Daty jego urodzin i śmierci (obie wypadły w Wielki Piątek) przyczyniły się poniekąd do uznania go przez Giorgio Vasariego za boskiego artystę – boga sztuki. Urodził się w 1483 w mieście Urbino w środkowych Włoszech. Jego rodzicami byli Giovanni Santi, malarz nadworny książęcej rodziny Montefeltro oraz Maria di Ciarla, córka kupca. W latach dziecięcych uczył się u ojca, który chociaż sam nie był artystą wysokiej rangi, był człowiekiem wykształconym i wcześnie dostrzegł ponadprzeciętne zdolności syna. W 1491 młody Rafael mocno przeżył śmierć matki; trzy lata później (1494) zmarł jego ojciec. Opiekę nad Rafaelem przejął wtedy formalnie jego stryj, lecz najwięcej pomocy i życzliwości okazał mu wuj, Simone Ciarla, brat zmarłej matki. To on wymusił na rodzinie oddanie chłopca na dalsze kształcenie malarskie, za co Rafael pozostał mu wdzięczny do końca życia.
Około 1494 wyjechał do Perugii, gdzie początkowo uczył się artystycznego rzemiosła u malarza Timoteo Viti, później został uczniem znanego malarza, Pietro Vannucciego zwanego Pietro Perugino. Podczas nauki u Perugina zaczął wykonywać pierwsze obrazy na zamówienie.
W 1500 Rafael został już malarzem cechowym miasta Urbino. Wcześnie przyswoił sobie styl mistrza i współpracował z Peruginem przy dekoracji m.in. kościoła św. Franciszka w Perugii, a w 1503 rozpoczął krótką współpracę z innym wybitnym malarzem – Pinturicchio, przy zdobieniu sali biblioteki w Sienie na zamówienie papieża Piusa III. Wkrótce Rafael przerósł swoich nauczycieli i w 1504 wyjechał do Florencji, aby podziwiać dzieła Leonarda da Vinci i Michała Anioła. Powstały wtedy znakomite dzieła malarskie dojrzałego już stylu Rafaela jak Madonna w zieleni czy Madonna ze szczygłem. Szybko zyskał ogromną sławę i zaczęli u niego zamawiać usługi artystyczne najwięksi wielmoże Italii.
Ok. 1507 Rafael powrócił do Urbino i pracował intensywnie w swym rodzinnym mieście – z tego okresu pochodzą m.in. obrazy Madonny i Chrystusa w Ogrójcu namalowane dla dowódcy wojsk florenckich Guidobaldo di Montefeltro. Wkrótce udał się do Perugii, gdzie udekorował freskami m.in. tamtejszy kościół Kamedułów.
W 1508 Rafael, po stworzeniu wielu wybitnych dzieł malarskich w Perugii oraz Florencji wyruszył do Rzymu. Wyjazd ten zaproponował mu pracujący na usługach papieża Juliusza II architekt Donato Bramante. Rafael zainteresował się pracą dla papieża do tego stopnia, że wyjechał natychmiast z Florencji nie ukończywszy malowideł we florenckiej kaplicy św. Ducha.
Papież życzliwie przyjął Rafaela i zlecił mu na początek ozdobienie papieskiej sali urzędowej i sądowej zwanej Stanza della Segnatura. Pracę tę ukończył w 1511. Jednocześnie tworzył wiele innych dzieł, a także miał okazję zapoznać się z najlepszymi dziełami swojego znakomitego rywala, Michała Anioła, który również pracował dla papieża i właśnie tworzył freski na sklepieniu kaplicy Sykstyńskiej.
W 1513 zmarł papież Juliusz II. Jego następca, Leon X również był mecenasem sztuki i cenił talent Rafaela, któremu zlecił kontynuację prac nad zdobieniem Pałacu Watykańskiego. Po śmierci Bramantego w 1514 Rafael przejął nadzór nad budową nowej bazyliki św. Piotra w Rzymie.
Już za życia został okrzyknięty geniuszem, po jego śmierci opłakiwali go w swych wierszach wybitni poeci. Rafael był zaprzyjaźniony z wielkimi humanistami swojej epoki jak Baldassare Castiglione czy Bernardo Dovizi da Bibbiena. Przyjaźnił się i rywalizował z innym artystami, prowadził też żywą korespondencję z Albrechtem Dürerem. W swoich wielkich dziełach starał się pogodzić wartości chrześcijańskie z optymizmem epoki odrodzenia oraz z pogańską filozofią antyczną, odkrywaną przez ludzi renesansu. Widać to w takich jego dziełach jak np. Szkoła ateńska, gdzie Rafael w papieskiej sali przedstawił grupę uczonych, skupionych według największych filozofów antyku, których autorytet uznawał także Kościół katolicki – Platona i Arystotelesa.
Był człowiekiem bardzo religijnym. Od 1514 należał do Bractwa Ciała Chrystusowego w Urbino i do tajnego stowarzyszenia ludzi świeckich Oratorium Boskiej Miłości w Rzymie. Zmarł przedwcześnie po ataku febry w wieku 37 lat. Zgodnie z życzeniem pochowany został w rzymskim Panteonie. Epitafium wyryte na grobowcu brzmi: „Tu spoczywa Rafael. Bałem się tego, co niezgłębione, pokonałem zwyczajne, wielkim równy, tylko śmiertelne zmarło ze mną”. Madonnę nad grobem (Madonna del Sasso) wyrzeźbił Lorenzo Lotti (Lorenzetto).
We wczesnej twórczości stylem Rafaela było naśladownictwo, a czasem niemal mistrzowskie kopiowanie stylu Perugina. Jednak nawet w dziełach niewątpliwie wzorowanych na nim można uchwycić różnicę. Przykładem jest obraz Zaślubiny Marii z Józefem (Lo Sposalizio), wzorowany na powstającym w tym samym czasie obrazie Perugina pod tym samym tytułem. Oba obrazy posiadają niemal jednakową scenerię i podobne rozłożenie postaci, jednak obraz Rafaela różni się od obrazu jego mistrza giętkością i naturalnością ruchów. Podczas gdy Perugino stosuje już nieco przestarzałą manierę izokefalii (umieszczania głów postaci na jednym poziomie), u Rafaela analogiczne postacie są wyższe lub niższe, stoją swobodnie i nie wyglądają jak ustawione w jednym rzędzie. Wkrótce Rafael porzucił wzorowanie się na dziełach konserwatywnego mistrza i stworzył nowy styl. Niewątpliwie na rozwój stylu malarskiego Rafaela miały wielki wpływ dzieła Michała Anioła, a zwłaszcza Leonarda da Vinci. Z dzieł Leonarda przyswoił sobie Rafael manierę sfumato, choć stosował ją bardziej umiarkowanie niż sam Leonardo.
Do najbardziej znanych dzieł malarskich Rafaela należy słynna Madonna Sykstyńska. Została namalowana w latach 1513–1514. Pierwotnie obraz ten był prawdopodobnie przeznaczony dla kościoła św. Sykstusa w Piacenzy, jak Nico pisze Giorgio Vasari, pierwszy biograf Rafaela i wielu innych artystów renesansu. Istnieją hipotezy, że miał być to obraz zdobiący nagrobek Juliusza II. Jako Madonna została przedstawiona urodziwa kochanka Rafaela Margherita Luti, zwana La Fornarina. Po lewej stronie adorujący ją św. Sykstus ma twarz papieża Juliusza II. Po prawej stronie obrazu stoi święta Barbara, patronka umierających. Obraz, będący pierwotnie własnością zakonników klasztoru świętego Sykstusa został w 1754 zakupiony (zresztą za pieniądze z budżetu Rzeczypospolitej) przez Augusta III Sasa i dziś jest ozdobą drezdeńskiej Gemäldegalerie.
Również słynne są freski Rafaela w Stanzach Watykańskich, a zwłaszcza najbardziej z nich znana i kojarzona z imieniem Rafaela Szkoła Ateńska. Jest to monumentalny fresk na ścianie, ograniczony łukiem sklepienia, przedstawiający spotkanie najwybitniejszych filozofów starożytności. Dzieło Rafaela jest alegorią Rozumu jako drogi wiodącej do poznania Prawdy.
Rafael nader często portretował na swoich obrazach samego siebie oraz osoby sobie znane. Tak też jest w Szkole Ateńskiej, gdzie Platon (lewa z postaci centralnych) posiada twarz Leonarda da Vinci, siedzący na schodach Heraklit to sportretowany Michał Anioł, natomiast kreślący znaki cyrklem Euklides posiada fizjonomię Donata Bramante. Sam Rafael także jest widoczny – stoi nieco na uboczu jako drugi od prawej strony, obok Klaudiusza Ptolemeusza.
Pod koniec życia (1518) namalował 2 obrazy ofiarowane przez Watykan królowi Francji, Franciszkowi I: Święta Rodzina Franciszka I oraz Święty Michał. Ostatnim dziełem artysty był obraz ołtarzowy Przemienienie Pańskie.
Wczesny okres (do 1503)
Zmartwychwstanie Chrystusa (Zmartwychwstanie Kinnairda) – 1499–1502, olej na desce, 52 × 44 cm, Museum of Art, São Paulo
Anioł – 1500–1501, olej na desce, 31 × 27 cm, Pinacoteca Civica, Brescia
Anioł – 1500–1501, olej na desce, 57 × 36 cm, Luwr, Paryż
Św. Sebastian – 1501–1502, olej na desce, 43 × 34 cm, Accademia Carrara, Bergamo
Madonna z Dzieciątkiem i świętymi (Ołtarz Colonny) – 1501–1502, tempera na desce, 172,4 × 172,4 cm, Metropolitan Museum of Art, Nowy Jork
Madonna Solly’ego – ok. 1502, olej na desce, 52 × 38 cm, Gemäldegalerie, Berlin
Portret mężczyzny – ok. 1502, olej na desce, 45 × 31 cm, Galleria Borghese, Rzym
Madonna z Dzieciątkiem, błogosławiącymi i świętymi: Hieronimem i Franciszkiem (Madonna von der Roppa) – ok. 1502, olej na desce, 34 × 29 cm, Gemäldegalerie, Berlin
Kartony do serii arrasów ilustrujących życie św. Piotra i św. Pawła, przeznaczonych do kaplicy Sykstyńskiej, znajdujących się obecnie w Pinakotece Watykańskiej – 1515–1516, tempera na kartonie, śr. wielkość 3,50 × 5,00 m, Victoria and Albert Museum, Londyn
Kazanie św. Piotra do Ateńczyków, 343 × 442 cm
Przekazanie kluczy („Paś owce moje”), 342 × 532 cm
Cudowny połów ryb, 319 × 399 cm
Uzdrowienie kaleki w Listrze, 347 × 532 cm
Ukaranie Elimasa, 342 × 446 cm
Śmierć Ananiasza, 342 × 532 cm
Uzdrowienie chromego od urodzenia, 342 × 536 cm
Projekty architektoniczne
Kościół Sant'Eligio degli Orefici w Rzymie
Kaplica Chigich przy kościele Santa Maria del Popolo w Rzymie, 1512–1513
Susanna Buricchi, Dojrzały renesans i manieryzm, Warszawa: Arkady, 2011 (Wielka Historia Sztuki; 4), ISBN978-83-213-4684-7
Jerzy Cepik, Rafael. Opowieść biograficzna, Poznań: Wydaw. Pozn., 1990, ISBN83-210-0928-X
Andre Chastel, Sztuka włoska II, Warszawa: WAiF, 1978
Janusz A. Chrościcki, Rafael, Warszawa: Arkady, 1972 (W Kręgu Sztuki)
MatildeM.BattistiniMatildeM., LuciaL.ImpellusoLuciaL., StefanoS.ZuffiStefanoS., Historia portretu, HannaH.Cieśla (tłum.), Warszawa: Arkady, 2001, ISBN83-213-4235-3, OCLC749556721. Brak numerów stron w książce
Marion Kaminski, Wenecja. Sztuka i architektura, Koeln: Koenemenn, 2001, ISBN3-8290-8141-3