Бета-варіант SARS-CoV-2

Варіант 501.V2, відомий також як 20C/501Y.V2, родовід B.1.351^[1] та Південноафриканський варіант COVID-19 — варіант SARS-CoV-2, вірусу, що спричиняє COVID-19. Варіант був вперше виявлений у Міському окрузі Бухти Нельсона Мандели^[en][2] Східно-Капської провінції Південно-Африканської Республіки^[3] та повідомлений широкому загалу Департаментом охорони здоров’я країни^[en] 18 грудня 2020 року.^[4]

Країни з підтвердженими випадками 501.V2 станом на 20 січня 2021 року

   10 - 49 Підтверджених випадків

   5 - 9 Підтверджених випадків

   2 - 4 Підтверджені випадки

   1 Підтверджений випадок

   Є випадки, але точних цифр немає

   Підозри випадків

   Немає підтверджених випадків, населення чи відсутні дані

Варіант

Мутаційний профіль 501.V2

(зміна лише амінокислоти)

Ген	Нуклеотиди	Амінокислоти
ORF1ab	C1059T	T265I
	G5230T	K1655N
	C8660T	H2799Y
	C8964T	S2900L
	A10323G	K3353R
	G13843T	D4527Y
	C14408T1	P4715L
	C17999T	T5912I
Шипи	C21614T	L18F
	A21801C	D80A
	A22206G	D215G
	G22299T	R246I
	G22813T	K417N
	G23012A	E484K
	A23063T	N501Y
	A23403G1	D614G
	G23664T	A701V
ORF3a	G25563T	Q57H
	C25904T	S171L
E	C26456T	P71L
N	C28887T	T205I
Примітка: 1Представлено у родоводі B.1. Джерело: Тегально та ін., (2020), supplementary Fig S8

Дослідники та чиновники повідомили, що поширеність цього варіанту була вищою серед молодих людей, які не страждають на хронічні захворювання, і в таких випадках частіше викликає серйозні захворювання, ніж інші варіанти вірусу.^[5][6] Департамент охорони здоров'я Південної Африки також зазначив, що варіант може бути рушієм другої хвилі пандемії COVID-19 в країні, оскільки варіант поширюється швидше, ніж інші попередні варіанти вірусу.^[4][5]

Вчені відзначили, що варіант може легше приєднуватися до клітин людини через три мутації рецептор-зв'язуючого домену (RBD) у шипованому глікопротеїні вірусу: N501Y^[4][7] (зміна аспарагіну (N) тирозином (Y)^[8] в амінокислотній позиції 501), K417N та E484K.^[9][10] Дві з цих мутацій, E484K та N501Y, знаходяться в межах рецептор-зв'язуючого мотиву (RBM) рецептор-зв'язуючого домену (RBD).^[11][12]

Мутація N501Y була виявлена також у Великій Британії.^[4][13] Дві мутації, виявлені в 501.V2, E484K та K417N, не виявлені у Варіанті 202012/01. Крім того, 501.V2 не має мутації 69-70del, знайденої в іншому варіанті.^[14][7]

Виявлення

Новий варіант був виявлений шляхом секвенування цілого генома. Кілька геномних послідовностей з цього варіанта були подані до бази даних послідовностей GISAID^[en], наприклад приєднання послідовностей EPI_ISL_678597.^[15]

Міжнародне поширення

23 грудня міністр охорони здоров'я Великої Британії Метью Генкок повідомив, що двоє людей, які подорожували з Південної Африки до Великої Британії, були заражені 501.V2.^[14][16] 28 грудня варіант був виявлений у двох людей у Швейцарії^[17] та у одного у Фінляндії.^[18] 29 грудня варіант був виявлений у подорожувальника з Південної Африки до Японії^[19] та у одного закордонного мандрівника до Квінсленда, Австралія.^[20] 30 грудня варіант був виявлений в Замбії.^[21] 31 грудня його також виявили у Франції у пасажира, який повертався з Південної Африки.^[22]

2 січня 2021 року в Південній Кореї було виявлено перший випадок цього варіанту.^[23] Австрія повідомила про перший випадок цього варіанту, а також про чотири випадки британського варіанту 4 січня.^[24] Республіка Ботсвана також виявила перший випадок зараження 4 січня.^[25] 8 січня 2021 року Республіка Ірландія повідомила про виявлення 3 випадків зараження, пов'язаних із поїздками до Південної Африки.^[26] Того ж дня у Бразилії було зареєстровано випадок повторного зараження новим варіантом вірусу жінкою, яка перенесла COVID-19, ставши першим подібним повторним зараженням у світі.^[27] Канада повідомила про перший випадок цього варіанту в Альберті 9 січня,^[28] а Ізраїль повідомив про чотири випадки, і всі вони у людей, які подорожували до Південної Африки.^[29] Нова Зеландія повідомила про перший випадок цього варіанту 10 січня.^[30][31] 12 січня Німеччина повідомила про виявлення мутації у шести людей з трьох різних домогосподарств.^[32] Наступного дня Бельгія повідомила про перший виявлений випадок у людини із Західної Фландрії, яка не подорожувала за межі країни.^[33] Водночас у Тайвані 1 січня 30-річний чоловік із Есватіні отримав позитивний тест на південноафриканський варіант COVID-19.^[34]

Сумісність із вакциною

4 січня 2021 року британська газета Дейлі телеграф повідомила, що оксфордський імунолог сер Джон Белл^[en] вважає, що існує «великий знак запитання» щодо потенційної стійкості нового південноафриканського варіанту до вакцин проти COVID-19, викликаючи побоювання, що вакцини можуть не бути не настільки ефективними проти цього варіанту вірусу.^[35] Того ж дня професор вакцинології Шабір Мадхі у коментарі CBS News^[en] сказав, що новий варіант 501.V2 не зможе бути стійким до вакцини, але слід враховувати, що вакцини «можуть не мати повної ефективності».^[36] Доцентом кафедри клітинної мікробіології в Університеті Редінга^[en] Саймоном Кларком, додаткові мутації білка-шипа у варіанті 501.V2 були визначені як фактор, що викликає занепокоєння, оскільки вони «можуть зробити вірус менш сприйнятливим до імунної відповіді, викликаної вакциною».^[37] Лоуренс Янг, вірусолог з Університету Ворика, також зазначив, що множинні мутації шипа у варіанта «можуть призвести до певного відходу від імунного захисту».^[37]

7 січня 2021 року було повідомлено, що дослідники Pfizer виявили, що вакцина Pfizer і BioNTech під час тестів, що включають 20 аналізів крові, змогла забезпечити захист від однієї з мутацій варіанта 501.V2 (N501Y, спільно з варіантом B1.1.7). Проте відзначили, що потрібно провести подальше розслідування для визначення рівня захисту.^[38]

Мутація E484K

Повідомляється, що зміна амінокислоти E484K, мутація рецептор-зв'язуючого домену (RBD), «пов'язана з втечею від нейтралізуючих антитіл», що може негативно вплинути на ефективність вакцин проти COVID, що залежать від білка.^[39][40] Мутація шипів E484K була пов'язана із випадком повторного інфікування варіантом 501.V2 SARS-CoV-2 у Бразилії, який, на думку дослідників, є першим подібним випадком реінфекції, пов'язаним з цією мутацією.^[27] Можливість зміни антигенності називалась «мутацією втечі» моноклонального антитіла з можливістю нейтралізації різновидів шипових білків SARS-CoV-2.^[41][42]

Статистика

Випадки за країнами (оновлено станом на 16 січня 2021)

Країна	Підтверджені випадки	Дата	Примітки
Велика Британія	2 27	23 грудня 2020 12 січня 2021	[43] [44]
Швейцарія	2	28 грудня 2020	[17]
Фінляндія	1	28 грудня 2020	[18]
Японія	1	29 грудня 2020	[19]
Австралія	1	29 грудня 2020	[20]
Замбія	1	30 грудня 2020	[45]
Франція	1	31 грудня 2020	[46]
Південна Корея	1	2 січня 2021	[23]
Австрія	1	4 січня 2021	[47]
Ботсвана	1	4 січня 2021	[25]
Ірландія	3	8 січня 2021	[26]
Бразилія	1	8 січня 2021	[27]
Нідерланди	1	8 січня 2021	[48]
Канада	1 1	8 січня 2021 15 січня 2021	[49] [50]
Ізраїль	4 4	9 січня 2021 13 січня 2021	[29] [51]
Нова Зеландія	1	10 січня 2021	[30][31]
Німеччина	6 1 1	12 січня 2021 14 січня 2021 15 січня 2021	[32] [52][53]
Бельгія	1	13 січня 2021	[33]
Тайвань	1	13 січня 2021	[34]
Світ (19 інших країн)	64

Див. також

• Штами SARS-CoV-2: Cluster 5, Альфа, Гамма, Дельта, Епсилон, Зета, Тета, Ета, Йота, Каппа, Лямбда, М'ю, Омікрон
• World Community Grid

Примітки

1. Emerging SARS-CoV-2 Variants. Центри з контролю та профілактики захворювань у США. 3 січня 2021. Архів оригіналу за 15 травня 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
2. SA reaches grim milestone of 1 million Covid-19 cases. www.iol.co.za. Архів оригіналу за 26 травня 2021. Процитовано 29 грудня 2020. (англ.)
3. Covid: South Africa passes one million infections as cases surge. BBC News. 28 грудня 2020. Архів оригіналу за 11 лютого 2021. Процитовано 29 грудня 2020. (англ.)
4. South Africa announces a new coronavirus variant. Нью-Йорк таймс. 18 грудня 2020. Архів оригіналу за 21 грудня 2020. Процитовано 20 грудня 2020. N501Y...has been found in other countries, including the United Kingdom (англ.)
5. Леслі Вротон; Макс Бірак (18 грудня 2020). South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'. The Washington Post. Архів оригіналу за 27 грудня 2020. Процитовано 20 грудня 2020. (англ.)
6. Доктор Цвеліні Мхізе (18 грудня 2020). Update on Covid-19 (18th December 2020) (Пресреліз). Південна Африка. COVID-19 South African Online Portal. Архів оригіналу за 4 травня 2021. Процитовано 23 грудня 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick. (англ.)
7. Салім Абдул Карім (19 грудня 2020). The 2nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant. Scribd. CAPRISA^[en]. с. 11. Архів оригіналу за 6 січня 2021. Процитовано 24 грудня 2020. (англ.)
8. For a list of the symbols used for the α-amino acids incorporated into protein under mRNA direction, see: Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides. IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Архів оригіналу за 9 жовтня 2008. Процитовано 5 березня 2018. (англ.)
9. Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants (PDF), Всесвітня організація охорони здоров'я, 22 грудня 2020, архів оригіналу (PDF) за 7 жовтня 2021, процитовано 23 грудня 2020 (англ.)
10. Дерек Лов (22 грудня 2020). The New Mutations. In The Pipeline. Американська асоціація сприяння розвитку науки. Архів оригіналу за 29 січня 2021. Процитовано 23 грудня 2020. I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. (англ.)
11. Expert reaction to South African variant of SARS-CoV-2]. Архів оригіналу за 8 жовтня 2021. Процитовано 26 грудня 2020. (англ.)
12. Хоурія Тегалі; Едуан Вілкінсон; Марта Джованетті; Араш Іранзаде; Вагнер Фонсека; Дженніфер Джандхарі; Ділан Дулабх; Сурешні Піллей; Еммануель Джеймс Сан; Нокуханя Мсомі; Колека Млісана; Енн фон Готтберг; Сібонгіле Валаза; Мушал Аллам; Аршад Ісмаїл; Табо Мохале; Еллісон Дж. Гласс; Сьюзен Енгельбрехт; Герт Ван Зіл; Вольфганг Прайзер; Франческо Петруччоне; Алекс Сігал; Діана Гарді; Герт Маре; Марвін Сяо; Стівен Корсман; Мері-Ен Девіс; Лінн Таєрс; Іннокент Мудау та ін. (2020). Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa (Звіт). doi:10.1101/2020.12.21.20248640. (англ.)
13. Novel mutation combination in spike receptor binding site (Пресреліз). GISAID^[en]. 21 грудня 2020. Архів оригіналу за 22 лютого 2021. Процитовано 23 грудня 2020. (англ.)
14. Expert reaction to South African variant of SARS-CoV-2, as mentioned by Matt Hancock at the Downing Street press briefing. Science Media Centre. 23 грудня 2020. Архів оригіналу за 8 жовтня 2021. Процитовано 24 грудня 2020. The South African variant ‘501.V2’ is characterised by N501Y, E484K and K417N mutations in the S protein – so it shares the N501Y mutation with the UK variant, but the other two mutations are not found in the UK variant. Similarly, the South African variant does not contain the 69-70del mutation that is found in the UK variant. (англ.)
15. COVID-19 GISAID Acknowledgement Threat Assessment UK variant (PDF). ecdc.europa.eu. GISAID^[en]. 20 грудня 2020. с. 9. Архів оригіналу (PDF) за 28 жовтня 2021. Процитовано 29 грудня 2020. EPI_ISL_678594, EPI_ISL_678596, EPI_ISL_678597. Netcare. KRISP, KZN Research Innovation and Sequencing Platform. Giandhari J, Pillay S, Lessells R, Chimukangara B, Mdlalose K, York D, Khan S, Tegally H, Wilkinson E, de Oliveira T. (англ.)
16. Ян Семпл; Наталі Гровер (23 грудня 2020). South African Covid-19 variant has reached the UK, says Matt Hancock. Ґардіан. Лондон. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 4 січня 2021. (англ.)
17. South African Covid variant discovered in Switzerland. BusinessInsider. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 29 грудня 2020. (англ.)
18. Update: New UK, South African variant Covid strains detected in Finland. Yle News. Архів оригіналу за 31 жовтня 2021. Процитовано 29 грудня 2020. (англ.)
19. South African coronavirus variant found in Japan. News24. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 29 грудня 2020. (англ.)
20. First case of 'more contagious' coronavirus strain detected in Australia. 9 News. 29 грудня 2020. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
21. Second COVID-19 wave confirmed in Zambia. Xinhua News Agency. 30 грудня 2020. Архів оригіналу за 26 лютого 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
22. France detects first case of South African strain of Covid-19. France24. 31 грудня 2020. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
23. 남아공 '변이 코로나' 첫 국내 확인…영국발 변이도 4건 추가 [South Africa's 'mutant corona' first confirmed in Korea... 4 additional variations from UK]. Donga Ilbo. 2 січня 2021. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 16 січня 2021. (кор.)
24. British, South African corornavirus mutations detected in Austria. Рейтер. Берлін. 4 січня 2021. Архів оригіналу за 10 січня 2021. Процитовано 6 січня 2021. (англ.)
25. Botswana government adjusts national lockdown regulations. SABC News^[en]. Південна Африка. 4 січня 2021. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 11 січня 2021. …the new strain of the COVID-19 virus, known as 501V2 variant, has been detected in Botswana. (англ.)
26. Statement from the National Public Health Emergency Team - Friday 8 January. Уряд Ірландії. Департамент охорони здоров'я^[en]. 8 січня 2021. Архів оригіналу за 7 грудня 2021. Процитовано 8 січня 2021. (англ.)
27. South African coronavirus variant detected in reinfection case in Brazil. 8 січня 2021. Архів оригіналу за 30 червня 2021. Процитовано 11 січня 2021. (англ.)
28. First case of South African COVID-19 variant detected in Canada. 9 січня 2021. Архів оригіналу за 30 серпня 2021. Процитовано 11 січня 2021. (англ.)
29. Israel records 4 cases of S. African COVID-19 variant. Ynet. 9 січня 2021. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 12 січня 2021. (англ.)
30. coronavirus-very-contagious-south-africa-variant-now-in-new-zealand. www.newshub.co.nz. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
31. Ганна Мартін; Hunt, Tom (10 січня 2021). Covid-19: Health officials confirm 31 new cases of coronavirus, first case of South African variant found. Stuff (вебсайт)^[en]. Нова Зеландія. Архів оригіналу за 10 січня 2021. Процитовано 13 січня 2021. (англ.)
32. Маттіас Гебауер. Coronavirus: Südafrikanische Virus-Mutation auch in Deutschland nachgewiesen [South African virus mutation also detected in Germany]. Шпіґель. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 13 січня 2021. Mittlerweile gebe es sechs Virusnachweise bei sechs Personen aus drei Haushalten, teilte das Ministerium mit. (There are now six virus detections in six people from three households, the ministry said.) (нім.)
33. Александр Верстреете (13 січня 2021). Eerste geval met Zuid-Afrikaanse coronavariant bevestigd in ons land net als 8 nieuwe gevallen van Britse variant [First case with South African corona variant confirmed in our country as well as 8 new cases of British variant]. VRT^[en]. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 13 січня 2021. (англ.)
34. Taiwan reports first case of mutant South African Covid strain. Taiwan News^[en]. Тайбей. 13 січня 2021. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 15 січня 2021. (англ.)
35. Сара Кнаптон (4 січня 2021). South African variant may evade vaccines and testing, warn scientists. Архів оригіналу за 15 грудня 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
36. Сара Картер (4 січня 2021). COVID vaccines "might not" work as well on South African strain, scientists warn. CBS News^[en]. Йоганнесбург. Архів оригіналу за 3 грудня 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
37. UK scientists worry vaccines may not protect against S.African coronavirus variant. Рейтер. 4 січня 2021. Архів оригіналу за 29 серпня 2021. Процитовано 5 січня 2021. (англ.)
38. Лінда Геддес (8 січня 2021). Pfizer vaccine protects against new Covid variants, study suggests. Ґардіан. Архів оригіналу за 8 січня 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
39. New virus mutation raises vaccine questions. France 24. Париж. 13 січня 2021. Архів оригіналу за 31 серпня 2021. Процитовано 13 січня 2021. (англ.)
40. Івен Коллавей (7 січня 2021). Could new COVID variants undermine vaccines? Labs scramble to find out. Nature. Архів оригіналу за 31 серпня 2021. Процитовано 13 січня 2021. Chief among those is another receptor-binding-domain mutation, called E484K, that de Oliveira’s team has identified in the 501Y.V2 variant. (англ.)
41. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. eLife. 20 жовтня 2020. doi:10.7554/eLife.61312.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання) (англ.)
42. Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil (PDF) (Пресреліз). Японія: NIID (National Institute of Infectious Diseases). 12 січня 2021. Архів оригіналу (PDF) за 15 січня 2021. Процитовано 16 січня 2021. (англ.)
43. Confirmed cases of COVID-19 variant from South Africa identified in UK. Уряд Великої Британії. Архів оригіналу за 23 грудня 2020. Процитовано 23 грудня 2020. (англ.)
44. Ян Семпл (12 січня 2021). Public Health England steps up surveillance of South African Covid variant. Ґардіан. Лондон. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 16 січня 2021. Scientists are particularly concerned about the South African variant, named B1351... ...At least 29 cases in the UK and three in Ireland have been recorded. (англ.)
45. Zambia experiences second wave of Covid-19 as variant linked to new strain in South Africa isolated. Luksaka Times. 30 грудня 2020. Архів оригіналу за 7 січня 2021. Процитовано 8 січня 2021. (англ.)
46. France has detected its first case of the South African variant of coronavirus, the health ministry said on Thursday. France 24. Франція. 31 грудня 2020. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 8 січня 2021. (англ.)
47. Голлі Елліат (6 січня 2021). Covid variant found in South Africa is worrying experts: Here's what we know so far. CNBC. Архів оригіналу за 7 січня 2021. Процитовано 8 січня 2021. (англ.)
48. South African coronavirus variant found in the Netherlands. RIVM^[en]. 8 січня 2021. Архів оригіналу за 13 січня 2021. Процитовано 11 січня 2021. (англ.)
49. Alberta reports Canada's 1st case of coronavirus variant found in South Africa. CBC News. 8 січня 2021. Архів оригіналу за 9 січня 2021. Процитовано 9 січня 2021. (англ.)
50. Саймон Літтл (15 січня 2021). B.C. becomes 2nd province to identify South African COVID-19 variant. Global News^[en]. Британська Колумбія. Архів оригіналу за 4 грудня 2021. Процитовано 15 січня 2021. (англ.)
51. Four Additional Cases of the South African Variant Detected. Міністерство охорони здоров'я (Ізраїль). 13 січня 2021. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 15 січня 2021. (англ.)
52. Corona-Mutante aus Südafrika in Hamburg entdeckt. www.t-online.de. Архів оригіналу за 22 грудня 2021. Процитовано 14 січня 2021. (нім.)
53. Südafrika-Corona-Mutation jetzt auch in Hessen nachgewiesen. AerzteZeitung.de. Архів оригіналу за 19 листопада 2021. Процитовано 16 січня 2021. (нім.)