Valkerov motiv

Valkerov A i Valkerov B motivi su proteinske sekvence. Njih je zapazio Valker u proteinima koji vezuju ATP 1982. godine.^[1]

Poravnavanje H-Ras mutanta A59G u kompleksu sa GppNHp (zeleni skeč) i GDP (cijan). P-petlja glavnog lanca je prikazana u crvenoj boji, jon Mg²⁺ je zelena sfera, a bočni lanci aminokiselina K16 i S17 su prikazani u štapičastoj notaciji.

Valkerov A motiv

Valkerov A motiv, takođe poznat kao Valkerova petlja ili P-petlja (fosfat-vezujuća petlja), je proteinski motiv sa obrascem GXXXXGK(T/S), gde G, K, T i S označavaju glicin, lizin, treonin i serin, a X označava bilo koji aminokiselinu. On je ATP ili GTP vezujući motiv prisutan u mnogim proteinima koji vezuju nukleotide. Lizinski (K) ostatak Valkerovog A motiva ima presudni značaj za vezivanje nukleotida.^[2] To je petlja bogata glicinom kojoj prethodi beta ravni i kojoj sledi alfa heliks. Ona formira interakcije sa fosfatnom grupom nukleotida i sa jonom magnezijuma, koji koordinaciono vezuju β- i γ-fosfate.

Valkerov A motiv je najbolje poznat po njegovom prisustvu u proteinima koji vezuju nukleotide, ali je isto tako prisutan i u mnoštvu proteina sa raznovrsnim funkcijama, kao što su alfa i beta podjedinica ATP sintaze, miozin, transducin, helikaze, kinaze i RecA.^[3][4][5]

Valkerov B motiv

Valkerov B motiv je strukturni motiv proteina sa obrascem (R/K)XXXXGXXXXLhhhhD, gde R, K, G, L i D označavaju ostatke arginina, lizina, glicina, leucina, i aspartičke kiseline, X predstvalja bilo koju od 20 standardnih aminokiselina, a h označava hidrofobnu aminokiselinu.^[1] Prema nekim skorijim nalazima konsenzus sekvenca ovog motiva je hhhhDE, gde E označava glutamatni ostatak.^[2] Aspartat i glutamat takođe formiraju deo DEAD/DEAH motiva nađenog u helikazama. Aspartatni ostatak se koordinira sa jonom magnezijuma, a glutamat je esencijalan za ATP hidrolizu.^[2]

Sekvence ovog motiva je veoma promenljiva, tako da su jedina nepromenljiva svojstva negativno naelektrisani ostaci nakon niza glomaznih, hidrofobnih aminokiselina.^[6]