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种群瓶颈效应或人口瓶颈（population bottleneck；genetic bottleneck）是指某个种群的数量由于突然的灾难所造成的死亡或不能生育造成减少50%以上或者数量级减少的事件。种群瓶颈可能促成遗传漂变加剧。种群瓶颈发生后，可能造成种群的灭绝，或种群恢复但仅存有限的遗传多样性。
一个例子是猎豹（Acinonyx jubatus），由于猎豹彼此之间的关系过于相近，猎豹之间的直接皮肤移植已经不会引发任何免疫反应。猎豹也遭受低精子浓度、低精子活动力及畸形精子鞭毛等问题[1]。科学家推测，猎豹约在一万年前的上一个冰河期中经历了种群瓶颈，加上长年近亲交配，因而造成其基因库寡少情形，使得族群对于疾病没有应变能力；如致命的猫传染性腹膜炎（Feline infectious peritonitis），在家猫中的致病率约1%－5%，但在猎豹中的发病率高达50%－60%。
- 欧洲野牛（Bison bonasus）：现存的族群是由当初12头个体繁衍而来。
- 美洲野牛（Bison bison）：在1890年代数量曾少于1000头。
- 北象海豹（Mirounga angustirostris）的数量在1890年左右曾经降至只剩30头。
- 叙利亚仓鼠（Mesocricetus auratus）：今天几乎所有的人工饲养的叙利亚仓鼠都来自于1930年在叙利亚发现的一只母鼠及其一窝幼鼠。
- 查岛鸲鹟（Petroica traversi）：1980年代只馀5只，其中有生育能力的母鸟只有一只。
- 列山岛野鸭（Anas laysanensis）：1912年只存7只成鸟和5只幼鸟。
- 毛里求斯隼（Falco punctatus）：1974年只馀4只。
- 华南虎：现存仅有人工饲养华南虎，全部是陆续捕获的8~9只野生华南虎的后代。
- 朱鹮：现存近2000只朱鹮，1982年最少时仅7只。
- 柴犬：柴犬在第二次世界大战期间因食物短缺和战后犬瘟热爆发而近乎绝种[3]
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