Alfa-helix

Alfa-helix (iné názvy: α-helix, α-špirála, α-skrutkovica, alfa helix, alfa-skrutkovica alebo 3,6₁₃ helix) je jeden z dvoch základných typov priestorového usporiadania bielkovín (konkrétne ich tzv. sekundárnej štruktúry).^[1] Druhým je beta-skladaný list. Alfa-helix má tvar pravotočivej skrutkovice, pri pohľade zhora tvorí skrutkovicu bielkovinná kostra, zatiaľ čo aminokyselinové zvyšky smerujú von. Medzi jednotlivými poschodiami skrutkovice vznikajú vodíkové mostíky (a to konkrétne medzi C=O skupinou a N–H skupinou o štyri aminokyseliny ďalej).^[1] Typickými aminokyselinami vyskytujúcimi sa v alfa-helixe je hlavne alanín, glutamát, leucín, lyzín a metionín (MALEK).^[2] Pokiaľ sa niekde vyskytne prolín, spravidla spôsobí ohyb celej skrutkovice.^[3]

Schéma alfa-helixu (po francúzsky)

Všetky donory vodíkových mostíkov sú orientované jedným smerom a akceptory smerom opačným, helix je teda vlastne slabým elektrickým dipólom. Týchto interakcií využíva k skladaniu štruktúr vyššieho radu (terciárne štruktúry proteínov).

Parametre

Pre alfa-helix platia tieto parametre:^[3][4]

• počet aminokyselín na jeden závit (otáčku) alfa-helixu: 3,6
• výška jedného závitu (merané pozdĺž osi skrutkovice): 0,54 nanometrov.
• vzdialenosť ekvivalentných (zodpovedajúcich si) atómov v kostre skrutkovice: 0,15 nanometrov.

Referencie

1. ROBERT C. KING; WILLIAM D. STANSFIELD; PAMELA K. MULLIGAN. A Dictionary of Genetics, Seventh Edition. [s.l.] : Oxford University Press, 2006.
2. LEIRO, V.; MORENO, P. M.; SARMENTO, B.. 1 - Design and preparation of biomimetic and bioinspired materials. [s.l.] : Woodhead Publishing, 2017-01-01. DOI: 10.1016/B978-0-08-100741-9.00001-2. Dostupné online. ISBN 978-0-08-100741-9. DOI:10.1016/b978-0-08-100741-9.00001-2 S. 10. (po anglicky)
3. Murray RK. et al., Harperova biochemie (2002); dvadsiate tretie vydanie (štvrté české vydanie)
4. ŠKÁRKA, Bohumil; FERENČÍK, Miroslav. Biochémia. 3. vyd. [s.l.] : [s.n.], 1992. ISBN 80-05-01076-1. S. 326-329.

Zdroj

Chemický portál

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Alfa-helix na českej Wikipédii.