撒冷就被以伊斯兰教为国教的阿拉伯帝国统治，属于逊尼派的塞尔柱人兴起之初便开始迫害居住在中东地区的基督教徒。
信奉希腊正教的东罗马帝国皇帝亚历克塞一世向罗马教会和西欧诸国的求援，促使想统一基督教世界、建立权威及压制神圣罗马帝国皇帝和诸国君主的天主教教皇乌尔班二世发动十字军东征。
十字军计划收复圣都耶路撒冷，对穆斯林进行清洗。单在一所清真寺里，就有约1万名避难者惨遭屠戮。一个十字军骑士写给教皇的信里说，他骑马走过尸体狼藉的地方，血流漂杵，血迹染上马腿，甚至到马膝。寺院、宫殿和民间的金银财物被抢劫一空，许许多多的古玩与艺术品被毁。这场屠杀以后，十字军到“圣墓”前去敬拜耶稣基督，然后又开始新的烧杀虏掠。《耶路撒冷史》记载说，十字军占领该城后，对穆斯林不分男女老幼实行了惨绝人寰的三日大屠杀。“勇士们”为了掠取黄金，剖开死人的肚皮到连内脏都不放过。后来，因死人太多，干脆把死人堆架起来烧成灰烬。尽量如此，不过十字军东征是由天主教国家所发动的，而且以伊斯兰教为国教的鲁姆苏丹国曾经与十字军结盟。更正教的很多信奉者并不认可十字军东征[7]。更正教的一些信奉者也认为任意发动战争这个行为违反了更正教教理[8]。
一些基要主义者声称与耶书亚拉比相比，穆罕默德先知的品格是远远恶劣得多的，他们指责穆罕默德先知带兵杀戮了他的敌人，又强奸了女性囚犯[9]，还娶了只有九岁的女孩并马上与她完房，而且提倡所谓的吉哈德[10]。
有批评者指出在伊斯兰教的统治下，基督教和犹太教虽然可以存在，可是其信徒的宗教活动很受限制，而且在某程度上使生活在伊斯兰教国家的基督徒和犹太人感到自己是二等公民，使得不少伊斯兰国家的基督徒和犹太人为争取在社会上有较高的地位一事而放弃信仰，皈依伊斯兰教。虽然基督教徒和犹太教徒是二等公民，但是他们是有经者。在伊斯兰教国家国内，有经者被视为齐米，即受保护民。然而，一些比较激进的伊斯兰教徒可能会把他们视为《古兰经》所提及的卡菲尔。
以下是伊斯兰国家对犹太人和基督徒在伊斯兰统治之下的规条，参见自奥玛法规：
根据伊斯兰律法学家[来源请求]指出，还有以下的条例：
《穆斯林圣训实录》记载穆罕默德说过将来穆斯林一定会与犹太徒交战，最终穆斯林必定会歼灭他们，甚至连石头和树木都会说话，叫穆斯林快来杀死犹太徒[13]。
伊斯兰教教内的瓦哈比派是一个奉信伊斯兰原教旨主义的极端教派。除此之外，伊斯兰教的很多信奉者都拥护吉哈德主义。
瓦哈比派的创立者穆罕默德·伊本·阿卜杜勒·瓦哈卜伊玛目早年曾经多次猛烈批评他眼中崇拜偶像的伊斯兰教信奉者，导致逊尼派人士多次驱逐他[14]，但反而使得他回到家乡并创立了瓦哈比派，并且四处破坏因被当作圣物一事而受到敬奉的东西和杀害违反宗教律法的人[15][16]，导致苏莱曼·伊本·穆罕默德·伊本·古赖尔酋长试图压制其势力冒起[17][18]，却使他与德拉伊耶埃米尔穆罕默德·本·沙乌地结盟并建立了拥护瓦哈比派的德拉伊耶酋长国[19]。德拉伊耶酋长国派兵到处掠劫他人，他们夺取了属于其他教派的伊斯兰教信奉者所拥有的财产，沙乌地及瓦哈卜过着穷奢极侈的生活，并且声称这是真主的恩赐。
在瓦哈卜去世之后，德拉伊耶酋长国继续扩张版图、攻陷了波斯的卡尔巴拉城、洗劫了伊玛目海珊圣陵并屠杀了四千馀人，包括妇女及儿童[20]。德拉伊耶酋长国在多年间到处制造混乱，直到属于阿勒维派的鄂图曼哈里发国帕夏穆罕默德·阿里帕夏伯鲁克巴希率兵在1818年成功消灭了德拉伊耶酋长国[21]。虽然此举抑制了瓦哈比派的势力扩张，但是没能完全消灭它。沙乌地族在1932年建立了沙特阿拉伯王国[22]并继续与谢赫族合作。这个国家自建国之日起便严格地依照瓦哈比派思想统治国民[23]。沙特阿拉伯王国严格地限制妇女所拥有的权利[24]。虽然萨勒曼国王即位后，不平等现象已经减少，但是该国仍在使用酷刑、斩首及石刑等死刑行刑方法[25]。现今沙特阿拉伯王国仍然十分拥护瓦哈比派，每年耗费大量资金在国外宣扬瓦哈比派思想，导致伊斯兰恐怖主义持续对欧美国家造成威胁[26]。现今瓦哈比派主张消灭其眼中伊斯兰教教内的异端份子和对所谓的异教徒发动圣战[27]，并且主张以伊斯兰教的名义征服世界[28]。
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