Thaumarchaeota

Thaumarchaeota (лат., от греч. thaumas — чудо) — тип архей, содержащий по всего 3 культивируемых вида и около 20 кандидатов (Candidatus)➤. Все открытые на данный момент представители являются хемолитотрофами и окисляют аммиак. Они могут играть важную роль в биохимическом круговороте веществ, в частности круговороте азота.

Thaumarchaeota
Научная классификация
Домен: Археи Тип: Thaumarchaeota
Международное научное название
Thaumarchaeota Brochier-Armanet et al. 2008
Синонимы
Aigarchaeota Nunoura et al. 2011[1] Nitrososphaeraeota Oren et al. 2015[1]
Систематика в Викивидах Поиск изображений на Викискладе ITIS   951425 EOL   10594366

История изучения

Тип был выделен в 2008 году на основании филогенетических данных, таких как последовательности генов рРНК этих организмов, а также образование ими топоизомеразы I типа, который раньше считался уникальным для эукариот^[2][3]. Эти положения были подтверждены дополнительными анализами, результаты которых были опубликованы в 2010 году. В них проверялись геномы окисляющих аммиак архей Nitrosopumilus maritimus и Candidatus Nitrososphaera gargensis. По результатам этих исследований было установлено, что эти два вида имеют отдельное происхождение вместе с другим видом, Cenarchaeum symbiosum, который был первым описанным видом Thaumarchaeota^[4].

Классификация

Современная классификация базируется на данных List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), а также Национального центра биотехнологической информации (NCBI). Если на июль 2017 года в первом источнике тип представлен единственным видом Nitrososphaera viennensis^[5] из класса Nitrososphaeria^[6], то второй включает большее число таксонов рангом от вида до порядка, из которых большая часть — кандидаты. В классификации ниже показаны все таксоны до рода включительно и все культивируемые виды^[7], при этом таксоны, чьи представители известны в чистой культуре, вынесены на первое место:

• Класс Nitrososphaeria Stieglmeier et al. 2014
  • Порядок Nitrososphaerales Stieglmeier et al. 2014
    • Семейство Nitrososphaeraceae Stieglmeier et al. 2014
      • Род Nitrososphaera Stieglmeier et al. 2014
        • Nitrososphaera viennensis Stieglmeier et al. 2014^[8] и ещё 2 кандидата
      • Род Candidatus Nitrosocosmicus Lehtovirta-Morley et al. 2016 (3 кандидата)
  • Порядок Candidatus Nitrosocaldales Qin et al. 2017
    • Семейство Candidatus Nitrosocaldaceae Qin et al. 2016
      • Род Candidatus Nitrosocaldus de la Torre et al. 2008 (1 кандидат)
• Порядки incertae sedis
  • Порядок Cenarchaeales DeLong and Preston 1996 — в LPSN отнесён к типу Crenarchaeota
    • Семейство Cenarchaeaceae DeLong and Preston 1996
      • Род Cenarchaeum DeLong and Preston 1996
        • Cenarchaeum symbiosum DeLong and Preston 1996
  • Порядок Nitrosopumilales Konneke et al. 2005
    • Семейство Nitrosopumilaceae Konneke et al. 2005
      • Род Nitrosopumilus Konneke et al. 2005
        • Nitrosopumilus maritimus Konneke et al. 2006 и ещё 5 кандидатов
      • Род Candidatus Nitrosoarchaeum Blainey et al. 2011 (2 кандидата)
      • Род Candidatus Nitrosomarinus (1 кандидат)
  • Роды incertae sedis
    • Род Candidatus Caldiarchaeum Nunoura et al. 2011 (1 кандидат)
    • Род Candidatus Giganthauma Muller et al. 2010 (2 кандидата)
    • Род Candidatus Nitrosopelagicus Santoro et al. 2014 (1 кандидат)
    • Род Candidatus Nitrosotalea Lehtovirta et al. 2011 (1 кандидат)
    • Род Candidatus Nitrosotenuis Li et al. 2016 (2 кандидата)

Примечания

1. Thaumarchaeota (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). (Дата обращения: 5 августа 2017).
2. Brochier-Armanet C., Boussau B., Gribaldo S., Forterre P. Mesophilic crenarchaeota: Proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota (англ.) // Nature Reviews Microbiology : journal. — 2008. — Vol. 6, no. 3. — P. 245—252. — doi:10.1038/nrmicro1852. — PMID 18274537.
3. Brochier-Armanet C., Gribaldo S., Forterre P. A DNA topoisomerase IB in Thaumarchaeota testifies for the presence of this enzyme in the last common ancestor of Archaea and Eucarya (англ.) // Biology Direct^[англ.] : journal. — 2008. — Vol. 3. — P. 54. — doi:10.1186/1745-6150-3-54. — PMID 19105819. — PMC 2621148.
4. Spang A., Hatzenpichler R., Brochier-Armanet C., Rattei T.,. Distinct gene set in two different lineages of ammonia-oxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota (англ.) // Trends in Microbiology^[англ.] : journal. — Cell Press, 2010. — Vol. 18, no. 8. — P. 331—340. — doi:10.1016/j.tim.2010.06.003. — PMID 20598889.
5. Genus Nitrososphaera : [англ.] // LPSN. (Дата обращения: 5 августа 2017).
6. Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.
7. Taxonomy Browser : Thaumarchaeota : [англ.] // NCBI. (Дата обращения: 5 августа 2017).
8. Tourna M., Stieglmeier M., Spang A., Könneke M., Schintlmeister A., Urich T., Engel M., Schloter M., Wagner M. Nitrososphaera viennensis, an ammonia oxidizing archaeon from soil (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2011. — Vol. 108, no. 20. — P. 8420—8425. — doi:10.1073/pnas.1013488108. — PMID 21525411. — PMC 3100973.