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民國新疆軍閥 来自维基百科，自由的百科全书
盛世才（1897年1月8日—1970年7月13日），字晋庸，又字德三，男，辽宁省开原盛家屯村人[2]，中华民国陆军二级上将。曾任中华民国新疆临时督办和新疆省政府主席，1933年至1944年间新疆军事、政治首长，有“新疆王”之称。盛世才早年为奉系军人，后投靠新疆军阀金树仁，屡立战功，1933年新疆发生兵变，陈中、白受之、郑润成、巴品古特等人驱逐金树仁，盛世才乘机取得大位。盛世才治下的新疆，虽未宣布独立，但完全脱离中华民国国民政府的控制，拒绝悬挂中国国民政府的青天白日满地红旗，而是悬挂盛氏政权的“六角星旗”。1941年1月，盛世才曾向苏联提议：成立突厥斯坦苏维埃社会主义共和国，脱离中华民国，加盟苏联。鉴于当时中苏的同盟关系，斯大林拒绝这一提议。1943年，盛世才加入中国国民党，并表示“矢志拥护中央，尽忠党国，绝对服从领袖”。随后，盛世才取消六大政策，六角星旗亦换为中国国民党的青天白日旗[3]。但此后因国民政府主席蒋中正对新疆用兵，盛世才开始采取对策，准备把中国国民党势力逐出新疆。为寻找退路，盛世才企图再次投靠苏联。他致电斯大林，要求重新加入苏联共产党和将新疆划为苏联的一个加盟共和国，但此时的苏联共产党与斯大林已经对盛世才彻底失望，拒绝他的要求，并把其电报转给蒋介石。此时的盛世才，已是众叛亲离，怨声载道。蒋介石决定把盛世才调离新疆，另任农林部长，由朱绍良代理新疆省主席。1944年9月11日，盛世才离开新疆到重庆赴任。至此，盛世才在新疆历时11年5个月的军阀统治宣告结束[4]。
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| 盛世才 | |
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 中华民国国民政府第3任农林部部长 | |
| 任期 1944年8月29日—1945年7月31日 | |
| 行政院院长 | 蒋中正 宋子文 |
| 前任 | 沈鸿烈 |
| 继任 | 谷正纲（社会部部长兼任） |
 第5任新疆省政府主席 | |
| 任期 1940年4月4日—1944年8月29日 | |
| 前任 | 李溶 |
| 继任 | 吴忠信 |
 第2任新疆边防督办 | |
| 任期 1933年8月2日—1944年8月29日 | |
| 前任 | 金树仁 |
| 继任 | 职位废除 |
| 个人资料 | |
| 出生 | 1897年1月8日[1] （光绪二十二年十二月初六）  大清盛京城奉天府开原县 |
| 逝世 | 1970年7月13日（73岁） 中华民国台北市古亭区三军总医院 |
| 墓地 | 中华民国台北市北投区阳明山第一公墓十二区 |
| 国籍 | 中华民国 |
| 政党 |  苏联共产党 中国国民党 |
| 配偶 | 邱毓芳 |
| 儿女 | 4 |
| 母校 | 日本陆军大学 |
| 军事背景 | |
| 效忠 | 中华民国 |
| 服役 |  中华民国陆军 |
| 军衔 |  二级上将 |
盛世才1897年出生，是家中的老大。盛振甲给儿子取名世才，是希望儿子能成为“旷世之才”。幼时在西丰县初小、沈阳第五高小、辽宁省立农林中学学习过。
1915年，盛世才毕业于上海吴淞中国公学专门部政治经济科[2]，1917年得亲友帮助赴日本明治大学读政治经济学。1919年，盛世才参加五四运动，随留日学生回国请愿代表团回到上海，认为读书不能改变中国的落后面貌，决定投笔从戎，进入驻粤滇军开办的云南讲武堂韶关分校第二期步兵科学习，在校期间结识担任教官的郭松龄，与以粤赣湘边防督办身份兼任该校校长的党国元老李根源建立起密切的私人关系。1921年毕业后，盛世才加入奉系第八旅郭松龄部任排长、连长、上尉参谋，并停妻再娶时任张作霖卫队团团长邱宗浚次女、同时是旅长郭松龄妻子韩淑秀的干女儿的邱毓芳。1923年，经郭推荐，张作霖保送他到日本陆军大学公费留学深造。邱毓芳同行，入东京女子大学习家政。1925年12月，郭松龄发动滦州兵变，联冯（玉祥）叛奉，讨伐张作霖。盛世才奉命回国参与。失败后盛世才逃回日本，张作霖一气之下，取消了盛世才公费留学的资格。没有了经费来源，但盛世才仍然又读了2年从日本陆军大学学业，一说是靠孙传芳、冯玉祥、蒋介石等等头面人物的接济；一说是1925年9月，郭松龄到日本观看日军秋操大演习时，携带了一笔款子，准备在日本住一段时期研究军事。不料直奉战争爆发，张学良紧急将郭调回。临走前，郭松龄将这笔钱交给最为信任的盛世才保管，此时盛世才花的就是这笔钱。
1927年毕业返国，就职于入国军贺耀祖部下任参谋，以后又调国民革命军总司令部上校参谋、中央军校附设军官团欧洲战史教官等职务。1928年任代理行营参谋处上校科长，1929年调参谋本部第一厅第三科任上校科长。老上司朱绍良曾保举他破格晋升少将，但参谋总长朱培德没有点头。
1929年秋，云南省主席龙云正在物色云南讲武堂教育长人选。国民政府秘书彭昭贤向龙云举荐了盛世才，得到双方认可，入滇成行在即。盛世才又经彭昭贤的举荐，应新疆军阀金树仁的亲信，赴南京游说为金树仁谋求省主席任命的新疆省政府秘书长鲁效祖的邀请，盛世才自愿请调新疆。金树仁当时不愿军人进新疆，尤其是金之五弟金树信更是极力反对军人进入新疆。所以在金令新疆驻南京办事处查明盛是参谋本部军官后，即电令鲁不准带盛去新疆。而鲁效祖因已答应盛辞去南京军职，整束了行装，不便再表示拒绝，仍请盛同去。此时正值中东路事变，无法经过西伯利亚去新疆，盛在北平闲住了数月，其间又借机回东北活动一番，想在张学良部下谋一职务，未成。1930年秋盛就随鲁效祖去了新疆。1930年10月盛世才夫妇与鲁效祖一起乘苏联西伯利亚火车转新疆塔城到达迪化后，担任新疆边防督办公署参谋处上校参谋。盛世才谋求走岳父郭松龄的老路：借军校培植自己的势力，建立自己的嫡系。由于他表现良好，2个月后被时任新疆省政府主席兼新疆边防督办公署督办金树仁任命为新疆陆军军官初级学校上校战术总教官、边防督办公署参谋处主任等职务。盛是新疆唯一的受过高等军事教育的人材，他在军校里极力拉拢学生，培植自己的势力，后来这些学生都成了盛军中的骨干。
1931年，马仲英从河西走廊进攻新疆。哈密民变，省军屡败。先委盛为鲁效祖的参谋长。1931年9月，金树仁委派了其同乡张培元任总司令、盛世才任参谋长，剿灭马仲英入侵之部。张培元不懂军事，打仗大多靠盛世才筹划。乏马塘一役，盛世才消灭马仲英部一个团700多人，并将马仲英打成重伤。遭此大败，马仲英无力再战，退回甘肃。盛世才又指挥部队一路追击，直到甘肃和新疆交界的星星峡才罢手。
1932年，哈密暴动，哈密王府军官尧乐博斯、和加尼牙孜于组织武装反抗，遭挫败后又协请驻屯甘肃河西走廊的回族军人、国民革命军新编第三十六师师长马仲英派遣部将马世明率部助阵，攻占了吐鲁番。1932年8月金树仁派张培元为东路总指挥，盛世才为参谋长，率8000余步、骑兵，配属有装甲车和火炮再次增援哈密，到七角井后收买驻守了墩的和加尼牙孜，后者慑于省军的装甲车和火炮，加之马仲英历来自私，便暂守中立。后来，盛深入南北山中与和加尼牙孜作战。当时马仲英负伤回关内，盛军转战于吐、鄯等地，被誉为常胜将军。盛世才此时发挥军事长才，顺利攻下吐鲁番，缴获大批军械弹药和羊肠线（外科手术材料），当中拍卖后把所得的金钱公平分给了作战官兵，此举为盛世才收取了民心、军心。
据苏联解密档案，1932年8月盛世才就写信给斯大林，表达了对共产主义的坚定信念，还有推翻南京政府并建立共产党国家的愿望，以及在新疆建立共产党支部的需要。他强调长期研究马克思主义理论，要求斯大林，莫洛托夫和伏罗希洛夫允许他加入共产党。[5]
不过，斯大林，莫洛托夫和伏罗希洛夫表示赞赏盛在安抚新疆方面的作用，并表示对他的坚定信任，但否定了他加入共产党的要求。“因为首先，这会破坏您与南京的关系，其次，这将使新疆的帝国主义特工和各种分裂主义者与您的斗争更加容易。”并对他在前一封信中表达的观点表示不同意见。他们以新疆的经济落后为由，谴责共产主义在新疆的迅速实施是“荒谬的”想法，并建议不要推翻南京政府。[6]
1933年1月，马世明再犯迪化，2月攻占迪化近郊，迪化岌岌可危。金树仁急调盛世才回师迪化。经过一次次的反复冲杀，盛世才终于打败马仲英，收复乾德、阜康等地。解了迪化之围。1933年4月12日，新疆省边防督办公署参谋陈中、迪化城防指挥官白受之、航空学校校长李笑天、迪化县长陶明樾、张馨、赵得寿、格米林肯等人，联合自苏联流亡来的白俄归化军领袖巴品古特、东北义勇军发动军事政变，由归化军于四月十二日包围了省政府，枪一响，金树仁就从后门逃跑了，先跑到塔城，又经过苏联到中国内地去了。当时盛世才率军住在离迪化四十里外的乌拉拜，金树仁派人送命令给盛，叫他速返迪化扑灭叛乱。12日当天晚上，在第一次维持委员会的会议上，以国民党特派员身份作掩护白毓秀自告奋勇要到南山去找盛世才回迪化来参加新政权，但是白一出城郊即被金树仁军打死，后来盛把白誉为烈士。十三日傍晚，盛率军返抵迪化时，金已不知去向。陈中等人鉴于城内秩序混乱，自己不掌握兵权，于是请盛世才入城。在政变善后临时会议上，大家推举东北义勇军将领郑润成为新疆临时督办。郑润成率领的义勇军是从黑龙江退入苏联辗转来到新疆的，郑润成当场表示自己是客人，现在率军驻守新疆是暂时的，将来还会转回东北继续抗日，不能接受新职；并同时表示，盛世才年轻有为，在新疆军民中拥有巨大威望，应该拥护盛为临时督办。4月14日，以刘文龙为首的临时省政府推举掌握军权的盛世才为新疆临时督办。
盛世才虽任督办一职，实际仅控制迪化、塔城、呼图壁、昌吉、乾德、阜康、孚远等几个县城，这些县的广大农村都被维回军占据，迪化也在包围之中。整个南疆早在1932年底就与省政权完全隔离了。北疆马仲英掌握着大部地区，哈密、镇西、七角井以至吐鲁番、鄯善全归马军控制，南疆的喀什也有马仲英的一部分势力。北边阿山则由马仲英的副师长马赫莫占领，其后他又向塔城推进，占至额敏。伊犁张培元经与南京国民政府联络，和马仲英结成了反盛联盟，已向乌苏推进，并占领了乌苏、绥来两地。奇台亦被金树仁旧部魏镇国由阿山退来进据，魏虽表面上答应服从迪化，其实是貌合神离。昌吉、呼图壁、阜康等地都在马仲英军包围之中。而且马仲英所占地区，进可以攻，退可以守，前线已越过达坂、柴窝堡，其前哨距迪化只有五十里。就兵力而言，盛在迪化的部队不过六千人左右（本地军约二千余人，东北军约三千余人，归化军不到一千人），另有少数部队分布在各外县据点，并都在被围困之中。归化军大部分厌战，东北军又派系复杂，盛也不能全部掌握。而敌对的马仲英部，此时已扩张到万余人之众。且盛军多老弱不堪，马军皆年轻力壮。伊犁张培元连同被其控制和拉拢的东北军约八千人以上，马、张联盟之兵力超过盛军三倍之多。就补给而言，马、张所占皆富饶之地，无论粮食还是人力之补充，均毫无顾虑；而盛所占的几座县城，人力单薄，存粮不多，粮食最多维持二、三个月。就人心而言，盛世才在金树仁时代，因经常打胜仗，还能得到一些汉族人在某种程度上的敬仰；紫民泉大胜，更提高了他的威望。但自盛不经审讯就惨杀了“四·一二”政变诸领导人之后，威望逐渐下降。不仅“四·一二”政变的拥护者、同情者惴惴不安，一般民众也心里恐慌。在混乱时期，不少人从迪化逃到了内地，留在迪化的军政各机关负责人也都战战兢兢。金树仁时代的旧官吏多倾向于张培元，回族多拥护马仲英，维族多拥护和加尼牙孜。南京国民政府又对盛施加压力，黄慕松回南京之后，国民政府又派大员罗文干（外交部长兼司法行政部长）到新疆活动，委任马仲英为新编第三十六师师长，委任张培元为新编第八师师长，造成与盛的三角关系以牵制盛世才。
盛世才对临时省政府成员极不信任。1933年6月10日，南京中央政府派参谋本部次长黄慕松飞抵迪化，名为“宣慰”。史称“黄慕松抚新”。
1933年6月的滋泥泉子之战[7]，省军作战要领中包括第四路刘万奎（刘快腿）部及机枪两连和钢甲车队，占领干沟南北之线，诱使马仲英来攻并坚持抵抗，相当于铁砧。6月12日16时半开战，省军靠“刘快腿”部的精准枪法和机枪重火力挡住了马仲英部骑兵的密集冲锋。起初盛世才军装甲车布置在第三线，18时许马仲英部骑兵再次发起迅猛冲击，盛世才亲自督战抵御，调装甲车到前沿支援压阵，最终取得大胜。不过显然因为数量和性能都有限，省军没有出动装甲车与骑兵对冲。滋泥泉子之战后，张培元见盛世才凭借战胜获得的空前威望巩固了统治，便一改之前隔岸观火的态度，准备和马仲英联手，而这又促使盛世才向苏联寻求更为有力的援助。
1933年6月26日，盛世才先发制人，借在督办公署花园召开临时紧急会议为名，约陈中、陶明樾、李笑天前来与会。他预先在花园南便门设以伏兵，当陈、陶、李应邀前来，刚踏上南便门，便为伏兵所擒，不容分说，立即拽入园后以谋反罪名当即枪杀陈中、李笑天、陶明樾，并软禁国民政府派来的宣慰使黄慕松。南京政府因为鞭长莫及，无可奈何，只好顺水推舟，任命盛世才为新疆边防督办，刘文龙为新疆省政府主席。
1933年8月15日，盛世才军仰攻达坂马仲英部失利，在撤退时，归化军装甲车压断了孔雀河渡桥，堵塞全军撤退通道导致大溃败，最终丢失“钢甲车”一辆。
1933年9月，盛先试探性地派外交署长陈德立到苏联领事馆去见孜拉肯总领事，表示愿意亲苏。苏联与新疆毗连数千里，苏联方面当然希望它的边界之外有一个友好的政权，因此孜拉肯就表示愿意友好。第二天，盛即经陈德立将总领事孜拉肯、副领事甘宁和领事馆的译员请到盛的家里吃饭，饭后在书房谈话，让领事看他的书籍，内有《资本论》、《共产党宣言》、《列宁主义问题》等（许多书都是陈中的，其中好几本还有陈中批阅的笔迹，有一本书上还有陈的印章，原来这些书是陈中被杀后盛没收来的）。他向领事们说，这些书都是他密藏的，他在学生时代就相信社会主义，即使在金树仁白色恐怖时期他也经常研究马列主义、社会主义。他认为中国只有走共产党的道路才有前途，因此他希望与苏联合作，在新疆建立苏维埃政权。马仲英、张培元都是国民党反动军队，要将他们消灭才能在新疆建立苏维埃政权。孜拉肯答应将盛的意见呈报莫斯科。这时莫斯科对盛还是半信半疑，因此就决定派较得力的干部格利金·阿布列索夫于1933年11月到新疆任为全权代表兼迪化总领事，与盛世才订立协定，允以红军五千人及价值二百万卢布之军械相助[8]:54。盛遇事都和阿商议，对阿的话百依百顺，因而获得了阿的好感。张义吾（联共党员）等人向阿提出过警告，叫他不要过分相信盛世才。阿除了直接给盛以军事援助外，还要求所有苏联派去的党员尽力协助盛，服从盛的命令。这些人也真的为盛做了许多工作。盛世才向阿布列索夫总领事表示将新疆划为苏联领土，阿布列索夫总领事就认为不当，会引起南京国民政府的反对和英美帝国主义的干涉，阿布列索夫还曾提出并屡次要求盛世才加紧宣传“保障新疆永久为中国领土”的口号。
1933年12月，盛世才又以涉嫌谋叛的罪名软禁省主席刘文龙全家，并指定年迈多病的朱瑞墀为代理主席。1933年12月10日，盛世才故伎重施，邀东北义勇军首领、临时省政府军事委员会委员长郑润成等人前来开会，在会上以“意图谋反”的罪名将其逮捕。并且装作义愤填膺的样子说：“我盛世才待大家不薄，这些人却阴谋反叛，还有良心吗？今天的事，兄弟我实在是没有办法！”连同郑一起被捕的还有义勇军的军官60多人。郑润成被捕后，遭受严刑拷打。1934年1月，郑润成被盛世才派人绞死在监狱中，尸体被砍成几段，装在麻袋里，扔在监狱的厕所边。直到开春，冰雪融化，尸体散发出恶臭后，才被送到城外掩埋。
马仲英、张培元二人的兵力分别为一万多人、八千多人，皆多于盛世才，且两人勾结在一起，虎视眈眈，准备随时夺取政权。盛世才向苏联驻新疆总领事表示，希望能够得到苏联的支持。苏联回话说：“要想得到我们的支持，必须反帝、亲苏。”于是，盛世才向斯大林写了一封亲笔信，并宴请苏联总领事时邀请其参观自己的书房，介绍书架上《资本论》、《共产党宣言》等著作的来历。1933年底或1934年初，盛世才向苏联驻迪化副领事卡宁提出加入联共。作为苏联驻新疆的副领事，卡宁当然不可能贸然答应其加入联共的要求。
1933年底，张义吾曾受盛世才委托，带领赫洛夫斯基因氏解除马仲英对塔城之围，此后颇得盛世才的重用，又让张帮他整编军队，将迪化本地军编为步兵第一团，任不识字的尤得胜为团长，张为副团长。后任新疆保安总局副局长兼代局长、新疆公安管理处处长等要职。张义吾在回忆中写：“我知道盛世才曾向苏联副领事提出过要求加入联共，未同意。”
1933年12月，张培元自伊犁进兵迪化。1934年1月，马仲英亲自率领骑兵旅两万人（其中一半是临时扩充后只经过短期训练的新兵），从吐鲁番出发，长驱直入，于1月12日包围了迪化，占领了城东飞机场和无线电台，以及城西的蜘蛛山。盛军仓皇应战，抗马军于南关之外。张义吾率步兵团保卫南梁，击退马军多次进攻。马又派一千多骑兵攻城北，幸得东北军的坚持，城北未失。马仲英如果采取猛攻的办法，本来是可以攻克迪化的，由于他不愿损失过多的兵力，而且认为迪化粮草缺乏，盛军不能久守，就采取了等其自己困死或自动投降的办法。在这万分危急之际，盛世才只得求苏联援助。为了表达他对共产主义的“忠诚”，曾要求将新疆作为苏联一个自治区或加盟共和国，从而骗得了苏军的援助。苏联派出所谓“阿勒泰”军（有出动5辆坦克和20多辆装甲车）解了迪化之围，并迫使马仲英一直退到了南疆。1934年初，盛世才借助苏联力量击败伊犁镇守使张培元，张培元自杀。至此，盛世才在苏联的帮助下，消灭了政敌，坐稳了督办的宝座。1934年3月，朱瑞墀病故，国民政府任命盛世才为新疆省边防督办[9]。号称“伟大领袖盛督办”。国民政府授予他陆军中将加上将衔。邱毓芳风头强劲，有“新疆的宋美龄”之称。著名的新疆伊犁特克斯县城的八卦城布局，最初便是由邱毓芳的父亲邱宗浚（时任伊犁屯垦使兼守备司令）主持规划营造的。
迪化解围之后，张义吾本应随步兵团南下追击马军，盛却将张留在迪化，说张新婚不久（张是马围城时结婚的），不必再去前线，可以留在迪化协助盛起草一些文件，如安民告示，政策纲领，妇女协会成立宣言等等。随即又派张去苏联，送教育厅长张馨去莫斯科治疗眼疾和送盛的五弟盛世骥去莫斯科学习，实际上是要张到莫斯科去要求苏联给他武装一万军队的全部武器、服装和各种装备。还要求张到莫斯科介绍他加入苏联共产党，并对张说回来可以成立党的组织。盛还要张请苏联派些党员干部来新疆工作。1934年4月，张义吾送张馨、盛世骥到了莫斯科。因等张馨治愈眼疾，住了三、四个月。张义吾回忆：“他向我提出过要求，是在我陪张馨厅长去莫斯科治眼睛之前，在莫斯科，我向联共反映了盛的要求，联共没同意，只是说以后再说。回新疆后我向盛世才转达了苏联的意思，他未表示什么。”这是盛世才第二次提出加入联共。苏联方面虽然知道盛是小军阀出身，只是因为政权危难，才投靠苏联的，对盛的“诚意”有怀疑，但为了边界和平，也给了盛一些可能的支援，建议他不仅要整编军队，还应恢复和发展新疆经济，推广文化教育事业。关于派遣党员干部、苏联后来只派了十几个人，即王立祥（曾秀夫）、王寿成（俞秀松）、刘贤成（任岳）、满素尔（维族）、栾宝庭（稽直）、万献庭（张一范）、郑义均（郑一俊）、王宝干（赵实）、于成发、赵云蓉、高秀影（王一）、陈培生（刘敬忠）、赵国元（赵雨时）、阿拜（哈族）、哈的尔阿吉（维族）、色以提阿吉（维族）、哈森木（维族）等。
喀什失败后，1934年6月7日，马仲英将万余兵力交马虎山带领向莎车、和田方面撤退，自己却退入苏联境内。
1934年7月，苏联领事从中调解，哈密叛乱领袖和加尼牙孜与盛世才妥协，把军队交给盛世才，自己到迪化就任空头省政府副主席。
1934年7月，应苏联建议，设立新疆政治监察管理局。苏联就派顾问包国宁、秘书长王立祥到迪化帮助筹备这个机构。盛世才的侦探队长王玉书为代理局长，友人陈东白、郎道衡、王延龄为科长。1934年八、九月间，张义吾回到迪化，盛世才迫于苏方压力，委张出任副局长兼代局长职务。后改组为公安管理处时，正式委张为处长。这个机构中的主要干部都是苏联派来的，除张义吾、熊效远、王立祥之外，还有副处长刘贤成、哈密区前后任局长的栾宝庭（栾稽直）、于成发、科长色以提阿吉（维族）、科长哈的尔阿吉（维族）、镇西公安局长阿拜（哈族）以及科长卞方明（卞福林）、胡鹏举。1935年1月，盛将政治监察总管理局改为新疆保安总局。1936年3月，又改为新疆公安管理处，将政治监察机构变为普通警察机关。1937年春，盛借口该机构调查了军队，撤掉张义吾和刘贤成的职务。从此公安管理处就被盛抓到手中。张、刘离开新疆去了苏联。张、刘在公安管理处时，盛对这个机构却不予信任，另外搞了侦探系统。其中一个是成立于1934年4月的督办公署侦探队，由盛在军官学校的学生王玉书任队长，后盛把王杀了，改由李英奇负责，盛直接指挥，其密探有数千人，分布在全疆。督署设有特别监狱。另一个是盛直接指挥的绝密组织，专门监视和侦察所有苏方人员、共产党人。1937年初，督署政训处还增设了一个侦探科，专门在军队中进行特工活动。
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在掌握军政大权后，盛世才着手进行省政改革工作，以“实行民族平等、保障信教自由、澄清吏治、改良司法、整理财政、农林救济、扩充教育、推行自治”为施政八大方针。取消了原“十大纲领”中的外交归中央、实施党化教育、财政与中央统一等内容。1934年11月，盛世才又提出九项新任务，声称惟有反帝反法西斯，永久维持中苏亲善政策，才能解放中国和建设新疆。1936年4月，他陆续提出六大政策，即：反帝、亲苏、民平（民族平等）、清廉、和平、建设。为此，盛世才专门写了《六大政策教程》一书，设制了六星旗到处悬挂，一时颇受新疆地区各民族拥护与爱戴。同年，他甚至向苏联驻迪化总领事阿布列索夫提出，在新疆实行社会主义，并将其推行到甘肃和陕西，此事为苏联政府劝阻[11]。
1935年1月16日，盛世才派包尔汉为全权代表与苏新贸易公司订立借款合同，总额为五百万卢布。[8]:54其中一百万用于修公路，其它用于买武器，办工厂。苏联方面还派许多专家顾问帮助建立了炼油厂[12]、学校、医院。这时，新疆才开始有些经济、教育、文化方面的建设事业。并于36年底给莫洛托夫写信，为莫洛托夫向新疆提供了“道德和物质上的友好援助”（500万金卢布的低利率贷款），同时感到遗憾的是，他无法陪同乌鲁木齐总领事阿普列索夫访问苏联，对此感到遗憾。[13]
然而，这些贷款让苏联换取了：在新疆勘察矿产（锡、钨、铍、金、铋、钼）[14]、采矿、石油、炼油、探险、修建公路铁路，控制当地货币、银行等等的条件。[15]
1936年3月15日，盛世才曾给王明写了一封信：“1929年我曾给孙扶瑶先生写信，请求他推荐我加入中国共产党，但不幸的是，由于孙（扶瑶）先生在日本被捕并被关入监狱，我未能实现自己的愿望。虽然我当时未能入党，但是我加入共产党的愿望始终没有改变。”并表示：“我非常希望得到您的指导和中国共产党的领导。”
1936年底，中共派出第一批干部到达新疆工作，共产党员孟一鸣任教育厅长兼新疆学院院长，共产党员林基路兼任新疆学院教务长。
1937年4月下旬盛世才命教导团特科大队长宫自宽率全大队（省军教导第四大队），配属督办公署战车大队装甲车队一分队队长赵文华率领的4辆装甲车、30辆卡车和12名官兵，以及从新疆汽车公司抽调的42辆卡车，前往星星峡接应红军西路军。该部克服融雪泥泞困难出发，第二天深夜在七角井击退尧乐博斯军的偷袭，休整两天后行至距哈密50多公里处，发现正构筑工事的尧乐博斯军，激战歼其大部。第五天深夜，该部进抵哈密县城，腾出30辆空车，第六天傍晚到达星星峡与西路军会合，将后者接至哈密后，4辆装甲车尾随护送所有卡车，全体回到距迪化较近的吐鲁番县城。5月2日，完成接应红军西路军任务的省军教导第四大队和4辆装甲车受命前往哈密转赴南疆，其余接应部队回迪化。
1937年4月底，时任中共中央政治局委员的陈云（化名施平）、滕代远（化名李光）、冯铉（化名萧立）、段子俊、李春田等奉中共中央之命由莫斯科抵达迪化，迎接红军西路军左支队进入新疆。此后，陈云、滕代远任中国共产党驻新疆代表，盛世才和中国共产党发生了直接的联系。黄火青回忆：“开始，他还要求入党，表现得很积极，说朱总司令也是我的总司令，还喊毛主席万岁。他也想镀金，想加入共产党。陈云在时他也提过。我们那时候说，你不加入比较自由些，你说话起的作用大些，这是我们拒绝他的话。我们没有答应他。”
1937年5月，督办公署战车队奉命派整个装甲车连进驻南疆阿克苏。5月21日，省军教导第四大队配属4辆装甲车从哈密出发，5月30日到达阿克苏集结。装甲车连主力随同其他各部集中于阿克苏，派出李连升率领侦察排驻防温宿县飞机场，到达时马仲英部属马虎山和麻木提已发动宗教极端主义叛乱。7月1日马虎山部在阿克苏大河南岸开始进攻，7月2日省军派骑兵第一连配属装甲车1辆迎击在大河南岸森林中出没的马虎山部，连长陈俊年重伤，阵亡士兵1人，总共伤亡7人，靠装甲车猛射掩护才退回北岸。7月3日新疆边防督办行营下达的作战命令中，前指柳正欣少将直接指挥的部队中包括“5、钢甲车队（甲车三辆）”，配属省军第六路。当晚准备妥当，7月4日5时半从阿克苏开始机动，6时到达大河北岸攻击南岸之敌，马虎山部退往东南。7月25日盛世才“关于迎接苏军入新军用品并相机消灭库车轮台一带的扰乱马军”致电在阿克苏的参谋长周锦云，其中提到“（三）第三天着由阿克苏派（教导团）张永成第一营全部附轻甲车四辆并偕同沙依教官乘空汽车七十五辆向库车出发，消灭沿途经过所有之匪军。”该部8月2日出发，8月11日完成接运任务。9月，盛世才命省军第三路配属炮兵和装甲车进剿阿克苏以南阿音克、阿瓦提、洪巴什河一带的马虎山部，装甲车主力仍配属柳正欣指挥的教导第四大队（还有一个2门炮的炮兵分队），另外一个连配属1辆装甲车作为左支队。9月5日15时，柳正欣所部在洪巴什一带与马虎山部一个旅1300余骑兵遭遇被围，战车队少校队长关玉良亲率装甲车连的6辆苏制重型装甲车参加省军孙庆麟团与马虎山部的此次激战，盛世才还派3架飞机投弹数枚轰炸并扫射马虎山部。战至18时省军一线伤亡惨重，支撑到天黑后马虎山部败退，而战车队有队长关玉良和射手魏世武两人阵亡，翻译官重伤。此后直至马虎山出国，麻木提也失败，这些装甲车才返回迪化。1937年秋，进驻叶城县的盛世才部队中有12辆坦克，而后开往和田。据当时在和田汉文学校念书的买买提依明托乎提回忆，约10月下旬，马虎山部瓦解逃跑后，和田市民和学生到肖尔布拉克迎接盛世才军，其先锋是约20辆规模的“坦克部队”。在叶城和和田相继出现如此之多的坦克，很可能来自以“归化军”名义支援盛世才平叛的苏联红军，即“捷尔任斯基”独立摩托化步兵师受命组建的一个混编坦克连，当时有16辆BT-5和5辆T-38坦克。
从1937年9月到1938年1月，盛世才在新疆大抓“托派”分子，共逮捕了2000余人处死，其中包括喀什行政长马绍武等。
1937年11月底，王明、康生从苏联经新疆回延安，在迪化会见盛世才，盛世才向王明提出了加入中共的要求，王明答应将盛的要求向中共中央政治局转达。
盛世才同意八路军在迪化设立办事处，1938年1月，中共中央任命政治局委员邓发任中共驻新疆代表和八路军驻新疆办事处主任。在新疆的中共人员“对盛采取统战做法也是从苏联的做法延续下来的”，即“三不”原则：[16]
同月，应盛世才的请求，邓发从“新兵营”调黄火青任新疆民众反帝联合会秘书长兼审判委员会委员长和公安管理处训练班教官；调汪小川任新疆日报社副社长兼公安管理处职员训练班教官。2月，应盛世才要求，中共中央先后从“新兵营”、延安和从延安去苏联治病干部中选调毛泽民、林基路等100多名党员干部到新疆工作。从延安抽调干部在1938年分三批先后进入新疆。其中从“新兵营”抽调一批干部充实中央运输委员会新疆分会，积极组织修路、护路，确保国际援华抗日物资运输交通线的畅通。毛泽民到新疆后任省财政厅厅长、民政厅代理厅长等职，1939年1月毛泽民废除了新疆五花八门的旧币，发行了新币“新疆商业银行券”。
1938年春，苏联红军一个骑兵加强团按照盛世才与苏联达成的专门协议，正式进驻哈密，保障苏联援华抗战物资西北运输线的安全，震慑妄图劫夺苏联车队的各色武装。出于保密和避嫌原因，穿戴与新疆省军相同的服装帽徽，不佩戴军衔，对外称归化军骑兵第八团，简称“红八团”。该团配有空军力量，及一个轻型坦克连。
1938年8月下旬至9月上旬，盛世才又以就医为名，秘密前往莫斯科。在莫斯科，斯大林三次会见盛世才。[17] 会议结尾时，问盛世才有没有问题，他便向斯大林直接提出了他要加入共产党。这是盛世才第三次提出加入联共。 据苏联解密档案1938年9月2日的会议内容[18]，盛世才说自己入党的事情，会保密，不让蒋介石和杨大使知道。斯大林讲这个动作不可能成为秘密，因为是新疆省长要入党。“斯大林回答说，他们原则上不反对，如果总督坚持他们表示同意。”此即，盛世才加入共产党之日。[18] 会后晚宴苏方便没有邀请杨大使出席。[18] 1938年9月2日，盛世才同斯大林、莫洛托夫、伏罗希洛夫会见时的谈话记录，其中有“莫洛托夫同志问，督办有什么问题没有。督办回答说，如果你们有时间，那么他对斯大林同志有一个私人问题。当即对他说，为了事业他们总是有时间的。这时督办宣称，他的宿愿是加入共产党。他不止一次地向阿布列索夫（苏联驻迪化总领事）提出了这个申请，并在王明路过新疆时，也就此问题同他谈过话。王明表示欢迎督办的这个愿望，并答应为他介绍。他解释说，他的入党愿望是由于他认识了马恩列斯学说之后，他懂得了这是必须遵循的惟一学说，尤其是根据自己的经验，他确信世界上只有社会主义国家的政府才不是在口头上，而是在事实上给弱小和被压迫的民族以援助，因而坚定了他的入党志愿。现在他得到了这样幸福的机会——亲自同世界无产阶级领袖斯大林同志谈话，因此，决定利用这个机会提出自己的请求。如果斯大林同志认为有可能接受他加入党的行列，那他将是非常幸福的。”“斯大林同志回答说，如果督办非要坚持，那他不反对。但是，伏罗希洛夫同志提出反对，他说这会妨碍督办的工作，因为蒋介石或是杨大使（中国驻苏大使杨杰）知道了这件事，将会不满意的。督办回答说，这可以保守秘密，无论是蒋介石或是杨都不会知道。斯大林同志反驳说，这种事保密是很难的，因为要把你安排到某一个组织中去，因此便会有几个人知道。伏罗希洛夫补充说，任何一个党员都可能不再是党员或者转入别的党派，那时这个秘密便会为外人所知。斯大林同志问蒋介石会不会想，这是用暴力恐吓和强迫督办入党的。督办反驳了这种想法，他声称，关于此事蒋介石是不会知道的。他重新坚持自己的请求。这时，斯大林同莫洛托夫和伏罗希洛夫同志商量了一下回答说，他们原则上不反对，如果督办不坚持的话，他们同意。莫洛托夫指出，在入党之后，督办便会产生新的权利和新的义务。督办对此回答说，任何义务他都不怕，并且愉快地去执行一切。最后，又回到接纳督办入党的问题上。伏罗希洛夫同志再次警告说，入党这个事实可能给督办的工作带来危害，但由于督办重新坚持其申请，便同意他了。”新疆边务处领导人刘进中回忆：“盛1938年秋去访斯大林，……盛后给我讲过，他提出加入联共，斯大林婉言谢绝，说你还是以党外人士身份出面有利”“他1938年9月去莫斯科见斯大林说了要入党的事，斯大林劝他没必要入党，你的入党，蒋介石有整你的借口，日本说你赤化。斯大林说的是真话，抗战了，新疆是大后方需要安全，不要引起国际上对新疆的怀疑，因此，斯大林婉言拒绝了。他一计不成，回疆后，他要成立自己的党即六大政策党。……他把去莫斯科要参加党没参加成，自己组织政党的事告诉了我们，我向组织汇报，组织上说不要理他。”中共驻新疆代表滕代远回忆：“听说，盛直接走斯大林路线，想直接加入苏共，斯大林未同意，盛有意见。”1937年4月随红军西路军左支队入疆，任新疆民众反帝联合会秘书长、审判委员会委员长、阿克苏区代理行政长的黄火青回忆：“1938年盛世才跑到苏联见斯大林，想加入联共，斯大林也拒绝了他。”包尔汉回忆：“一九三八年盛去莫斯科时，据他自己说他加入了苏共，不知是否有其事。”
1938年12月18日，林彪到苏联养病，途经迪化时与中共驻新疆代表邓发一起拜会了盛世才。林彪受中共中央之命，向盛世才转达：“1、在目前召开的中国共产党第六次（中央）全体会议（指1938年9月29日至11月6日在延安召开的扩大的中共六届六中全会）上，作出了关于秘密接受督办为中国共产党党员的正式决定。2、请盛世才同志立即加入中国共产党在乌鲁木齐的组织并正式参加党的生活。”盛世才询问此事是否得到共产国际的批准以及苏联政府是否知道。林彪答复共产国际和苏联都不知道。盛世才说：共产国际和苏联政府过去都不同意我在目前形势下加入中国共产党，因为时机还不成熟，没有批准；并问林彪到达莫斯科后是否向共产国际和苏联政府报告这件事。林彪回答：根据中国共产党的指示，暂时不向共产国际和苏联政府报告。盛世才表示：这件事不报告共产国际和苏联政府是不合适的，因为五年来我对苏联政府和斯大林没有任何保密的事情，所以我不应该有任何对他们保密的事情。12月21日，即在同林彪、邓发会见后的第三天，盛世才即约见苏联驻乌鲁木齐总领事馆负责人奥夫季延科，将与林彪、邓发会见所谈情况向他作了通报。1939年1月19日，林彪、邓发与盛世才第二次谈话。盛世才表示：关于接受他加入中国共产党的问题不应该是对共产国际和苏联保密的，因为中国共产党不应该对共产国际有保密的事情，而他本人也不应该有对苏联保密的事情。如果这样做，也就是说对共产国际和苏联保密，那么由此只能对中国共产党产生损害。这种损害可能引起共产国际和苏联对中国共产党不好的感情和不满情绪。盛世才婉言拒绝了林彪转达的中共中央秘密接受他加入中共的决定，理由是新疆目前的形势不便于这样做，因为这可能造成这种危险，即南京政府、蒋介石、帝国主义者以及新疆落后的部族等，可能知道此事。此外，可能造成对中国抗战有害的危险性。[20]
1939年1月由延安来新疆工作的共产党员汪小川（化名王啸春）任新疆日报社副社长，李宗林（化名李啸平）担任编辑长，王宪唐（化名王苇）担任制版科长，郭春则（化名郭慎先）为校对科长，王谟（王谟行）为国内版编辑，李何（洪履和）为国际版编辑，马殊（原名邝宗球）和白大方（刘伯珩）为文艺版编辑。在《新疆日报》上宣传抗日民族统一战线政策，将原来各占半版的国内新闻与国际新闻扩充为两个版面，即国内版与国际版。国内版消息来源主要是从八路军驻新疆办事处获取的新华社电讯、《新华日报》、《群众》杂志等，由版面编辑王谟负责摘录和编辑文章；版内社论由李宗林、王谟、马殊等撰写，经陈潭秋审核后刊发。国际版消息大部分来源于塔斯社，以及《真理报》、《消息报》摘译稿件。1939年3月茅盾、张仲实、赵丹、鲁少飞等相继抵达新疆，也参与了《新疆日报》副刊编辑指导工作，刊登大量文章和漫画，在新疆倡导“新文化运动”。
1939年5月上旬，盛世才通过苏联政府的渠道，将中国共产党人在新疆的活动情况和中共中央决定接受他为中共党员之事转报共产国际执行委员会。1939年5月21日，共产国际领导人季米特洛夫和中共驻共产国际代表任弼时联名致电中共中央：“1、接受盛世才入党是不合适的。2、暂时不要在该省建立党组织。[中共]中央可以在乌鲁木齐成立党的三人小组，该小组将通过中国共产党系统与负责同志保持联系。3、可以同意盛的建议，把中文版的马列主义书籍只分发给比较可靠的政治人物。4、如果方林（即邓发）与盛世才的关系像我们感觉到的那样极其紧张，那就要考虑派另一位同志作为[中共]中央的代表。”[20]
1939年初，中统西北区获知共产党在新疆推行抗日民族统一战线取得了很大的成功、在新疆还建立了航空学校、土木工程学院（即新疆学院）专门培养共产党的工程建设人才，上报给重庆，蒋介石颇为焦虑，派遣时任教育部长的陈立夫还请上苏联驻华大使一同前往新疆，陈立夫以在北伐时与盛世才有私交争取盛的信任并说动了盛的妻子，做盛世才的思想转化工作，与中共决裂把在新疆的共产党员全部抓起来，归顺国民政府，拥护效忠蒋介石。陈立夫回南京后，对新疆的局势仍很关注，并一直与盛世才保持着联系。
1939年6月，从苏联回国的中共中央候补委员陈潭秋接替邓发担任中共驻新疆代表和八路军驻新疆办事处主任。
1939年7月，盛世才在新疆学院教育一系举行毕业典礼上提出“六大政策政治集团是中国共产党、中国国民党之外的第三个独立的政治团体”，在新疆成立中国“第三政治集团”——“六大政策党”，并制定了六星旗。
盛世才倒向苏联后，吸引了大量内地的人才前来新疆参与建设，但这些人后来大部被盛世才以各种名义杀害。盛世才的同乡、老同学、老朋友杜重远写过一本《盛世才与新新疆》小册子，由生活出版社正式出版。该书面世后，在社会上反响很大，许多年轻人因此对新疆产生了浓厚兴趣，纷纷要求到新疆去，因而见重于盛世才被其再三邀请而去新疆出任新疆学院院长。后因多次在集会演讲和刊物上撰文，抨击新疆政治上的种种弊端。盛世才认为这些言论有损于自己的统治，遂对杜重远产生杀机。事前，有人告知杜重远，盛世才要对你下手了。杜重远满不在乎地说：“没事，我和盛是老乡，又是小学同学、中学同学，他不会把我怎样的。 ”1939年下半年，杜重远以生病为由提出辞呈，盛世才立刻同意并把他软禁起来。1940年2月，萨空了因调解盛世才和杜重远的矛盾无效，怕自身难保，便借口离开新疆。1940年5月，茅盾和张仲实看到形势不妙，也请假返回内地。在此期间，盛世才又炮制“阿山案”“回案”“崔荣昌案”“六星社案”等一系列案件。1941年5月，经过精心策划，盛世才制造了一起子虚乌有的“汪精卫系统的阴谋暴动案”，以“汉奸”“托派”和“阴谋暴动”等罪名将杜重远正式逮捕，受其牵连，赵丹、王为一、徐韬以及包括财政厅长、边务处长、新疆一大批高级官员纷纷被捕，总数在1200人左右。杜重远被捕后，软禁中的张学良写信给盛世才，为杜重远求情，但盛世才不予理睬。1943年10月，杜重远被盛世才派人毒死在狱中，秘密埋葬在督办公署的东花园附近。[21]
1939年9月，中共中央政治局常委、中央书记处书记、中央军委副主席周恩来从延安经新疆去苏联。在疆期间看望“新兵营”指战员，并就维护和巩固新疆抗日民族统一战线问题同盛世才举行多次会谈。
为坐稳“新疆王”的称号，盛世才了解新疆与苏联的关系密不可分。在他统治新疆的前期，与苏联保持相当良好的关系，多次借由苏联的力量击退马仲英的攻击。1939年，苏联强行开采新疆独山子油矿。[8]:55 1940年7月，斯大林制造阿尔泰山叛变。[8]:551940年11月26日苏联片面拟订“租借新疆锡矿条约”。
1940年1月-2月，遵照中共中央指示，除学习航空、兽医的学员和部分干部留下外，新兵营360名指战员分两批离开新疆回延安。2月，周恩来、任弼时等从苏联经新疆回延安，在疆期间，周恩来接见中共在新疆工作的人员。
1940年，盛世才发动了第二次大清洗，他表示新疆学院院长杜重远，与财政厅长张宏与、伊犁警备司令姚雄、边务处长陈培生、建设厅长阿不都大毛拉（维吾尔族）、公安管理处副处长库尔班尼牙孜（维吾尔族）、阿山行政长沙里福汗（哈萨克族）、艾林郡王（哈萨克族）、布哈特贝子（哈萨克族）、公路局长别克迭也夫（归化族，即后之俄罗斯族）、回族副厅长兰延寿及苏联驻迪化领事馆代总领事欧阳杰克等阴谋在当年“九一八”民众纪念大会上发起暴动，建立托派力量和汪伪力量的联合政权。盛世才把杜重远等一大批人士逮捕、杀害、监禁。
1941年6月，苏德战争爆发，苏联遭受纳粹德国闪电战袭击，损失空前。1941年秋，蒋介石派蒙藏委员会委员长吴忠信巡视甘肃、宁夏、青海，安抚被苏联惨败而动荡不安的大西北，利用马步青与马步芳的兄弟之争，成功争取到中央军驻防河西走廊，控制地方党政的机会，开始威压新疆。[22]1941年秋，胡宗南派李铁军出任河西警备总司令，进驻甘肃酒泉，随时准备开入新疆。盛世才估计形势，认为苏联即将灭亡，于是又转而开始投向蒋介石。
1941年11月在民政厅代厅长毛泽民主持下，对全疆的区、村长实行民主选举，废除农官乡约制。
1942年3月19日，盛世才四弟盛世骐在家中脑部中枪[23]身亡。次日，《新疆日报》就用《国际大阴谋》的头版通栏大标题报道此事。盛世才宣称是盛世骐妻子陈秀英与苏联军官通奸，“阴谋杀害其夫”，受新疆边防督办公署苏联军事顾问拉托夫和苏联驻迪化总领事巴库林指使所致，是一起旨在“推翻新疆六大政策政权，建立脱离中国的伪政权”的“空前的带国际性的错综复杂案”、阴谋暴动案，以此为理由逮捕省政府厅长、各地行政长、武官等嫌犯656人，处死88人。包括财政厅长臧登峰、教育厅长李一欧、和田警备司令潘柏南、和田行政长卢毓麟、喀什行政长陈方伯、新疆日报社社长王宝干、焉耆行政长于德一、塔城行政长赵剑峰、哈密行政长刘西屏等人被逮捕关押。1942年5月10日，盛世才给斯大林、莫洛托夫写信，指责苏联驻新疆总领事巴库林、驻新疆军事总顾问“拉托夫”指使苏方驻新疆工作人员暗杀盛世骐，并要求苏联派员参加侦讯。同时，盛世才将在新疆各地工作的中共党员陆续调回迪化，原在迪化工作的共产党人及家属也被集中到一起。
据1942年5月10日苏联档案[24]，盛总督描述了对盛世骐（新疆机械化大队司令）之死的调查，结果显示，陈秀英（他的妻子）在本地公司乌鲁木齐办事处主任助理肖作新的压力下谋杀了他。 他还报告说，由于新疆政府所谓的反苏态度，苏联贸易事务顾问克鲁格洛夫有意破坏了苏联与新疆之间的贸易。
1942年4月12日，维吾尔族、归化族、塔塔尔族和回族发动暴乱；苏联领事、顾问、教官与中国共产党各部工作人员均牵涉其中。国民政府军事委员会参谋总长何应钦拟订“收复新疆主权方略”，经蒋中正审核后决定采行；国民政府将一面安抚盛世才，一面遏止苏联断然分裂中国的举动，设法收复新疆。
为了进一步做好盛世才的转化工作，1942年春，蒋介石又派原与盛世才共过事、关系甚好的青海省政府主席、第四十集团军总司令马步芳去一趟新疆，劝盛世才与苏联和共产党断绝关系，投靠蒋介石。1942年4月蒋介石在重庆三次会见新疆驻重庆代表张元夫。4月下旬，蒋介石给盛世才写了一封亲笔信，由新疆驻重庆代表张元夫亲自飞回新疆转交：鼓励他与中共决裂，并加入国民党，如果加入了国民党，中央政府会重用他；并请支持时任交通部次长的徐恩曾以“西北交通检查团”的名义进入新疆，进一步动员盛世才反共归顺蒋介石政府，并查清在新疆的共产党情况。1942年5月7日，盛派遣五弟，时任新疆军校教官、新疆师范学校校长盛世骥与新疆驻重庆代表张元夫一同到重庆，具体商谈归顺中央政府的问题；蒋介石亲自接见[25]。1942年5月20日，会见军令部部长徐永昌；5月23日，蒋介石委托侍从室负责谍报业务的侍六组组长唐纵会见了盛世骥和张元夫与之详谈。
1942年5月27日陈潭秋向中共中央汇报迪化近来两次审判情况：盛世才制造“反政府阴谋”和“阿山事件”两案复审情况及盛世骐被害情况，指出盛世才反苏反共已公开化。
1942年6月，苏联在新疆勒兵胁迫盛世才，企图完全控制新疆。1942年6月27日，斯大林派苏联副外交人民委员德卡诺佐夫携带莫洛托夫给盛世才的信来到迪化，“商议独山子油矿及其它问题”。1942年6月28日，盛世才密电蒋介石：盼望派第八战区朱绍良司令长官与翁文灏部长一同来新。1942年7月3日，老上司时任第八战区司令长官的朱绍良，与行政院秘书长兼经济部长翁文灏、空军总指挥毛邦初等人携带蒋介石给盛世才的一封亲笔信，从兰州飞抵迪化。蒋介石嘱朱绍良“对盛一意信任之”[26]。在当晚的盛大欢迎宴会上，朱长官即兴赋诗：“立马吴山忆旧时，相逢塞外鬓如丝。平生意气期无负，大好河山共护持。”经过长谈，朱绍良代表蒋介石与盛世才达成协议：凡新疆内部事务，无论军政愿以全权赋予盛世才便宜处理；其余则：
1942年夏，在新疆各地工作的中共党员突然被盛世才调回，说是另行分配工作。除新疆航空队外，中共在新疆工作的人及家属都集中住到南梁的八路军驻新疆办事处、羊毛湖、新房子、八户梁大院，彼此相距不远，允许往来，但不准上街，门口有盛世才的卫兵看守。得知盛世才已经投靠国民党，逮捕了许多左倾人士，国民党党部已在迪化公开成立。盛世才当局称把中共党员软禁起来是保卫其安全。软禁中，中共党员开展内部整风。学习延安整风文件（毛泽东的三篇文章），写心得，开讨论会，出墙报，开晚会演节目等。
1942年7月7日，苏联驻重庆大使潘友新收到斯大林指示，告发盛世才投苏之举。[27]9日，他面见蒋介石，把7月3日莫洛托夫致盛世才的信转送一份给蒋介石，信中逐一列举了盛世才欲出卖新疆、投靠苏联、反对国民政府、反对蒋介石的事实，并说苏联对其做法一直反对。蒋介石命军事委员会顾问事务处处长卜道明把莫洛托夫函译出，交侍从室侍六组组长唐纵约“组中参谋秘书研究”。十一天后，唐纵给出意见：盛苏关系已经决裂，把苏联态度转告盛以坚其志，告诉苏方以后交涉只能找中央政府，必要时通知美英造成国际影响等等。[28]7月11日，朱绍良抵重庆，参加最高党政军汇报与午餐会，详细研讨新疆局势与盛世才7月10日的亲笔答辩信。7月13日参谋总长何应钦代表军方、7月14日王宠惠代表外交部分别提交了处置新疆方案。7月15日傍晚，军令部长徐永昌面见蒋介石，提出“盛无人格，能力尤卑下不足道”，乘此盛苏交恶之机应该限苏换盛，立即解决新疆问题；蒋介石未采纳。[29]7月16日傍晚，蒋介石接见苏联大使潘友新，正式答复已派遣朱绍良调查及督察新疆政治情况，派遣翁文灏办理新疆经济交涉事项，希望苏联政府以后与国民政府直接交涉新疆事务等等。7月20日，朱绍良由重庆第二次飞迪化，转交蒋介石亲笔信给盛世才。
8月5日，蒋介石在重庆会见美国总统罗斯福私人代表劳克林·居里。居里表示“罗斯福总统深以中苏两国间之不调和为虑”。蒋答如苏联放弃支持中共，则中苏关系立即可以改善。
1942年8月8日，中共中央电示，除留高登榜等4人外，其余在新疆工作的136名共产党员，包括陈潭秋等均撤回延安。因时局所迫，回延安无法成行，陈潭秋与大家商量，方志纯通知大家填写履历表，要所有人员分三批先撤到苏联，在那里按情况分配工作或学习。
8月15日，蒋介石携宋美龄飞抵兰州。8月16日，接见青海赶来的马步青与马步芳。8月18日，盛世才来电称昨日有苏联之坦克、装甲车、汽车等八辆未经通知向迪化开行，盛本人“本拟来兰请谒，以目前新疆情形复杂，暂难成行”。8月19日，朱绍良只好单独由迪化来兰州见蒋，带回盛朱议定的《充实国防意见》，蒋决定由宋美龄代其赴迪化安抚盛。8月20日，蒋在兰州议定收回新疆主权措施，其中包括盛世才需“令俄军离开新疆境”。8月29日，蒋介石携宋美龄飞抵嘉峪关。同日蒋介石派夫人宋美龄、内侄空军总指挥毛邦初和第八战区司令长官朱绍良、梁寒操、董显光、吴忠信、周昆田（蒙藏委员会委员）、陈万里（中央社记者，后任中央社迪化分设主任）、吴泽湘（后任新疆外交特派员）等从嘉峪关飞抵迪化，代表蒋介石任命盛世才为新疆边防督办，同时兼任新疆省政府主席等职务，提出调派甘肃境内政府军由兰州进驻安西、玉门牵制在哈密俄国红军、委派新疆外交特派员将外交权收归中央、着俄军退出新疆、授意盛世才“肃清新疆共党”；8月31日宋美龄一行从迪化起飞，9月1日飞返武威与蒋介石汇合。
1942年9月8日，吴泽湘就任外交部驻新疆外交特派员，主任秘书王心线。新疆驻苏联中亚的五个领事馆（塔什干、安集延、阿拉木图、塞米巴拉金斯克、斋桑）移交外交部管辖。侍从室主任贺耀祖、侍六组组长唐纵、驻苏大使邵力子等均主张对苏友好；而毛邦初主张加强新疆国防以防苏，遭贺耀祖斥责为误国之言。
1942年9月17日下午，盛世才的军队包围了八户梁大院，来了一辆小车，盛世才派人将陈潭秋、毛泽民、孟一鸣、刘西平、潘同等5人软禁于邱公馆，将林基路、李宗林、李云扬（化名李志梁）、胡鉴等13人软禁于三角地临时招待所，当晚这15人的妇女小孩等家属也搬来了，根据李宗林建议，组织了一个三人小组，李云扬负责学习工作，李宗林负责总的工作，林基路负责对外工作。同日，又以“训话”的名义把吕黎平、方子翼、严振刚等在新疆航空队学习的36人转移到督办公署后院教导连驻地软禁。以后从南疆陆续回来的高登榜、谷先南、郑亦胜等都软禁于三角地招待所。 随后，盛世才及其军警将在新疆的所有共产党员、革命者及其家属、小孩，全部关押，共140余人。
1942年10月5日，盛世才通过苏联驻迪化总领事普式庚，向苏联政府递交了一份备忘录，要求苏联政府“除苏俄外交官员．可给于在新疆居留之自由外，其他在新疆的一切苏俄人——包括军事顾问人员、军事教官，财政厅及建设厅之苏俄顾问、技术专家、工程师、医生，红军驻哈密的第八团整个部队．阿尔泰与伊犁区的锡矿人员与探测人员等——都应在三个月内一律撤离新疆省。”1942年11月14日，此时正是决定苏联命运的斯大林格勒会战最后高潮时，普式庚代表苏联政府答复：在限期内撤走一切人员。[22]
1942年11月6日，朱绍良第4次进新疆。1942年11月28日，盛世才兼任第八战区副司令长官，新疆形式上划归第八战区范围。1942年末，新疆反帝会结束、新疆航空队移交中央接收，改编为航空委员会空军第16总站。
1942年底，蒋介石派第一批国民党员赴新疆工作训话时，就要求这些国民党员到新疆后要绝对信赖盛世才。[30]
1943年1月8日，盛世才加入国民党，兼任国民党中央监察委员、中国国民党新疆省党部主任委员；经陈立夫提议，中国国民党中央组织部训练处处长黄如今被任命为国民党新疆省党部秘书长，负责该党部的日常工作。临行前，黄如今去拜访陈立夫，陈立夫对他说：“新疆已抓了百余名共党分子，徐恩曾也准备再去做处置工作。你去后，要帮助徐恩曾督促盛世才将此事处理好，要尽量做到不留隐患。”1943年1月9日，朱绍良第5次入新疆，同行的有中央特派员梁寒操。1月16日，中国国民党新疆省党部正式成立，盛世才宣誓就职。表示“矢志拥护中央，尽忠党国，绝对服从领袖”。盛世才取消了六大政策，六星旗也改为了青天白日旗。此后即大肆宣扬反苏反共的理念，公开表明愿归顺国民政府，同时驱逐境内苏联人员，逮捕新疆的中国共产党员和亲共人士。新疆省党部主任委员盛世才，省党部书记长黄如今（中央大学教授），中央派遣委员于振瀛（组训处长）、林伯雅、张志智、董世荃（宣传处长）、徐观余等；新疆提名委员何耿光、宋念慈（新疆日报社长）、程东白（新疆省教育厅长）、李英奇（新疆警务处长）、盛世骥等；新疆督办公署特别党部委员邱毓熊（盛世才妻弟、新疆军校政治部主任）、张凤仪（督办公署参谋处长）、柳正欣（128师师长）等。
1943年3月，盛世才再要求苏联将驻哈密之第8团与驻哈密郊外头屯河飞机装备场之军队撤除。苏联因为正在与纳粹德国作战，鉴于国民政府任命的各部官员已到新疆任职，为了避免和蒋介石发生直接冲突，与中国保持良好的合作关系，4月15日苏联驻迪化总领事普式庚代表苏联政府表示：撤走了驻新疆的苏军第八团、飞行队、援疆的顾问、技术人员、地质勘探人员，取消迪化的飞机制造厂。5月3日普式庚再次通知盛世才：独山子油田所有苏方人员与机器撤回苏联，找回一切苏籍军事顾问及其他各方面一切技术人员，明日（4日）起即不上班。
1943年3月成立中央训练团新疆分团，主任盛世才，副主任委员兼训练委员会主任委员黄如今，教育长盛世骥、副教育长徐观余，办公厅主任何耿光。调新疆的刘永祥（教育厅副厅长）、曲志勤（督办公署秘书长）、彭吉元（财政厅长）、李溥霖（民政厅长）、盛世骥、何耿光、程东白、宋年慈等到重庆中央训练团受训。
1943年3月，中央警官学校教育长李士珍派吴万昌、余宗陶来新疆，任职于新疆警官学校。监察院决议设立新疆省监察区监察使署，监察使罗家伦、副使王籍田。1943年3月，新疆省政府改组：
1943年3月16日，盛世才会见督署军事顾同瓦西里也夫，提出了苏联红八团撤离问题。1943年4月10日，苏联驻迪化总领事普式庚口头通知新疆省政府：(1)所有在新疆地质考察团(新锡)工作完全停止；(2)将所有考察团人员一律撤回，及一切机器运回苏联+(3)在工作人员和机器运回时，希望省府给予便利与协助。1943年4月15日，苏联驻迪化总领事普式庚通知盛世才：(1)将驻哈密红八团撤回苏联；(2)驻扎哈密飞行队亦完全调回苏联；(3)飞机制造厂(农具制造厂)亦决定取消，并于最近将所有工人及技术管理人员物资机器等，一并由新疆运回。1943年5月6日，国民政府外交部为苏俄准备撤回中俄共管之迪化飞机制造厂及独山子油矿设备事，向俄大使潘友新致备忘录，表示诧异。1943年5月11日至21日，在温泉、博乐的苏联地质专家、考察人员以及家属共52人集中于伊犁，之后和机器一起出境返苏。在富蕴县的40名苏联地质考察人员也相继出境，机器等从布尔津出境。分布在全疆各地的数百名苏联颐问、专家、教官、医生等，5月间陆续出境回苏联。1943年5月底，红8团（团长马贤克）开始分批撤退。首批军队于6月初经迪化，沿绥来、精河、果子沟，8月7日由霍尔果斯出境，计有坦克8辆、铁甲车5辆、推土机4台、大炮4门、29辆卡车、2辆燃料车、9辆伪装卡车，共计官兵220多人。另一路步兵、骑兵由松树塘，经镇西、红柳峡、蒙古国的科布多回国。空军飞机一部分和部分装甲车辆也回国。尚未离境者五、六百人。飞机29架、航空人员144人。1943年6月16日在新疆的所有苏联军事顾问及技术顾问均已离开迪化。1943年6月16日，苏联驻华大使潘友新照会国民政府外交部，指摘盛世才对苏措施为非法与仇视行为，并附1940年12月月盛世才与苏俄所订密约。1943年10月1日，哈密留驻苏军（500余）以8辆汽车载运移交营房后撤回。10月3日乘115辆汽车西开。留飞机10架、留哈士兵一、二百人。10月6日战斗机4架、道格拉斯运输机1架、轰炸机2架西飞，留哈尚有战斗机1、通讯机1，航空站苏籍人员40余人及红军100人。10月7日苏联飞机2架西飞。10月13日，新疆省政府出资购买苏联在哈密之设备，包括营房和机场。11月4日苏联红军全部撤退完毕。撤退时兵力武器如下：步兵2000余人、骑兵500余人；飞行员与地勤144人；汽车150-160辆；飞机29架（双引擎轰炸机16、单翼驱逐机6、双翼教练机6、侦察机1）；大炮4门、步兵炮14门、高射炮3门，坦克11辆；拖拉机9辆；铁甲车5辆；马6。
据苏联解密档案，5月4日，彻底改变支持盛世才的态度。苏共中央宣布：“不能容忍新疆总督盛世才的这种挑衅活动”，并将为“反对总督镇压殖民主义政策的叛乱分子”提供支持[31]。
大赦非法越境进入苏联的苏联公民，赋予他们返回苏联的权利。[31]
1943年4月中旬，美国、英国驻迪化的领事馆开馆，以示对蒋掌控新疆的外交支持。
1943年6月，国民革命军进驻哈密。
盛世才请蒋介石派人到新疆对历次暴动案件进行审讯。蒋介石马上在盛世才的报告上批了“派员参加审讯可照办，但暂不公开为宜”。1943年4月底，盛世才将已逮捕的共产党人数报送给了重庆当局，蒋介石为此专门召集了国民党情治单位的高层人士开会，讨论如何处理此案；在会上，蒋介石指示中统组织一个审判团去新疆审理被关押人员。陈立夫建议派内政部次长王德溥当团长。1943年6月，国民党派出中央军法执行总监部新疆工作组4人：工作组主任王德溥中将主任军法官、季源溥少将军法官、江苏高等法院院长朱树声少将军法官、郑大纶少校军法官。徐恩曾带中统高级特务陈建中、李宏基等同行。从重庆飞抵迪化后，组建的临时审理委员会，以新疆高等法院院长兼督署曁省府秘书长刘效黎为主任委员，王德溥为副主任委员，朱树声、季源溥与盛世才指派之督署参谋长及省府厅处长等十数人均为委员，郑大纶为书记官。判决各案，均以军务督办名义，报奉中央核定执行。[32]成立了3个审判组，“徐杰（陈潭秋）、周彬（毛泽民）暴动案审判组”由季源溥为审判长，李溥霖、李英奇、彭吉元、郑大纶、盛世骥为审判委员，郑大纶和裘朝永负责审判记录。上述7人中，只有李英奇、盛世骥、裘朝永系盛世才的人，其余均为中统特务。从软禁的中共人员中，提审了已公开暴露共产党员身份的陈潭秋、毛泽民、林基路、徐梦秋（孟一鸣，时任教育厅代厅长，新疆省编译委员会委员长）、潘同（潘柏南）、刘希平（刘西屏）、马殊（原名邝宗球）、吉合、吕黎平、周绍光、李宗林（化名李啸平，绰号李胡子，过堂审讯时当场发病被送到养病室）、黄义明、王义福、李涛、申玲等各方面负责人15人。还翻检了共产党“四一二阴谋暴动案”案卷，发现里面的“证据”材料实在说不上是证据。盛世才便下令新疆公安处长李英奇等一定要获得共产党人的“口供”。于是，在新疆公安处的刑讯室里，对陈潭秋、毛泽民等刑讯逼供要他们承认有所谓的“阴谋暴动”计划并要其“脱离共产党”。在对毛泽民施以连续七天七夜的严刑拷打，阿姆尼亚（即氨水）的烈性刺激不让合眼的车轮战术，动用了站炭渣，抽鞭子、打板子、背扛子、针刺指尖、坐老虎凳等酷刑。在严刑拷打下，毛泽民、陈潭秋、林基路、李宗林、马殊等人仍然守口如瓶，而潘柏南（潘同）、刘西屏（刘希平）、徐梦秋先后叛变。盛世才与徐恩曾原不知道陈潭秋的真名，由于刘西屏、潘柏南的出卖[33]，中统审讯人员知道了陈潭秋的真实身份，并对他多次用酷刑，陈仍坚贞不屈。最后，季源溥下“判决书”：徐杰（陈潭秋）、周彬（毛泽民）、林基路和杜重远被判处死刑，马一欧等被判处无期徒刑和3年以上、15年以下有期徒刑。1943年6月15日，王德溥将审讯的案卷（包括“四一二”暴动案、杜重远暴动案）呈交蒋介石审批。蒋介石因太忙，交给负责情报工作的唐纵看，并嘱要看细一些。唐纵审查了多天，其中6月21日审查了一整天。唐纵在21日的日记中写道：“今日办理……徐杰（陈潭秋）案、阿山暴动案，各案百余人，供词巨厚，费两日夜始办完毕。徐杰案参加阴谋暴动者，厅长3名，军事高级人员20名，团长8名，行政高级官员14名，各案均凭口供，全无事实佐证，只得照盛意办理。”1943年9月，蒋介石同意处极刑的批示才到达新疆。1943年9月27日深夜由盛世才的军警秘密地用麻绳勒死毛泽民、陈潭秋、林基路及陈秀英，中统特务监督执行，并呈报重庆验证。由于盛世才对外严密封锁消息，中共中央一直对此情况不知。1944年，还不知道三人被害、三人叛变的事实。1944年5月，中共代表林伯渠赴重庆，再三与国民政府交涉，要求释放各地被捕的中共人员，其中就包括新疆的陈潭秋、徐梦秋、毛泽民、杨之华、潘同等人。1945年5月召开中共七大时，因不知其牺牲噩耗，仍选陈潭秋为中央委员。“七大”闭幕以后一年，在新疆被关押的共产党员及家属、小孩获释回到延安，这些人于1944年在狱中听到传闻说三人已牺牲，但没有确切消息。1946年7月27日，周恩来又从重庆给时任军事委员会西北行营主任兼新疆省主席张治中发去了询问电报：“兹尚有恳者徐杰即陈潭秋，周彬即毛泽民二君还未返延之列，闻移解关内羁押不知确否？祈鼎力周全，惠予省释。即使因受刑成残，但望生还，他非所计。”张治中于8月27日复电说仍查无下落。张治中说：“徐（即化名徐杰的陈潭秋）、周（即化名周彬的毛泽民）、林（即林基路）三人下落不明，盛世才走时没有交代给吴忠信。吴忠信走时更没有交代给我，遍查监狱档案无着落。”1951年4月29日，李英奇（曾任新疆公安管理处长）、富宝廉、张思信（曾任新疆第二监狱狱长）等一批杀害毛泽民、陈潭秋、林基路的凶手在乌鲁木齐被公审处决。
1943年9月4日，盛世才首次抵达重庆，参加9月6日召开的中国国民党五届十一中全会，9月7日盛世才在全会上作《新疆十年以来之政治变化》报告。
1943年9月，朱绍良派陆军新编第18旅（1940年秋在甘肃酒泉成立）入驻新疆哈密。旅长徐汝诚，下辖两个团，团长马平林、夏禹卿。改称“陆军混成旅”，1944年4月编为新编第46师，师长徐汝诚，副师长卫光华；师部驻绥来，防区东至木垒河、西达孚远县：驻防北疆奇、孚（吉木萨尔）、木、阜沿线。1943年秋，在河西走廊组建第3集团军，总司令李铁军兼河西警备总司令。总部设武威。后移驻酒泉。1943年秋末在武威成立第29集团军总司令部，以河西警备总司令李铁军兼总司令，侯声为参谌长。后来总部移到酒泉，1944年春进驻新疆哈密。下辖：
1944年2月16日，中俄订立价购新疆乌苏独山子油矿俄方设备合同。中方以170万美元买回独山子油矿全套设备和房屋。5月又以420万美元买回头屯河飞机修配厂的全部设备。
1944年3月9日，外交部驻新疆特派员吴泽湘为苏俄飞机轰炸阿山青河县会河口围剿乌斯满的中国军队一事，向苏俄领事普式庚抗议。1944年3月13日，国民政府外交次长吴国桢接见俄大使潘友新，抗议俄机侵犯新疆之不法行为。1944年4月2日，苏俄塔斯社在库伦报道新疆军队侵入外蒙境内。1944年4月4日，中央社奉命驳斥4月2日塔斯社关于新疆外蒙之消息。1944年4月13日，青河县县长陶百川弃城向奇台逃跑，被乌斯满武装击毙，占领青河县城。1944年6月2日，省军、中央军组成的援军抵达富蕴，富蕴围解。
1944年，鉴于苏联开始对德国反攻而中国在豫湘桂会战失利，盛世才开始采取对策，准备把国民党势力逐出新疆。1944年4月17日，逮捕投靠国民党的省府秘书长刘效藜、教育厅长程东白、省党部委员兼中央训练团主任何耿光、新疆日报社社长宋念慈、副社长郎道衡、市政委员会主任王乃中、中运会委员长郭喜良等10余人，称这些人受苏联驻迪化总领事普式庚指示阴谋暴动。1944年6月26日，逮捕新疆学院、第一师范、第一中学等师生300余人。1944年6月后陆续捕卫士队36人，包括上尉副官盛振兰（盛世才的叔父）、上尉副官苏景泰、少尉李英、温树廷、中尉车长万有、一分队少尉白智海、陈世忠、及大队部中尉文牍史浩天、中校副官赵常山、上尉副官胡振有、少校军需吴广询，同时将一中队解除武装软禁。一分队少尉班长陈志忠被捕。1944年8月11日，盛世才制造了逮捕国民党中央派新人员：新疆省党部书记长黄如今、建设厅厅长林继庸、党部委员童世荃、党部委员张志智、交通部新疆驿运分处处长顾耕野、外交部新疆特派员公署科长丁慰慈、党部委员林伯雅、省政府委员纪元章、乃孜南、伊犁区专员兼保安司令徐伯达、督署交通处少将处长周明、中央训练团新疆分团大队长张桂亭、大队附朱景明、主任秘书魏中天、教务处长屈卓吾，伊犁区行政专员乔根、新疆省会警察局局长龚振华等大批国民党员共计321人（党21、政66、军87、其他），制造了“八一一黄林案”，诬控这些国民党员都是共产党，打电报给蒋介石，要求另派一批国民党员来接替他们的工作。诬陷程东白是暴动首领，何耿光、宋念慈、黄如今、林继庸等分别负责组织宣传，阴谋暴动；其堂弟盛世杰组织谋刺组，收买卫队丁海寰和车万才、车夫尔里，警署少校副官盛世杰（盛之叔父）、省议长刘效藜、林伯雅、张志智、纪元章及王蓬洲等并该省各行政人员，及迪化各大中学校长、教职员、学生及工商界领袖等数百人陆续入狱。 盛世才电令第128师师长柳正欣解决在新疆的中央军，柳表示敌不过及兵力不足请求考虑。盛世才遂逮捕了省军4名师长，第128师柳正欣、暂3师师长汤执权、骑兵11师师长吴熙志、骑兵1师师长崔颖春。驻省垣各部队师、团长及兵工厂长李文元等以及省直警官负责人、各区专员、县长、警务处特务等，总计1500余人。盛世才还准备逮捕中央军的预备第7师师长李禹祥，李以有病拒绝；
盛世才打算与苏联重修旧好，并致电斯大林表示愿意重新加入苏联共产党、归顺苏联，但此时苏联政府已经对盛世才彻底失望。斯大林拒绝了他的要求，并把其电报转给了蒋介石。此前的同年4月份，苏联政府已通过外交途径对国民政府施压，要求撤换盛世才。6月，斯大林在接见美驻苏大使哈里曼时说，中国国民政府撤掉盛世才在新疆的职务，对于改善苏中关系具有重要意义。[34]
1944年8月15日，朱绍良、徐恩曾自兰州飞抵迪化；8月16日朱转告盛将其调任的中央意旨。时预备第7师在迪化老满城、哈密有徐汝诚旅、酒泉空军机场已集中飞机若干。 1944年8月21日，朱绍良及新疆监察使罗家伦自迪化到重庆，商新疆问题。 1944年8月29日行政院对改组新疆政府做出决定：
1944年8月30日，朱绍良自重庆到迪化；1944年9月2日，新疆代理省政府主席朱绍良视事。 1944年9月11日，盛世才在朱绍良的陪同下与家人乘机飞抵重庆，结束“新疆王”达10年的统治生涯；心腹亲信李溥霖调任行政院参事，后赴台湾。省公路局长盛世英（二弟）、督署特务团长盛世骏（三弟）、新疆中训团教育长盛世骥（五弟）、督署政训处长邱毓熊（妻弟）、督署秘书长邱宗濬（岳父）、督署参谋长汪鸿藻（连襟）、警务处长李英奇随盛世才赴任。其亲信则押著150辆卡车和3000匹骆驼，装运著在新疆掠来的财物，从陆路向重庆进发。
盛世才生性多疑，其统治新疆期间大行政治镇压滥捕滥杀，被称“十年督办，十万人头”，被杀者有纪录的就达上万人，而当时新疆全省人口不过四百万。当中有名者包括省政府副主席和加尼牙孜、省政府委员满楚克扎布、省财政厅长臧登峰、省教育厅长李一欧、省民政厅长周彬（毛泽民化名）、中国共产党驻新疆代表徐杰（陈潭秋化名）、和阗行政长卢毓麟、喀什行政长陈方伯、焉耆行政长于德一、塔城行政长赵剑峰、哈密行政长刘西屏、乌什县长林基路等人，他们不是遭到杀害，就是被长期监禁、财产充公。故盛世才失势下野的消息传遍全疆后，人们跑到街上纵情欢歌。与此相对应的是，迪化市郊外的乱葬岗跪满了被盛世才杀死的死难者家属，痛哭流涕。不久，新疆人民更起而控诉盛世才的罪行，并发起“讨盛运动”。
二战胜利后的1945年7月30日，行政院改组，宋子文辞任外交部长，盛世才辞农林部长，由谷正纲兼；辞职后透过关系谋了个西北行营上将参议的闲职。由于盛在新疆的血腥统治树敌众多，西北地区离新疆的距离亦颇近，盛及其家人身在西北之时多次遭到仇家寻仇。在由重庆前往西安上任的时候，盛世才随身携带的财物装了几十辆汽车，途经宝鸡被当地驻军劫掠一空。当年被他残害过的新疆人为了报仇几次找到盛世才的住地意图行刺，都被盛世才侥幸逃脱。其中最轰动的一宗与盛的岳父邱宗浚有关，其于盛世才下野后自觉失去靠山，便举家自迪化移居兰州。1949年5月16日深夜，仇家在兰州找到盛世才的岳父，将其岳父一家十一口人全部杀死，并在墙上用血写了一行字：十年冤雔一夜报之，史称邱宅大血案[35]。
1949年，盛世才随同国民政府到台湾，盛世才先后受聘为总统府国策顾问、国防部上将高级参谋、行政院设计委员等闲职。当年在新疆受过盛世才迫害的东北人士，要求当局清算盛世才的罪恶。有人公开扬言：“当局若不查处盛世才，我们只有请人自行了断！ ”因仇家太多，住在台北市南京东路五段的一个小巷子里，蒋中正特别派了一个排的步兵保护他[37]，有人送来礼品，盛一概不收，全部转送邻居。盛世才在台北投资开办士林西菜馆。在台湾著有回忆录《牧边琐记》、《新疆十年回忆录》等。
盛世才有5个弟弟、2个妹妹：
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