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宇昌案是于2012年中华民国总统选举期间所爆发的争议事件。民主进步党候选人蔡英文于担任行政院副院长时，协助并核准宇昌生技公司（今中裕新药）的设立，在卸任后担任该公司董事长，以其家族资金投资宇昌生技；在当选民进党主席后，蔡英文辞去董事长职位，将股份完全转让给润泰集团尹衍梁。在大选中，此事遭中国国民党质疑滥用权力、图利特定人士、贪污，蔡英文认为是诬蔑进而提告。
包括陈良博、杨育民及何大一等世界级生技界大老皆被牵连进此案件中，此外，行政院前院长苏贞昌、张俊雄、副院长蔡英文、经济部长何美玥、中研院长翁启惠等也全遭约谈。在选后，特侦组以查无不法签结，民事部分台北地方法院一审宣判刘忆如应赔偿蔡英文200万元，刘要上诉。
宇昌案虽已签结，唯监察院仍通过纠正文追究违职之行政责任，认定行政院及经建会都没有善尽监督管理之责实属不当，国发基金历年所派董事及相关人员都有违失。此案影响了2012年中华民国总统选举与台湾生技产业的产业发展。
何大一是世界上最早认识到艾滋病是由病毒引起的科学家之一，也是首先阐明艾滋病病毒复制多样性的科学家之一。1999年，何大一及其同事发现人体免疫系统T细胞中的CD8可以有效对抗艾滋病毒。2000年，又研制出C型艾滋病疫苗。何大一等学者在研发艾滋新药的过程当中，有很严重的资金缺口，面临断炊，向国发基金申请资金补助。
中华民国政府有国家政策扶持产业的政策，2007年初，蔡英文在担任行政院副院长时，经由专案程序，批准由国发基金投资宇昌生技（今中裕新药）。之后请立法院长王金平协助，设置《生技新药产业发展条例》，以补足法源。
国发基金款项2.64亿元是在2008年政党轮替以后才发下来，当时何大一等人募集的资金，连同国发基金款项，未达基本生技公司当时所签约必须达到的最低资本三千万美金（9点多亿台币）。蔡英文于2007年5月21日卸任副院长职位后，2007年9月5日担任宇昌生技的无支薪董事长，协助其成立。宇昌生技的设立，初期有上智创投、统一国际公司及蔡英文家族投入新台币六千万，第二期所有股东（不详）再投入七千二百万，合计共1.32亿元的资金投入。在公司设立约一年半后，其家族将股权出售给润泰集团，退出经营，因此获利约1000万元（每股赚约1.125元）[1]。
2012年中华民国总统选举，蔡英文成为民进党总统候选人，行政院经建会主委兼国发基金召集人刘忆如对外公布“时间错置”的2007年“TaiMed投资说明会资料”文件(公文的时间点是8月，刘忆如把公文变造，改成是3月)，林益世、邱毅等国民党籍立法委员引用时间错置的资料，让外界误认蔡英文在卸任行政院副院长前，就已安排自己去宇昌任职; 指控蔡英文违反政务官之旋转门条款以及获取暴利[2]，国民党并指控院士陈良博与何大一等人有利用国家资金图利自身之嫌，向监察院和特侦组进行举发，并指称他们为科技业败类。
宇昌案对2012年中华民国总统选举蔡英文的选情造成极大的影响，民进党人士指控刘忆如涉嫌变造公文。中研院前院长李远哲、院士陈良博、生技大老杨育民等科学家出面替蔡英文背书，何大一则于大选结束后进行澄清。
蔡英文表示，她担任副院长期间未参加宇昌公司的筹设，卸任副院长后，在科学家邀请下，担任负责人并协助募资，她的家族不曾获取暴利，反而为人民与政府获利10亿 [3][4]。当时的行政院法规会认为此事并未违反旋转门条款[5][6]。
在总统大选结束后，刘忆如在吴敦义指示下将相关公文解密公布，刘质疑该案的程序异常，指出宇昌投资案并未经过任何评估，且仅经过少数人审核[7]。总统马英九指责蔡英文没有利益回避，让其家族企业介入宇昌案[8]。监察院对此案进行调查，认为蔡英文等人违背职务，提出纠正案。监察院调查认定，国发基金历年所派董事及相关人员都有违失。
2012年8月14日，特侦组以查无不法签结此案[9]。蔡英文对吴敦义和刘忆如等相关人士提起民事及刑事告诉。刑事部分，地检署以不起诉处份。在民事部分，2015年10月27日宣判刘忆如应赔偿蔡英文200万元[10]，刘表示会上诉[11]。
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1997年，Tanox公司向Biogen取得艾滋病用药TNX-355（之后改名叫 TMB-355）的授权。2000年，TNX-355通过第一期临床试验。2004年，TNX-355通过第二期临床。
2005年6月，经济部在美国德州首次与Tanox公司执行长唐南珊接洽，争取其在台湾设立“生技药品量产工厂”。12月，唐南珊回台寻找资金，计划于TNX-355上市前，以4.5亿台币在台湾设立专门生产此药物的量产工厂，并拜会经济部寻求投资。经济部对Tanox在台合资案原则认可，但为了审慎起见，建议国发基金组成专案小组评估。
2006年4月，Genentech公司开始与Tanox公司洽谈并购。5月，欧华创投董事长高育仁提出筹备计划，成立南华生技公司，建立蛋白质工厂，与Tanox合作在台湾生产TNX-355，并向开发基金申请17亿元投资。行政院对在台湾设立生技工厂表示支持，并请经济部提供必要之协助，但在决定是否以国发基金投资，行政院邀请中央研究院院士何大一等四位顾问协助评估，并以在台生产TNX-355为投资前提。8月，评估小组提出报告，其中警告不能对TNX-355有太高期待，生技工厂则不一定要与Tanox公司合作，可以公开招标方式寻求其他对象。何大一认为南华案只筹划生产TNX-355这一个单克隆抗体药，而未考虑生产其它生物蛋白质药，以及该提案对于TNX-355未来市场的预估似乎过于乐观。9月，国发基金会议原则支持南华投资案。
2006年11月，Genentech公司完成谈判，对外宣布将并购Tanox公司，Tanox答应将TNX-355的开发及行销权转让Genentech公司。国发基金希望南华生技可以与Genentech公司合作，以避免影响南华案的进行。为了争取国发基金的投资，南华生技函覆国发基金，说明有数名Tanox公司成员愿意离职加入南华，对建厂所需的专业人员有极大帮助，并承诺利用Genentech与Tanox合并后，与Genentech内人员的关系，争取更多药品在台湾代工生产。
2007年3月，国发基金审议委员会以10票对8票，否决南华生技投资计划。
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2006年1月，美国Genentech公司，预备收购Tanox公司，4月开始洽谈并购事宜。Genentech公司希望经由收购取得Tanox公司气喘用药的专利，但认为艾滋病用药TNX-355研发成本过高，进展太慢，决定在收购后将它出售。
2006年10月，翁启惠成为中研院院长。至美国参观Genentech公司后，他提出构想，希望让台湾的生物科技产业，赶上世界。经与生物科技界权威，包括院士陈良博、罗氏药厂全球技术营运总裁杨育民等人交换意见，认为应该要成立一家具指标性公司，循台积电模式，由国家投资扶植，以建立生物科技的产业链。杨育民告知翁启惠，基因泰克公司准备出售 TNX-355专利。翁启惠、何大一、陈良博评估后，认为这是取得TNX-355专利授权的好机会。何大一认为，在取得专利授权后，有可能利用TNX-355进一步研发出艾滋病疫苗。虽然研发不保证能成功，但是这将有助于台湾生物科技产业的进步，仍值得一试。
2007年2月，陈良博、杨育民等人计划成立一间新公司，英文名为“TaiMed”，希望取得 TNX-355专利授权。国科会主委陈建仁与经建会主委何美玥，向当时的行政院长苏贞昌提出方案，建议以国家发展基金进行投资，资助其建立。在方案中提到由翁启惠代表行政院与Genentech生技公司洽谈合作事宜，并提出三个合作条件：1. 新公司设在台湾，2. 临床实验在台湾及美国同步进行，3. 未来大量生产之工厂在台湾。若Genentech同意此条件，则我方同意：1. 开发基金2000万美元范围内参与投资新公司，2. Genentech可以得到技术股（10%范围内由翁院长谈判），3. 未来之生产工厂开发基金在30%范围内参与投资[12]。初步谈判结果由何美玥以公文向当时的行政院副院长蔡英文报告，内容提到Genentech公司开出的价格超出翁院长估算甚多，尚须研究如何提出对案。当时担任行政院副院长的蔡英文，曾负责协调经建会与经济部，协助宇昌生技的成立。蔡英文说服立法院院长王金平，由王金平领衔提出《生技新药产业发展条例》，以补足法源。
3月底，行政院为募集TaiMed资金，向台湾创投业者召开公开说明会[13]。但此举引起Genentech公司不悦，认为台湾违反协议，泄露谈判进度。同时间，另一间美国公司，也希望争取Genentech公司的专利，开出很高价格[来源请求]。TaiMed公司原始股东，认为授权金太高，也找不到其他投资者加入，中止谈判，计划暂停。
5月21日，蔡英文卸任行政院副院长。
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2007年8月，Genentech公司与Tanox公司合并完成[13]。杨育民认为这是争取专利权谈判的好机会，陈良博等人重新召集团队，重启谈判。因为生物科技业，投入研发成本很高，募资困难。陈良博与中研院院长翁启惠、李远哲等人，邀请民进党籍、时任扁政府时期国策顾问的蔡英文担任公司董事长，负责整合投资人及负责国际授权谈判，希望以她的声望与人脉，让公司募款能顺利完成。经杨育民邀请，至美国参访生技公司，了解生物科技业现况后，蔡英文答应协助。杨育民与陈良博等人，计划成立两间母子公司，分别为台懋生技（TaiMed Inc，TMI）与宇昌生技（TaiMed Biologics，TMB），由台懋负责控股，寻找投资机会与资金，宇昌生技负责新药的研发与生产。但原定投资者认为投资风险过高，在此时收手，资金产生缺口。蔡英文则认为此案为好的投资机会，因此决定以自家的资金6000万元新台币，经由上智创投公司与统一国际创投公司[14]成立台懋生技，投入宇昌。
但由于《生技新药产业发展条例》中对于奖励投资公司性质有所规定，蔡英文再度集资台币7200万元新台币[14]做为资本，又成立另一家名为“台懋创投”的公司，投资宇昌生技[15]，并以此再次向国发基金申请投资，国发基金承诺投资8.75亿元。此次增资的7200万元新台币，同样也包括蔡英文家族、上智创投、统一国际等提供的资金。
2008年3月，民进党于总统大选败选，国民党上台后，国家发展基金承诺投入的资金并没有到位，原先承诺的3千万美金，包括开发基金批准的1千2佰万美金都未投入宇昌。其他民间资金包括统一国际等资金，也因政治压力不敢投入。国家发展基金只拨款约台币2.64亿，但是原先承诺投资“台懋生技创投”的8.75亿元，因台懋生技创投当时并没有实际成立而没有拨款，其他股东的资金也随之减少，资金因而短缺了一千万美元[16]。后来由润泰集团主席尹衍梁参与投资，补足了资金缺口，宇昌生技资本额才达到了3千万美元（约台币9.9亿元），勉强符合和Genentech公司授权协议书上的最低资本额的规定，让公司得以继续经营。
2008年5月18日，蔡英文成为民进党主席，为淡化公司的政治色彩以及旋转门争议有所切割，请辞董事长。其家族的洁生投资公司，将股票出售，退出经营。尹衍梁取得台懋生技公司的经营权与所有股权。尹衍梁以不熟悉生技公司为由，邀请路孔明入股，将台懋生技公司改名为“合一生技创投”。宇昌生技公司也改名为中裕新药。
2010年，中裕新药再度增资，开发基金决定再次参与。同年6月，中裕新药登上兴柜，交易价格可达35元。 根据证交所公开股市观测站的财报资料显示 中裕新药(4147)宇昌生技 EPS 2009年 -2.2元，2010年-1.34元，2011年-1.06元，2012年-1.07元，2013年-1.3元，2014年-1.32元，2015年-2.16元，2016年-1.14元，8年间账面总共亏损21.55亿元
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2011年4月27日，蔡英文成为民主进步党候选人，参与总统选战。
11月26日，国民党副总统参选人吴敦义质疑，蔡英文在副阁揆任内批准行政院“国发基金”投资宇昌生技，她在卸任后却自己去担任该公司董事长。认为操作手法，与声名狼藉的“𫟼震案”十分类似。《联合报》刊出社论呼应此事[17]。11月28日，邱毅质疑蔡英文曾经担任宇昌生技公司的董事长，跳过审查会，违法申请国发基金，而蔡英文从行政院副院长卸任后，马上转任宇昌公司的董事长，涉嫌自肥。不过绿委澄清，绝无此事。[18]。12月1日，民进党发言人陈其迈表示，当年行政院也依据民国85年铨叙部函通案解释过卸任副院长担任生技公司董事长没有违反旋转门条款。[19]
12月7日，前经建会主委刘忆如声称，应行政院阁揆、当时副总统参选人吴敦义口头指示，对宇昌案启动行政调查[20][21]。但吴敦义表示是由刘忆如主动签报，依照立法院决议要解密宇昌案，才进行调查，否认曾经口头下令[22]。刘忆如由日本行程周三赶回台北，把国发基金投资宇昌的两大箱档案资料找出来整理。
12月9日，立法院临时安排经建会专案报告，蓝营立委轮番开炮，质疑蔡英文违反旋转门条款，骗取国发基金的钱。[23][24]国民党立法委员邱毅指出，蔡英文在出任民进党主席后，将其手中持有股份，以每股11.5元的价格，全数卖给润泰集团，若以每股面值十元计算，蔡英文至少获利三百万元。邱毅怀疑蔡英文家族根本没有出资一毛钱，骗取国发基金数千万元，将向特侦组告发。[25]蔡英文表示，家族所得获利一千万，利润仅2%，仅稍微优于定存。她与家族从头至尾都不曾获取暴利，反而为人民与政府获利十亿元以上。
12月12日，宇昌投资案当时的行政院法规会主委陈美伶表示，前行政院副院长蔡英文卸任后转任宇昌董事长一案，当时法规会研究后明确回复没有违反旋转门条款。理由之一是“旋转门条款”的规定是指“直接监督业务”，该公司的目的事业主管机关是经济部。其次，包括前财政部长与行政院副院长邱正雄卸任后担任大华证券董事长等都有前例可循，加上配合当时新通过之《生技新药产业发展条例》明文规定，该法目的事业主管机关是经济部。蔡英文是卸任的副院长，属于“行政院”的层级。陈美伶表示宇昌案只是一般公务机密，系指公务员承办业务，当政策未确定前或者案子只给某些首长看时会列为密等，等到事情确定，只要经过程序核定后就可以公开，没有所谓依据国家机密保护法解密或注销的问题。宇昌案只是希望事情未确定前不要对外曝光，才会加注密等，事情确定后，行政院依据职权早就可以公开，这是行政权的范畴，不需要立法权[5][6]。
此外，宇昌案极机密文件解密，首度出现“TaiMed”名称，引发蓝营质疑这就是蔡英文家族所有的“台懋”公司介入投资案的证据，且宇昌公司前后中文名称不断改变，但英文名字依旧是TaiMed，令人不解。对此，蔡英文委任律师连元龙驳斥说，TaiMed的意思是“台湾医药科技”，与台懋一点关联也没有[26]。
民进党于官方网站提出说明。[27]中央研究院院长翁启惠为蔡抱屈，当初宇昌的发起人杨育民（现为罗氏药厂全球技术营运总裁）及陈良博（现为中研院院士）等生技大老，也发表联合声明，指出宇昌投资让政府至今只有获利、没有损失，没想到选举期间却被定位为“科技型犯罪”。[28]
国民党副总统候选人吴敦义夫人蔡令怡12月11日在澎湖造势时，炮轰蔡英文“把国家11亿，挪移到他们家公司”，民进党发言人康裕成与律师廖虹羚十四日召开记者会，蔡令怡散布显然为捏造不实的讯息，抹黑打击蔡英文，意图使人不当选，将对蔡令怡提告。[29]吴敦义则为妻辩解，“蔡令怡有正义感、很善良，一向不会乱讲话，一定是有所本才提出”。[30]但蔡令怡事后却坦承讲错了，对于抹黑蔡定调仅是“口误”，如果“这个数字有点不对，我应该是道歉的”[31]。隔日吴敦义表示蔡令怡说11亿实在太客气了，应该是14亿[32]。
12月12日，经建会主委刘忆如公布两份已解密的宇昌案极机密公文，显示蔡英文担任行政院副院长时，曾批示宇昌公司前身TaiMed公司投资案的极机密公文；刘忆如并透露，在2007年3月31日另一份TaiMed募资的英文说明书上，蔡英文就已列名“主要负责人”。国民党立委林益世等痛批，“蔡英文竟自己决掉（公文）了！苏贞昌被蔡英文蒙了。”[33]
民进党政策会执行长陈其迈出示原始文件，指控刘忆如涉伪造文书，拿8月文件充当3月文件，限刘忆如在下午3时以前公开道歉，否则提告[34]。段宜康也提出，刘忆如与林益世公布的文件上，“附件三”的字眼遭涂改，要求公布涂改公文的原因，以及出示原始公文[35]。
刘忆如坦言，经建会提供给立委的所谓“TaiMed投资说明会资料”，确有“时间错置”。对于造成误会，她愿意道歉，她指控是因为民进党时期留下的文件太复杂，才会误植时间[36][37][38]林益世表示，“我是根据行政部门提供的资料，不会的，我有什么好道歉的呢？”[39]。吴敦义则说，不管3月或8月，都是事实，如果是3月份，那就说明是蔡英文在副院长的任内就参与宇昌筹募，如果是8月，那也坐实2月份的副院长蔡英文，批给8月的宇昌筹募人蔡英文，这个事实就是摆在那里，有就是有，没有就是没有，3月跟8月没有大差别。[40]
12月14日，康裕成以律师身份出面赴台北地检署告发刘忆如、国民党立委邱毅、林益世、谢国梁、及行政院长吴敦义夫人蔡令怡等5人涉及伪造文书或违反选罢法。[41][42]国民党立院党团表示，要成立跨党派国发基金投资宇昌案调阅小组。立法院长王金平14日表示，由于提案到院会决议的程序已过，目前唯一的方法就是透过党团协商送院会决议，不过民进党团对此已经表示反对。[43]刘忆如指出，蔡英文家族百分之百投资的“台懋生技创投”，有五大疑点需要当事人出面说清楚[44]。
12月16日，邱毅表示，他向叶耀鹏举发蔡英文、何美玥、何俊辉，涉嫌渎职、滥权、自肥、图利等违反公务人员守则的犯罪行为。他认为，南华案和宇昌案生产同一种药品，南华案送经建会，也曾获何美玥肯定，但在审议两年过程中，民进党发现此案有利可图，将之剽窃，再联合科技业败类，一起将南华案封杀，以商业间谍手段，硬窃取南华投资案模式。指责翁启惠、何大一、陈良博是科技业“败类”。[45]宇昌生技澄清，何大一的技术股，是由大股东润泰集团给与的，经股东会同意，与蔡英文无关[46]。
同日针对蔡英文召开宇昌案记者会后，刘忆如也开记者会回应说，对蔡英文没有针对宇昌案的疑问提出任何说明，并再度抹黑、指控行政部门变造文件感到遗憾。她并强调，从来没有说过宇昌或台懋创投是弊案，也没有说是违法，只是本于职责，请蔡英文尽速面对问题，澄清大家疑惑，并呼吁蔡英文及民进党停止对她的抹黑与不实指控[47]。
2011年12月17日在第二次的总统候选人电视辩论会上,国民党候选人马英九在申论一开始就讲宇昌案，在交互拮问时，又再针对宇昌案，质疑民进党总统候选人蔡英文[48]。
刘忆如质疑蔡英文家族投资宇昌仅占20%股份，不如国发基金的40%，何以能担任董事长？民进党立院党团干事长蔡煌琅于12月22日反问：台北市政府持有富邦金控14.17%的股份，为何由持股9.08%的蔡明忠当董事长？国发基金投资台积电6.38%，怎由持股0.48%的张忠谋当董事长？国发基金投资国光生技19.36%，怎由持股仅0.79%的詹启贤当董事长？国发基金投资健亚生技31.46%，又怎由持股14.11%的梁荣将当董事长？鸿海的郭台铭持股只有12.02%，为何可以当董事长？宏达电的王雪红和陈文琦合计持股宏达电5.76%，为何王雪红可以当董事长？刘忆如这种质疑是“不识字兼没卫生！为了恋栈职位，语无伦次，打宇昌打到疯狂了吗？”。蔡煌琅表示，国发基金是创投基金，是扮演投资的角色，不是来当经营者，“没有知识，也要有常识！”如果刘忆如不懂，可以向专家、金管会副主委李纪珠请益，“李纪珠会把创投的精神告诉你！”民进党党团书记长翁金珠则指出《公司法》（第二百零八条）的规范很清楚，公司设有常务董事的，以选举方式互选出董事长，否则就由董事互选出董事长，跟持股多寡没有关系，刘忆如怎会提出这么缺乏常识的质疑？[49][50]
2011年12月23日，刘忆如公布当时董事长和董事选举纪录，以宇昌成立时，国发基金依40%的股份被规划应有3董事1监事，但董事长选举时只有1董1监，分别是翁启惠和何美玥，并要求当事人说明为何国发基金的权益被放弃[51]。12月29日，刘忆如再度以国发基金主管单位的身份，公布四项文件，对宇昌案的程序异常提出质疑，包括：[52]
- 由政务委员报签行政院（应该要由国发基金报签，而非经建会主委兼政务委员何美玥）
- 投资本身未见规划或评估
- 以“专签”变更之前国发基金投资新公司的前提（在台量产改委外，投资额由30%改40%）
- 国发基金先拨款，才签投资协议
- 蔡副院长签核，蔡董事长接手
就刘忆如的指控，民进党发言人指出这些质疑他们早已回应过，不需要再多做说明。
2011年12月28日，经建会主委刘忆如在经建会年终记者会中指出，宇昌案之所以特殊，在于宇昌的专案核准，是只依据一份3人签署的公文，这份公文由何美玥用“政务委员”身份，以“极机密”公文在96年2月9日签呈行政院副院长蔡英文、院长苏贞昌，而这份公文是当宇昌案投资及拨款作业流程的依据，这种仅靠一份2页的公文，作为投资依据的流程，也是国发基金到目前为止唯一的一个特殊案例[53]。
2011年12月30日，蔡英文于2012年第二次总统候选人政见发表会上主动提及宇昌案，她表示2007年卸任行政院副院长后，受推动本案的科学家邀请参与筹设宇昌，但为避免瓜田李下，当时就曾连络行政院，确认担任宇昌公司董事长不违背法令规定，并承诺民间资金到位就撤资，“我不想做无所谓的口水战，只想把真相诉诸社会公评。” 蔡英文强调，宇昌案给她很深的感触，也是很重要的试炼，如果时间可以倒流，她还是会做出相同的选择。[54]
前中研院长李远哲及学术界人士连署声明，宇昌案给科学工作者很深感触，生技本无色，但选举政治正践踏生技幼苗，宇昌案是很好的生技成功典范，却难逃政治抹黑。为民进党总统候选人蔡英文的人格及宇昌案背书。[55]
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知名旅美生技大老、罗氏药厂全球技术营运总裁杨育民，与中研院院士陈良博联名发表公开信，说明宇昌是科学家心血结晶、依正常程序成立、邀请蔡英文出钱出力、还帮国库创造七亿元以上利润[56]，驳斥邱毅的指控[57]。
中央研究院院长翁启惠为蔡抱屈，表示宇昌文件列机密应是Genetech要求，当时因为资金未到位，经营人才请蔡英文帮忙投资，蔡英文相当明确表示，投资宇昌只是帮忙，等资金到位就退出，“这个我记得很清楚”[58]。
中央研究院院士陈良博12月13日越洋视讯访谈记者会影片证实经建会表示，“所以他们说，是3月31号的那一个文件，是8月的时候我写的，然后8月19号我先送给蔡主席，然后等何大一同意以后，隔了几天，8月21号2007年，我送给何俊辉先生，他那个时候是副执行秘书。”陈良博强调，“所以这份资料很显然的，2007年3月31号标示的那些文字是变造的资料，完全是变造！完全变造！”陈良博还哽咽说，国民党那边的人很多也都是读书人，读书人怎么能做出这款，没良心、不老实的事情，令人伤心[59]。
2011年12月13日，杨育民说，宇昌案闹成这样，对他来讲只是有心人想做文章，当初其实是很单纯、很有意义的事，只是没想宇昌案反而害了台湾生技业，让他觉得非常痛心。这个案子到2008年民进党下台后，资金后续断炊，如果当初政府继续支持，在台湾盖工厂是一个可能的愿景。他说，在美国常常很多公司一个新药还在临床就价值好几亿美元，对于台湾主管国发基金投资的高级官员用“净值”去衡量新药公司的价值，真的是很离谱的一件事[60]。
中央研究院院士陈垣崇担心宇昌案恐影响台湾生技产业的未来发展，他说：“台湾的生技产业好不容易有成果，好似刚发出小秧苗，却这样被摧残了。”[61]。
至少八十七名科学家联名背书力驳宇昌案。以中研院前院长李远哲为首，以及近二十位生技业界人士，其中包括宇杨育民、陈良博都在连署名单当中，他们呼吁还给“蔡英文一个公道，也替蔡英文的人格背书，强调蔡英文值得信赖，应该还给蔡英文公道，别让抹黑决定台湾的未来。这份声明指出，“生技本无色，但选举政治却正在践踏生技幼苗，宇昌是个很好的生技成功模范，却难逃政治抹黑[62]。”
民进党党中央就宇昌案提供说明，而蔡英文亦召开两次记者会作出说明。
宋楚瑜说，宇昌案就像2000年的兴票案一样，都是刻意操作负面选举，对台湾的民主发展没有好处[63]。刘文雄则透露，宋楚瑜于对此事感到痛心，认为国民党不但没有疼惜人才，还这样牺牲刘忆如[64]。
陈振盛则表示这不是刘忆如一个人就能当打手，背后显有国民党党政高层在运作。吴敦义的阁员出了问题，吴敦义难辞责任。刘忆如不是发动者，影武者或藏镜人另有其人，检调应要将其揪出来。[65][66][67] 针对马英九宣称如果证实他动用国家机器打击对手将退选，陈振盛也表示马本来就会落选，呼吁用选票来制裁。[68] 对刘忆如每日提问，陈振盛则请她不要越陷越深，呼吁特侦组要羁押刘忆如。[69]
在国民党操作宇昌案后，部分民调显示蔡英文获益。[71][72] 民调的趋向与社会观感类似，但是目前各政治立场的民调可信度不高[73]。
由于民调反应不佳，吴敦义受访时表示选战以政绩为主，宇昌案不必当选战议题[74]，部分媒体也臆测国民党不再打宇昌案，甚至泛蓝内部有所歧异。[75][76] 但随后的第二场总统候选人电视辩论，宇昌案仍成为交互诘问焦点，刘忆如也陆续公布其他公文并提出质问，显示媒体对国民党不打宇昌案的推测并不正确。[77][78][79]
- 2011年12月19日，《苹果日报》专栏评论担任经建会主委的刘忆如，当台湾面临欧债危机等所带来的负面影响时，亲上火线，与民进党隔空唇枪舌战，大可不必，建议她回归正务。[80] 另指刘忆如在枝节上纠缠不清，坚持自曝其短，说些缺乏常识的话，明明特侦组已在侦查，却坚持追查真相，好像在协助特侦组办案，让身为政务官的她，能力和公信力难以恢复。[81]
- 2011年12月20日，李艳秋在新闻夜总会指出，台懋创投在成立时没有任何员工为空壳公司。[82]12月29日，李艳秋再次在新闻夜总会讨论此案，称蔡英文是邪恶版的罗宾汉。[83]
- 2012年1月16日，部分亲蓝媒体一反先前大力批评之态度，开始赞扬本案相关科学家之成就。[84]
- 2012年1月27日，民进党前立委林浊水表示，民进党内普遍有让“蔡英文再选一次”的氛围，他认为，民进党新任党主席应该年纪不比蔡英文大，如果党内天王想回锅接任党主席，应该向外界宣示，不会参选2016，只是肩负带领民进党转型的阶段性任务，并对民进党转型做出具体承诺。[85]
- 根据证交所公开资讯观测站的财报资料显示 中裕新药(4147)宇昌生技 EPS 2009年 -2.2元，2010年-1.34元，2011年-1.06元，2012年-1.07元，2013年-1.3元，2014年-1.32元，2015年-2.16元，2016年-1.14元，8年间账面总共亏损21.55亿元。由于新药尚未上市，因此营收几乎都是挂零，公司从未曾获利，目前手边的现金来自于现金增资，至今仍是烧钱状态。对于所谓账面股价获利，非实质营收获利。[86]
- 国民党候选人马英九指责蔡英文未利益回避，让其家族企业介入宇昌案。
- 中央研究院院长翁启惠表示，宇昌文件列机密应是Genetech要求，当时因为资金未到位，经营人才请蔡英文帮忙投资，蔡英文相当明确表示，投资宇昌只是帮忙，等资金到位就退出。
- 2011年蔡英文表示，这起案件，过去三年已经经过严格检验，证明没有任何可议之处，家族所得获利一千万，利润仅2%，仅稍微优于定存'。她与家族从头至尾都不曾获取暴利，反而为人民与政府获利十亿元以上。
- 2006年行政院邀请中央研究院院士何大一等四位顾问协助评估，并以在台生产TNX-355为投资前提。8月，评估小组提出报告，其中警告不能对TNX-355有太高期待，生技工厂则不一定要与Tanox公司合作，可以公开招标方式寻求其他对象。
- 中裕新药表示，蔡英文在2008年1月已卸任董事长，退出经营。授与何大一博士约占股权 5% 技术股的决定，是在2008年6月举行的股东会上，由大股东润泰集团提议，经刘兆玄内阁同意，拨给何大一。赠与技术股不是由蔡英文决定，过程也一切合法。TNX-355 最初是由何大一博士所指导研发。中裕新药在研发过程中，何大一博士也是最重要的灵魂人物，赠与技术股是应得的[97][98][46]。
- 何大一支持者指出，南华生技案中，高育仁是申请做代工药厂，自己没有专利权，专利在Tanox手上，却开口向国发基金要十七亿元。TNX-355 仍在研发过程中，Tanox公司也尚未有能力让 TNX-355 进入量产，在此时就成立蛋白质工厂来大量生产，不合效益。且当时， Genentech 正预备并购 Tanox，后续不确定因素高，风险很大才遭打回票。
- 何大一对这些指控，表示：“如果家乡台湾不欢迎我们，那我可以退出台湾，到别的国家去实现生技梦想。”[99]谢金河在2012年1月7日“老谢看世界”节目指出，何大一曾打电话给尹衍梁，在电话中大哭，说台湾媒体说的都不是事实，想要出来开记者会澄清，但尹最后劝退何。民进党认为，国民党的言论对何大一博士等人过于粗暴[100][101]。
2011年12月13日，最高检察署特侦组展开侦办宇昌案重大侦搜行动，派员前往行政院国家发展基金管理会调阅宇昌案相关案卷公文，整个调卷行动号称全程保密。[102][103] 2011年12月13日，民进党发言人陈其迈、庄瑞雄及律师徐国勇、连元龙召开记者会表示，执政党利用不实资料，再由检调单位配合特定政党、发动侦查，蓄意抹黑政敌，“这对于一个民主国家绝对是政治丑闻”，司法机关配合着前ㄧ天刘忆如主委的预告，马上发动侦察查扣行动，让人怀疑国家机器现在都变成国民党的辅选单位，呼吁马总统出面向社会大众说明[104]。也有人质疑检察总长黄世铭侦办宇昌案时走漏风声，而侦办富邦案却悄悄保密，行为有所偏袒[105]。
针对外界质疑有外力介入宇昌案的侦办，特侦组发言人陈宏达表示，检察官在证据有湮灭、伪造及变造之虞时，有必要保全证据，而这一切都依照法律，绝无行政机关或政治力介入，希望大家不要过度解读，不当联想。陈宏达说：保全证据是为了发现真实，“真实是没有颜色的”，更没有蓝绿。 [106]
2012年8月14日，特侦组发言人陈宏达表示，特侦组约谈中研院院士何大一、陈良博，民进党主席苏贞昌、前主席蔡英文后认定，蔡英文任宇昌董事长、蔡的家族投资宇昌、出售股权，以及国发基金挹注，均无不法事证。根据特侦组调查，蔡英文家族投资宇昌公司的资金，都是自有资金，如期、如数汇入相关账户的款项，没有中饱私囊或非法滥用。宇昌公司初期原属意何大一担任董事长，但受限他久居美国及台湾法令，投资团队才决定找蔡英文，蔡英文辞去副阁揆一职后担任宇昌董事长，并未违反旋转门条款。尹衍梁购买蔡英文家族出售的股权，股票买卖未逾市场合理价格没有暴利。宇昌案当时以“极机密”处理，是确保国家利益，并无不法。国发基金挹注宇昌初期，国发基金董监席次不足，确为何大一等人久居海外、相关手续办理时程有落差，并无不法[107][108]。
至于宇昌等的公司登记疑涉伪造文书及前经建会主委胡胜正疑涉违反旋转门条款等部分，特侦组发交台北地检署调查，2013年7月17日，台北地检署侦查终结，胡胜正等人未违反旋转门条款、亦未涉伪造文书，因此认定犯罪嫌疑不足，予以不起诉处分确定。[9][109]。
在大选结束后，2012年8月14日，特侦组完成调查，以查无不法签结宇昌案[9]。特侦组侦决书指出，综据资金流向之清查，及宇昌生技公司之资金查核以观，蔡英文家族投注之资金均为自有资金，而所参与投资之款项亦均如期、如数汇入该等账户；另宇昌生技公司依其账户之资金流向，亦未见有中饱私囊、非法滥用之情形。而就蔡在此案中有无违反旋转门条款，就当时法规会研究后明确回复没有违反旋转门条款[5][6]。
总统大选马英九胜出，不过，国民党操作宇昌案的手法留下后遗症，不仅让人认为马政府不支持生技产业，政府诚信大打折扣，有政府投资的生技案也成票房毒药，让企业投资怯步，包括张有德的TMF、苏怀仁的SIC种子基金和生技中心将分割的蛋白质药品先导工厂，都面临募资困难的窘境。TMF原预定由政府出资20％，但因为宇昌案，民间企业对于与政府合作产生疑虑，深怕成为宇昌案第二，原本东洋、南光、永信、中天生技等公司也因宇昌案打了退堂鼓，TMF还没成立就胎死腹中，主持人张有德也挂冠求去。苏怀仁的SIC种子基金，在筹募资金的过程中，也因企业投资担心有政府的色彩而出现瓶颈。连带影响马政府另一项重要计划“台湾生技育成整合中心”也撑不下去。[110][111]选举后宇昌也被打入谷底引发财务危机 [112]。
罗氏制药全球技术总裁杨育民认为，原本是台湾最成功，也最有机会以艾滋病新药TMB-355拿到FDA上市药证的中裕新药（原名宇昌），在总统大选中，被打成是攻击蔡英文的弊案，会让很多人认为政府是不支持生技产业，很难吸引国际资金进来，也不会想参与和政府参与的投资案[113]。因宇昌案影响，杨育民决定辞去生技产业策略咨议委员会（BTC）委员。行政院虽积极寻找替代人选，但生技界人士都不愿担任此职位。台湾生技创投基金（TMF）负责人张有德，也决定不再接受行政院委托，自行创办私募基金[114]。中研院院长翁启惠亦表示，宇昌案这件事对生技业的确产生影响，就是有一些不确定性，尤其海外华人有心想回国帮忙，就会犹豫，这是比较大的影响。[115]包括陈定信、廖运范、陈垣崇、陈建仁等中央研究院院士也对此事提出批评与关心[116]。
身兼国家生技医疗产业策进会（生策会）创办人、对生技产业需求与发展知之甚详的立法院长王金平于2012年6月出席台湾生技医疗产业总体检论坛时痛批总统大选期间政治干预生技产业界的发展，还对一群国际重要科技人才不太尊重，生技产业已因“政治因素”被严重“污名化”，现在正“自食恶果”，很多学者与专家都不愿意来协助台湾生技这项重要的策略性产业，这对国家来说是重大的损失。[117][118]此外，政府对生技产业的许多重大承诺，到现在都还无法兑现。针对生技所成立的创投基金。由张有德主持的首支台湾生技创投基金（ＴＭＦ）募资失败，如何挽留张有德继续在台湾帮忙，非解决不可，因为没有ＴＭＦ，生技产业四个重要支柱就少了一个，对产业发展影响很大。而政府从国外延揽生技专家苏怀仁回来担任台湾生技整合育成中心的首席顾问，却但连起码的薪水问题，到现在都无法解决。[117]
中研院院士陈定信出席院士会议外受访痛批，马团队对宇昌案的指控根本就是“假的”，当初摆明就是在“骗选票”，用污名化的手段把蔡英文“打坏掉”，“非常不道德”。为了胜选，竟然不惜牺牲台湾的生技产业。
中研院院士廖运范也说，蓝营对宇昌案作出不实指控，甚至还涉及窜改相关文件，对国内生技产业发展形成很大冲击，很多海外生医学者很气馁、心寒，大家不想回台湾了。
中研院院士陈垣崇表示，宇昌案确实影响到国家生技产业发展，让海外生技专家回台投资和贡献所长的意愿降低，也可能造成国外会有一些“台湾不支持生技产业”的负面印象[119]。
2012年7月5日，何大一投书《联合报》，澄清自己在南华案与宇昌案的角色，对“宇昌及其创始者”遭受扭曲及不公平的指责感到遗憾。何大一说，南华案要耗资数亿美元兴建大型蛋白质药生产工厂，而宇昌提案是成立一个小型的新药公司。大家期望宇昌能以创新为基础，延揽专才，与世界一流的Genentech合作，共同开发新药以创造产值。政府的投资也只有南华案的几分之一，风险较小。何大一认为，如果国发基金当时支持了南华计划而大笔投资盖厂，这个厂到今天可能都还在空转，没有蛋白质药可以量产，因为研发还未完成。而中裕新药在短短的几年内就在以被动免疫来预防艾滋病的领域里跃居领导地位，并同时打开了另一个市场。何大一同时希望国发基金对外公布他在南华案与宇昌案的评估报告，向社会澄清他的立场是一致而且公正的。他最后表示如果政客们为了政治或一时的选举之便，连无辜政治圈外人的名声也可以随便践踏，往后谁还愿意帮台湾做事？一场宇昌案下来，对台湾没有好处，其对生技新药产业及有心参与的海内外菁英所造成的负面影响，不知道要多少年才挥得掉，最后受害的还是百姓。[120][121]何大一指出，国民党抹黑宇昌是假公司“很不公平”，宇昌是政府拿钱配合民间资金打造的，马政府竟然为了选举将自己的小孩杀死。何大一认为刘忆如窜改宇昌案文件日期，是一种犯罪行为。对于马英九与吴敦义对于宇昌案不作回应，感到遗憾[122][123]。
中研院院长翁启惠认为，宇昌案对生技业的确产生影响，宇昌案造成的政策不确定性，让海外华人非常犹豫是否回台湾帮忙发展相关产业。 [124]
中国国民党大老高育仁与南华生技的代表，仍然认为何大一在南华案中不公正。杨育民则表示当初这个艾滋病新药如果能进入临床三期成功，才会在台湾竹北设立蛋白质工厂，但还没成功之前，是不适合设工厂的，况且只有一个新药无法支撑一个厂。国民党立委邱毅仍然认为宇昌案是弊案，而且何大一参与其中[125]。国发基金执行秘书认为何大一与宇昌案无关，质疑是在专案核准的程序异常，之前对何大一的质疑，是刘忆如以个人身份发表的“每日一问”，非国发基金的立场[126]。刘忆如回应，日期错误是误植，否认是窜改。她是在当时行政院长吴敦义的指示下才进行调查。国发基金回应，国发基金从来不曾指控参与宇昌案的科学家违法，也不认为这对台湾生技业发展有影响，而“有些外界耳语对他们造成困扰，这我们也没办法”[127]。
2014年4月21日，美国 FDA 正式核准中裕（宇昌）艾滋病新药 TMB-355进行临床试验。[128][129]
2015年11月23日，中裕新药，以115元上柜 [130][131][132]，股价持续上攻，2015年12月14日收259元，涨幅高达125%[133]。中裕新药资本额21.71，市值超过500亿元，国发基金大赚90几亿元。
在大选结束后，特侦组以查无不法侦结此案。监察委员叶耀鹏表示，虽然法院判决无罪，但监察院仍追究宇昌案的行政责任，认定行政院及经建会都没有善尽监督管理之责实属不当，国发基金历年所派董事及相关人员都有违失，一并纠正。2013年10月2日，监委叶耀鹏、马以工、马秀如、李复甸等人提出监察院调查报告，认为国发基金未经行政院专业核准就投资宇昌公司，且投资范畴改变也没有陈报首长，国发基金管理会对于投资案的相关作业与行政院对档案管理有缺失，经建会提供立法院的相关文件错植日期，主委刘忆如及相关人员有违失。此外，报告中认为何美玥冒用2007年2月9日签为宇昌案申请国发基金投资“专案核准”的凭据，并为后续拨款作业有行政违失；宇昌案是由蔡英文及何美玥核定并推动，但全案所推动的项目却远超出核定范围，且也没续呈苏贞昌，前后签文有落差，时任行政院副院长的蔡英文明显违反当时行政院长苏贞昌的原签指示，“违背职务的情状，相当显著”。[134][135]蔡英文办公室则表示“监察院刻意曲解并略去后续签呈，诬指蔡英文违背职务“迳予核准”云云，隐藏事实、罗织无辜”。[136]
2011年12月2012年中华民国总统选举期间，前国民党立法委员邱毅等人，指控蔡英文违反政务官的旋转门条款，不当获取暴利[137]，蔡英文本人否认[138][139][140]。时任经建会主委刘忆如和国民党立法委员林益世拿出一份日期标注为“2007年3月31日”的投资说明书，指控蔡英文在行政院副院长任内，就已列名TaiMed公司主要负责人之一，但事后被发现这份文件其实是8月的文件（蔡英文5月时已卸任副阁揆），刘忆如虽公开道歉，但被蔡英文控告伪造文书[141]。2013年3月14日特侦组考量刘忆如是因幕僚拿错文件，并无伪造文书犯意，以查无不法给予不起诉处分。但民事求偿部分，2015年10月27日台北地院一审宣判刘忆如应赔偿蔡英文200万元[10]，刘忆如上诉后[11]，两造于2017年4月达成和解[142]。
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