O termo reconhecimento molecular se refere à interação específica entre duas ou mais moléculas por meio de ligações não covalentes, como ligações de hidrogênio, coordenação de metal, forças hidrofóbicas,[3][4]forças de Van der Waals, interações π-π, ligações de halogênio ou efeitos de interação ressonante.[5] Além dessas interações diretas, os solventes podem desempenhar um papel indireto dominante na condução do reconhecimento molecular em solução.[6][7] O hospedeiro e convidado envolvidos no reconhecimento molecular exibem complementaridade molecular. As exceções são recipientes moleculares,[8][9] incluindo, por exemplo, nanotubos, nos quais os portais essencialmente controlam a seletividade.[10][11][12][13]
O reconhecimento molecular desempenha um papel importante nos sistemas biológicos e é observado entre receptor-ligante,[3][4]antígeno-anticorpo, DNA-proteína, açúcar-lectina, RNA-ribossomo, etc. Um exemplo importante de reconhecimento molecular é o antibiótico vancomicina que se liga seletivamente aos peptídeos com terminal D-alanil-D-alanina em células bacterianas através de cinco ligações de hidrogênio. A vancomicina é letal para as bactérias, uma vez que, depois de se ligar a esses peptídeos específicos, eles não podem ser usados para construir a parede celular da bactéria
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