Molekulski modeli DNK

Molekulski modeli DNK strukture su reprezentacije molekularne geometirje i topologije molekula dezoksiribonukleinske kiseline (DNK) koristeći razna pomoćna sredstva. Njihov cilj je pojednostavljivanje i prikazivanje esencijalnih, fizičkih i hemijskih osobina DNK molekula bilo in vivo ili in vitro. Te reprezentacije obuhvatiaju gusto pakovane sfere (CPK modele) napravljene od plastike, i metalnih žice za 'kostur modela', računarske grafičke proračune i animacije, ili pak umetničke prikaze.^[1][2]

Nukleinske kiseline poseduju kompleksnu strukturu

Savršeniji računarski molekularni modeli DNK obuhvataju molekularno dinamičke simulacije kao i kvantno mehaničke proračune vibro-rotacija, delokalizovanih molekulskih orbitala, električnih dipolnih momenata, vodoničnog vezivanja, itd. Modelovanje molekularne dinamike DNK obuhvata simulacije promena molekularne geometrije i topologije DNK tokom vremena kao rezultat intra- i inter- molekularnih interakcija. Dok su fizički modeli (npr. konstrukcije od plastičnih sfera) korisne reprezentacije statičkih DNK struktura, računarsko molekulsko modelovanje omogućava dinamičke simulacije, koje su veoma važne za razumevanje DNK funkcija in vivo.

Vidi još

• G-kvadrupleks
• Kristalografija
• Kristalna rešetka
• AMBER
• CHARMM
• NAMD