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辅因子[1][2]（英语：cofactor）是生物体系中，使酶（酵素）显现活性所需、对热稳定、非蛋白质小分子化合物或金属水合离子。辅因子能促进酶及反应物进入激活状态（催化），通常作为电子、原子、某些化学基团的载体，而决定反应的性质。某些分子如水和部分常见的离子所扮演的角色和辅因子相当类似，但由于含量不受限制且普遍存在，因此不归类为辅因子。
生物体系其他可与主要组分结合并有辅助功能的分子，如转录和免疫过程中的所需的辅助因子，也称辅因子。
酶的辅因子分为两大类：无机离子和 辅酶（复合有机分子）[3]，后者主要衍生自少量的维生素和其他有机必需营养素。
一个不含辅因子的酶称为脱辅基酶（apoenzyme），脱辅基酶加上辅因子并产生完整作用时，称为全酶（holoenzyme）：
金属离子是常见的辅因子，这些金属离子反映在生物必须的微量元素名单当中。例如钙、镁、锰、铁、钴、镍、铜、锌与钼等。除了这些无机化学物之外，辅因子也包括一些有机物质，例如血红蛋白中与铁结合的血红素。另外有些维生素也可作为辅因子，如维生素C；或是辅因子的前趋物，如维生素B1。
辅因子可分为两大类：
有机辅因子有时进一步分为"辅酶"（coenzymes）和"辅基"（prosthetic groups）。 术语"辅酶"具体是指酶，因此是指蛋白质的功能特性。 另一方面，“辅基”强调辅因子与蛋白质（紧密或共价）结合的性质，因此是指结构性质。 不同来源对辅酶，辅因子和辅基的定义略有不同。一些人认为紧密结合的有机分子是辅酶基团，而不是辅酶，而另一些人则将酶活性所需的所有非蛋白质有机分子都定义为辅酶，并将紧密结合的有机分子分类为辅酶辅基团（coenzyme prosthetic groups）。 这些术语经常被宽松地使用。
在许多酶中，充当辅因子的部分是透过部分蛋白质序列的翻译后修饰形成的。这通常取代了蛋白质功能对外部结合因子（例如金属离子）的需求。潜在的修饰可能是芳香族残基的氧化、残基之间的结合、裂解或成环。[4]这些改变与其他翻译后蛋白质修饰（例如磷酸化、甲基化或糖基化）不同，因为氨基酸通常会获得新功能。
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