Епсилон-варіант SARS-CoV-2

Епсилон-варіант, також відомий як CAL.20C і відноситься до двох ліній PANGO B.1.427 і B.1.429, є одним із варіантів SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVID-19. Вперше його виявили в Каліфорнії, США, у липні 2020 року.^[2]

Епсилон-варіант SARS-CoV-2
Офіційна назва	англ. Epsilon[1][1]
Названо на честь	епсилон
Дата відкриття (винаходу)	березень 2020[1]
Місце відкриття	Каліфорнія і США[1]
Частково збігається з	SARS-CoV-2 Lineage B.1.429d
Епсилон-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі

Станом на липень 2021 року ВООЗ більше не розглядає епсилон як варіант, який цікавить.^[3]

Мутації

Варіант має п'ять визначальних мутацій (I4205V і D1183Y в гені ORF1ab і S13I, W152C, L452R в S-гені білка шипа ),^[4] з яких L452R (раніше також виявлений в інших неспоріднених лініях) викликав особливе занепокоєння. ^[5] B.1.429, можливо, є більш переданим, ніж попередні варіанти, що циркулюють локально, але для підтвердження цього необхідне подальше дослідження.^[5] Центри з контролю та профілактики захворювань (CDC) перерахували B.1.429 і пов’язаний з ним B.1.427 як « варіанти, що викликають занепокоєння », і цитує препринт, в якому говориться, що вони демонструють збільшення на ~20% передачі вірусу, що вони мають « Значний вплив на нейтралізацію деяких, але не всіх" терапевтичних засобів, які отримали дозвіл на екстрене використання (EUA) від Управління з контролю за продуктами і медикаментами (FDA) для лікування або профілактики COVID-19, і що вони помірно зменшують нейтралізацію плазмою, зібраною люди, які раніше були інфіковані вірусом або отримали вакцину проти вірусу.^[6][7] У травні 2021 року Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) дала варіанту нову назву «варіант Епсилон».^[8]

• 
  Амінокислотні мутації варіанту SARS-CoV-2 Epsilon нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.

Історія

Епсилон-варіант (CAL.20C) вперше спостерігали в липні 2020 року дослідники з Медичного центру Cedars-Sinai, Каліфорнія, в одному зі 1230-ти зразків вірусу, зібраних в окрузі Лос-Анджелес з початку епідемії COVID-19. Варіант не виявляли знову до вересня, коли він знову з’явився серед зразків у Каліфорнії, але цифри залишалися дуже низькими до листопада.^[9][10] У листопаді 2020 року епсилон-варіант становив 36 відсотків зразків, зібраних у медичному центрі Cedars-Sinai, а до січня 2021 року епсилон-варіант становив 50 відсотків зразків.^[5] У спільному прес-релізі Каліфорнійського університету в Сан-Франциско, Департаменту охорони здоров’я Каліфорнії та Департаменту охорони здоров’я округу Санта-Клара ^[11] було оголошено, що цей варіант також був виявлений в кількох округах Північної Каліфорнії. З листопада по грудень 2020 року частота цього варіанта в секвенованих випадках з Північної Каліфорнії зросла з 3% до 25%.^[12] У препринті CAL.20C описується як належить до клади Nextstrain 20C і вносить приблизно 36% зразків, тоді як новий варіант із клади 20G становить близько 24% зразків у дослідженні, зосередженому на Південній Каліфорнії. Однак зауважте, що в США загаалом 20G клад переважає, станом на січень 2021 року. Після збільшення кількості епсилон-варіант у Каліфорнії цей варіант був виявлений з різною частотою в більшості штатів США. Невеликі цифри були виявлені в інших країнах Північної Америки, а також в Європі, Азії та Австралії.^[9][10] За даними GISAID, станом на липень 2021 року епсилон-варіант був виявлений у 45 країнах. ^[13] Після початкового збільшення його частота швидко впала з лютого 2021 року, оскільки його випереджав більш переданий варіант альфа. У квітні епсилон-варіант залишався відносно частим у частинах північної Каліфорнії, але він практично зник з півдня штату і ніколи не міг закріпитися в інших місцях; лише 3,2% усіх випадків у Сполучених Штатах були епсилон, тоді як на той час більше двох третин були альфа.^[14]

Cases by country

Country	Confirmed cases (GISAID)[15] as of 1 July 2021	Last Reported Case
USA	50,723	23 June 2021
Шаблон:Дані країни Mexico	474	08 June 2021
Canada	326	07 May 2021
Шаблон:Дані країни South Korea	103	26 April 2021
Шаблон:Дані країни Aruba	57	24 April 2021
Шаблон:Дані країни Denmark	37	22 March 2021
Шаблон:Дані країни Maldives	36	07 May 2021
Шаблон:Дані країни Chile	30	07 June 2021
Шаблон:Дані країни Argentina	28	12 May 2021
Шаблон:Дані країни United Kingdom	21	10 May 2021
Japan	20	16 April 2021
Australia	20	12 April 2021
Шаблон:Дані країни Costa Rica	12	05 May 2021
Шаблон:Дані країни Germany	10	08 June 2021
Шаблон:Дані країни Israel	10	25 February 2021
Шаблон:Дані країни Guam	8	27 March 2021
Шаблон:Дані країни Taiwan	8	31 January 2021
Шаблон:Дані країни Guatemala	7
France	7	01 March 2021
Шаблон:Дані країни Ireland	7	28 April 2021
Шаблон:Дані країни Netherlands	5	10 March 2021
Spain	5	03 June 2021
Шаблон:Дані країни New Zealand	4	28 December 2020
Шаблон:Дані країни Singapore	4	27 March 2021
Шаблон:Дані країни Switzerland	4	01 March 2021
Шаблон:Дані країни Cameroon	3	05 February 2021
Шаблон:Дані країни Guadeloupe	3	30 January 2021
Norway	3	12 April 2021
Шаблон:Дані країни Cambodia	2	20 January 2021
Шаблон:Дані країни Finland	2	06 February 2021
Шаблон:Дані країни Italy	2	11 February 2021
Шаблон:Дані країни Peru	2	24 February 2021
Шаблон:Дані країни Sweden	2	28 January 2021
Шаблон:Дані країни Turkey	2	11 February 2021
Шаблон:Дані країни Turks and Caicos Islands	2	22 March 2021
Шаблон:Дані країни Colombia	2	08 January 2021
Anguilla	1	19 March 2021
Шаблон:Дані країни Antigua and Barbuda	1	24 April 2021
Barbados	1	12 April 2021
Шаблон:Дані країни Belgium	1	18 January 2021
British Virgin Islands	1	07 January 2021
Curacao	1	19 March 2021
Шаблон:Дані країни India	1	02 March 2021
Шаблон:Дані країни North Macedonia	1	26 January 2021
Шаблон:Дані країни Northern Mariana Islands	1	16 January 2021
Шаблон:Дані країни Sint Maarten	1	16 February 2021
Шаблон:Дані країни Dominican Republic	1
	World (46 countries)	Total: 51,966	Total as of 1 July 2021

Див. також

• Штами SARS-CoV-2: Cluster 5, Альфа, Бета, Гамма, Дельта, Зета, Тета, Ета, Йота, Каппа, Лямбда, М'ю, Омікрон

Посилання

1. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
2. Local COVID-19 Strain Found in Over One-Third of Los Angeles Patients (Пресреліз). Cedars Sinai Medical Center. 19 січня 2021. Архів оригіналу за 13 червня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
3. Tracking SARS-CoV-2 variants. who.int (англ.). World Health Organization. Архів оригіналу за 6 червня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
4. Spike Variants: Epsilon, aka B.1.427/B.1.429, and CAL.20C/S:452R [Архівовано 30 червня 2021 у Wayback Machine.] covdb.stanford.edu, accessed 3 July 2021
5. New California Variant May Be Driving Virus Surge There, Study Suggests. The New York Times. 19 січня 2021. Архів оригіналу за 9 червня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
6. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 24 березня 2021. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 4 квітня 2021.
7. Shen X, Tang H, Pajon R, Smith G, Glenn GM, Shi W, Korber B, Montefiori DC (April 2021). Neutralization of SARS-CoV-2 Variants B.1.429 and B.1.351. The New England Journal of Medicine. 384 (24): 2352—2354. doi:10.1056/NEJMc2103740. PMC 8063884. PMID 33826819. {{cite journal}}: Недійсний |displayauthors=6 (довідка)
8. Helen Branswell The name game for coronavirus variants just got a little easier [Архівовано 17 червня 2021 у Wayback Machine.] 31 May 2021 www.statnews.com, accessed 28 June 2021
9. B.1.429. Rambaut Group, University of Edinburgh. PANGO Lineages. 15 лютого 2021. Архів оригіналу за 28 квітня 2021. Процитовано 16 лютого 2021.
10. B.1.429 Lineage Report. Scripps Research. outbreak.info. 15 лютого 2021. Архів оригіналу за 9 червня 2021. Процитовано 16 лютого 2021.
11. COVID-19 Variant First Found in Other Countries and States Now Seen More Frequently in California. California Department of Public Health. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 30 січня 2021.
12. New strains of COVID swiftly moving through the US need careful watch, scientists say. USA Today (амер.). Архів оригіналу за 4 березня 2021. Процитовано 30 січня 2021.
13. Watching the new Epsilon variant of SARS-CoV-2. Healthcare Purchasing News. Архів оригіналу за 12 вересня 2021. Процитовано 12 вересня 2021. According to GISAID, 45 countries, from US to South Korea, from India to Japan have reported Epsilon variant cases.
14. Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14 травня 2021). How the United States Beat the Variants, for Now. New York Times. Архів оригіналу за 16 травня 2021. Процитовано 17 травня 2021.
15. GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. Архів оригіналу за 23 червня 2021. Процитовано 2 липня 2021.