日本寺院列表是日本的佛教寺院之列表。
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以ISO 3166-2:JP订定之日本都道府县地图
1855年日本行政区域
本列表之寺院列出标准为近代以前所成立的佛教各宗派之总本山、大本山级之寺院，且在日本的佛教史、文化史、美术史上占有重要地位、及拥有国宝级等之重要的文化财，并拥有广大信仰、与对日本文化上有重大影响之一系列寺院。
本列表以日本都道府县排列。
- 万满寺（千叶县松户市）
- 本土寺（千叶县松户市）
- 东渐寺（千叶县松户市）
- 新胜寺（千叶县成田市）→ 成田山新胜寺
- 本远寺（山梨县南巨摩郡身延町）
- 久远寺（山梨县南巨摩郡身延町）
- 放光寺（长野县松本市）
- 长谷寺（长野县长野市）
- 善光寺（长野县长野市）
- 牛伏寺（长野县松本市）
- 长兴寺（爱知县丰田市）
- 兴正寺（尾张高野、名古屋市昭和区）
- 初马寺（三重县津市）→ 莲光院初马寺
- 专修寺（三重县津市、栃木县芳贺郡二宫町）
- 青莲寺（地藏院、三重县名张市）
- 金刚证寺（三重县伊势市）
- 三井寺（滋贺县大津市）→ 园城寺
- 宝严寺（竹生岛、滋贺县东浅井郡びわ町）
- 百济寺（滋贺县东近江市）
- 长命寺（滋贺县近江八幡市）
- 金刚轮寺（滋贺县爱知郡秦庄町）
- 延历寺（滋贺县大津市）
- 园城寺（三井寺、滋贺县大津市）
- 石山寺（滋贺县大津市）
- 永源寺（滋贺县东近江市）
- 林昌寺（大阪府泉南市）
- 野中寺（大阪府羽曳野市）
- 葛井寺（大阪府藤井寺市）
- 南宗寺（大阪府堺市）
- 道明寺（大阪府藤井寺市）
- 长庆寺（大阪府泉南市）
- 太融寺（大阪市北区）
- 大圣观音寺（大阪市住吉区）
- 大圣胜军寺（大阪府八尾市）
- 大念佛寺（大阪市平野区）
- 施福寺（大阪府和泉市）
- 四天王寺（大阪市）
- 西琳寺（大阪府羽曳野市）
- 孝恩寺（大阪府贝冢市）
- 观心寺（大阪府河内长野市）
- 胜尾寺（大阪府箕面市）
- 西江寺（大阪府箕面市）
- 叡福寺（大阪府南河内郡太子町）
- 本兴寺（兵库县尼崎市）
- 斑鸠寺（兵库县揖保郡太子町）
- 中山寺（兵库县宝冢市）
- 如意寺（兵库县神户市西区）
- 能福寺（兵库县神户市兵库区）
- 朝光寺（兵库县加东郡社町）
- 大龙寺（兵库县神户市中央区）
- 太山寺（兵库县神户市西区）
- 须磨寺（福祥寺、兵库县神户市须磨区）
- 净土寺（兵库县小野市）
- 清荒神清澄寺（兵库县宝冢市）
- 清水寺（兵库县加东郡社町）
- 神咒寺（兵库县西宫市）
- 伽耶院（兵库县三木市）
- 鹤林寺（兵库县加古川市）
- 温泉寺（兵库县丰冈市）
- 圆教寺（兵库县姫路市）
- 一乘寺（兵库县加西市）
- 大安寺（奈良县奈良市）
- 灵山寺（奈良市）
- 药师寺（奈良县奈良市）
- 室生寺（奈良县宇陀郡室生村）
- 南法华寺（壶阪寺、奈良县高市郡高取町）
- 宝山寺（奈良县生驹市）
- 法隆寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 法轮寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 法华寺（奈良县奈良市）
- 法起寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 不退寺（奈良县奈良市）
- 长谷寺（奈良县樱井市）
- 唐招提寺（奈良县奈良市）
- 东大寺（正仓院）（奈良县奈良市）
- 中宫寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 当麻寺（奈良县葛城市）
- 橘寺（奈良县高市郡明日香村）
- 新药师寺（奈良县奈良市）
- 西大寺（奈良市）
- 兴福寺（奈良县奈良市）
- 元兴寺（奈良县奈良市）
- 冈寺（奈良县高市郡明日香村）→龙盖寺
- 带解寺（奈良县奈良市）
- 秋篠寺（奈良县奈良市）
- 飞鸟寺（安居院、奈良县高市郡明日香村）
- 大峰山寺（奈良県吉野郡天川村）
- 大峯山龙泉寺（奈良県吉野郡天川村）
- 补陀洛山寺（和歌山县东牟娄郡那智胜浦町）
- 根来寺（和歌山县岩出市）
- 道成寺（和歌山县日高郡日高川町）
- 长保寺（和歌山县海南市）
- 善福院（和歌山县海南市）
- 青岸渡寺（和歌山县东牟娄郡那智胜浦町）
- 净妙寺（和歌山县有田市）
- 金刚三昧院（和歌山县伊都郡高野町）
- 金刚峰寺（和歌山县伊都郡高野町）
- 粉河寺（和歌山县那贺郡粉河町）
- 纪三井寺（和歌山县和歌山市）
- 明王院（广岛县福山市）
- 福禅寺（对潮楼、广岛县福山市）
- 承天寺（福冈县福冈市）
- 观世音寺（福冈县太宰府市）
