EHP má dvojpilierový inštitucionálny rámec, ktorý tvoria jednak spoločné inštitúcie EHP a jednak inštitúcie členských štátov Európskeho združenia voľného obchodu, ktoré participujú na EHP.
Spoločné inštitúcie EHP
Rada – je zložená z členov Rady EÚ a Európskej komisie a z jedného člena vlády každého štátu EZVO (okrem Švajčiarka). Rada EHP prijíma rozhodnutia dohodou medzi Európskou úniou na jednej strane a členskými štátmi EZVO na druhej strane. Predsedníctvo Rady EHP vykonáva striedavo člen Rady EÚ a člen vlády členského štátu EZVO po dobu šietich mesiacov.
Zmiešaný výbor - je zložnený zo zástupcov zlmluvných strán (teda tak členských štátov Európskej únie a EZVO, ako aj samotnej Európskej únie). Zmiešaný výbor EHP rozhoduje rovnako ako Rada EHP dohodou medzi Európskou úniou na jednej strane a členskými štátmi EZVO. Predsedníctvo v Zmiešanom výbore EHP vykonáva striedavo člen Európskej komisie a zástupca členského štátu EZVO po dobu šiestich mesiacov. Zmiešaný výbor je hlavným rozhodovacím orgánom EHP.
Spoločný parlamentný výbor – je zložený z rovnakého počtu členov Európskeho parlamentu na jednej strane a parlamentov členských štátov EZVO na druhej strane.
Poradný výbor - je orgánom, ktorý má zabezpečiť dialóg medzi hospodárskymi a sociálnymi partnermi v rámci EHP. Skladá sa z rovnakého počtu členov Hospodárskeho a sociálneho výboru EÚ na jednej strane a Poradného výboru EZVO.
Inštitúcie členských štátov EHP/EZVO
Dozorný úrad EZVO je vedený kolégiom troch členov, po jednom z každého EHP EZVO štátu. Sú menovaný na základe dohody členských štátov EZVO na obdobie štyroch rokov. Predseda Dozorného úradu EZVO je menovaný z členov Dozorného úradu EZVO dohodou štátov EHP/EZVO na obdobie dvoch rokov.
Stály výbor EZVO - jeho úlohou je najmä vedenie konzultácii medzi štátmi EZVO pred prijatím rozhodnutia v Rade EHP alebo v Zmiešanom výbore EHP. V Stálom výbore EZVO je zastúpený každý členský štát EHP/EZVO a každý štát má v ňom jeden hlas.
Súd EZVO je zložený z troch sudcov menovaných dohodou vlád státov EHP/EZVO na obdobie šiestich rokov s možnosťou opätovného menovania. Samotní sudcovia volia svojho predsedu na obdobie troch rokov. EZVO Súd rieši spory medzi dvoma alebo viacerými štátmi EZVO, ktoré vznikajú z Dohody o založení EHP, a z niektorých ďalších medzinárodných zmlúv. Súd môže rozhodovať o pokutách uložených Dozorným úradom EZVO, má právomoc rozhodovať o opatreniach vykonaných štátoch EZVO, ktoré sú v rozpore s rozhodnutiami Dozorného úradu EZVO. Súd EZVO tiež rozhoduje o žalobách fyzických a právnických osôb proti rozhodnutiam Dozorného úradu EZVO, ktoré priamo smeruje voči tejto fyzickej alebo právnickej osobe alebo ktoré síce nie je priamo adresované tejto fyzickej alebo právnickej osobe, ale sa jej priamo týka.