Od 1985 był zatrudniony w WSP w Olsztynie, a od 1999 na UWM w Olsztynie; w latach 1985–1991 jako asystent, 1991–2000 – adiunkt, a od 2001 jako profesor nadzwyczajny i od 2014 jako profesor zwyczajny na Wydziale Humanistycznym. Kierownik jednostek organizacyjnych: Zakładu Antropologii Literatury Regionalnej (2000–2004), Pracowni Literatury XX Wieku i Teorii Literatury (2005–2009), Zakładu Literatury Współczesnej (2010–2014), Zakładu Literatury XX i XXI Wieku (od 2015). W okresie 2020–2022 dyrektor Instytutu Literaturoznawstwa UWM[3]. Promotor doktoratu honoris causa Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie Erwina Kruka. Pełnił funkcję: zastępcy dyrektora Instytutu Filologii Polskiej (2000–2002), członka senackiej Komisji Nauki (2001–2002), przewodniczącego Kolegium Wydawniczego UWM (kadencje 2008–2012, 2012–2016, 2016–2020), członka Senatu UWM (2012–2016, 2016–2020), członka Rady Uczelni (2019–2020 i 2021–2024). Został również wybrany do Komitetu Nauk o Literaturze PAN na kadencje 2015–2019 i 2020–2023. Wespół ze Zbigniewem Fałtynowiczem opracował scenariusz stałej ekspozycji w Muzeum Michała Kajki w Ogródku (otwarcie 7 czerwca 2014).
Pieśni duchowne i poemata światowe. Antologia mazurska, Gołdap 2004
Paciorki. Antologia maryjna z Warmii, Olsztyn 2007
Przed i za. Antologia literacka (wspólnie z Alicją Bykowską-Salczyńską), Olsztyn 2007
Michał Kajka. Mały kancjonał mazurski i opowieści ucieszne, Olsztyn 2008
Wesele ptasząt. Piosenka mazurska, oprac. i komentarz Z. Chojnowski, ilustr. Józef Wilkoń, Olsztyn 2013
Zwierzyniec mazurski, wybór, oprac. i wstęp Z. Chojnowski, Dąbrówno 2016
Redakcja prac zbiorowych
„Co nie jest wymówione zmierza do nieistnienia”. Interpretacje wierszy współczesnych (1995)
Gatunki literackie. Tradycja a współczesne przemiany [redakcja wspólnie z Danutą Ossowską] (1996)
Z dróg Erwina Kruka. W 65. urodziny twórcy (2006)
Michał Kajka, Mały kancjonał mazurski i opowieści ucieszne (2008)
Święte miejsca w literaturze [red. wspólnie z Anną Rzymską i Beatą Tarnowską] (2009)
Marcin Giersz (Gerss). Człowiek z pogranicza (2009)
Literatura na progu XXI wieku, red. J. Chłosta-Zielonka, Z. Chojnowski (2014)
W rytmie zegara... Wokół zagadnień chronozoficznych, red. Z. Chojnowski, B. Kurządkowska, A. Rzymska (2015)
Regionalizm literacki w Polsce. Zarys historyczny i wybór źródeł, red. Zbigniew Chojnowski, Małgorzata Mikołajczak (2016)
Regionalizm literacki – historia i pamięć, red. Zbigniew Chojnowski, Elżbieta Rybicka (2017)
Poezja Chojnowskiego osadzona jest w krajobrazie przyrodniczym, społecznym i kulturowym Warmii i Mazur. Unaocznia los, który spełnia się w miejscu ściśle określonym geograficznie i historycznie. Jest przekonany, że oryginalność zapewnia wierszowi próbująca się w nim ujawnić prawda. Zmierza do poetyckiej uniwersalizacji doświadczeń jednostkowych i społecznych.
Śniardwy, Olsztyn 1993
Cztery strony domu, Olsztyn 1996
Prześwit, Olsztyn 2002
Mam pytanie. Wiersze dla Witka i innych dzieci, Olsztyn 2002
Ląd gordyjski, Gołdap 2006
Rozwidlenia, Olsztyn 2008
Kamienna kładka. Wiersze wybrane z lat 1980–2011, Dąbrówno 2012
Bliźniego, swego, Sopot 2012
Mazurské odjezdy. Vybor poezie z let 1980–2011, przekład i posłowie Libor Martinek, Opava 2012
Mazurské dědictví, przekład i posłowie Libor Martinek, Opava 2013
Widny kres, Sopot 2017
Nic a nic = Vobec ale vobec = Rien de rien, przekł. na jęz. franc.: Frédérick Laurent; przekł. na jęz. czes.: Libor Martinek, Olsztyn 2017.
Zawsze gdzieś jest noc, Szczecin 2018
Viditelný obzor. Vždy je někde noc, przekład na jęz. czeski Libor Matinek, posłowia: Piotr Michałowski, Stanisław Burkot, L. Martinek, Opava 2019.
Aktorstwo. Z dziennika Wiktora Sulkowskiego, Olsztyn 2019.
Tarcze z pajęczyny. Sentencje o czytaniu, poecie, poezji, tworzeniu, wierszu, z dodatkiem, Szczecin-Bezrzecze 2022.
Tyle razy nie wiem, Szczecin-Bezrzecze 2022.
24. wiersze ukraińskie i polskie / 24. українські і польські поезії (współautorka i tłumaczka Iryna Betko / Ірина Бетко), Olsztyn 2023[4][5].
Wyróżnienie Kapituły Nagrody Naukowej Oddziału Polskiej Akademii Nauk w Olsztynie i w Białymstoku za książkę „Wyobraźnia historyczna Mazurów pruskich. Studia i źródła”[8]
