From Wikipedia, the free encyclopedia
Baza podataka orijentacija proteina u membranama (engl. , ) sadrži prostorne orijentacije proteinskih tri-dimenzionalnih struktura u odnosu na lipidni dvosloj.[1][2][3] Ova baza podatak je bila korišćena u eksperimentalnim i teoretskim studijama za membranu-vezanih proteina.[4][5][6][7][8]
Proteinske strukture su uzet iz baze podataka proteina. Pozicije proteina u hidrofobnoj ploči su izračunate koristeći model implicitne solvatacije.
sadrži strukturnu klasifikaciju za membranu-vezanih proteina u familije i superfamilije (baziranu na klasifikacije), membransku topologiju, i tip odredišta membrane za svaki protein. Svi fajlovi sa proteinskim koordinatama sa izračunatim membranskim granicama su slobodno dostupni.
Ovaj sajt omogućava vizuelizaciju proteinskih struktura sa ravnima membranskih granica koristeći i .
Ova baza podataka sadrži prostorne pozicije transmembranskih i perifernih membranskih proteina u lipidnom dvosloju, zajedno sa bazom podataka transmembranskih proteina[9] koja uvrštava samo transmembranske proteine. Izračunate pozicije proteina su bile kompajlirane sa relevantnim eksperimentalnim podacima za 24 transmembranska i 53 periferno membranska proteina[3] uključujući mesto-usmereno spinsko obeležavanje,[10] hemijsko obeležavanje, merenja membranskih vezivnih afiniteta proteinskih mutanata,[11] fluorescentnu spektroskopiju,[12] spektroskopiju rastvora ili čvrstog-stanja ,[13] spektroskopiju,[14] i difrakcione studije proteina u lipidnim slojevima X-zracima ili neutronima[15].
kolekcija perifernih membranskih proteina nije kompletna. Ova baza podataka verovatno sadrži manje od 50% perifernih proteina, zato što za-membranu-učvršćujući elementi perifernih proteina (amfifilni alfa heliksi, izloženi nonpolarni ostaci, ili lipid-vezani proteini) nedostaju ili su neuređeni u eksperimentalnim proteinskim strukturama, i stoga mod protein-membranske veze ne može biti računski predviđen[3].
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.