Strukturna klasifikacija proteina

Strukturna klasifikacija proteina, engl. (), je baza podataka koja prvenstveno sadrži manualnu klasifikacija proteinskih strukturnih domena. Ona je bazirana na sličnosti njihovih aminokiselinskih sekvenci i tri-dimenzionih struktura. Originalno je objavljena 1995.^[1] i obično se ažurira jednom godišnje. Održavaju je Alexej Murzin i njegove kolege,^[2][3].

Hijerarhijska struktura

SCOP sadrži četiri nivoa hijerarhijske strukturne klasifikacije:

• klasa - generalna "strukturna arhitektura" domena
• nabor - slična organizacija regularne sekundarne strukture ali bez evidencije o evolucionoj povezanosti
• superfamilija - dovoljna strukturna i funkciona sličnost da se izvede zaključak o divergentnoj evolucijskoj vezi, mada homologija sekvenci ne postoji
• familija - sličnost sekvenci se može detektovati

Vidi još

Literatura

1. Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). „SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures”. J. Mol. Biol. 247 (4): 536—40. PMID 7723011. doi:10.1006/jmbi.1995.0159.
2. Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). „SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics”. Nucleic Acids Res. 30 (1): 264—7. PMC 99154 . PMID 11752311. doi:10.1093/nar/30.1.264.
3. Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). „SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data”. Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D226—9. PMC 308773 . PMID 14681400. doi:10.1093/nar/gkh039.

Spoljašnje veze

• Strukturna klasifikacija proteina
• kvantifikovan strukturnim odnosima