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其地位依《内阁府设置法》第13条、《国家行政组织法》第16条所规定，是废除原有的政务次官所新设的政治任用职，惯例上由国会议员出任[1]。
依各省的主任大臣、内阁官房长官或内阁府特命担当大臣命令，负责规划政策及企划或处理政务。若大臣不在时，可依大臣事前命令代为执行其职务（内阁总理大臣不在时的代理是由担任内阁总理大臣临时代理的国务大臣出任，而非内阁府副大臣）。但由于无法代理国务大臣职权，无法代理出席阁议。
员额依各府省而异（1人至3人）。其任免由各府省首长大臣提出，内阁决行，最后由天皇认证（认证官）。内阁总辞时与大臣一样失去其职务。是《国家公务员法》上的特别职。
此外，设有副大臣会议以便于内阁府及各省相互协调政策。副大臣会议设于内阁官房长官之下，由内阁官房副长官（政务）及全体副大臣组成，内阁官房长官负责监督，内阁官房副长官（政务）担任议长。 副大臣地位高于大臣政务官与事务次官。然而，副大臣及副大臣会议无法影响阁议决议案件，阁议决议案件的事前协调是由事务次官等会议负责（事务次官等会议在2009年由鸠山由纪夫内阁废除，但在2011年东日本大震灾后事务次官等事务方再次组成“各府省连络会议”）。2012年2月10日，野田内阁由部分内阁府副大臣兼任各省副大臣，成为之后的惯例。 英语名称依各府省厅有Senior Vice-Minister、Parliamentary Senior Vice-Minister、State Minister、State Secretary等译名。
过去做为政治任用的政务次官，权限小、角色不明确，被称为“省厅的盲肠”。1999年，《国会审议活性化法》废止国会的政府委员制度及政务次官，新设副大臣与大臣政务官。并依同法第9条创设副大臣会议取代无法律依据的政务次官会议，赋予权力进行实质的省厅间政策协调。
然而在导入新制度后，一反过去第2次桥本内阁、小渕内阁时代由具阁僚经验者出任重要官厅的政务次官（外务政务次官高村正彦、大藏政务次官谷垣祯一、外务政务次官町村信孝等），小泉内阁的副大臣、大臣政务官多由派阀分配。继任的安倍内阁则不再由派阀推荐，改由总理与政党干部决定。之后，福田改造内阁任命高市早苗（经济产业）与鸭下一郎（厚生劳动），第2次安倍内阁任命小渕优子（财务）与铃木俊一（外务），再次由阁僚经验者出任副大臣。
内阁官房副长官不仅处理内阁官房事务，也参与了内阁府部分特定事务，同时也是副大臣会议成员，其薪俸等待遇、职位也与副大臣相当，然而依照职位设置依据、内阁总辞时连带辞职的有无等，从法律、学术上来看不被视为副大臣。
除了内阁官房副长官外，其薪俸等待遇与副大臣相当的职位有内阁法制局长官、国家公务员伦理审查会常任会长、公平交易委员会委员长、宫内厅长官、部分大使等。此外，国会的各议院事务总长与法制局长、国立国会图书馆长、东京高等裁判所长官的薪俸等待遇也与副大臣相当。
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